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沙柳SpsLAZY1a和SpsLAZY1b基因克隆及生物信息学分析 被引量:10
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作者 张磊 叶志玮 +2 位作者 赵晨曦 张国盛 杨海峰 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2017年第1期98-105,共8页
LAZY1基因对于植物分枝角度、分枝方向具有重要影响。以沙柳为试验材料克隆LAZY1基因,利用生物信息学软件分析LAZY1基因序列、构建进化树,并预测蛋白结构。结果表明,SpsLAZY1a和SpsLAZY1b的CDS全长分别为1 161、1 143bp,分别编码386和38... LAZY1基因对于植物分枝角度、分枝方向具有重要影响。以沙柳为试验材料克隆LAZY1基因,利用生物信息学软件分析LAZY1基因序列、构建进化树,并预测蛋白结构。结果表明,SpsLAZY1a和SpsLAZY1b的CDS全长分别为1 161、1 143bp,分别编码386和380个氨基酸。生物信息学分析表明SpsLAZY1a、SpsLAZY1b2种蛋白均为亲水性蛋白,均无信号肽区域。氨基酸序列具有IGT基因家族典型结构域,并且其C端有LAZY1蛋白的典型EAR结构。系统发育树将18个LAZY1蛋白家族聚为2个大类,SpsLAZY1a和SpsLAZY1b属于其中第1类,均为双子叶植物,并与其他植物具有较高相似性。氨基酸同源结构比对发现这些植物间既有相似同源区域,也存在一定差异区域。单子叶比双子叶植物缺少某些同源区域,草本比木本植物又缺少某些同源区域。LAZY1基因在沙柳进化过程中发生基因重复,本研究由沙柳中成功克隆SpsLAZY1a、SpsLAZY1b基因,隶属IGT基因家族,并初步揭示LAZY基因的系统进化关系。 展开更多
关键词 沙柳 分枝角度 LAZY1 基因克隆
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沙柳SpsLAZY1a、SpsLAZY1b基因启动子克隆及表达分析
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作者 刘璐 贺玉娇 +5 位作者 王佳琪 郝璞 王佳濛 于凤强 阿拉腾苏和 杨海峰 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期917-925,共9页
为研究SpsLAZY1a、SpsLAZY1b基因的表达调控机制,本研究从沙柳中分离了SpsLAZY1a、SpsLAZY1b基因的启动子片段。使用PlantCARE数据库对该启动子片段中顺式作用元件预测显示,SpsLAZY1a和SpsLAZY1b启动子序列中除了包含核心元件CAAT-box和... 为研究SpsLAZY1a、SpsLAZY1b基因的表达调控机制,本研究从沙柳中分离了SpsLAZY1a、SpsLAZY1b基因的启动子片段。使用PlantCARE数据库对该启动子片段中顺式作用元件预测显示,SpsLAZY1a和SpsLAZY1b启动子序列中除了包含核心元件CAAT-box和TATA-box外,还含有光、茉莉酸甲酯、脱落酸、低温、乙烯、赤霉素等响应元件。Pro_(SpsLAZY1a)和Pro_(SpsLAZY1b)在烟草中瞬时表达和转基因84K杨中的GUS显色结果表明,Pro_(SpsLAZY1a)和Pro_(SpsLAZY1b)具有启动子活性。对转基因84K杨的GUS酶活检测结果表明,Pro_(SpsLAZY1a)的GUS表达活性强于Pro_(SpsLAZY1b)。对转基因84K杨茎的切片结果显示,蓝色显色反应主要集中于内皮层和韧皮部。上述结果表明,SpsLAZY1a、SpsLAZY1b基因的启动子是非组织特异性表达启动子,并且这两个基因启动子的活性存在差异。本研究结果为解析LAZY基因的上游调控机制提供参考。 展开更多
关键词 沙柳 lazy1a LAZY1b 启动子克隆 表达分析
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水稻散生突变体sg518的鉴定及基因定位
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作者 王洋 张文锋 +4 位作者 杨杰 沙忠玉 韩文利 陈能刚 郭欣 《西昌学院学报(自然科学版)》 2024年第2期1-10,16,共11页
[目的]分蘖角作为水稻株型的重要组成部分,其遗传基础复杂,需鉴定更多与分蘖角相关的突变体和基因以进一步解析水稻分蘖角的分子调控机制。[方法]通过对贵州地方粳稻品种桥港珍珠米进行60Co辐射诱变后成功获得一份水稻散生突变体,暂命名... [目的]分蘖角作为水稻株型的重要组成部分,其遗传基础复杂,需鉴定更多与分蘖角相关的突变体和基因以进一步解析水稻分蘖角的分子调控机制。[方法]通过对贵州地方粳稻品种桥港珍珠米进行60Co辐射诱变后成功获得一份水稻散生突变体,暂命名为sg518(spreading-grown mutant 518),并对其进行表型鉴定、遗传分析、基因定位和候选基因测序验证。[结果](1)田间性状显示,与野生型相比,突变体sg518表现出分蘖角显著增大的散生表型,并伴有一次枝梗数增加、每穗实粒数增加、籽粒变小和千粒重降低;(2)遗传分析表明,该突变体的散生性状受一对隐性核基因控制;(3)精细定位结果显示,目标基因定位于11号染色体长臂RM287与J1标记之间的88.7 kb内;(4)MutMap分析表明,在此区间有1个SNP频率为1的InDel突变且位于LAZY1基因上;(5)对目标基因的PCR扩增与测序结果表明,突变体的LAZY1基因在第3外显子上有1处1 bp的碱基缺失,导致蛋白翻译提前终止,由此推断LAZY1基因为突变体sg518的候选基因。[结论]sg518为LAZY1基因的一个新等位突变体,可进一步为研究该基因功能及水稻分蘖角的调控机制提供理论基础。 展开更多
关键词 水稻 散生突变体sg518 表型鉴定 基因定位 LAZY1基因
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LAZY1通过油菜素内酯途径调控水稻叶夹角的发育 被引量:4
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作者 张晓琼 王晓雯 +6 位作者 田维江 张孝波 孙莹 李杨羊 谢佳 何光华 桑贤春 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期1767-1773,共7页
叶夹角的大小直接影响水稻叶面积指数,进而调控群体光合作用,是水稻株型育种中重要的指标,研究其发育机制对水稻株型育种具有重要的意义。利用EMS诱变籼型水稻保持系西大1B,获得一个植株散生且叶夹角变大的突变体s524。田间种植条件下,... 叶夹角的大小直接影响水稻叶面积指数,进而调控群体光合作用,是水稻株型育种中重要的指标,研究其发育机制对水稻株型育种具有重要的意义。利用EMS诱变籼型水稻保持系西大1B,获得一个植株散生且叶夹角变大的突变体s524。田间种植条件下,苗期s524的叶夹角极显著大于野生型;分蘖期s524的分蘖角极显著增大,株型松散;成熟期s524整个植株呈匍匐状生长。而野生型株型在整个生育期均保持相对紧凑,叶夹角较小。石蜡切片分析显示,s524叶夹角增大是由叶枕近轴面细胞变大造成的。s524的主要农艺性状与野生型相比无明显变化。遗传分析表明该性状受1对隐性核基因控制,利用SSR标记进行基因定位,最终将S524定位在第11染色体标记RM4746和RM26742之间324 kb的物理范围内,包含散生基因LAZY1。测序结果显示s524突变体在LAZY1第3外显子上发生了一个T到C的碱基替换,导致第143位氨基酸由野生型的缬氨酸突变为丙氨酸,表明s524是一个新的LAZY1等位突变体。s524对外源油菜素内酯(BR)的敏感性降低,BR信号传导途径关键基因BU1在s524中的表达上调了近10倍,早期研究表明BU1基因的过表达可导致叶夹角变大。推测LAZY1/S524可能通过BR信号传导途径调控水稻叶夹角的发育。 展开更多
关键词 水稻(OryzasativaL.) 叶夹角 LAZY1/S524 油菜素内酯(BR)信号传导 BU1
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水稻幼苗酵母单杂文库构建及LAZY1上游调控因子筛选 被引量:2
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作者 黄小龙 孙贵连 +1 位作者 马丹丹 闫慧清 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期126-135,共10页
LAZY1通过促进生长素的横向极性运输来调控水稻分蘖角,形成紧密直立的株型,从而提高水稻产量。为了研究LAZY1表达的分子调控机制,本研究利用酵母单杂筛库技术筛选水稻LAZY1的上游调控因子。首先以水稻粳稻品种日本晴基因组DNA为材料,经... LAZY1通过促进生长素的横向极性运输来调控水稻分蘖角,形成紧密直立的株型,从而提高水稻产量。为了研究LAZY1表达的分子调控机制,本研究利用酵母单杂筛库技术筛选水稻LAZY1的上游调控因子。首先以水稻粳稻品种日本晴基因组DNA为材料,经PCR扩增得到LAZY1的启动子序列,接着连接到pHIS2构建诱饵载体,并转化到AH109酵母菌株得到pHIS2-LAZY1诱饵菌。同时以萌发3 d的日本晴幼苗为材料,采用SMART技术构建cDNA文库,再将纯化的cDNA文库和pGADT7-Rec共转化酵母菌株Y187获得酵母单杂文库菌,接着将上述诱饵菌和文库菌进行接合完成酵母单杂筛库,共筛选得到21个候选的上游调控因子,进一步对其中的转录因子多蛋白桥梁因子OsMBF1进行双荧光素酶实验验证,结果显示OsMBF1可在体内促进LAZY1的转录。本研究得到LAZY1的上游正调控因子OsMBF1,为揭示LAZY1介导的生长素极性运输和分蘖角决定的调控网络提供了理论基础,将有助于揭示水稻由散生变为直立生长的奥秘,具有重要的理论和实践意义。 展开更多
关键词 水稻 LAZY1 酵母单杂筛库 转录因子
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利用CRISPR/Cas9系统编辑银腺杨84K LAZY基因
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作者 杨海峰 甘晓雪 +5 位作者 薄高峰 王佳琪 郝璞 张富满 王文功 韩傲霜 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第18期258-262,273,共6页
LAZY1基因隶属于IGT基因家族,与植物分枝角度调控相关。为敲除84K杨中的LAZY1基因,获得转基因株系开展功能研究,以银腺杨84K为材料,克隆84K杨LAZY1基因的3个同源基因,设计基因编辑靶点,构建CRISPR/Cas9基因编辑载体,运用农杆菌介导法转... LAZY1基因隶属于IGT基因家族,与植物分枝角度调控相关。为敲除84K杨中的LAZY1基因,获得转基因株系开展功能研究,以银腺杨84K为材料,克隆84K杨LAZY1基因的3个同源基因,设计基因编辑靶点,构建CRISPR/Cas9基因编辑载体,运用农杆菌介导法转化84K杨并成功获得13个基因编辑株系,经测序分析发现,有3个转基因株系的靶标位点发生碱基缺失或插入,表明这3个株系基因编辑成功,编辑效率为23.07%。本研究结果丰富了IGT基因家族的功能研究,为IGT基因家族的分子育种应用和研究奠定了基础,为CRISPR/Cas9系统在银腺杨84K中的应用做出了初步探索。 展开更多
关键词 LAZY1基因 银腺杨84K CRISPR/Cas9系统 载体构建 效率检测
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LAZY1 controls rice shoot gravitropism through regulating polar auxin transport 被引量:96
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作者 Peijin Li Yonghong Wang +6 位作者 Qian Qian Zhiming Fu Mei Wang Dali Zeng Baohua Li Xiujie Wang Jiayang Li 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2007年第5期402-410,共9页
Tiller angle of rice (Oryza sativa L.) is an important agronomic trait that contributes to grain production, and has long attracted attentions of breeders for achieving ideal plant architecture to improve grain yiel... Tiller angle of rice (Oryza sativa L.) is an important agronomic trait that contributes to grain production, and has long attracted attentions of breeders for achieving ideal plant architecture to improve grain yield. Although enormous efforts have been made over the past decades to study mutants with extremely spreading or compact tillers, the molecular mechanism underlying the control of tiller angle of cereal crops remains unknown. Here we report the cloning of the LAZY1 (LA1) gene that regulates shoot gravitropism by which the rice tiller angle is controlled. We show that LA1, a novel grass-specific gene, is temporally and spatially expressed, and plays a negative role in polar auxin transport (PAT). Loss-of-function of LA1 enhances PAT greatly and thus alters the endogenous IAA distribution in shoots, leading to the reduced gravitropism, and therefore the tiller-spreading phenotype of rice plants. 展开更多
关键词 LAZY1 GRAVITROPISM auxin transport tiller angle plant architecture Oryza sativa L.
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PROG1 acts upstream of LAZY1 to regulate rice tiller angle as a repressor 被引量:4
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作者 Han Zhang Xiang Li +5 位作者 Dajun Sang Linzhou Huang Yuqi Song Mengchen Du Jiajia Cao Wenguang Wang 《The Crop Journal》 SCIE CSCD 2023年第2期386-393,共8页
Rice tiller angle,as a component of plant architecture,affects rice grain yield via plant density.However,the molecular mechanism underlying rice tiller angle remains elusive.We report that the key domestication gene ... Rice tiller angle,as a component of plant architecture,affects rice grain yield via plant density.However,the molecular mechanism underlying rice tiller angle remains elusive.We report that the key domestication gene PROSTRATE GROWTH 1(PROG1)controls rice tiller angle by regulating shoot gravitropism and LAZY1(LA1)-mediated asymmetric distribution of auxin.Acting as a transcriptional repressor,PROG1 negatively regulates the expression of LA1 in light-grown rice seedlings.Overexpression of LA1 partially rescued the larger tiller angle of the PROG1 complementation transgenic plant(prog1-D).Double-mutant analysis showed that PROG1 acts upstream of LA1 to regulate shoot gravitropism and tiller angle.Mutation of Suppressors of lazy1(SOL1),encoding DWARF3(D3)acting in the strigolactone signal pathway,suppressed the large tiller angle of prog1-D by rescuing the transcription of LA1.The discovery of a light-sensitive PROG1-LA1 transcription regulatory module controlling rice shoot gravitropism and tiller angle sheds light on the genetic control of rice tiller angle. 展开更多
关键词 RICE Tiller angle GRAVITROPISM LAZY1 PROG1
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Identification of a Gravitropism-Deficient Mutant in Rice 被引量:2
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作者 HE Yan SHI Yong-feng +3 位作者 ZHANG Xiao-bo WANG Hui-mei XU Xia WU Jian-li 《Rice science》 SCIE CSCD 2017年第2期109-118,共10页
A gravitropism-deficient mutant M96 was isolated from a mutant bank, generated by ethyl methane sulfonate(EMS) mutagenesis of indica rice accession ZJ100. The mutant was characterized as prostrate growth at the beginn... A gravitropism-deficient mutant M96 was isolated from a mutant bank, generated by ethyl methane sulfonate(EMS) mutagenesis of indica rice accession ZJ100. The mutant was characterized as prostrate growth at the beginning of germination, and the prostrate growth phenotype ran through the whole life duration. Tiller angle and tiller number of M96 increased significantly in comparison with the wild type. Tissue section observation analysis indicated that asymmetric stem growth around the second node occurred in M96. Genetic analysis and gene mapping showed that M96 was controlled by a single recessive nuclear gene, tentatively termed as gravitropism-deficient M96(gd M96), which was mapped to a region of 506 kb flanked by markers RM5960 and In Del8 on the long arm of chromosome 11. Sequencing analysis of the open reading frames in this region revealed a nucleotide substitution from G to T in the third exon of LOC_Os11g29840. Additionally, real-time fluorescence quantitative PCR analysis showed that the expression level of LOC_Os11g29840 in the stems was much higher than in the roots and leaves in M96. Furthermore, the expression level was more than four times in M96 stem than in the wild type stem. Our results suggested that the mutant gene was likely a new allele to the reported gene LAZY1. Isolation of this new allele would facilitate the further characterization of LAZY1. 展开更多
关键词 PLANT architecture GRAVITROPISM LAZY1 GENE MAPPING MUTANT
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利用CODEHOP设计简并引物并克隆玫瑰LAZY1基因片段
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作者 李政宏 李勇 +3 位作者 邹凯 李忠健 赵兰勇 徐宗大 《山东林业科技》 2018年第3期7-10,共4页
为克隆玫瑰LAZY1基因,介绍使用CODEHOP设计简并引物的方法。本文使用CODEHOP设计出10条简并引物,以玫瑰幼茎提取的RNA反转录所得到的cDNA为模板,经RT-PCR扩增得到长度为410bp的基因片段,将该产物连接到pMD-18T载体中,转化至Trans1-T1大... 为克隆玫瑰LAZY1基因,介绍使用CODEHOP设计简并引物的方法。本文使用CODEHOP设计出10条简并引物,以玫瑰幼茎提取的RNA反转录所得到的cDNA为模板,经RT-PCR扩增得到长度为410bp的基因片段,将该产物连接到pMD-18T载体中,转化至Trans1-T1大肠杆菌中进行测序,测序片段在Genbank中通过Blastx检索与其他物种LAZY1基因的同源性,发现产物片段与其他植物中的LAZY1基因具有较高的相似性和同源性。研究结果表明CODEHOP在线设计简并引物方法简单实用,且具有较高阳性率。 展开更多
关键词 玫瑰 同源克隆 简并引物 CODEHOP LAZY1基因
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一个水稻散生突变体tag1的遗传分析及基因定位 被引量:1
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作者 杨菲 张德春 《农业现代化研究》 CSCD 北大核心 2015年第4期684-689,共6页
株型对水稻产量有着重要影响。作为影响株型的重要因素之一,分蘖角度是水稻高产育种上考虑的重要农艺性状。散生突变体tag1(tiller angle 1)在水稻品种台北309转基因后代中被发现。与野生型相比,主要突变表型为分蘖角度和叶夹角显著增大... 株型对水稻产量有着重要影响。作为影响株型的重要因素之一,分蘖角度是水稻高产育种上考虑的重要农艺性状。散生突变体tag1(tiller angle 1)在水稻品种台北309转基因后代中被发现。与野生型相比,主要突变表型为分蘖角度和叶夹角显著增大,并伴随株高、穗长、结实率和枝梗数等性状上的变化。遗传分析表明,tag1的突变性状由一对隐性基因控制。利用F2(tag1/明恢63)群体作为定位群体,突变基因被定位在第11染色体长臂In Del标记AC35795和M7之间,遗传距离分别为0.38 c M和0.95 c M。在该区间内存在一个已被克隆的控制水稻分蘖角度的基因LAZY1。测序比对分析发现,突变体的TAG1存在一个119 bp的缺失,包括第4个外显子50 bp,第4个内含子69 bp,及二者间的剪切位点。因此TAG1是LAZY1的一个新的等位基因,重新命名为LAZY1-2。lazy1和tag1在突变表型上存在一定差异,这可能是LAZY1基因序列的突变位点不同造成的。 展开更多
关键词 水稻 分蘖角度 分子标记 基因定位 LAZY1基因
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全基因组结合位点分析揭示LAZY1控制水稻分蘖角度的下游调控网络 被引量:2
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作者 朱亮 薛蓬勃 +2 位作者 李国强 黄婧 金健 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期1539-1549,共11页
水稻(Oryza sativa L.)是世界上最重要的作物之一,而分蘖角度是水稻的重要性状,它影响着水稻的光合作用面积。LAZY1是水稻中第1个被鉴定的调控水稻分蘖角度的基因,然而LAZY1作为转录因子,它结合的下游基因尚不清楚。本研究通过染色质免... 水稻(Oryza sativa L.)是世界上最重要的作物之一,而分蘖角度是水稻的重要性状,它影响着水稻的光合作用面积。LAZY1是水稻中第1个被鉴定的调控水稻分蘖角度的基因,然而LAZY1作为转录因子,它结合的下游基因尚不清楚。本研究通过染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)技术,研究LAZY1在全基因组水平的结合位点,分析其可能调控的基因。根据ChIP-Seq结果,我们发现大量的peaks除了坐落在基因间隔区外,还坐落在基因的启动子上,暗示LAZY1可能调控大量下游基因的表达。通过GO功能分析和KEGG富集分析,发现LAZY1可能调控一类影响分子代谢和修饰的基因。经过筛选,我们获得了51个LAZY1下游候选基因,根据其中一些已被报道的基因,分析了LAZY1的下游调控网络,为今后的水稻分蘖角度研究提供参考。 展开更多
关键词 水稻 分蘖角度 LAZY1 染色质免疫共沉淀测序 下游基因
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