基于生物信息学方法分析长链非编码RNA LINC00494在肺腺癌中的表达及诊疗与预后价值

目的探讨LINC00494在肺腺癌中的表达及诊疗与预后价值。方法本研究为实验研究。采用生物信息学分析方法,检索TCGA数据库中535个肺腺癌患者组织和59个正常肺组织的RNA-seq数据,以及相应的患者临床资料(生存信息、性别、年龄、肿瘤长径、临床分期和淋巴结转移情况)。根据LINC00494在肺腺癌患者组织表达的中位数,分为高表达组(224例)和低表达组(224例),比较2组患者临床特征。采用Log-rank检验与多因素Cox回归分析明确LINC00494与肺腺癌患者预后的关系。采用lncATLAS在线数据库分析LINC00494的亚细胞定位情况。通过共表达分析方法获得与LINC00494共表达的蛋白质编码基因,对其进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,探讨LINC00494在肺腺癌中的功能。采用非随机抽样的方法收集2016年1月至2020年12月于西安交通大学第二附属医院经病理学检查确诊为肺腺癌的21例患者,通过将21对肺腺癌及其对应癌旁组织标本进行实时荧光定量PCR(RT-qPCR)实验,验证LIN00494在肺腺癌组织中的表达情况。采用3种肺腺癌细胞系A549、H1299和PC-9,以及正常支气管上皮细胞系BEAS-2B进行RT-qPCR,验证LINC00494的表达水平。将H1299细胞进行细胞核与细胞质分离,确定LINC00494的亚细胞定位。结果LINC00494在肺腺癌组织中较正常肺组织中表达上调。高表达组和低表达组患者的性别、肿瘤长径和临床分期比较差异均有统计学意义(均P<0.01),年龄和淋巴结转移比较差异均无统计学意义(均P>0.05)。生存分析结果显示高表达组的生存状态优于低表达组(χ^(2)=7.24,P=0.007),高表达组的总生存期和中位总生存期均长于低表达组[(7.14±1.82)年比(5.36±1.62)年、(3.89±1.29)年比(3.27±0.87)年]。多因素Cox回归分析结果显示临床分期Ⅱ期、Ⅲ期、Ⅳ期是影响肺腺癌患者预后的独立危险因素,LINC00494高表达水平是影响肺腺癌患者预后的独立保护因素(均P<0.05)。lncATLAS在线数据库分析发现LINC00494定位于细胞核。通过共表达分析方法,获得247个与LINC00494共表达的蛋白质编码基因。GO分析显示与LINC00494共表达的蛋白质编码基因主要富集通路为信号转导、免疫应答、炎性反应、免疫应答调节、细胞表面受体信号等。KEGG分析显示与LINC00494共表达的蛋白质编码基因主要富集通路为细胞因子受体间相互作用、原发性免疫不全、细胞黏附分子、EB病毒感染、T细胞受体信号通路等。21例患者中男13例,女8例;年龄(60.57±10.41)岁,年龄范围40~76岁;肺腺癌组织LINC00494表达较癌旁组织高,差异有统计学意义[(1.954±0.075)比(0.986±0.056),t=2.73,P=0.013]。4种细胞系的LINC00494表达水平差异有统计学意义(F=109.06,P<0.001)。H1299和PC-9肺腺癌细胞系的LINC00494表达水平较正常支气管上皮细胞系BEAS-2B升高[(4.860±0.603)比(1.959±0.168)比(1.002±0.008)],差异均有统计学意义(均P<0.05)。在H1299细胞中,LINC00494约有87%在细胞核中表达。结论LINC00494在肺腺癌中表达上调,且与肺腺癌预后良好有关。LINC00494定位于细胞核,参与多条免疫反应相关通路,是潜在的肺腺癌诊断、治疗和预后评估的生物标志物。