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基于Laplacian正则化与双向随机游走的药物重定位方法
被引量:
2
1
作者
宋映龙
彭昱忠
《计算机应用与软件》
北大核心
2018年第7期199-204,249,共7页
传统的药物研制需要企业投入大量的人力物力和研发时间,而且要承担很高的失败风险。药物重定位可以为已有药物寻找新的适应症,极大地降低成本、提高研发效率,因此受到广泛重视。随着大规模生物表型数据的收集,基于计算方法的药物重定位...
传统的药物研制需要企业投入大量的人力物力和研发时间,而且要承担很高的失败风险。药物重定位可以为已有药物寻找新的适应症,极大地降低成本、提高研发效率,因此受到广泛重视。随着大规模生物表型数据的收集,基于计算方法的药物重定位表现出很大的潜力,其计算结果可以为生物学实验提供重要的方向性意见,所以研究优秀的药物重定位方法非常重要。提出LN-RWR算法,整合药物之间与疾病之间的相似度信息、药物和疾病的互作用信息构建异质网络,使用Laplacian正则化构造转移矩阵,在异质网路上进行随机游走,综合双向随机游走的结果进行药物重定位。实验结果表明,LN-RWR比现有方法效果更好,在不同数据集上都达到了较好的效果,而且案例分析结果表明LN-RWR的预测结果很多正在被生物学家们关注和研究。
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关键词
药物重定位
随机游走
Laplacian正则化
ln-rwr
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题名
基于Laplacian正则化与双向随机游走的药物重定位方法
被引量:
2
1
作者
宋映龙
彭昱忠
机构
复旦大学计算机科学技术学院上海市智能信息处理重点实验室
广西师范学院计算机与信息工程学院广西高校数据科学重点实验室
出处
《计算机应用与软件》
北大核心
2018年第7期199-204,249,共7页
基金
国家自然科学基金项目(61562008)
广西自然科学基金项目(2017GXNSFAA198228)
文摘
传统的药物研制需要企业投入大量的人力物力和研发时间,而且要承担很高的失败风险。药物重定位可以为已有药物寻找新的适应症,极大地降低成本、提高研发效率,因此受到广泛重视。随着大规模生物表型数据的收集,基于计算方法的药物重定位表现出很大的潜力,其计算结果可以为生物学实验提供重要的方向性意见,所以研究优秀的药物重定位方法非常重要。提出LN-RWR算法,整合药物之间与疾病之间的相似度信息、药物和疾病的互作用信息构建异质网络,使用Laplacian正则化构造转移矩阵,在异质网路上进行随机游走,综合双向随机游走的结果进行药物重定位。实验结果表明,LN-RWR比现有方法效果更好,在不同数据集上都达到了较好的效果,而且案例分析结果表明LN-RWR的预测结果很多正在被生物学家们关注和研究。
关键词
药物重定位
随机游走
Laplacian正则化
ln-rwr
Keywords
Drug relocation
Random walk
Laplacian normalization
ln-rwr
分类号
TP3 [自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
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职称材料
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作者
出处
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被引量
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1
基于Laplacian正则化与双向随机游走的药物重定位方法
宋映龙
彭昱忠
《计算机应用与软件》
北大核心
2018
2
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