凡纳滨对虾白斑综合征病毒广西株变异区基因的比较分析

对凡纳滨对虾白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)广西株变异区ORF14/15基因序列进行比较分析,了解WSSV广西株遗传进化差异及其与各地WSSV毒株间的遗传进化关系。考虑地理和时间因素选取2010年5月至2013年7月采自广西凡纳滨对虾主要养殖地区北海、钦州和防城港的40份WSSV阳性的凡纳滨对虾样品,PCR扩增、克隆样品中WSSV的ORF14/15基因并对其进行序列测定与比较分析。40份样品中有25份的ORF14/15基因被成功克隆和测序,其中22株为619bp,3株为620bp;相对于此区域最为完整的TH-96-Ⅱ株,25株WSSV广西株的ORF14/15基因均在中间缺失了5 949bp,仅剩5′端的190bp和3′端的429bp(430bp),与印度株IN-05-Ⅰ缺失大小和位置相同;在变异区25株WSSV广西株中有16株核苷酸序列同源性为100%,其余毒株间的同源性也在97.9%以上,仅存在单个碱基的变异;基于变异区构建的系统进化树显示,WSSV广西地方株在遗传上相距较近,全部与印度株IN-05-Ⅰ聚在一个大的分支,而与目前发表的其他毒株均相距较远。广西养殖凡纳滨对虾中流行的WSSV毒株变异区ORF14/15基因的变异类型为中间大片段缺失,广西各地流行的WSSV毒株间无明显的地域和时间差异;WSSV广西株与印度株IN-05-Ⅰ的遗传进化关系最近。