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肝癌相关抗原kinectin基因重组蛋白致敏的树突状细胞对T细胞增殖活化的影响 被引量:2
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作者 赵飞兰 晁耐霞 +6 位作者 薛慧琴 吴春林 林永达 罗彬 陈芳 谢小薰 罗国容 《山东医药》 CAS 北大核心 2010年第2期21-23,共3页
目的观察肝癌相关抗原kinectin基因重组蛋白(kinectin-MBP)致敏的树突状细胞(DC)对T细胞增殖活化能力的影响。方法从正常人外周血中分离单个核细胞,用rhGM-CSF、rhIL-4联合诱导扩增DC;用kinectin-MBP(kinectin-MBP组)、麦芽糖结合蛋白(... 目的观察肝癌相关抗原kinectin基因重组蛋白(kinectin-MBP)致敏的树突状细胞(DC)对T细胞增殖活化能力的影响。方法从正常人外周血中分离单个核细胞,用rhGM-CSF、rhIL-4联合诱导扩增DC;用kinectin-MBP(kinectin-MBP组)、麦芽糖结合蛋白(MBP组)分别致敏DC,对照组不处理。采用ELISA法检测细胞上清液中的IL-12、IFN-γ,MTT法检测各组DC刺激自体T淋巴细胞增殖的能力。结果kinectin-MBP组上清液中IL-12、IFN-γ含量分别为(615.32±7.93)、(544.28±7.17)pg/ml,MBP组分别为(382.13±5.21)、(308.46±6.44)pg/ml对照组组分别为(299.40±10.22)、(228.03±6.70)pg/ml,三组相比,P均<0.05。kinectin-MBP组T淋巴细胞增殖指数为53.14±0.62,MBP组为22.14±0.31,对照组为10.86±0.65,三组相比,P均<0.001。结论体外诱导扩增的DC经kinectin-MBP致敏后具有很强的刺激自体T细胞增殖的能力。 展开更多
关键词 树突状细胞 kinectin基因 重组蛋白 T细胞 麦芽糖结合蛋白
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动力素kinectin基因mRNA在7404肝癌细胞株的表达及意义
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作者 赵飞兰 晁耐霞 +2 位作者 李日伦 黄天明 罗国容 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期523-524,共2页
目的研究动力素作为肝癌相关抗原其在肝癌细胞株中的表达情况,评价其作为分子肿瘤标记以及肿瘤免疫治疗特异性靶位的可能性。方法运用RT-PCR技术检测国内建株的肝癌细胞株BEL-7404 kinectin基因(D2剪接区)mR-NA的表达,并与肝癌组织、相... 目的研究动力素作为肝癌相关抗原其在肝癌细胞株中的表达情况,评价其作为分子肿瘤标记以及肿瘤免疫治疗特异性靶位的可能性。方法运用RT-PCR技术检测国内建株的肝癌细胞株BEL-7404 kinectin基因(D2剪接区)mR-NA的表达,并与肝癌组织、相应癌旁肝组织、正常肝组织比较。结果肝癌细胞株BEL-7404中kinectin基因(D2选择剪接区)呈强阳性表达,肝癌组织中也呈较强的阳性表达,癌旁肝组织则表达呈弱阳性。结论 kinectin基因可作为肝癌诊断的辅助分子标记,并具有作为肝癌免疫治疗特异性靶位的潜在价值。 展开更多
关键词 BEL-7404肝癌细胞株 RT-PCR技术 kinectin基因
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肝癌相关抗原kinectin基因片断的重组表达 被引量:14
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作者 黄天明 黄绍明 +12 位作者 莫发荣 何少健 周素芳 邓琼英 李松峰 黄敏丽 李山 薛慧琴 梁皓 范容 闫磊 谢小薰 罗国容 《广西医科大学学报》 CAS 北大核心 2006年第3期345-348,共4页
目的:研究肝癌相关抗原kinectin基因片断的体外重组表达方法,为该抗原的生产奠定基础。方法:用PCR法扩增肝癌相关抗原kinectin的基因片断,将目的基因插入表达载体pMAL-C2上麦芽糖结合蛋白(MBP)基因下游的多克隆位点,转化DH5α菌。通过... 目的:研究肝癌相关抗原kinectin基因片断的体外重组表达方法,为该抗原的生产奠定基础。方法:用PCR法扩增肝癌相关抗原kinectin的基因片断,将目的基因插入表达载体pMAL-C2上麦芽糖结合蛋白(MBP)基因下游的多克隆位点,转化DH5α菌。通过蓝白斑筛选、PCR鉴定、内切酶鉴定及DNA测序筛出正确的重组子,并用其转化TB1菌。用IPTG对重组的TB1工程菌进行诱导表达,SDS-PAGE电泳鉴定。结果:kinectin基因片断正确插入pMAL-C2载体的多克隆位点,用IPTG对工程菌进行诱导,可见目的蛋白条带出现。结论:pMAL-C2载体可用于对肝癌相关抗原kinectin的体外基因重组表达。 展开更多
关键词 肿瘤抗原 kinectin 基因重组 蛋白表达
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肝癌细胞株中动力素kinectin基因mRNA的表达及临床意义探讨 被引量:1
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作者 赵飞兰 晁耐霞 +4 位作者 李日伦 罗彬 陈芳 谢小薰 罗国容 《中国组织化学与细胞化学杂志》 CAS CSCD 2009年第4期476-476,共1页
关键词 临床意义 mRNA expression N基因 细胞株 血清学鉴定 肝癌 重组克隆
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ASIP基因及其重组蛋白对山羊脂肪细胞脂肪沉积的效应
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作者 孙晓燕 宋昱龙 +5 位作者 蒋婧 李杰 陈灿灿 王高富 王林杰 任航行 《核农学报》 CAS 北大核心 2025年第1期38-46,I0001,共10页
为探索ASIP基因对山羊脂肪沉积的效应,本研究采集波杂山羊(BZ)和酉州乌羊(YZ)组织,并使用体外培养的山羊前脂肪细胞,采用基因克隆、实时荧光定量(qRT-PCR)、油红O染色等方法,检测ASIP基因在山羊组织和体外培养分化脂肪细胞中的表达规律... 为探索ASIP基因对山羊脂肪沉积的效应,本研究采集波杂山羊(BZ)和酉州乌羊(YZ)组织,并使用体外培养的山羊前脂肪细胞,采用基因克隆、实时荧光定量(qRT-PCR)、油红O染色等方法,检测ASIP基因在山羊组织和体外培养分化脂肪细胞中的表达规律,以及脂质生成关键基因在山羊脂肪和肌肉组织中的表达情况,分析重组ASIP蛋白对山羊脂肪细胞分化过程中脂滴形成及脂质生成关键基因表达的影响。结果表明,ASIP基因在山羊体组织中广泛表达,在肾脏和白色脂肪中的表达量最高;ASIP基因在山羊脂肪细胞分化6 d时显著升高(P<0.05),8 d时达到最高值。PPARG、LEPTIN和ATRN基因在YZ肾脂中的表达量显著高于BZ(P<0.05);PPARG、FASN和ATRN基因在BZ骨骼肌中的表达量显著高于YZ(P<0.05),FABP4和SREBP1基因的表达在两品种羊之间无显著差异。重组ASIP蛋白处理诱导山羊脂肪细胞在8 d出现明显脂肪滴,显著提高了细胞内甘油三酯含量(TG)(P<0.05),并显著或极显著上调脂肪细胞中脂质合成关键基因(PPARG、LEPTIN、FASN、FABP4、SREBP1和ATRN)的表达量。综上,ASIP基因及重组ASIP蛋白对山羊脂肪细胞的脂肪沉积可能具有正向调控作用。本研究结果为进一步解析ASIP基因调控山羊脂肪沉积机制提供了重要理论基础。 展开更多
关键词 山羊 ASIP基因 重组ASIP蛋白 脂肪细胞 脂肪沉积
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NF1基因突变致儿童头颈部丛状神经纤维瘤及尼罗替尼治疗的研究进展
6
作者 沈晨凌 陈佳瑞 +3 位作者 王颖 叶斌 向明亮 李晓艳 《中国实用神经疾病杂志》 2025年第1期99-103,共5页
神经纤维瘤病(NF)是一类罕见的常染色体显性遗传性疾病,主要分为1型神经纤维瘤病(NF1)、2型神经纤维瘤病(NF2)和施万细胞瘤病3种类型,其中NF1是由位于17号染色体上的NF1基因突变所致,占所有神经纤维瘤病的96%,发病率为1/3000~1/2600,多... 神经纤维瘤病(NF)是一类罕见的常染色体显性遗传性疾病,主要分为1型神经纤维瘤病(NF1)、2型神经纤维瘤病(NF2)和施万细胞瘤病3种类型,其中NF1是由位于17号染色体上的NF1基因突变所致,占所有神经纤维瘤病的96%,发病率为1/3000~1/2600,多在儿童期发病,出现逐渐加重的疼痛、畸形,甚至毁容和运动障碍,可能造成终身认知障碍、学习障碍和社交功能受损,有些瘤灶还可出现恶变,有并发其他多种肿瘤的风险。尼罗替尼作为一种二代靶向药,也被称为第二代BCR-ABL酪氨酸激酶抑制剂。靶向药物是目前新兴的抗肿瘤治疗手段,作用原理主要是针对肿瘤细胞上的特异性靶点,杀死肿瘤细胞,对正常细胞影响较小。由于儿童丛状神经纤维瘤患者处于生长发育阶段,所以其诊断、治疗、随访较成人更为复杂,因此,研究者通过以上治疗经验及国内外相关文献的回顾有助于提高临床对该病的进一步认识。同时,对NF1基因突变致儿童头颈部丛状神经纤维瘤患者的治疗和管理需要团队的努力,包括医学专家和患儿,鉴于这种疾病的复杂性,开发有效的治疗方法同样需要跨学科的团队合作。在过去的数十年里,虽然在研究NF1方面取得进展,但这种疾病在未来一段时间内仍将是临床一大挑战。本研究在了解NF1的诊断、治疗及随访等基础上,针对NF1基因突变致儿童头颈部丛状神经纤维瘤及尼罗替尼治疗的研究进展作一综述。 展开更多
关键词 1型神经纤维瘤病 NF1基因 基因突变 儿童 头颈部 丛状神经纤维瘤 尼罗替尼
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高家庄子村传统民居建筑基因识别与图谱研究
7
作者 李世芬 周羿成 李竞秋 《室内设计与装修》 2025年第1期127-129,共3页
高家庄子村属于滨海城池形村落,作为山东省第二批列入中国传统村落名录的村落,至今保留着较为完好的清朝传统民居。本文依据对高家庄子村传统民居的实地考察,运用现场勘查、文献资料分析以及跨领域研究手段,从传统民居的建筑平面、建筑... 高家庄子村属于滨海城池形村落,作为山东省第二批列入中国传统村落名录的村落,至今保留着较为完好的清朝传统民居。本文依据对高家庄子村传统民居的实地考察,运用现场勘查、文献资料分析以及跨领域研究手段,从传统民居的建筑平面、建筑结构、建筑立面和建筑装饰4个维度,系统地识别并提炼出高家庄子村传统民居的建筑基因,尝试建构高家庄子村传统民居建筑类型图谱。希望这一研究能为传统民居的传承提供类型积累和方法参考,为相关研究与实践提供类型积淀和模式依据。 展开更多
关键词 传统民居 基因识别 基因图谱 形态类型
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藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关基因和可变剪接事件的综合分析
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作者 德吉 索朗达 +6 位作者 魏宇辰 王斌 阿旺措吉 仁青措姆 崔久增 张磊 巴贵 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第7期1429-1436,共8页
背景:藏西北绒山羊子宫内膜容受性是胚胎植入的关键因素,目前对于藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关基因表达及可变剪接的认识还未明确。目的:分析并挖掘藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关的基因和可变剪接事件。方法:在妊娠第5天和第15天(... 背景:藏西北绒山羊子宫内膜容受性是胚胎植入的关键因素,目前对于藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关基因表达及可变剪接的认识还未明确。目的:分析并挖掘藏西北绒山羊子宫内膜容受性相关的基因和可变剪接事件。方法:在妊娠第5天和第15天(分别代表容受前子宫内膜组和容受性子宫内膜组),分别随机选取3只藏西北绒山羊,采集子宫内膜组织,苏木精-伊红染色观察组织形态,免疫组织化学检测子宫内膜容受性标志蛋白白血病抑制因子、血管内皮生长因子的表达水平;提取子宫内膜组织总RNA,质量检测合格后进行转录组测序,寻找差异表达的mRNA、长链非编码RNA、环状RNA和miRNA,进行功能预测,并分析与子宫内膜容受性相关的可变剪接mRNA和长链非编码RNA。结果与结论:(1)与容受前子宫内膜组比较,容受性子宫内膜组子宫内膜组织中白血病抑制因子和血管内皮生长因子蛋白的表达水平明显升高;(2)测序结果显示,差异表达基因多为mRNA和长链非编码RNA,包括250个上调的mRNA、193个上调的长链非编码RNA、135个下调的mRNA和123个下调的长链非编码RNA,显著富集于Wnt、Hedgehog和Hippo信号通路;(3)可变剪接事件分析显示有8个差异表达的可变剪接转录本,均为mRNA分子,其中2个下调、6个上调,与血管内皮生长因子受体信号、细胞运动和胚胎发育有关。 展开更多
关键词 藏西北绒山羊 子宫内膜容受性 转录组测序 差异表达基因 可变剪接 白血病抑制因子 血管内皮生长因子
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西安市三学街历史文化街区改造的文化基因识别与功能转型路径
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作者 贾新新 邓鑫堉 +1 位作者 何兴双 贾欣跃 《现代园艺》 2025年第3期129-132,共4页
在保护历史文化遗产的同时,实现其历史文化街区的转型和活力提升,并在此基础上提出适应性保护改造和功能转型的路径和策略,可为实现历史文化街区的活态保护和可持续发展提供理论指导和实践参考。基于文化基因视角,分析西安市三学街历史... 在保护历史文化遗产的同时,实现其历史文化街区的转型和活力提升,并在此基础上提出适应性保护改造和功能转型的路径和策略,可为实现历史文化街区的活态保护和可持续发展提供理论指导和实践参考。基于文化基因视角,分析西安市三学街历史文化街区的历史沿革、现状和问题诊断,识别其核心文化基因要素,提出适应性保护改造和功能转型的路径和策略,以期为西安市三学街历史文化街区的保护与更新提供了一定参考和借鉴。 展开更多
关键词 文化基因 城市更新 功能转型
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杉木ClOFP1基因的克隆、表达及单核苷酸多态性分析
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作者 王紫彤 应威洋 +4 位作者 刘明彤 刘晓娟 林二培 胡现铬 黄华宏 《核农学报》 CAS 北大核心 2025年第1期19-28,共10页
OFP基因家族在植物的生长发育中发挥重要调控作用。为探究ClOFP1在木质部形成过程中的作用,本研究通过克隆杉木ClOFP1基因,分析其表达模式,并开展该基因在杉木群体的单核苷酸多态性(SNP)及连锁不平衡(LD)分析。结果表明,ClOFP1基因的cDN... OFP基因家族在植物的生长发育中发挥重要调控作用。为探究ClOFP1在木质部形成过程中的作用,本研究通过克隆杉木ClOFP1基因,分析其表达模式,并开展该基因在杉木群体的单核苷酸多态性(SNP)及连锁不平衡(LD)分析。结果表明,ClOFP1基因的cDNA序列长1 648 bp,开放阅读框(ORF)长1 320 bp,在氨基酸序列的376~428位有卵形蛋白家族特有的OVATE结构域。系统进化树分析结果显示,ClOFP1蛋白与水稻、拟南芥中调控细胞伸长和次生壁形成的OsOFP19、AtOFP1、AtOFP4聚为一类。ClOFP1在幼嫩叶片和茎段中优势表达,随着叶片成熟和茎段木质化程度加深其表达量递减,幼叶中的表达量是老叶中的14倍。同时,在杉木木材中,ClOFP1主要在靠近树皮的边材区域表达,而在心边过渡区表达较弱。推测ClOFP1基因作为负调控因子,参与次生木质部的形成。共检测到ClOFP1基因内存在16个常见SNP位点,平均发生频率为1/103 bp。其中编码区域有11个SNP位点,分为7个同义突变和4个错义突变。7个地理种源的SNP多样性指数差异不显著,非同义突变多样性π_(ns)小于同义突变π_(s)。连锁不平衡分析结果发现,ClOFP1基因间的LD在875 bp左右长度内迅速消失,且SNPs具有3个较强的连锁不平衡区块。综上,ClOFP1的表达与杉木茎段木质化程度负相关,ClOFP1在不同无性系中SNP变异较为丰富,位点间的LD在较短序列长度内迅速消失,表明基于该基因的LD作图是可行的。本研究结果为深入解析ClOFP1功能和开展LD作图提供了重要依据。 展开更多
关键词 杉木 OFP基因 基因表达 SNP 连锁不平衡
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葡萄牙栖盐田菌LLJ914的全基因组测序和比较基因组分析
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作者 李娟娟 刘子涵 +3 位作者 王雅楠 刘莉君 张晓华 于敏 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2025年第1期51-65,共15页
栖盐田菌属细菌因具有较强渗透压耐受能力而备受关注。然而,目前对其适应高盐或其他海洋极端环境的机制尚未探明。为揭示分离自冲绳海槽热液区的葡萄牙栖盐田菌(Salinicola lusitanus)LLJ914与其同属菌株之间的遗传特征及代谢潜力的差异... 栖盐田菌属细菌因具有较强渗透压耐受能力而备受关注。然而,目前对其适应高盐或其他海洋极端环境的机制尚未探明。为揭示分离自冲绳海槽热液区的葡萄牙栖盐田菌(Salinicola lusitanus)LLJ914与其同属菌株之间的遗传特征及代谢潜力的差异,探究其在极端海洋生境下的适应机制。通过全基因组测序获得葡萄牙栖盐田菌LLJ914全基因组序列,选取同属其他菌株的基因组进行比较基因组学分析,探究栖盐田菌属各菌株及不同环境来源的葡萄牙栖盐田菌代谢潜力的差异。菌株LLJ914基因组大小为4781556 bp,GC含量为64.0%,共编码4229个蛋白,69个tRNA,12个rRNA。通过构建系统发育树,并进行平均核苷酸和平均氨基酸一致性分析,发现该菌株与马齿苋(Halimione portulacoides)内共生的葡萄牙栖盐田菌CR50^(T)亲缘关系最近。通过功能基因注释分析,发现葡萄牙栖盐田菌具有抵抗各种重金属的相关基因和利用甲基膦酸产生甲烷的phn基因簇;相比于植物内共生菌CR50^(T),菌株LLJ914基因组中包含更多与氨基酸和碳水化合物的运输代谢、能量生产和转换以及转录相关的功能基因。此外,菌株LLJ914基因组中还包含特有的与重金属抵抗、免疫防御及有氧呼吸相关的基因,这可能与其适应复杂极端的深海热液环境有关。本研究揭示了葡萄牙栖盐田菌LLJ914适应深海热液环境的遗传特征及代谢潜力,为更好地认识热液微生物的生态功能提供了参考。 展开更多
关键词 葡萄牙栖盐田菌 极端环境 热液区 冲绳海槽 基因组测序 比较基因组分析
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CYP17A1基因突变致先天性肾上腺皮质增生症一例报道并文献复习
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作者 戴遥 薛丽萍 +3 位作者 章诗琪 许敏 章秋 胡红琳 《中国全科医学》 CAS 北大核心 2025年第6期771-776,共6页
17α-羟化酶缺乏症(17-OHD)是先天性肾上腺皮质增生症(CAH)中的一种罕见类型,约占CAH的1%,其患病率为1∶50000。本文报道了1例疑似17-OHD患者,通过外显子测序鉴定了1个类固醇生成酶基因CYP17A1的基因突变,结合临床表现、体格检查、肾上... 17α-羟化酶缺乏症(17-OHD)是先天性肾上腺皮质增生症(CAH)中的一种罕见类型,约占CAH的1%,其患病率为1∶50000。本文报道了1例疑似17-OHD患者,通过外显子测序鉴定了1个类固醇生成酶基因CYP17A1的基因突变,结合临床表现、体格检查、肾上腺和性腺功能检查等,最终将其明确诊断为CAH并给予规范治疗。故结合该病例,本文回顾总结了17-OHD的鉴别和诊断,以期提高临床对该病的认识,促进临床对17-OHD的规范诊治,为17-OHD的诊断和治疗提供更多的参考资料。 展开更多
关键词 肾上腺皮质疾病 先天性肾上腺皮质增生症 17Α-羟化酶缺陷症 基因诊断 CYP17A1基因
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电针对运动大鼠腓肠肌组织代谢酶及自噬基因表达的影响
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作者 郑荣发 莫伟彬 +4 位作者 黄鹏 陈俊吉 梁婷 资方宇 李国峰 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第6期1127-1136,共10页
背景:急性运动易引起机体内骨骼肌组织损伤和体内脂代谢紊乱,但急性运动联合电针调控机体内代谢和自噬通路的机制尚不明确。目的:观察电针“足三里”和“环跳”穴对急性运动大鼠骨骼肌代谢酶及自噬水平的变化。方法:将50只雄性SD大鼠随... 背景:急性运动易引起机体内骨骼肌组织损伤和体内脂代谢紊乱,但急性运动联合电针调控机体内代谢和自噬通路的机制尚不明确。目的:观察电针“足三里”和“环跳”穴对急性运动大鼠骨骼肌代谢酶及自噬水平的变化。方法:将50只雄性SD大鼠随机分为安静对照组(10只)、模型组(20只)、逆电针组(20只),后两组设2个时相点,即运动后即刻和运动后3 h组,每个时相点10只大鼠。后两组进行适应性跑台运动训练后,进行急性运动训练,逆电针组大鼠于每天跑台训练前先介入电针治疗(参数为电针大鼠两侧“足三里”和“环跳”穴,连续波、频率2 Hz、强度2 mA、留针30 min、1次/d、连续7 d),电针后休息10 min再进行急性运动。分别于运动后即刻和运动后3 h麻醉取大鼠双侧腓肠肌组织,苏木精-伊红染色观察大鼠骨骼肌组织病理学变化;ELISA法检测大鼠骨骼肌组织肝脂酶、脂肪酸合成酶、激素敏感脂肪酶、肉碱棕榈酰转移酶1活性;免疫组织化学和Western Blot法检测自噬基因表达变化。结果与结论:①苏木精-伊红染色后模型组大鼠运动后即刻和运动后3 h腓肠肌纤维排列出现紊乱、肿胀、破裂;逆电针组大鼠运动后即刻和运动后3 h腓肠肌纤维排列紧密,肿胀和破裂的细胞大为减少,与安静对照组比较无明显性差异;②模型组和逆电针组运动后3 h的肝脂酶和脂肪酸合成酶活性均低于安静对照组(P<0.05或P<0.01);模型组和逆电针组大鼠运动后3 h的脂蛋白酯酶、激素敏感脂肪酶和肉碱棕榈酰转移酶1活性高于安静对照组(P<0.05或P<0.01),激素敏感脂肪酶和肉碱棕榈酰转移酶1活性在逆电针组运动后即刻高于模型组同期(P<0.05);与模型组运动后3 h相比,逆电针组运动后3 h脂蛋白酯酶活性升高(P<0.05),激素敏感脂肪酶活性降低(P<0.01);③免疫组织化学结果显示,P62、自噬相关基因5和自噬相关基因7表达在模型组大鼠运动后即刻和运动后3 h及逆电针组运动后即刻均高于安静对照组(P<0.05或P<0.01),其中运动后即刻和运动后3 h逆电针组大鼠P62及自噬相关基因7表达均低于模型组(P<0.05);④Western Blot结果显示,运动后即刻逆电针组大鼠P62和自噬相关基因7蛋白表达均低于模型组(P<0.05);Parkin蛋白表达在模型组大鼠运动后即刻和运动后3 h均高于安静对照组(P<0.05),逆电针组大鼠运动后即刻和运动后3 h均低于模型组(P<0.05);⑤提示急性运动引起大鼠腓肠肌纤维排列出现紊乱、肿胀、破裂,电针两侧“足三里”和“环跳”穴可改善大鼠骨骼肌脂代谢水平及调控自噬细胞,防止急性运动引起大鼠机体内脂代谢紊乱和腓肠肌组织的损伤,其机制可能与调控自噬相关因子P62、自噬相关基因5、自噬相关基因7、Parkin蛋白表达来促进大鼠骨骼肌细胞自噬的发生或调节细胞自噬通路密切相关。 展开更多
关键词 电针 急性运动 腓肠肌 组织代谢酶 自噬基因
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加权共表达网络分析与机器学习识别类风湿关节炎滑膜中的关键基因
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作者 武英楷 史高龙 谢宗刚 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第2期294-301,共8页
背景:类风湿关节炎是一种全身的免疫相关性疾病,主要病理特点是关节滑膜炎性增生及关节软骨的破坏,其发病机制目前尚不明确,迫切需要发现新的具有高度敏感性和特异性的诊断标志物。目的:联合使用生物信息学技术及计算机学习算法,识别并... 背景:类风湿关节炎是一种全身的免疫相关性疾病,主要病理特点是关节滑膜炎性增生及关节软骨的破坏,其发病机制目前尚不明确,迫切需要发现新的具有高度敏感性和特异性的诊断标志物。目的:联合使用生物信息学技术及计算机学习算法,识别并筛选类风湿关节炎患者滑膜中的关键基因,构建类风湿关节炎预测模型并进行验证。方法:从基因表达综合数据库中下载3个包含类风湿关节炎患者滑膜的数据集(GSE77298、GSE55235、GSE55457),GSE77298和GSE55235作为训练集,GSE55457作为测试集,共纳入66个样本,其中类风湿关节炎患者滑膜样本39个,正常滑膜样本27个。应用R语言筛选训练集中的差异基因,然后使用加权共表达网络将训练集中的基因模块化,选出关键模块中的特征基因,将差异表达基因和特征基因取交集,交集基因进入下一步机器学习。采用3种机器学习方法:最小绝对值收敛和选择算子算法、支持向量机-递归特征消除和随机森林算法对交集基因进一步分析获得枢纽基因,将枢纽基因再次相交即得到类风湿关节炎滑膜中的关键基因。以关键基因为变量构建预测类风湿关节炎的列线图模型,推测患者发生类风湿关节炎的危险程度,使用受试者工作特征曲线确定类风湿关节炎预测模型及其关键基因的诊断价值。结果与结论:①通过差异分析,训练集中共筛选出差异基因730个,加权共表达网络分析得到特征基因185个,两者交集基因159个;②最小绝对值收敛和选择算子发现枢纽基因4个,支持向量机-递归特征消除发现枢纽基因11个,随机森林发现枢纽基因5个,取交集后获得关键基因2个(TNS3、SDC1);③基于2个关键基因,在训练集及测试集种构建列线图,其校准预测曲线与标准曲线贴合较好,且预测类风湿关节炎发生的临床效能良好;④上述结果证实,基于生物信息及机器学习算法获得的TNS3和SDC1有可能成为类风湿关节炎诊断和治疗的关键靶点。 展开更多
关键词 加权基因共表达网络 机器学习算法 类风湿关节炎 关键基因 预测模型
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基于生物信息学对骨关节炎铁超载关键基因的筛选与验证
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作者 邓柯淇 李光第 +2 位作者 GOSWAMI ASHUTOSH 刘星余 何孝勇 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第9期1972-1980,共9页
背景:铁超载是指体内铁积累过多的情况,可引起各种组织的病理改变。目前,对于骨关节炎中铁超载相关的分子机制和潜在基因靶点,仍有待进一步的研究和探索。目的:通过生物信息学手段分析骨关节炎铁超载关键基因,并利用动物实验加以验证,... 背景:铁超载是指体内铁积累过多的情况,可引起各种组织的病理改变。目前,对于骨关节炎中铁超载相关的分子机制和潜在基因靶点,仍有待进一步的研究和探索。目的:通过生物信息学手段分析骨关节炎铁超载关键基因,并利用动物实验加以验证,以期为铁超载角度防治骨关节炎提供新的思路。方法:使用GEO数据库和GeneCards数据库筛选出与骨关节炎相关的基因和铁超载相关的基因。然后,取两者的交集,得到骨关节炎和铁超载共同相关的基因集合。采用GO和KEGG富集分析筛选这些基因的功能和通路。为了进一步研究这些基因之间的相互作用,构建PPI网络,并利用Cytoscape软件的5种计算方法来识别骨关节炎铁超载的关键基因(Hub基因)。将12只雄性SD大鼠分为骨关节炎组与对照组(正常大鼠),每组6只,骨关节炎组大鼠采用改良Hulth方法建立膝骨关节炎模型,并使用PCR检测Hub基因在两组大鼠膝关节组织中的表达情况。结果与结论:①共获得51个骨关节炎铁超载基因,GO富集分析表明其主要参与细胞因子受体结合、趋化因子受体结合、细胞因子活性、生长因子受体结合及寡糖结合等过程;②KEGG富集分析表明骨关节炎铁超载基因主要参与肿瘤坏死因子信号通路、脂质和动脉粥样硬化等信号通路;③构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,进一步分析获得细胞间黏附分子1(intercellular cell adhesion molecule-1,ICAM-1)、肿瘤坏死因子配体超家族成员11(tumor necrosis factor superfamily member 11,TNFSF11)、骨髓瘤细胞癌基因(myelocytomatosis oncogene,MYC)、Janus激酶2(janus kinase 2,JAK2)及白细胞介素6,5个骨关节炎铁超载Hub基因,动物实验证实其在对照组与骨关节炎组大鼠膝关节组织中的表达有显著差异(P<0.05);④结果显示,ICAM-1,TNFSF11,MYC,JAK2及白细胞介素6可作为骨关节炎铁超载的关键基因,有望成为防治骨关节炎的新靶点。 展开更多
关键词 骨关节炎 铁超载 关键基因 差异基因 生物信息学 动物实验 实验验证 生物标志物
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骨关节炎中枢纽基因及在免疫浸润中作用的生物信息学分析与鉴定
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作者 蔡溦 朱御坤 许建中 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第18期3747-3757,共11页
背景:低度慢性炎症被认为在骨关节炎的发病机制中起着核心作用,但是具体的分子机制目前仍不清楚。目的:筛选和探讨骨关节炎中的潜在枢纽基因及免疫细胞的浸润情况。方法:将来自GPL570平台的GSE206848数据集与来自GPL96平台的GSE55235和G... 背景:低度慢性炎症被认为在骨关节炎的发病机制中起着核心作用,但是具体的分子机制目前仍不清楚。目的:筛选和探讨骨关节炎中的潜在枢纽基因及免疫细胞的浸润情况。方法:将来自GPL570平台的GSE206848数据集与来自GPL96平台的GSE55235和GSE55457数据集合形成原始数据集。使用加权基因共表达网络分析去除离群样本,随后鉴定差异表达基因,并对差异表达基因进行功能富集分析。此外,构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络,并使用Cytoscape软件中的两种不同算法筛选枢纽基因。利用CIBERSORT算法评估骨关节炎样本与正常对照之间免疫细胞浸润比例的差异。通过对收集到的骨关节炎患者滑膜组织样本进行定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)实验,并结合来自GPL96测序平台的GSE12021数据集作为独立数据集,验证枢纽基因对骨关节炎的诊断能效。结果与结论:①在去除5个离群样本后,共鉴定出340个差异表达基因,其中包括159个上调基因和181个下调基因。通过加权基因共表达网络分析和Cytoscape共获得了6个枢纽基因。②CIBERSORT分析显示,骨关节炎组织中多种类型免疫细胞浸润比例与正常组织相比存在差异,6个枢纽基因的表达水平与骨关节炎中多种免疫细胞的相对比例密切相关。③RT-qPCR结果表明,6个基因的相对表达水平相对于正常组织呈下调趋势,但是NFKBIA和PTGS2的表达差异不显著(P>0.05);原始和外部数据集中的ROC曲线表明,6个枢纽基因对骨关节炎具有较强的诊断能力(AUC>0.8)。④结论:最终确定了4个枢纽基因,分别为CDKN1A、MYC、CXC趋化因子配体2和血管内皮生长因子A,可能通过介导免疫应答和炎症反应成为未来治疗骨关节炎的分子靶点。 展开更多
关键词 骨关节炎 滑膜组织 枢纽基因 免疫浸润 生物信息学 加权基因共表达网络分析
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苗草专用型大麦品种鉴定及全基因组关联分析
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作者 马敏虎 常华瑜 +4 位作者 陈朝燕 仁增 刘廷辉 邢国芳 郭刚刚 《作物学报》 CAS 北大核心 2025年第1期91-102,共12页
苗草工厂为实现草食动物的饲草周年供应提供了新的解决方案。针对苗草生产的品种需求,本研究对124份中国大麦育成品种(系)与种质开展了苗草转化率鉴定和生物量调控位点发掘。结果显示,大麦种子萌动后,水培条件下苗草生物量呈指数增长趋... 苗草工厂为实现草食动物的饲草周年供应提供了新的解决方案。针对苗草生产的品种需求,本研究对124份中国大麦育成品种(系)与种质开展了苗草转化率鉴定和生物量调控位点发掘。结果显示,大麦种子萌动后,水培条件下苗草生物量呈指数增长趋势并在7 d后进入平台期。在植物工厂条件下,鉴定出冬青16、扎青6号等10个高苗草转化率品种且分析发现苗草生物量与籽粒千粒重呈一定的负相关。进一步通过全基因组关联分析,共鉴定到12个苗草生物量相关QTL位点,从中预测出8个调控苗草生物量的候选基因。本研究不仅为大麦苗草工厂化生产筛选出高转化率品种,同时也为苗草专用型大麦品种的遗传改良奠定了基础。 展开更多
关键词 大麦苗草 生物量调控位点 基因组关联分析
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纳米粒子在骨组织工程化基因修饰治疗中的应用
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作者 李光照 裴锡波 王剑 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第22期4771-4783,共13页
背景:传统的骨组织工程技术治疗临界骨缺损存在成骨效率低、安全性差等问题。而以非病毒纳米粒子为基因载体构建的基因强化型骨组织工程移植物,具有更高的成骨效率和安全性,引起了国内外学者的广泛关注和研究。目的:对当前国内外有关纳... 背景:传统的骨组织工程技术治疗临界骨缺损存在成骨效率低、安全性差等问题。而以非病毒纳米粒子为基因载体构建的基因强化型骨组织工程移植物,具有更高的成骨效率和安全性,引起了国内外学者的广泛关注和研究。目的:对当前国内外有关纳米粒子在组织工程成骨基因治疗研究中取得的新技术、新方法以及面临的挑战等进行综述,旨在为纳米粒子介导的骨组织工程基因治疗研究提供参考。方法:第一作者在Pub Med、Web of Science和中国知网数据库上进行文献检索,并以“Bone defect repair,Bone tissue engineering,Gene delivery,Nanoparticles,Non-viral gene vector,Sustained release technology,Sequential release,Targeted delivery”作为英文检索词,以“骨缺损修复,骨组织工程,基因递送,纳米粒子,非病毒基因载体,缓释技术,序贯释放,靶向递送”作为中文检索词,最终纳入84篇文献进行总结。结果与结论:(1)在骨缺损愈合的各个生理阶段进行针对性的基因递送可以显著增强骨修复效果。在早期炎症阶段,通过纳米粒子递送抗炎基因来调节炎症反应,可以为后续骨愈合奠定基础;在血管新生期,向局部递送促血管化基因有助于形成高度组织化、可灌注的血管系统,加快骨愈合速度;随着血管化的进行,骨骼的神经再支配也开始发生,此时递送促神经再生的功能性基因有利于促进神经化骨再生;在成骨阶段,通过构建纳米粒子-成骨基因复合物,可以直接提升支架及体内新骨形成的效率。(2)各种有机、无机纳米颗粒、金属有机框架和外泌体等非病毒纳米载体,在骨组织工程基因治疗中具有巨大的潜力,这些纳米基因载体各有其独特的优势和不足,因此在实际应用时,需要根据基因转染效率、生物安全性和成骨特性等因素选择最合适的类型。(3)为了全面提升递送基因的效果,目前主要通过对纳米载体进行各种功能设计来增强基因转染效率,包括增强缓释性和多基因递送序贯性等时间调控能力、增强对骨组织和成骨相关细胞的空间靶向能力、增强跨膜运输效率和细胞核靶向能力等全过程调控手段。(4)未来要进一步推动纳米粒子介导的骨组织工程基因治疗在临床上的应用,还需要克服诸多技术挑战,包括提高有机纳米基因载体的基因转染效率、降低无机纳米载体的生物安全性风险、优化新型纳米载体的生产工艺以及促进其它生理过程与成骨交互作用等,这些问题也是未来骨组织工程基因治疗的研究热点和潮流。 展开更多
关键词 骨缺损修复 骨组织工程 基因递送 纳米粒子 非病毒基因载体 缓释技术 序贯释放 靶向性递送
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骨关节炎的氧化应激相关基因和免疫浸润分析
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作者 吴傲 于鹏 +2 位作者 滕加文 孔鹏 卞泗善 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第2期302-311,共10页
背景:目前对于骨关节炎的发病机制尚不清楚,缺乏有效控制疾病的手段,且研究多集中在免疫领域,对氧化应激领域研究较少。目的:探索氧化应激与免疫浸润在骨关节炎中的作用,并预测相关miRNA和治疗药物。方法:从GEO数据库中获取GSE55235数据... 背景:目前对于骨关节炎的发病机制尚不清楚,缺乏有效控制疾病的手段,且研究多集中在免疫领域,对氧化应激领域研究较少。目的:探索氧化应激与免疫浸润在骨关节炎中的作用,并预测相关miRNA和治疗药物。方法:从GEO数据库中获取GSE55235数据集(10例骨关节炎样本和10例健康对照样本)和GSE55457数据集(10例骨关节炎样本和10例健康对照样本)进行合并,获取差异表达基因,并结合氧化应激基因得到差异表达氧化应激基因。对差异表达氧化应激基因进行KEGG、GO富集分析,并使用GSEA富集分析评价骨关节炎通路和生物过程。使用STRING在线平台和Cytoscape软件建立了蛋白质相互作用网络,运行Degree算法得到关键基因,从GEO数据库中获取GSE1919作为验证数据集,对关键基因进行差异分析及受试者工作特征曲线分析,得到核心基因。此外,用CIBERSORT对免疫浸润进行评估,并探索核心基因与免疫细胞的相关性,使用TargetScan对核心基因进行miRNA预测及使用DSigDB数据库对靶点药物进行预测。结果与结论:①确定了65个差异表达氧化应激基因和5个核心基因(IL1B、CXCL8、MYC、NFKBIA、JUN);②富集分析结果显示,差异表达氧化应激基因的主要聚焦点包括氧化应激、白细胞介素17、破骨细胞分化、流体剪切应力以及动脉粥样硬化等通路;③5个核心基因的受试者工作特征曲线下面积均>0.85,说明对诊断骨关节具有良好的特异性和敏感性,且与免疫细胞密切关联;④miRNA的预测结果是hsa-miR-3937,治疗小分子药物包括二甲双胍、离子霉素和塞来昔布等。结果表明:骨关节炎中存在氧化应激与免疫浸润,且免疫浸润参与激活氧化应激。核心基因及预测的miRNA可作为诊断骨关节炎的新型标志物,预测的小分子药物可治疗骨关节炎。 展开更多
关键词 骨关节炎 氧化应激 免疫浸润 差异基因 生物标志物 MIRNA 药物预测
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香榧花粉TgPUX10基因克隆与表达
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作者 汤天羽 汪承巧 +3 位作者 刘佳乐 曹岳英伦 张瑞 吴家胜 《东北林业大学学报》 CAS 北大核心 2025年第2期58-65,共8页
以香榧(Torreya grandis‘Merrillii’)花粉RNA反转录的cDNA为模板,利用RT-PCR技术分离出一条类似拟南芥PUX10-like cDNA序列,命名为TgPUX10,并对该基因进行鉴定、克隆、表达分析。结果表明:TgPUX10基因的完整开放阅读框(ORF)为1437 bp... 以香榧(Torreya grandis‘Merrillii’)花粉RNA反转录的cDNA为模板,利用RT-PCR技术分离出一条类似拟南芥PUX10-like cDNA序列,命名为TgPUX10,并对该基因进行鉴定、克隆、表达分析。结果表明:TgPUX10基因的完整开放阅读框(ORF)为1437 bp,编码477个氨基酸残基。TgPUX10蛋白的氨基酸序列包含UBA、HP、UAS、UBX功能结构域。通过构建瞬时表达载体,并利用拟南芥悬浮细胞转化体系,发现TgPUX10蛋白定位于油体细胞器。在花粉萌发的0、2、4 d时,油体相关基因TgOLE及TgCLO的表达量呈下降趋势,TgPUX10的表达量显著上升,证明TgPUX10影响香榧花粉萌发,且参与油体的降解过程。TgPUX10在各品种香榧中表达较为保守。与其他品种相比,细榧(Torreya grandis‘xifei’)的花粉活性较高,萌发率达到35.5%。 展开更多
关键词 香榧 TgPUX10基因 生物信息学分析 亚细胞定位
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