沐川乌骨黑鸡LIPE基因第1外显子多态性及其与体重、肌内脂肪含量的关联分析

【目的】探究沐川乌骨黑鸡激素敏感脂酶(hormone-sensitive lipase,LIPE)基因第1外显子单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点的遗传变异,并分析其与体重、肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)含量的相关性。【方法】采集106只沐川乌骨黑鸡血液,利用PCR扩增和直接测序技术检测LIPE基因第1外显子SNP位点,采用SPSS 21.0软件分析LIPE基因第1外显子SNP位点多态性及其与沐川乌骨黑鸡体重、胸肌IMF含量的相关性;通过生物信息学在线工具分析LIPE基因第1外显子SNP位点对其编码氨基酸的影响;利用实时荧光定量PCR检测LIPE基因在沐川乌骨黑鸡不同组织和不同基因型个体胸肌中的相对表达量。【结果】沐川乌骨黑鸡LIPE基因第1外显子共检测到3个SNP位点,66 bp处SNP位点(SNP1:c.66 A>C)上发现AA、AC和CC 3种基因型;440 bp处SNP位点(SNP2:c.440 A>G)上发现AA和AG 2种基因型;462 bp处SNP位点(SNP3:c.462 G>A)上发现GG和GA 2种基因型。卡方适合性检验表明,沐川乌骨黑鸡LIPE基因第1外显子的SNP2、SNP3位点符号哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05),SNP1位点偏离哈迪-温伯格平衡状态(P<0.05)。关联分析表明,SNP2位点的AG基因型个体胸肌IMF含量显著高于AA基因型(P<0.05),各位点不同基因型个体体重均无显著差异(P>0.05)。氨基酸序列比对分析显示,SNP2为非同义突变,其导致赖氨酸变为精氨酸。实时荧光定量PCR结果显示,LIPE基因在脂肪组织中表达量较高,SNP2位点AA基因型个体胸肌中LIPE基因mRNA表达水平极显著高于AG基因型(P<0.01)。【结论】沐川乌骨黑鸡LIPE基因第1外显子存在3个SNP位点,其中SNP2位点对沐川乌骨鸡IMF含量具有显著影响,该位点可作为沐川乌骨黑鸡IMF含量选育的候选分子遗传标记。