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利用ISSR和叶绿体trnL-trnF序列变异研究葡萄种质资源的遗传多样性和系统发育关系 被引量:4
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作者 王蕾 张娟 +4 位作者 刘林德 张莉 魏丽娟 胡德昌 邓世斌 《鲁东大学学报(自然科学版)》 2015年第1期32-38,43,共8页
利用ISSR标记和叶绿体DNA trn L-trn F非编码区分析36种葡萄种质的遗传多样性和系统发育关系.13个ISSR引物共产生了63条带,平均有效等位基因数、Nei's基因多样性和香农信息指数分别是1.5827,0.3463和0.5172.基于UPGMA的ISSR分析将... 利用ISSR标记和叶绿体DNA trn L-trn F非编码区分析36种葡萄种质的遗传多样性和系统发育关系.13个ISSR引物共产生了63条带,平均有效等位基因数、Nei's基因多样性和香农信息指数分别是1.5827,0.3463和0.5172.基于UPGMA的ISSR分析将葡萄种质材料分为6个主要的进化枝.葡萄在trn L-trn F区域有较高的遗传多样性水平(Hd=0.667,Pi=0.00206).由NJ,ML和贝叶斯分析得到的进化树都没有表现出不同地区葡萄品种与地域之间的地理相关性.中性检验葡萄的进化历史过程中发生过种群扩张事件.葡萄种质资源的保护应以就地保护为主.本研究为葡萄种质资源的理论和应用研究提供了有价值的信息. 展开更多
关键词 葡萄 ISSR trn l-trn F非编码区 遗传多样性 遗传关系
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荒漠植物白刺总DNA提取及鉴定 被引量:13
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作者 张勇 李鸣 +3 位作者 杨同文 张腾国 陈拓 安黎哲 《中国沙漠》 CSCD 北大核心 2006年第3期489-492,共4页
荒漠植物白刺含有较多的多糖、酚类等次生代谢物,用常规的CTAB、SDS等方法难以获得高质量的总DNA。针对这一问题探索出一种适合白刺属植物总DNA提取的方法。其特点是在裂解细胞膜之前,首先用无CTAB缓冲液进行两次多糖、酚类等次生代谢... 荒漠植物白刺含有较多的多糖、酚类等次生代谢物,用常规的CTAB、SDS等方法难以获得高质量的总DNA。针对这一问题探索出一种适合白刺属植物总DNA提取的方法。其特点是在裂解细胞膜之前,首先用无CTAB缓冲液进行两次多糖、酚类等次生代谢物的抽提;加大CTAB浓度,用3×CTAB作为裂解液;在用异丙醇沉淀DNA之前,用高浓度NaCl再次分离多糖。用这种方法我们对分布于甘肃的四种白刺属植物的总DNA进行了提取,开展了与总DNA相关的PCR扩增和其他遗传学分析,并取得满意的结果。 展开更多
关键词 白刺 总DNA制备 trn L-F
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利用叶绿体DNAtrn L-F序列初步探讨菊科风毛菊属的系统发育 被引量:25
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作者 王玉金 刘建全 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2004年第2期136-153,共18页
风毛菊属SaussureaDC .是菊科物种分化十分剧烈和分类处理十分困难的一个属。该属的单系起源性质、属下分类系统以及一些独特形态物种的系统位置尚不清楚 ,有待进一步验证。本文测定了代表该属 5个亚属 37种植物 43个样品和川木香属Dolo... 风毛菊属SaussureaDC .是菊科物种分化十分剧烈和分类处理十分困难的一个属。该属的单系起源性质、属下分类系统以及一些独特形态物种的系统位置尚不清楚 ,有待进一步验证。本文测定了代表该属 5个亚属 37种植物 43个样品和川木香属DolomiaeaDC .的 1种样品的叶绿体DNAtrnL_F序列 ,并调取菜蓟族CardueaeCass.与风毛菊属具有一定亲缘关系的 1 3属的该序列 ,一起进行了分支分析 ,重点验证该属的属下形态分类系统以及形态特殊、青藏高原地区特有的雪兔子亚属subgen .Eriocoryne中假雪兔子组sect.Pseudoeriocoryne的单系性质。研究结果表明 :( 1 )尽管风毛菊属 5个亚属形态变异极大 ,但种间的trnL_F碱基变异却非常小 ;( 2 )根据形态学划分的 5个亚属在分支图上没有得到分辨 ;( 3)根据无明显茎、叶呈莲座状包被头状花序等特征建立的假雪兔子组是一多系群 ,与其他雪兔子亚属的种类也没有密切的亲缘关系 ,其共同拥有的形态学特征分别起源了 4次 ;( 4 )雪莲亚属假雪莲组subgen.Amphi laenasect.Pseudoamphilaena中的多鞘雪莲S .polycolea变种尖苞雪莲S .polycoleavar.acutisquama与风毛菊亚属subgen .Saussurea的长毛风毛菊S.hieracioides、美丽风毛菊S .superba、打箭风毛菊S .tatsienensis和重齿风毛菊S . 展开更多
关键词 菊科 风毛菊属 叶绿体DNA TRNL-F序列 物种 系统学 分化
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基于叶绿体psbA-trnH序列和trnL-F序列的牡丹野生种间关系 被引量:5
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作者 冯玉兰 成娟 +3 位作者 臧荣鑫 王明明 陈红 何丽霞 《生物学杂志》 CAS CSCD 2015年第1期55-58,共4页
对牡丹组全部9个野生种15个居群及凤丹的叶绿体psb A-trn H和trn L-F序列进行测序,并采用邻位相连法分别构建了psb A-trn H序列和trn L-F序列的系统发育树。结果显示:1)两段序列的基因树均支持牡丹组划分为两个亚组的分类方法,与前人的... 对牡丹组全部9个野生种15个居群及凤丹的叶绿体psb A-trn H和trn L-F序列进行测序,并采用邻位相连法分别构建了psb A-trn H序列和trn L-F序列的系统发育树。结果显示:1)两段序列的基因树均支持牡丹组划分为两个亚组的分类方法,与前人的研究结果一致。2)psb A-trn H序列基因树表明大花黄牡丹与黄牡丹的亲缘关系最近,这与大花黄牡丹曾被确定为黄牡丹的一个变种的历史一致。3)革质花盘亚组内,基于psb A-trn H和trn L-F序列的研究结果大体一致,分歧主要在四川牡丹的地位问题。4)psb A-trn H序列和trn L-F序列基因树分别表明杨山牡丹与凤丹具有最近或较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 芍药属 牡丹组 系统发育 PSB A-trn H序列 trn L-F序列
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基于叶绿体TrnL- F序列和联合数据分析木通科的分子系统发育(英文) 被引量:5
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作者 王峰 李德铢 杨俊波 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2002年第8期971-977,共7页
基于叶绿体trnL_F序列单独分析以及trnL_F和rbcL序列联合分析重建了木通科的分子系统发育。本研究的系统发育拓扑结构与覃海宁和塔赫他间的族划分系统非常一致。猫儿屎族和串果藤族在系统发育树上位于本科的基部。由分布于南美的勃奎拉... 基于叶绿体trnL_F序列单独分析以及trnL_F和rbcL序列联合分析重建了木通科的分子系统发育。本研究的系统发育拓扑结构与覃海宁和塔赫他间的族划分系统非常一致。猫儿屎族和串果藤族在系统发育树上位于本科的基部。由分布于南美的勃奎拉藤属和拉氏藤属组成的拉氏藤族得到了trnL_F序列分析 (10 0 % )和联合序列分析 (99% )的很好支持。木通族在两个分析里都得到了 10 0 %的靴带支持率。新建立的长萼木通属在trnL_F树上嵌套在木通属内 ;然而 ,在联合分析的树上 ,它与木通属形成姐妹群并得到很高的支持率。在系统发育上关系密切的 3个属 :牛藤果属、八月瓜属和野木瓜属之间的关系仍未解决。牛藤果与八月瓜在两个分析里都形成姐妹群 ,但支持率低。小花鹰爪枫嵌套在野木瓜属内 ,并与西南野木瓜形成姐妹群。木通族内这 3个属可能都不是单系 ,它们的属间界限和属的界定需要更多的分子和形态数据的进一步研究。 展开更多
关键词 叶绿体TrnL-F序列 联合数据分析 木通科 分子系统发育
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由5个DNA片段推断极度濒危植物五针白皮松的系统位置(英文) 被引量:1
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作者 张志勇 杨俊波 李德铢 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2003年第5期530-535,共6页
五针白皮松 (PinussquamataX .W .Li)是上世纪 90年代描述的一种中国特有松树 ,目前野外只有立木 32株 ,处于极度濒危状态。前人认为这个种可能是白松亚属 (subgen .Strobus)的白皮松 (P .bungeanaZucc .exEndl.)与松亚属 (subgen .Pin... 五针白皮松 (PinussquamataX .W .Li)是上世纪 90年代描述的一种中国特有松树 ,目前野外只有立木 32株 ,处于极度濒危状态。前人认为这个种可能是白松亚属 (subgen .Strobus)的白皮松 (P .bungeanaZucc .exEndl.)与松亚属 (subgen .Pinus)的云南松 (P .yunnanensisFranch .)的过渡类型 ,并将其归入白皮松组狐尾松亚组 (subsect.Balfourianae)。本文试图在前人分子系统学工作的基础上 ,检测五针白皮松 5个DNA片段 ,叶绿体基因rbcL、matK、rpl2 0_rps18间隔区和trnV内含子以及核糖体ITS ,将五针白皮松放在整个松属中探讨其系统位置。 4个叶绿体基因单独分析结果和它们的联合数据分析结果以及根据ITS得到的系统树均表明 ,五针白皮松是白皮松亚组 (subsect.Gerardianae)的一个稳定成员 ,其可能的姐妹群是西藏白皮松 (P .gerardianaWall.)。对白皮松亚组的地理分布作了初步探讨。 展开更多
关键词 五针白皮松 系统学关系 间隔区 trnV内含子 ITS
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两栖蓼的分子系统学研究
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作者 曲畅游 许崇梅 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期848-852,共5页
两栖蓼是一种水陆两栖植物,植株在不同生态环境下外部形态差异较大,同时两栖蓼的系统位置存在争议,被归入春蓼组(sect.Persicaria)或提升为两栖蓼组(sect.Amphibium)。该文选取两栖蓼及春蓼组植物12种,以及刺蓼组、头状蓼组、神血宁组... 两栖蓼是一种水陆两栖植物,植株在不同生态环境下外部形态差异较大,同时两栖蓼的系统位置存在争议,被归入春蓼组(sect.Persicaria)或提升为两栖蓼组(sect.Amphibium)。该文选取两栖蓼及春蓼组植物12种,以及刺蓼组、头状蓼组、神血宁组、拳参组、萹蓄组和外类群掌叶大黄共23种植物进行研究。植物总DNA的提取采用改进的CTAB法,所测序列以及从Genbank数据库下载的序列,以掌叶大黄为外类群,采用最大简约法和贝叶斯法对核糖体ITS序列和叶绿体trn L-F序列进行了系统发育分析。ITS序列对位排列的长度为735 bp,包括489个可变位点,272个位点是信息位点。简约法得到9个简约树,步长为1 084,CI指数为0.680,RI指数为0.614。trn L-F序列对位排列的长度为1 121 bp,包括427个可变位点,239个位点是信息位点。简约法寻找到9个简约树,步长为551(CI=0.911,RI=0.910)。贝叶斯法和简约法得到的树基本一致。分子序列分析结果显示,trn L-F序列树类似于ITS序列树。ITS序列构建的发育树上,两栖蓼与刺蓼组植物、春蓼组其他植物形成3个并列的分支;在trn L-F序列树上,两栖蓼则与其他春蓼组植物形成两个并列的分支。由此可见,两栖蓼与春蓼组其他植物的亲缘关系较远,成一独立的分支。两个分子证据支持将两栖蓼提升为两栖蓼组的处理意见。此外,两栖蓼的花粉具散沟,与典型的春蓼组的具散孔花粉不一致。再加上两栖蓼水陆两栖的特性,因此支持把两栖蓼提升为两栖蓼组的观点。两栖蓼组的界定为多年生草本,水陆两栖,根状茎横生,生于水中茎漂浮,叶长圆形或椭圆形,生于陆地茎直立,叶披针形或长圆状披针形,托叶鞘为筒状、薄膜质,总状花序穗状,瘦果近圆形,花粉具散沟。 展开更多
关键词 两栖蓼 ITS序列 trn L-F序列 春蓼组
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隧道环境下频率域声波全波形反演优化方法对比
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作者 于明羽 吴遵红 +3 位作者 谭凯 彭代诚 熊绚兮 刘江平 《工程地球物理学报》 2021年第1期1-13,共13页
隧道地震超前探测方法是获取隧道前方复杂地质体结构的重要手段,对隧道工程的安全建设和灾害防治极为重要。针对目前隧道地震超前探测方法获取掌子面前方地质体结构和物性精度不足的问题,本研究将高分辨率的频率域声波全波形反演方法应... 隧道地震超前探测方法是获取隧道前方复杂地质体结构的重要手段,对隧道工程的安全建设和灾害防治极为重要。针对目前隧道地震超前探测方法获取掌子面前方地质体结构和物性精度不足的问题,本研究将高分辨率的频率域声波全波形反演方法应用于隧道超前探测,并讨论了最速下降法(STD)、截断牛顿法(TRN)以及l-BFGS三种主要反演优化方法在隧道全波形反演中的迭代收敛速度、反演精度和计算效率,以期获取综合效果较好的隧道空间掌子面前方高分辨率成像全波形反演优化方法。通过对比得出,l-BFGS优化方法在反演精度、反演速度中存在明显优势,更适合隧道环境下的频率域全波形反演成像,这一结果可为全波形反演方法在隧道超前探测研究提供借鉴。 展开更多
关键词 隧道超前探测 全波形反演方法 最速下降法 截断牛顿法 l-BFGS方法
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Relationship between the haplotype distribution of Artemisia halodendron(Asteraceae) and hydrothermal regions in Horqin Sandy Land, northern China
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作者 WenDa Huang XueYong Zhao +2 位作者 YuLin Li YuQiang Li YaYong Luo 《Research in Cold and Arid Regions》 CSCD 2018年第2期151-158,共8页
The genetic diversity of Artemisia halodendron(Asteraceae), a constructive and dominant species in Horqin Sandy Land,was investigated to examine the genetic relationships with different hydrothermal regions in Horqin ... The genetic diversity of Artemisia halodendron(Asteraceae), a constructive and dominant species in Horqin Sandy Land,was investigated to examine the genetic relationships with different hydrothermal regions in Horqin Sandy Land. We sequenced chloroplast DNA(cp DNA) fragments(trn L–F) of 243 plants from 10 populations across the Horqin Sandy Land.The analyses of cp DNA variation identified seven haplotypes. A low level of haplotype diversity(H_d=0.706) and nucleotide diversity(π=0.0013) was detected. Haplotypes clustered into two tentative clades. Low genetic differentiation among regions was consistently indicated by hierarchical analyses of molecular variance(AMOVA). Across the sampled populations, the haplotype distributions were differentiated with hydrothermal gradients. 展开更多
关键词 ARTEMISIA halodendron population genetics CHLOROPLAST DNA TRNL-F Horqin SANDY Land
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基于DNA条形码的龙葵系统发育及变异位点分析 被引量:3
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作者 高飞 李彤彤 +3 位作者 汤玲平 王向军 林莉燕 钱永常 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期114-121,共8页
目的对来自主要龙葵产区龙葵种质资源的转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)和trn H-psb A基因间隔区序列进行系统发育学分析,为龙葵资源的合理利用和道地性评价提供理论基础。方法用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction... 目的对来自主要龙葵产区龙葵种质资源的转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)和trn H-psb A基因间隔区序列进行系统发育学分析,为龙葵资源的合理利用和道地性评价提供理论基础。方法用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)的方法扩增龙葵ITS区和trn H-psb A的DNA序列,并与美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库进行比对获取ITS1+ITS2和trn H-psb A的DNA序列。用邻接法(Neighbor joining,NJ)和最大简约法(maximum parsimony,MP)构建系统发育树,用Kimura two-parameter(K2-P)模型分析遗传距离,用Clustal X和DNAman软件进行多重比对。结果 17个龙葵样品的ITS1序列长度均为230 bp,ITS2序列长度均为206 bp,trn H-psb A序列长度为446 bp或447 bp,3个序列分别存在7个、2个和3个变异位点。系统发育的方法将中国龙葵种质资源聚为3个类群,这些类群与其所处的纬度存在一定的相关性。遗传距离的分析结果显示来自广东梅州的样品与来自北京和河北等地的样品存在最大的遗传距离。结论系统发育和变异位点的分析为中国龙葵资源的利用和进化研究,以及龙葵资源的道地性评价提供了理论基础,变异位点的分析还可应用于相关种质资源的鉴定。 展开更多
关键词 龙葵 ITS trn H-psb A 系统发育 道地性
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基于DNA条形码的玉叶金花属植物鉴定研究 被引量:2
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作者 龚维 陈湜 +2 位作者 刘婉桢 邓小芳 涂铁要 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期727-732,共6页
目的利用DNA条形码进行玉叶金花属植物的分子鉴定。方法对玉叶金花属20种、89份个体进行叶绿体片段rbc L、mat K和trn H-psb A以及核基因片段ITS的PCR扩增和测序,计算种内和种间Kimura 2-parameter(K2-P)遗传距离,利用序列相似性法和... 目的利用DNA条形码进行玉叶金花属植物的分子鉴定。方法对玉叶金花属20种、89份个体进行叶绿体片段rbc L、mat K和trn H-psb A以及核基因片段ITS的PCR扩增和测序,计算种内和种间Kimura 2-parameter(K2-P)遗传距离,利用序列相似性法和邻接法进行单一片段、核心片段、组合片段以及ITS2片段的分析。结果单一片段分析结果表明玉叶金花属种间遗传距离(0.002~0.012)明显大于种内遗传距离(0.000 3~0.000 7)。trn H-psb A扩增率最低,ITS2片段的分辨率最高,其次是mat K和ITS片段,rbc L片段的分辨率最低。片段组合后的分辨率明显提高,基于序列相似性法和邻接法,mat K+rbc L+ITS和mat K+rbc L+trn H-psb A+ITS的分辨率相当,且比其他片段组的分辨率更高,分别为77%和75%,成功鉴定了15个近缘类群,包括2个药用种类广西玉叶金花和黐花。结论鉴于trn H-psb A扩增率较低,建议mat K+rbc L+ITS作为玉叶金花属物种鉴定的DNA条形码,并作为其药用种类的分子鉴定工具。 展开更多
关键词 玉叶金花属 DNA条形码 物种鉴定 mat K trn H-psb A RBC L ITS ITS2
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