柯乐猪PAEP基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】研究孕激素相关子宫内膜蛋白(progestogen associated endometrial protein,PAEP)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以挖掘柯乐猪的高繁殖力基因,用于提升柯乐猪的繁殖力。【方法】以189头经产柯乐猪为试验动物,采用PCR产物测序和序列比对鉴定单核苷酸多态性(SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold、SOPMA、SWISS-MODEL和SWISS-PdbViewer程序对SNP位点进行生物信息学分析,利用SPSS 22.0软件分析PAEP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的相关性。【结果】在柯乐猪PAEP基因中共鉴定到3个SNPs位点:外显子4的g.1884992 T>C位点,为错义突变,导致第135位缬氨酸(V)变成丙氨酸(A);内含子4的g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点。3个突变位点均检测到3种基因型;g.1884992 T>C位点属于低度多态(PIC<0.25),g.1885152 G>C、g.1887834 G>A位点属于中度多态(0.25<PIC<0.5)。g.1884992 T>C位点产生的基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点产生的基因型分布均极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。连锁分析发现,g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点完全连锁,共产生3种单倍型和6种双倍型。g.1884992 T>C位点引起PAEP基因mRNA及蛋白的二级结构发生改变。关联分析结果表明,g.1884992 T>C位点对柯乐猪总产仔数和产活仔数的影响均达到显著水平(P<0.05),g.1885152 G>C、g.1887834 G>A位点对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05);双倍型H3H3个体总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重均显著高于其他5种双倍型(P<0.05),初生窝重显著高于双倍型H1H1、H2H2和H2H3(P<0.05);双倍型H1H3个体的总产仔数和断奶仔数显著高于双倍型H1H1、H1H2、H2H2和H2H3(P<0.05),产活仔数显著高于双倍型H2H3(P<0.05)。【结论】PAEP基因中存在的3个SNPs对柯乐猪繁殖性状有显著影响,其中H3H3为有利双倍型,可作为柯乐猪繁殖性状选择的遗传标记。

柯乐猪KRT10基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】研究角蛋白10(keratin 10,KRT10)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以提高柯乐猪的繁殖力。【方法】以255头柯乐猪为研究对象,采用PCR产物测序、DANMAN序列比对软件及人工校对相结合的方法鉴定KRT10基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold在线工具对SNP位点进行生物信息学分析,使用SPSS 22.0软件中的一般线性模型分析KRT10基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的关联性。【结果】在柯乐猪KRT10基因中共鉴定到3个SNPs位点:第4内含子的g.21643703 C>T和g.21643714 G>A;第5外显子的g.21643741 G>A。g.21643741 G>A突变导致密码子由AAG突变为AAA,编码氨基酸均为赖氨酸(K),为同义突变,引起编码的mRNA二级结构发生改变。3个SNPs位点均检测到3种基因型,g.21643703 C>T和g.21643741 G>A属于中度多态位点(0.25A)属于低度多态位点(PIC<0.25)。g.21643703 C>T和g.21643741 G>A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),g.21643714 G>A位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05);3个SNPs位点间均不存在强连锁不平衡。KRT10基因3个SNPs位点共产生4种单倍型和10种双倍型。关联分析结果表明,g.21643703 C>T位点对柯乐猪初生窝重、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05);g.21643714 G>A位点对柯乐猪总产仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05);g.21643741 G>A位点对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05)。双倍型H3H3对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响最明显。【结论】KRT10基因中存在的3个SNPs位点对柯乐猪繁殖性状有显著影响,其中H3H3为有利双倍型,可作为柯乐猪繁殖性状选择的遗传标记。

柯乐猪异常乳腺组织的TMT蛋白组学分析

【目的】基于串联体量标记(TMT)定量蛋白组学技术探讨柯乐猪母猪乳腺发育的调控机制,为选育工作提供依据。【方法】选取乳腺发育正常和异常的柯乐猪母猪各3头,采集乳腺组织,利用TMT定量蛋白组学技术探究正常和异常乳腺组织的差异表达蛋白,筛选与乳腺发育相关的差异关键蛋白,并对差异表达蛋白进行生物信息学分析。【结果】从柯乐猪乳腺组织中共筛选出474个差异表达蛋白,包括245个上调蛋白、229个下调蛋白;基因本体(GO)功能注释和富集分析显示,差异表达蛋白主要富集在上皮细胞分化、皮肤形成和肾小管上皮细胞分化等生物学过程中,主要分布在胞外区和细胞外空隙中,参与调节肽酶抑制剂活性和肽链内切酶活性;京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析显示,差异表达蛋白主要富集在补体系统、过氧化物酶体增殖物激活受体和金黄色葡萄球菌感染等信号通路上;结合差异表达蛋白互作网络分析,筛选出10个核心差异表达蛋白[上调蛋白有P14287(骨桥蛋白)、F1RXF9(角蛋白25)、I3LDS3(角蛋白10)、Q75QW1(上皮细胞黏附分子)、A0A5S8KLN1(丛生蛋白)、F1RW75(桥粒素),下调蛋白有A0A286ZT13(白蛋白)、P06867(血纤维蛋白溶酶原)、F1SCC9(含丝氨酸蛋白酶抑制剂结构域的蛋白)、P50447(α-1-抗胰蛋白酶)]。【结论】采用TMT定量蛋白组学技术能有效筛选出母猪正常和异常乳腺组织中的差异表达蛋白。

柯乐猪MMP2基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】探究基质金属蛋白酶2(matrix metallopeptidase 2,MMP2)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)及其与繁殖性状的相关性,筛选与柯乐猪繁殖性状相关的遗传标记。【方法】试验选择212头健康的经产柯乐母猪,采用直接测序法筛选柯乐猪MMP2基因SNP位点,利用RNAfold在线软件预测MMP2基因不同单倍型mRNA二级结构,并通过SPSS 22.0软件分析MMP2基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的相关性。【结果】在柯乐猪MMP2基因第2外显子中检测到1个SNP位点(g.30062403 C>T),在第4外显子中检测到2个SNPs位点(g.30065309 C>T和g.30065312 C>T),均存在3种基因型(CC、CT和CT)。遗传特性分析结果显示,g.30062403 C>T位点为低度多态,g.30065309 C>T和g.30065312 C>T位点属于中度多态。卡方适合性检验结果显示,g.30062403 C>T位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),另2个位点均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。连锁不平衡分析结果显示,g.30065309 C>T和g.30065312 C>T位点之间存在强连锁不平衡。单倍型mRNA二级结构分析显示,单倍型H1的mRNA二级结构与原序列相同,其他3种单倍型均导致mRNA二级结构和最小自由能发生变化。关联分析结果显示,g.30062403 C>T位点TT基因型个体的窝产活仔数显著高于CC基因型,断奶窝重显著高于CT基因型(P<0.05);g.30065309 C>T位点CC基因型个体的断奶仔数显著高于TT基因型(P<0.05);g.30065312 C>T位点TT基因型个体的窝产活仔数、断奶仔数均显著高于CT基因型(P<0.05)。双倍型H2H2为窝产仔数、窝产活仔数、断奶仔数、断奶窝重的优势双倍型,H1H4为初生窝重的优势双倍型。【结论】柯乐猪MMP2基因3个SNPs位点与其窝产仔数、窝产活仔数、初生窝重、断奶仔数及断奶窝重均存在显著关联性,可作为分子育种遗传标记。

KISS1基因SNP对柯乐猪繁殖性状的影响

研究旨在了解KISS1基因对猪繁殖力的影响,以78头初产柯乐猪为材料,采用聚合酶链式反应(PCR)产物直接测序与人工较对相结合鉴定KISS1基因单核苷酸多态性(SNP)位点,分析SNP位点对柯乐猪繁殖指标的影响。结果显示在KISS1基因第1外显子处发现g.64835073 A>G同义突变,在第1内含子处发现g.64835529 G>A突变,2个SNP位点均产生3种基因型,均为中度多态位点,且均符合Hardy-Weinberg平衡;g.64835073 A>G位点对5个繁殖指标的影响未能达到显著水平(P>0.05);其中g.64835529 G>A位点对总产仔数、初生个体重、断奶个体重的影响达显著水平,揭示g.64835529 G>A位点可能作为猪产仔数的一个分子标记。

柯乐猪和大白猪胎盘发育与繁殖性能的相关性分析

旨在探讨柯乐猪与大白猪胎盘组织形态及营养转运、血管生成、抗氧化应激和细胞凋亡与其繁殖性能差异的相关性。比较大白猪与柯乐猪窝均产仔数、产活仔率、初生重、胎盘绒毛数量、血管数量,以及胎盘营养转运、血管生成、抗氧化应激、细胞凋亡相关基因的mRNA表达水平。结果显示:柯乐猪的窝均产仔数、产活仔率和平均初生重均显著低于大白猪(P<0.05);通过组织形态学分析发现,柯乐猪胎盘相较于大白猪表现为绒毛数量不足和发育不良;实时荧光定量PCR显示,柯乐猪胎盘中葡萄糖转运基因溶质载体家族2成员1(SLC2A1)和氨基酸转运基因溶质载体家族38成员10(SLC38A10),抗氧化应激相关基因铜锌超氧化物歧化酶(CuZn-SOD)、锰超氧化物歧化酶(Mn-SOD)和过氧化氢酶(CAT),抗细胞凋亡基因B淋巴细胞瘤-2基因(BCL-2)的转录水平显著低于大白猪胎盘(P<0.05),而脂肪酸转运蛋白4(FATP4)的转录水平显著高于大白猪胎盘(P<0.05);柯乐猪胎盘中超氧化物歧化酶(SOD)、CAT酶活性显著低于大白猪胎盘(P<0.05),而活性氧(ROS)自由基水平显著高于大白猪胎盘(P<0.05);通过TUNEL分析显示,柯乐猪胎盘组织的细胞凋亡水平极显著高于大白猪胎盘(P<0.01)。结论:胎盘组织形态发育不良以及营养转运、抗氧化、抗凋亡能力不足可能是造成柯乐猪胎儿数量少和初生重低的重要原因,这可为探究柯乐猪繁殖性能的调控机制提供重要依据。

柯乐猪PRLR基因多态性与繁殖性状的关联性

本研究旨在探究催乳素受体(prolactin receptor,PRLR)基因的单核苷酸突变位点(single nucleotide polymorphism,SNP)及其对柯乐猪繁殖性状的遗传效应,以期为提高柯乐猪的繁殖性能研究提供基因标记。采用PCR产物直接测序法对204头柯乐猪PRLR基因外显子区的SNP位点进行筛查鉴定,同时利用SPSS软件中单因子方差法分析各SNPs不同基因型和双倍型与7个繁殖性状的相关性,并通过在线软件分析碱基变异对mRNA二级结构的影响。结果显示,在柯乐猪PRLR基因第8外显子检测到g.20655220 C>T突变,其导致丝氨酸变成脯氨酸,为错义突变;在第4内含子检测到2个同义突变位点g.20648859 C>T和g.20648931 C>T,3个SNPs均存在3种基因型,g.20648931 C>T属于低度多态,其余2个位点属于中度多态;经卡方χ^(2)检验,g.20655220 C>T位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),g.20648859 C>T和g.20648931 C>T位点的基因型分布极显著(P<0.01)偏离Hardy-Weinberg平衡;g.20655220 C>T位点导致PRLR基因mRNA序列二级结构发生改变,致使mRNA二级结构稳定性降低;3个SNPs共组成5种单倍型和9种双倍型,优势单倍型H1(CCC)频率为0.610,优势双倍型H1H1(CCCCCC)频率为0.382。关联性分析结果显示,g.20655220 C>T位点CC基因型母猪的初生个体重、断奶窝重和断奶个体重均显著(P<0.05)高于CT基因型,g.20648931 C>T位点CT基因型母猪的初生个体重、初生窝重和断奶窝重均显著(P<0.05)高于CC基因型和TT基因型,且该位点在初生个体重上,CC基因型显著(P<0.05)高于TT基因型;双倍型H1H5(CTCTCT)在产仔数和活仔数上为优势双倍型,H2H3(CCTTCT)在断奶窝重和断奶个体重上为较优双倍型。综上,PRLR基因可作为候选基因参与柯乐猪繁殖性状的分子标记辅助选择。

柯乐猪TAC3第1内含子多态对繁殖性状的影响

TAC3基因参与哺乳动物繁殖相关的生命活动。试验以78头初产柯乐猪为材料,通过PCR产物直接测序和序列比对鉴定TAC3基因的遗传变异,分析遗传变异对繁殖性状的影响。结果显示,在柯乐猪TAC3基因第1内含子中检测到1个中度多态位点:g.22329038 T>C,产生3种基因型TT、TC和CC,TC和T分别为优势基因型和优势等位基因,基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡,TT基因型个体的产活仔数显著高于CC基因型(P<0.05),其他指标在不同基因型间差异未能达到显著水平(P>0.05),揭示g.22329038 T>C位点可能是柯乐猪产活仔数的一个重要分子标记。

猪脂肪沉积相关酶基因表达与胴体及肉质性状的相关性研究

为系统筛选对贵州地方猪脂肪沉积具有影响的相关酶基因,本实验以雄性野猪和雌性柯乐猪的F_(1)代杂交猪作为研究对象,采用qRT-PCR方法检测猪背最长肌和皮下脂肪组织PPARγ、LPL、ACC、ATGL基因的mRNA表达水平,并通过Pearson方法分析背最长肌和皮下脂肪组织4个基因mRNA表达水平与胴体及肉质性状间的相关性。结果表明:在背最长肌和皮下脂肪组织中相对表达量最高的为ACC和PPARγ基因。关联分析得出,背最长肌组织中LPL与PPARγ、ACC基因表达量呈显著正相关,皮下脂肪组织中PPARγ与ACC基因间呈显著正相关;在野柯F_(1)代猪背最长肌组织中PPARγ、LPL基因表达量均与肌肉水分呈显著负相关;在皮下脂肪组织中LPL基因表达量与皮厚间呈显著负相关。本研究结果可进一步印证脂肪沉积相关酶基因LPL在柯乐猪×野猪F_(1)代脂肪沉积过程中发挥着重要作用。

三个猪品种为父本对大约克母猪繁殖性能的影响

选择长白猪、杜洛克猪和可乐猪3个猪品种为父本,以大约克猪纯繁(大约克×大约克)和杜洛克猪纯繁(杜洛克×杜洛克)组为对照,研究大约克母猪繁殖性能的变化。结果表明:可乐猪为父本时,大约克母猪的妊娠期缩短了2 d,仔猪的有效乳头数略有下降,但产活仔数(11.0±1.41)头/窝、断奶仔猪数(9.7±1.45)头/窝、断奶育成率(94.41±2.826)%均为最高(P<0.05),死胎数(0.3±0.25)头/窝和死胎率(3.25±3.250)%显著低于其他试验组(P<0.05),总产仔数最高(11.3±1.81)头/窝,说明有良好适应性的可乐猪为父本可明显提高后代的成活率;从窝重上来看,可×大杂交组的初生窝重(14.850±2.443 2)kg/窝、20日龄窝重(45.700±12.3641)kg/窝、断奶窝重(67.500±9.565 7)kg/窝均高于其他试验组。相关性分析显示,死胎数影响仔猪的初生窝重、20日龄窝重及断奶窝重。这些结果说明以可乐猪为父本,可明显改善大约克猪的繁殖力,值得在毕节地区推广应用。

可乐猪RYR1基因的群体遗传特性分析

氟烷基因(RYR1基因)是使猪产生劣质肉及应激综合征的主要因素之一。本研究采用PCR-RFLP技术对45头可乐猪RYR1基因的多态性进行了检测,并通过直接测序对检测结果进行了验证。结果表明:试验猪群体中仅存在显性纯合(HalNN)和杂合(HalNn)两种基因型,不存在隐性纯合基因型(Halnn)。其中,HalNN为优势基因型,频率为0.9111;HalN为优势等位基因,频率为0.955 6。同时,在可乐猪群体中,RYR1基因的变异位点为低度多态(PIC<0.25),并偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。本研究结果为可乐猪的选育及开发利用提供了理论依据。

贵州省2个猪种APOA5基因比较分析

根据GenBank中报道的猪载脂蛋白A5(apoA5)基因序列设计3对引物,通过PCR方法分别对可乐猪和贵州白香猪的apoA5基因进行扩增、测序,将2个猪种apoA5基因序列进行比对,并找出基因变异位点。结果表明:可乐猪apoA5基因DNA长为2474bp,白香猪apoA5基因DNA长为2473bp,分别包含3个外显子,2个内含子。2个猪种apoA5基因编码区长皆为1092bp,编码363个氨基酸。白香猪apoA5基因序列与可乐猪相比,存在12个突变位点,其中6个位点为颠换,5个为转换,1个为缺失,两者核苷酸同源性为99.6%。这为进一步研究猪apoA5基因的多态性、生物学活性以及与猪生产性状相关性研究奠定了一定基础。

可乐×大约克生长肥育猪的能量代谢与沉积规律

为了制订《毕节高寒山区猪饲养标准》,丰富动物营养学内容,同时为高寒山区优质猪资源的开发利用和产业化发展提供科学依据,选择8周龄,体重（19.49±1.94）kg的毕节内二元（可乐×大约克）去势公猪19头,进行生长试验、消化试验和比较屠宰试验。结果表明,20~110kg体重段消化能（DE）转化为代谢能（ME）的效率为95.27%,维持的ME需要量为468kJ/W0.75,20~60kg、60~110kg体重段每增重1kg的ME需要分别为19.61MJ、30.69MJ,可乐×大约克生长肥育猪总能量需要模型：20~60kg体重段ME/（MJ/d）=0.468W0.75＋19.61ADG,60~110kg体重段ME/（MJ/d）=0.468W0.75＋30.69ADG。

可乐猪繁殖性能及影响因素研究

为促进可乐猪品种选育工作的研究,对可乐猪种质特性进行了鉴定,并研究胎次和季节对可乐母猪产仔性能的影响。结果表明,可乐猪性成熟早,公猪76日龄开始出现爬跨反应,母猪初情期出现在85日龄;可乐猪繁殖力较低,窝总产仔数为8.20~8.45、窝产活仔数为7.67~7.96、窝断奶仔数为6.98~7.33。胎次对可乐猪的产仔性能有明显影响,窝总产仔数、窝产活仔数和窝断奶仔数均以第3胎最多,第4胎次之,第1胎最少。第2、3、4胎窝总产仔数、窝产活仔数和窝断奶仔数极显著高于第1胎（P〈0.01）,保持合理的胎次分布有利于提高可乐猪群的产仔性能。季节对可乐猪产仔性能有一定影响,产仔窝数、窝总产仔数、窝产活仔数和窝断奶仔数以春秋季最多,冬季略低,夏季最少。

不同饲养方式对可乐猪生长及胴体品质的影响

选择60头可乐猪为试验对象,分成全舍饲组和半放牧半舍饲组进行育肥性能测定。体重达到100kg左右后,每组选择3头屠宰,进行胴体品质测定。结果表明,相对于全舍饲饲养,半舍饲半放牧的饲养方式下可乐猪的日增重少157.9 g,100 kg出栏日期延迟20 d,料肉比低12.24%;半舍饲半放牧模式对可乐猪胴体品质无明显影响,并且使可乐猪屠宰率、大理石纹评分、滴水损失和熟肉率等指标有所改善和提高。

柯乐猪血液基因组甲基化修饰与细胞因子水平的相关性

为探明柯乐猪血液免疫细胞的基因表达是否受甲基化调控,应用甲基化敏感扩增多态性技术(MSAP)和酶联免疫吸附测试技术(ELISA)对柯乐猪与大白猪血液基因组DNA的甲基化水平、血清中的细胞因子浓度进行检测,分析柯乐猪与大白猪在甲基化水平、细胞因子浓度方面的差异及其相关关系。结果表明:柯乐猪基因组总甲基化水平为32.38%,与大白猪接近(P>0.05);IL-2、IL-4、IL-6和IL-10浓度分别为(302.37±125.72)pg/mL、(88.71±32.05)pg/mL、(219.01±30.42)pg/mL和(116.95±30.24)pg/mL,其中IL-6和IL-10分别极显著、显著低于大白猪;IFN-α、IFN-γ分别为(211.09±76.08)pg/mL和(57.18±14.21)pg/mL,分别极显著、显著高于大白猪。柯乐猪基因组的全甲基化水平与IFN-γ浓度间呈弱负相关关系(ρ=-0.256)。说明,血液免疫细胞的基因表达可能受甲基化的调控,且与柯乐猪的抗病力强有关。

纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪肠道菌群结构的研究

本试验对纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪肠道菌群结构特性及差异性进行了研究,旨在从猪肠道微生物的角度揭示纯种柯乐猪耐粗饲特性及巴×柯杂交猪对青绿饲料的适应能力,为后期微生物添加剂的设计、柯乐猪杂交利用及标准化养殖提供依据。纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪在同等条件下养殖,达屠宰体重后(100 kg左右),随机各选3头屠宰,取十二指肠、空肠、回肠、结肠内容物,进行高通量测序和生物学信息分析。结果显示:纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪各肠段Alpha多样性指数差异不显著(P>0.05);Beta多样性分析显示,2个品种猪大部分样品交叉聚集到一起;肠道菌群结构分析显示,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪小肠阶段以厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)为优势菌门,到了结肠阶段则是以拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门为优势菌门;纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪结肠中有大量的纤维分解菌属,巴×柯杂交猪结肠中月形单胞菌属(Selenomonas)和脱硫弧菌属(Desulfovibrio)的相对丰度显著或极显著高于纯种柯乐猪(P<0.05或P<0.01),而消化球菌属(Peptococcus)、聚乙酸菌属(Acetitomaculum)、Leeia的相对丰度则显著低于纯种柯乐猪(P<0.05);LEfSe分析后发现纯种柯乐猪结肠中富集着大量的产短链脂肪酸菌,其中纤维降解菌有聚乙酸菌属、瘤胃球菌科的不可培养瘤胃细菌4C0d_17(uncultured_rumen_bacterium_4C0d_17)、Leeia、拟杆菌纲、拟杆菌目,与纤维降解菌起协同作用的菌群有考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、考拉杆菌属的uncultured_Veillonellaceae_bacterium;巴×柯杂交猪结肠中富集的纤维降解菌有月形单胞菌属、柔嫩梭菌(Clostridium leptum)。上述结果表明,在整个肠道菌群结构上,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪的优势菌在类别上非常接近,体现了环境相同效应,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪的肠道菌群结构相对稳定且相似度高;在属水平上,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪的结肠中纤维降解菌表现出差异,纯种柯乐猪结肠内纤维降解菌的比例较高,说明引入外源血对肠道菌群结构有一定的影响,巴×柯杂交猪对粗纤维的消化能力较弱于柯乐猪。

三个贵州地方猪品种SERPINA3基因拷贝数变异的多态性研究

为了研究地方猪品种SERPINA3基因拷贝数变异(Copy Number Variation,CNV)的多态性变化,采用实时荧光定量PCR方法,对香猪、糯谷猪和柯乐猪3个贵州地方猪品种的SERPINA3基因的拷贝数进行了分析,并与大白猪相比较。结果显示,在4个猪品种中,SERPINA3基因的拷贝数均以增加为主,香猪的SERPINA3基因的拷贝数最少,为10.45±0.37,大白猪的拷贝数最多,达18.02±0.92,糯谷猪与柯乐猪分别为14.40±0.94、14.05±0.91。其中香猪、糯谷猪和柯乐猪3个贵州地方猪品种的SERPINA3基因拷贝数与大白猪相比差异极显著(P<0.01),糯谷猪与柯乐猪之间的差异不显著(P>0.05),糯谷猪和柯乐猪与香猪相比差异极显著(P<0.01)。结果提示:SERPINA3基因的拷贝数在猪品种之间存在丰富的多态性变化。

苏×柯杂交猪肠道不同部位菌群结构的研究

[目的]为了研究苏×柯杂交猪肠道不同部位菌群结构。[方法]9头苏×柯杂交猪在同等条件下养殖,达屠宰体重后(100 kg左右),随机选3头屠宰,取十二指肠、空肠、回肠、结肠肠道内容物,进行高通量测序和生物信息学分析。[结果]结果表明,苏×柯杂交猪结肠和小肠段Alpha多样性指数差异显著(P<0.05);肠道菌群结构分析显示,厚壁菌门(>63.78%)和变形菌门(>3.02%)在苏×柯杂交猪小肠肠道菌群中占绝对优势,厚壁菌门(59.45%)和拟杆菌门(33.51%)构成苏×柯杂交猪结肠优势菌门;瘤胃球菌属、拟普雷沃菌属、密螺旋体属等纤维降解菌属在结肠的相对丰度显著高于小肠段(P<0.05),LEf Se分析,发现苏×柯杂交猪结肠肠道富集着大量的产短链脂肪酸菌群。[结论]随着肠道自上而下,苏×柯杂交猪肠道菌群丰富度和多样性逐渐增加;在属水平上,苏×柯杂交猪结肠和小肠段中纤维降解菌表现出差异,结肠内纤维降解菌的比例较高,说明小肠段对粗纤维的消化能力较弱于结肠。

可乐猪ApoA5基因多态性及其对肉质性状的遗传效应分析

根据GenBank中报道的猪apoA5基因序列设计2对引物,应用PCR技术从可乐猪肌肉组织基因组中扩增出了apoA5基因第三外显子的特异片段,采用直接测序法对apoA5基因进行单核甘酸多态性检测,并分析该基因与可乐猪12项肉质性状的关联性,结果表明：在可乐猪apoA5基因第三外显子上共检测到3个SNPs-突变位点：A^（226）G、G^（535）C、和C^（1514）T,其中A^（226）G和G^（535）C突变发生在编码区内,没有引起氨基酸的改变,为沉默突变。C^（1514）T突变发生在3＇-UTR,χ~2检验表明,发现的3个多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（p〉0.05）。A^（226）G位点为低度多态,其余两个突变位点均为中度多态。最小二乘分析显示,apoA5基因第三外显子226位点AA基因型个体的肌内脂肪显著高于AG基因型个体（p〈0.05）,535位点GG基因型个体的肉色显著高于CC和GC型个体（p〈0.05）,1514多态位点与可乐猪肉质性状没有显著关系（p〉0.05）。