运用cDNA-AFLP技术初步鉴定两种方法合成的cDNA的指纹图谱

在植物基因克隆以及构建cDNA文库时,都需要合成高质量的双链cDNA,并要达到一定的数量。然而研究者经常受到试验样品量的限制。特别是比较稀少的植物材料,例如植物的根尖、茎尖或花的雌、雄蕊等,难以获得足够的RNA,以致影响cDNA的合成量,无法开展下游的实验。以PCR为基础合成第二链cD-NA的Smart技术(LD-PCR),能够以50ng的总RNA为反转录模板合成高质量的双链cDNA。但研究者对第二链采用PCR方法是否有些基因信息丢失或丰度上发生很大的变化存有疑虑。针对以上存在的问题,通过置换合成和长距离PCR(LD-PCR)两种方法合成3个月的梭梭幼苗茎尖双链cDNA,EcoRI和MseI限制性内切酶双酶切后,用16对选择性扩增引物对两种cDNA进行cDNA-AFLP的指纹图谱分析。结果表明,置换合成和LD-PCR两种方法合成的cDNA指纹图谱中,分别有条带约495条和470条。其中,相同的条带共计433条,不同的条带分别有62条和37条,分别为各自合成方法总指纹数的12.5%和7.87%,相同的指纹信息达87%以上。这说明两种方法合成的cDNA存在着较大的差异,合成方法对cDNA合成质量的影响较大,为研究人员选用何种cDNA合成方法提供了借鉴。

沙鼠耳蜗cDNA文库的构建

为了建立沙鼠耳蜗的cDNA文库 ,先提取沙鼠耳蜗的mRNA并经oligo(dT)引物合成cDNA第一链 ,经LD PCR法扩增合成双链cDNA后 ,克隆到λTriplex2中扩增文库。用耳蜗特异的prestin蛋白基因引物作PCR ,鉴定文库。结果显示 ,文库的库容量为 1.8× 10 6pfu ,重组率为 80 % ,用prestin蛋白基因引物可扩增出 86 3bp的prestin蛋白基因。研究表明 ,构建的文库具有较好的库容量及重组率 ,且插入片段很大 。