鸡lmbr1基因内含子多态与趾型的关联

【目的】多趾是丝羽乌骨鸡的品种特征之一,但其多趾发生的分子机制尚未知。Lmbr1基因是人和鼠轴前多趾的关键候选基因,其同源基因是否是鸡多趾表型的关键候选基因值得研究。【方法】本研究以多趾的丝羽乌骨鸡和四趾的白洛克肉鸡杂交建立的资源家系为研究素材,采用直接测序和PCR-SSCP相结合的方法进行了鸡lmbr1基因内含子13的克隆、多态分析及其在不同物种的序列保守性比较、单体型分析及单核苷酸多态与趾型的关联分析。【结果】从内含子13检测到4个SNPs,发现这些单核苷酸多态构成的单体型在丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡间的分布呈现明显的差异,PCR-SSCP基因型在资源家系亲代和F2代均呈现与趾型的显著关联。【结论】鸡lmbr1基因内含子13变异与调控鸡多趾表型的特异性位点紧密连锁,鸡lmbr1基因应是鸡多趾表型的重要候选基因,今后应进一步加大鸡lmbr1基因全基因组水平和其临近区域基因的检测。

北京油鸡Lmbr1基因第16外显子SNPs与多趾性状的相关性研究

将Lmbr1基因作为鸡多趾研究的候选基因,寻找与多趾有关的SNPs并进行相关性分析研究。通过PCR-SSCP及直接测序,在北京油鸡(四趾/五趾)Lmbr1基因第16外显子检测到2个位点存在同义突变(c.1326A>G和c.1360C>A),5种基因型(AABB、aaBB、AABb、AaBb、AaBB)。对c.1326A>G、c.1360C>A两位点在不同趾型的基因频率及基因型进行统计分析,结果发现,在c.1326A>G位点,双五趾和混合趾中a为优势等位基因(0.83、0.81),双四趾中A为优势等位基因(0.53),双五趾和混合趾中aa为优势基因型(0.650、0.625),双四趾中Aa为优势基因型(0.420),AA基因型仅出现在双四趾中,在双五趾和混合趾中没有发现。在c.1360C>A位点,双五趾、混合趾和双四趾中B均为优势等位基因(0.85、0.88、0.76);双五趾、混合趾和双四趾中BB均为优势基因型(0.692、0.750、0.516),在试验鸡群中没有发现bb基因型。在北京油鸡群体中,c.1326A>G等位基因处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P<0.01),c.1360C>A等位基因处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。研究结果表明,c.1326A>G位点与鸡趾型密切相关,有望用于标记辅助选择。

猪Lmbr1基因部分cDNA序列的克隆及序列分析

利用RT—PCR和RACE方法克隆了正常猪和全同胞多趾猪Lmbr1基因部分cDNA序列并进行了序列分析。结果表明，正常猪该序列长1797bp，其中CDS序列1178bp，3’UTR序列619bp。全同胞多趾猪该序列长1069bp，其中CDS序列768bp，3’UTR序列301bp。正常猪与多趾猪Lmbr1基因的CDS序列相似性近77％，而3’UTR序列相似性不足20％。两者的CDS序列在755～768bp间，共发生13个核苷酸突变：G755C、A756T、A757G、T758C、C759A、A760G、C761T、T762G、A763C、G764T、A765G、T767G、T768A。其中，前11个突变属于错义突变，导致相应的氨基酸序列中4个氨基酸发生变化：G突变为A、I突变为A、T突变为V、R突变为L；后2个突变属于无义突变，导致阅读框提前终止。猪Lmbrl基因发生突变能引起SHH的异常表达，这可能是导致猪多趾发生的根本原因。

鸡lmbr1基因单核苷酸多态与生长及屠体性状的关联性

Lmbr1基因是脊椎动物肢体发育的关键候选基因,该基因对畜禽生长及屠体性状的影响尚未见报道．本研究以lmbr1基因作为控制鸡生长及屠体性状的候选基因,以丝羽乌骨鸡和白洛克肉鸡杂交产生的F2资源鸡群为实验群体．采用单链构象多态性(SSCP)结合测序方法在外显子16检测到T／C和G／A突变各一,在内含子5检测到一个A／C突变．在亲代检测到突变位点后,进一步进行F2代鸡群的基因型检测．方差分析结果显示鸡lmbr1基因外显子16的T／C多态与全净膛率、肌胃率、胫爪率和胫围显著相关,内含子5的A／C多态与胫爪率、肝脏比率和头颈重显著相关,但两个位点都与其他生长及屠体性状的相关不显著．研究结果表明,鸡lmbr1基因应是控制这些生长及屠体性状的主效基因或与控制这些性状的主效基因紧密连锁．

一个轴前多指畸形家系的基因变异分析

目的对1个轴前多指畸形家系进行基因变异分析,明确其可能的致病原因。方法提取先证者及其父母外周血DNA,采用trio全外显子组测序法检测疾病相关基因,筛选出可疑致病基因,并在家系其他成员中进行Sanger测序验证。结果基因测序结果显示家系中6例患者的LMBR1基因均存在c.423+4909(IVS5)C>T杂合变异。表型正常家系成员未检测到该变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,LMBR1基因c.423+4909(IVS5)C>T变异被判断为致病性(PM1+PM2+PP1-S(PS)+PP4+PP5)。结论LMBR1基因第c.423+4909C>T变异可能为该家系患者的致病原因。