检测人TCR BD基因重排时RSS断裂末端的LM-PCR方法的建立

目的:建立检测人T细胞TCRBD基因(Diversity Gene)经历重排的连接介导PCR方法(Ligation Mediate dPCR,LMPCR),为T细胞重排和疾病的关系研究提供基础。方法:在人TCRβ链BD1与BD25′端重组信号序列(RSS)前,BD1与BD23′端RSS后各设计两套用于巢式PCR引物;设计并合成和双链RSS平断裂末端相接的特殊接头(BWLinker),提取胸腺组织、正常人和急性T淋巴细胞白血病(TALL)外周血单个核细胞(PBMC)样本总DNA,和BWlinker连接,进行巢式PCR,PCR产物琼脂糖电泳分析,阳性产物做胶回收,并克隆测序鉴定。结果:在1例胸腺组织提取的总DNA中证实存在BD1和BD25′和3′的RSS断裂末端,在2例TALLs的PBMC中检测到BD25′和3′的RSS断裂末端,2例正常人PBMC中未能检测到RSS断裂末端,阳性的LMPCR产物通过测序鉴定,和基因组中序列完全相符合。结论:1例胸腺组织和2例TALL的PBMC中检测到RSS断裂末端,提示TCRBD基因正经历重排,测序结果表明建立的监测TCR重排的LMPCR方法可靠,可用于T细胞重排模型和相关疾病的机制研究。

PCR和LM-BP神经网络在孔隙度预测中的应用

储层孔隙度是反映储层储集性能的重要参数。目前通常选取与岩心分析孔隙度相关性较高的测井数据与孔隙度建立多元线性回归模型预测储层的孔隙度。因忽略了相关性较低的测井数据可能会造成地层孔隙度部分信息漏失,并且由于变量间的多重共线性会导致采用测井数据进行多变量综合分析时的回归模型不稳定,增大预测误差。针对以上问题,综合选取反映地层声、电、放属性的测井数据,采用主成分回归(PCR)算法、Levenberg-Marquardt(LM)算法优化的BP神经网络以及多元线性回归的方法,分别对靶区Q4段的孔隙度进行预测,结果表明LM-BP神经网络、PCR及多元线性回归的相对误差分别为7.10%、10.63%、14.99%。

利用连接介导PCR检测外源基因整合位点体系的建立

黑素皮质素受体4(Melanocortin receptor 4,MC4R)基因是影响猪生长肥育性能的主效基因之一,是参与调控体重、采食和能量平衡的关键信号物质。文章以转猪MC4R基因阳性小鼠基因组为试验材料,通过连接介导PCR(ligation-mediated PCR,LM-PCR)方法,检测猪MC4R基因在小鼠基因组上的整合位点。结果表明,通过显微注射导入的猪MC4R基因随机整合到了小鼠6号染色体的37 236 754位点处。本研究初步建立了利用LM-PCR法对外源基因整合位点检测的体系,可为今后转基因动物检测奠定基础。

单核细胞增生李斯特氏菌实时荧光定量PCR快速检测方法的建立

为建立单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)的快速检测方法,本研究以LMiap基因为靶基因设计合成引物及TaqMan探针,建立实时荧光定量PCR快速检测LM的方法。结果显示,对15株试验菌株进行实时荧光定量PCR检测,只有LM菌株检测为阳性,表明该检测方法特异性强;该方法的灵敏度为6.5CFU/mL;稳定性和重复性试验结果表明,同一样品重复检测4次Ct值的变异系数均小于2%;利用该检测方法对采集的139份样品进行检测,共计检出3份LM阳性样品,与国标法(GB 478930-2010)检测结果一致。该检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,具有良好的实用性。

单核细胞增生性李斯特菌PCR快速检测方法的建立及在朝阳区大中型宾馆食品卫生监测中的应用

目的:通过扩增iap基因PCR法建立快速检测单核细胞增生性李斯特菌(Lm)方法。方法:用PCR法扩增iap基因来检测Lm标准菌株,并应用于朝阳区大中型宾馆的食品监测中。结果:将Lm、英诺克李斯特及其他13株非李斯特标准菌株同时进行PCR,仅Lm出现特异性条带,而其他菌株均未出现特异性片段,表明所扩增的iap基因约700 bp的DNA片段对Lm具有较高的特异性。PCR法对Lm纯培养物的检测限达106cfu/m l。采用该法对朝阳区大中型宾馆160件食品样品检测,5份样品呈阳性且均来源于B级餐厅,该结果与传统的生化鉴定方法完全一致。结论:扩增iap基因的PCR法对Lm的鉴定具有特异性强、灵敏度高、速度快和易操作等优点,可用于食品Lm分离。朝阳区部分大中型宾馆的食品卫生监督仍有待加强。

单核细胞增生性李斯特菌PCR快速检测方法建立及应用

目的 通过扩增hly基因PCR法建立快速检测单核细胞增生性李斯特氏菌 (Lm )方法。 方法 :用PCR法扩增hly基因来检测标准菌株及临床分离的Lm的纯培养物和模拟污染的生猪肉、水和牛奶 ,并应用于实际食品检验工作中进行验证。结果 34株Lm的PCR结果呈阳性 ,而其它李斯特菌 ,包括英诺克李斯特菌、绵羊李斯特菌、西尔李斯特菌、威儿李斯特菌和格氏李斯特菌以及非李斯特菌均未出现特异性的片段。表明所扩增的hly基因 3’末段 82 7bp的DNA片段对Lm具有较高的特异性。PCR法对Lm纯培养物的检测限达 10 5CFU/ml,对模拟污染生猪肉、水和牛奶的 30℃ 16h改良LEB增菌培养液用PCR法检测 ,结果检测限达 10CFU/ 2 5 g(ml)。进一步研究表明该PCR扩增体系能检测出 6 .5pg的LmDNA ,整个检测过程只需 2 4h。采用该法对扬州市区 16 9份食品样品检测 ,8份样品Lm呈阳性且结果与传统的生化鉴定方法完全一致。结论 扩增hly基因的PCR法对Lm的鉴定具有特异性强、灵敏度高、速度快和易操作等优点 。

一种改良的启动子序列克隆的染色体步查法

利用染色体步行法,从已知DNA序列克隆侧翼未知序列是非常有效的方法之一,但由于所选用的特定限制性内切酶对目标基因组不能酶解成合适大小的片段,因而受PCR扩增能力的局限,往往扩增不出有效产物.针对这一点,这里我们介绍一种简单有效的改良方法,它包括以下步骤:首先用不同的限制性内切酶(包括平末端和粘性末端)酶解目标基因组DNA,接着,选择能将基因组酶切成弥散、分布均匀的限制性内切酶,如DraⅠ和HindⅢ,合成相对应的接头;然后,选择弥散的、分布均匀的限制性内切酶的酶解产物,构建成含相应接头的基因组DNA文库,用作PCR的模板;最后,用接头引物和特异引物,通过巢式PCR扩增目的片段,获得了理想的扩增效果.采用改进后的染色体步查法,有效地从较复杂的棉花核DNA中克隆出6个棉花启动子序列.

利用Fine-tiling aCGH分析TCR基因重排鉴定T细胞白血病克隆

目的:建立基于分析T细胞受体(TCR)基因重排而确定T细胞-急性淋巴细胞白血病(T-ALL)克隆的新方法,为研究T-ALL中涉及TCR基因位点的染色体易位提供基础。方法:提取1例T-ALL患者外周血单个核细胞(PBMC)的总DNA,利用精细定位的寡核苷酸阵列比较基因组杂交(fine-tiling aCGH)分析样本与对照组基因组DNA的差异,了解不同染色体上可能的断裂点和具体的位点,根据所提供的初步结果,从断裂点涉及的基因序列设计特异引物,采用连接介导PCR(LM-PCR)和序列分析等方法去找出与之发生重排的基因序列。并进一步通过RT-PCR检测TCR基因表达。结果:该例T-ALL患者fine-tiling aCGH结果显示14染色体TCRα/δ基因座出现4个断裂点,分别对应TCR Vδ1、Vδ2、Jδ1和Jδ2基因位点。通过LM-PCR、测序及序列分析,该例T-ALL患者的PBMC中TCR基因涉及Vδ1Dδ2Dδ3 Jδ1、Vδ2Dδ3 Jδ2重排。RT-PCR的结果也验证T-ALL表达该TCR基因重排。结论:结果表明,利用fine-tiling aCGH及LM-PCR技术可以找出TCR基因重排,并且该方法是可靠的,也是发现一些涉及TCR位点的融合基因的一条途径。

单核细胞增生李斯特氏菌快速检测方法建立

[目的]建立单核细胞增生性李斯特氏菌(Lm)快速检测(PCR)方法。[方法]用PCR特异性检测方法,根据Lm的inlA、plcA、plcB、hlyA基因设计4对相应的引物,检测不同浓度Lm纯培养物、金黄色葡萄球菌和乙型副伤寒沙门氏菌标准菌株的纯培养物以及Lm模拟污染的牛奶样品。[结果]Lm扩增出4个相应的产物(分别为255bp、129bp、260bp、234bp),金黄色葡萄球菌和乙型副伤寒沙门氏菌菌株均未扩增出特异性的片段,其中inlA基因最低检出限为25.5μg/ml,其他3对引物最低检测限达2.55μg/ml。对模拟污染的牛奶TSBYE增菌培养液用PCR检测,只扩增出3个相应基因的产物(plcA、plcB、hlyA)。[结论]扩增plcA、plcB、hlyA基因的PCR法对Lm的鉴定具有特异性强、灵敏度高、速度快和易操作等优点,可用于食品的Lm的分离。

单增李斯特氏菌快速鉴定技术的研究

目的：建立单增李斯特氏菌快速鉴定技术；方法：选择Hly、Inl基因设计扩展片段分别为300～400bp、600～700bp的二对特异性引物,进行PCR扩增；结果：单增李斯特氏菌标准菌株及本实验室分离保存的单增李斯特氏菌均扩增出两条明显条带,其它食品中常见致病茵及非增李斯特氏茵均不见扩增条带．52株李斯特氏菌生化符合菌中,有30株菌同时扩增出两条明显条带,与mini-VIDSA测定法比较,两者符合率达92.31%(P＞0.5；X2=0.5)．结论：本实验建立的PCR鉴定技术为一种简便、快速、敏感性强、特异性高的单增李斯特氏菌鉴定方法．

8株鸭疫里默氏杆菌安徽分离株的生物学特性分析

鸭疫里默氏杆菌病是由鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)感染引起的主要发生于鸭的一种慢性或急性、高度接触性传染病。本研究开展了2017年分离自安徽的8株RA菌株的生物学特性研究。血清型检测结果表明,8株RA中6株为血清10型,2株为血清15型;对24种抗菌药物敏感性检测结果表明,RA对阿莫西林、头孢他啶和头孢吡啶敏感,对洛美沙星和阿奇霉素耐药;生物被膜检测结果表明,8株菌株中有7株为强生物被膜形成株,1株为弱生物被膜形成株;运用real-time PCR对强生物被膜形成菌株AH-1和弱生物被膜形成菌株AH-35中的生物被膜形成相关的5个基因进行检测,结果表明,与AH-35菌株相比,AH-1中的Riean_0023、Riean_1039和Riean_1564基因的转录水平均显著上调(p<0.01)。本研究为安徽省RA的防控提供参考。

Egfr基因启动子区的DNaseⅠ高敏感位点定位

目的用一种新方法研究表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因启动子区脱氧核糖核酸酶Ⅰ高敏感位点(DNaseⅠhypersensitive site,DHS),找出确切DNaseⅠ酶切位点,进而预测可能与DHS相结合的转录因子,探索egfr基因表达调控机制。方法本研究以宫颈癌细胞系HeLa(EGFR+)、乳腺癌细胞系MDA-MB-231(EGFR+)和阴性对照白血病细胞系K562(EGFR-)为模型,在用浓度为5kU/L、10kU/L DNaseⅠ消化细胞核中染色质后,采用连接介导PCR(ligation-mediatedPCR,LM-PCR)的方法,检测出egfr基因启动子区DHS,并进行测序。通过对测序结果进行分析,确定egfr基因启动子区DHS的具体位置。用生物信息学方法对所得DHS进行分析,预测与之结合的转录因子。结果对测序结果进行分析得到确切DNaseⅠ酶切位点。在egfr基因表达阳性的宫颈癌细胞系HeLa、乳腺癌细胞系MDA-MB-231中,DHS位于转录起始点上游300bp至500bp的启动子区内;而在egfr基因表达阴性的白血病细胞系K562中未发现DHS。运用生物信息学方法,用转录元件搜索软件(transcription element search software,TESS)对DHS进行分析,找到16个可能与egfr基因启动子区DHS序列相结合的转录因子。结论在egfr基因表达阳性的细胞系中,egfr基因启动子区存在DHS,可能是转录因子的结合区。这些实验结果为研究egfr基因启动子区空间构象、预测转录因子结合位点提供了部分实验依据。

针对单增李斯特菌iap基因PCR检测方法的建立及其应用

为了建立快速、简便的单增李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)PCR检测方法,试验根据Gen Bank上已发表的单增李斯特菌iap基因序列,设计1对特异性引物,通过优化各种条件建立针对iap基因的单增李斯特菌的PCR检测方法,并对该方法的灵敏度和特异性进行评估及初步临床应用。结果表明:建立的PCR检测方法的最佳退火温度为60℃,Mix最佳使用量为12.5μL,模板使用量为30 ng;该方法对单增李斯特菌纯培养物的检测限为1×105cfu/m L,且能够区分单增李斯特菌和英诺克李斯特菌,对沙门氏菌、大肠杆菌及猪链球菌均无交叉反应;对42份疑似感染单增李斯特菌临床样品进行PCR检测,有7份扩增结果呈阳性,与传统分离培养结果一致。说明试验所建立的PCR方法可用于食品中单增李斯特菌的检测。

DNA-protein interaction at erythroid important regulatory elements of MEL cells bv in vivo footprinting

Using ligation-mediated PCR method to study the status of DNA-protein interaction at hypersensitive site 2 of locus control Region and βmaj promoter of MEL cell line before and after induction, MEL cell has been cultured and induced to differentiation by Hemin and DMSO, then the live cells have been treated with dimethyl sulfate. Ligation mediated PCR has been carried out following the chemical cleavage. The results demonstrate that before and after induction, the status of DNA-protein interaction at both hypersensitive site 2 and βmaj promoter change significantly, indicating that distal regulatory elements (locus control region, hypersensitive sites) as well as proximal regulatory elements (promoter, enhancer) of β-globin gene cluster participate in the regulation of developmental specificity.

Amplification, analysis and chromosome mapping of novel homeobox-containing and homeobox-flanking sequences in rice

Homeobox genes, widely distributed among animal and plant kingdoms, play an important role in developmental process. Several homeobox conserved fragments were amplified by PCR and the flanking regions were also obtained by an LM-PCR procedure. Sequencing and Southern analysis showed that they belong to a homeobox gene family of rice. Six homeobox-containing fragments were mapped on the molecular linkage map of rice. They were located on chromosomes 3, 4 and 7 respectively. It is noteworthy that there are 4 homeobox fragments located on rice chromosome 3 and the result is also consistent with the comparative genomics between rice and maize.