血清lncRNA-XIST、lncRNA-MALAT1水平与多囊卵巢综合征不孕症患者胰岛素抵抗及促排卵治疗后妊娠结局的关联性研究

目的探讨lncRNA-XIST、lncRNA-MALAT1与多囊卵巢综合征(PCOS)不孕症患者胰岛素抵抗及促排卵治疗后妊娠结局的关联性。方法招募2020年2月至2022年1月于唐山市妇幼保健院进行促排卵治疗的125例PCOS不孕症患者(PCOS不孕症组),另选取同期体检健康的女性125名作为对照组。比较两组血清lncRNA-XIST、lncRNA-MALAT1水平及稳态模型评估的胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)。采用Pearson相关分析探讨血清lncRNA-XIST、lncRNA-MALAT1水平与HOMA-IR的相关性。采用多因素logistic回归分析探讨影响PCOS不孕症患者促排卵治疗后妊娠结局的因素。结果与对照组比较,PCOS不孕症组血清lncRNA-XIST水平及HOMA-IR较高,lncRNA-MALAT1水平较低,差异有统计学意义(P<0.05)。HOMA-IR与血清lncRNA-XIST水平呈正相关(r=0.689,P<0.001),与血清lncRNA-MALAT1水平呈负相关(r=-0.771,P<0.001)。PCOS不孕症患者经促排卵治疗后累积临床妊娠率为43.20%(54/125)。多因素logistic回归分析结果显示,较高的促黄体生成素(LH)/卵泡刺激素(FSH)比值[OR(95%CI)=1.121(1.005~1.278)]和血清lncRNA-XIST水平[OR(95%CI)=1.252(1.014~1.449)]是促进PCOS不孕症患者治疗后未妊娠的独立危险因素(P<0.05),较高的血清抗米勒管激素(AMH)水平[OR(95%CI)=0.518(0.348~0.771)]、lncRNA-MALAT1水平[OR(95%CI)=0.394(0.238~0.652)]是促进PCOS不孕症患者治疗后获得妊娠的保护因素(P<0.05)。结论PCOS不孕症患者血清lncRNA-XIST呈高表达,lncRNA-MALAT1呈低表达,且两个指标水平与胰岛素抵抗、促排卵治疗后妊娠结局密切相关。

基于铜死亡相关lncRNAs的胰腺癌预后模型构建与验证

目的研究铜死亡相关lncRNAs在胰腺癌(PAAD)患者中的预后预测价值,并进一步构建预后预测模型。方法从TCGA数据库中下载胰腺癌患者的转录组测序数据和相应临床信息,通过Pearson相关性分析筛选与预后相关的铜死亡相关lncRNAs,先后利用单因素Cox回归和Lasso回归分析并进一步构建预后模型。根据模型的风险评分中位数,将所有患者分为高风险组和低风险组。通过Kaplan-Meier生存分析、亚组分析、ROC曲线分析及一致性指数分析评估模型的预后预测价值,并利用单因素和多因素回归分析验证模型的独立性。对高、低风险组的差异表达基因进行GO及KEGG功能富集分析,并对高、低风险组患者进行肿瘤突变负荷(TMB)分析、免疫治疗反应预测以及药物敏感性分析。结果通过Pearson相关性分析,确定了127个铜死亡相关的lncRNAs,先后利用单因素Cox回归分析及Lasso回归分析构建了一个基于6个铜死亡相关lncRNAs的预后预测模型。根据模型计算结果将PAAD患者队列分成高风险组和低风险组,Kaplan-Meier生存分析表明低风险组患者的生存时间要长于高风险组(P<0.05)。ROC曲线证明了该模型对胰腺癌患者预后的预测性能良好:1、3、5年ROC曲线下面积分别为0.687、0.753、0.771;基因功能富集分析表明,高、低风险组差异表达基因主要富集于免疫相关通路。此外,高风险组患者的TMB值明显大于低风险组,而TIDE评分明显低于低风险组。最后,通过药物敏感性分析发现不同组的胰腺癌患者对特定药物的敏感性存在统计学差异,对临床用药具有一定的指导意义。结论本研究基于铜死亡相关lncRNAs成功构建了一个PAAD患者预后模型,可精准预测PAAD患者的预后,并为患者的临床药物治疗选择提供个性化指导。

过表达lncRNAHEM2M改善非酒精性脂肪肝病小鼠的肝脏损伤

目的探讨过表达长链非编码RNA(lncRNA)HEM2M对非酒精性脂肪肝病(NAFLD)小鼠肝损伤的影响。方法野生型C57BL/6(WT)和条件性髓系细胞lncRNAHEM2M过表达(MYKI)小鼠分别喂饲普通饮食(ND)和高脂饮食(HFD),即为WT+ND、MYKI+ND、WT+HFD和MYKI+HFD组。12周后行腹腔糖耐量及胰岛素耐量试验后处死小鼠,检测小鼠血清和肝脏组织的肝功能指标,制备肝脏组织切片后行HE染色和F4/80免疫组化染色,ELISA法检测肝脏组织中IL-6、IL-1β和TNF-α水平,qRT-PCR检测M1型(TNF-α、iNOS和IL-6)和M2型(Arg-1、YM-1和IL-10)巨噬细胞标志物mRNA表达,免疫印迹检测肝脏组织中P-AKT、T-AKT、NLRC4、caspase-1和GSDMD蛋白表达,比色法和免疫荧光测定肝脏组织caspase-1活性。结果与HFD喂饲的WT小鼠相比,MYKI+HFD小鼠肝功能损伤减轻(P<0.01),肝脏脂肪变缓解,肝脏巨噬细胞浸润减少,糖耐量损伤及胰岛素抵抗改善(P<0.01);MYKI+HFD小鼠肝脏组织IL-6、IL-1β和TNF-α水平降低(P<0.01),M1型巨噬细胞标志物mRNA表达减少(P<0.01),M2型mRNA表达增加(P<0.01);MYKI+HFD小鼠肝脏组织NLRC4炎症小体活性降低(P<0.01),活性caspase-1减少,GSDMD-N蛋白表达降低(P<0.05)。结论过表达lncRNAHEM2M降低NAFLD小鼠肝脏炎症因子水平,进而改善胰岛素抵抗并抑制肝脏NLRC4炎症小体激活,减少肝细胞焦亡,最终改善NAFLD小鼠肝脏损伤。

lncRNA MEG8通过调控miR-367-3p/PTEN介导慢性阻塞性肺疾病发展的分子机制研究

目的 探究长链非编码RNA(lncRNA)MEG8通过调控miR-367-3p/磷酸酶张力蛋白同源物基因(PTEN)介导慢性阻塞性肺疾病(COPD)发展的分子机制。方法 采用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)检测16HBE细胞和COPD组织lncRNA MEG8表达水平;在香烟烟雾提取物(CSE)刺激后的16HBE细胞中过表达lncRNA MEG8及加入miR-367-3p inhibitor后同时敲减lncRNA MEG8或PTEN,采用MTT法、流式细胞术、酶联免疫吸附试验和免疫印迹法检测细胞凋亡、细胞增殖和炎症因子水平的变化;利用双荧光素酶报告系统对lncRNA MEG8、miR-367-3p、PTEN的靶向关系进行验证。结果 MEG8在CSE刺激的16HBE细胞和COPD临床组织样本中表达降低(P<0.05)。相比于CSE组,过表达MEG8后CSE刺激的16HBE细胞凋亡和炎症因子白细胞介素(IL)-1β、IL-6和肿瘤坏死因子(TNF)-α水平降低(P<0.05),促凋亡蛋白Bax、Caspase3和Cleaved-caspase3表达水平降低(P<0.05),凋亡抑制因子Bcl-2表达水平升高(P<0.05)。双荧光素酶报告基因实验验证了MEG8可靶向抑制miR-367-3p(P<0.05),同时miR-367-3p可靶向抑制PTEN的表达(P<0.05),进而抑制CSE刺激的16HBE细胞的凋亡和炎症反应(P<0.05)。在CSE刺激下,相较于Control组,加入miR-367-3p inhibitor可显著上调16HBE细胞中PTEN的蛋白表达水平(P<0.05),增强细胞增殖活性(P<0.05),减少细胞凋亡(P<0.05),显著下调促凋亡蛋白Bax、Caspase 3和Cleaved-caspase3的表达水平(P<0.05),上调抗凋亡蛋白Bcl-2的表达水平(P<0.05),抑制炎症因子IL-1β、IL-6和TNF-α的水平(P<0.05),随后敲降MEG8或PTEN可恢复PTEN的蛋白表达水平(P<0.05),抑制细胞增殖活性(P<0.05),逆转miR-367-3p inhibitor导致的细胞凋亡(P<0.05)以及对凋亡相关蛋白的调控作用(P<0.05),增强炎症因子IL-1β、IL-6和TNF-α的水平(P<0.05)。结论 MEG8通过调控miR-367-3p/PTEN轴抑制CSE刺激的16HBE细胞的凋亡和炎症反应,并可能为临床COPD的治疗提供新的治疗策略。

LncRNA靶向miRNA调控子宫内膜癌发生发展的研究进展

长链非编码RNA(LncRNA)在多种肿瘤进展中扮演重要角色,MicroRNAs(miRNAs)是目前研究最多的LncRNA下游靶点,LncRNA靶向miRNAs可以直接参与肿瘤细胞生物学行为的调控。高表达或低表达的LncRNA可靶向miRNA调控下游信号通路,促进或抑制子宫内膜癌(endometrial cancer, EC)进展。随着对LncRNA/miRNA调控轴在子宫内膜癌研究的深入,LncRNA和miRNA有望成为EC诊疗的新靶点和预后标志物。本文围绕LncRNA及miRNA对EC的调控、lncRNA调控miRNA在EC中的作用进行综述。

藏猪、川乡黑猪妊娠期子宫体繁殖功能相关lncRNA鉴定和功能预测

[目的]探讨长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在藏猪、川乡黑猪繁殖过程中的调控机理,筛选相关lncRNA。[方法]采集具有不同产仔数的藏猪和川乡黑猪妊娠期的子宫体组织作为样本,建立特异性猪子宫mRNA文库,利用Illumina PE150 HiSeq平台进行测序,测序结果经过质控、比对与拼接后,筛选出差异表达lncRNA并预测其靶基因,对靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。随机选取7个差异表达lncRNAs进行实时荧光定量PCR验证。[结果]在藏猪和川乡黑猪子宫体中存在32个共同差异表达lncRNAs,共得到168个靶基因。GO功能分析显示,不同繁殖能力的样本共同差异表达lncRNA的靶基因主要富集于分子代谢、转录活性调节、细胞增殖调节、子宫体修饰、微量元素代谢等条目中;KEGG通路分析显示,共同差异表达lncRNA的靶基因主要富集在糖酵解过程、卵母细胞分裂、细胞寿命调节、Ras信号通路、RIG-Ⅰ信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、调控稳态过程等。实时荧光定量PCR结果显示,7个差异表达lncRNAs的表达与转录组测序结果一致。[结论]本研究在藏猪和川乡黑猪子宫体中发现了32个可能通过调控潜在靶基因参与母猪妊娠过程的lncRNAs,为进一步研究lncRNA在母猪繁殖过程中的调节机制提供了参考依据。这些lncRNA可作为新的繁殖性状生物标记用于猪的育种过程中。

lncRNA HCP5靶向miR-409-3p对皮肤鳞状细胞癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响

目的:探讨lncRNA HCP5靶向mlR-409-3p对皮肤鳞状细胞癌(CSCC)细胞增殖、迁移和侵袭的影响。方法:采用qRT-PCR法检测CSCC细胞(SCC13、A431、HSC-5)中HCP5和miR-409-3p的表达情况,筛选用于实验的CSCC细胞。将抑制HCP5表达的质粒si-HCP5及其对照(si-NC)、过表达miR-409-3p的miR-409-3p模拟物及其对照(miR-NC)、抑制HCP5和miR-409-3p的si-HCP5+anti-miR-409-3p及其对照(si-HCP5+anti-miR-NC)分别转染SCC13细胞。采用CCK-8法和Transwell实验检测SCC13细胞增殖、迁移、侵袭能力,Western blot法检测细胞周期蛋白D1(CyclinD1)、基质金属蛋白酶(MMP)2、MMP9蛋白表达水平。通过双荧光素酶报告基因实验验证HCP5和miR-409-3p的靶向关系。结果:SCC13细胞中HCP5表达最高,miR-409-3p表达最低(P<0.05)。抑制HCP5表达后SCC13细胞增殖能力降低,细胞迁移数和侵袭数减少,CycIinD1、MMP2、MMP9蛋白表达水平降低(P<0.05)。过表达miR-409-3p后SCC13细胞增殖能力降低,细胞迁移数和侵袭数减少,CycinD1、MMP2、MMP9蛋白表达水平降低(P<0.05)。双荧光素酶报告基因实验结果显示lncRNA HCP5和miR-409-3p存在靶向关系。抑制miR-409-3p表达可减弱HCP5低表达对SCC13细胞增殖以及迁移、侵袭能力的影响(P<0.05)。结论:抑制HCP5可通过靶向促进miR-409-3p表达来抑制CSCC细胞增殖、迁移和侵袭。

非小细胞肺癌不同胸腔积液严重程度及预后患者lncRNA MEG3表达及其与Th17/CD4^(+)T细胞的关系

目的:研究非小细胞肺癌(NSCLC)不同胸腔积液严重程度及预后患者lncRNA MEG3表达及其与Th17/CD4^(+)T细胞的关系。方法:选取2020年1月至2022年12月福建医科大学附属泉州第一医院收治的104例NSCLC恶性胸腔积液患者作为研究对象,根据胸腔积液量分为3组:少量胸腔积液组(35例)、中量胸腔积液组(42例)、大量胸腔积液组(27例)。根据患者疾病实际发展转归分为预后良好组(29例未出现复发和转移)和预后不良组(75例出现复发和转移)。另选取同期于福建医科大学附属泉州第一医院治疗的60例肺炎良性胸腔积液患者作为对照组。实时荧光定量PCR检测两组胸腔积液中MEG3表达。收集受试者外周静脉血,流式细胞术检测外周血Th17细胞、CD4^(+)T细胞比例,并计算Th17/CD4^(+)T。对比各组患者lncRNA MEG3及外周血Th17、CD4^(+)T细胞水平。Logistic回归分析NSCLC胸腔积液及预后的影响因素。结果:NSCLC组胸腔积液lncRNA MEG3表达及CD4^(+)T细胞百分比低于对照组,Th17细胞百分比、Th17/CD4^(+)T高于对照组(P<0.05)。大量胸腔积液组lncRNA MEG3表达及CD4^(+)T细胞百分比低于少量胸腔积液组、中量胸腔积液组,中量胸腔积液组lncRNA MEG3表达及CD4^(+)T细胞百分比低于少量胸腔积液组,大量胸腔积液组Th17细胞百分比、Th17/CD4^(+)T高于少量胸腔积液组、中量胸腔积液组,中量胸腔积液组Th17细胞百分比、Th17/CD4^(+)T高于少量胸腔积液组(P<0.05)。预后不良组lncRNA MEG3表达及CD4^(+)T百分比低于预后良好组,而Th17细胞百分比、Th17/CD4^(+)T高于预后良好组(P<0.05)。Logistic回归分析结果显示,lncRNA MEG3为NSCLC胸腔积液的保护因素,Th17/CD4^(+)T为危险因素(P<0.05);lncRNA MEG3为NSCLC预后的保护因素,Th17/CD4^(+)T为危险因素(P<0.05)。结论:NSCLC不同胸腔积液严重程度及预后患者lncRNA MEG3表达及Th17/CD4^(+)T不同,且lncRNA MEG3为NSCLC胸腔积液及预后的保护因素,Th17/CD4^(+)T为危险因素,可作为胸腔积液严重程度及预后诊断的有效生物标志物。

敲降lncRNA UCA1降低人膀胱癌细胞系T24对吉西他滨耐药

目的探讨lncRNA UCA1对人膀胱癌细胞系T24体外对吉西他滨(GEM)耐药的影响及相关分子机制。方法用RT-qPCR检测T24细胞和T24/GEM细胞中UCA1 mRNA表达。用不同浓度GEM(0.1、1和10μmol/L)刺激T24/GEM细胞48 h,用LC3染色法观察自噬斑,Western blot检测自噬相关蛋白质表达。将UCA1-shRNA或UCA1-shRNA+pcDNA-Bcl-2转入T24/GEM细胞,用MTT法和流式细胞测量术评估细胞对GEM的敏感性;用Western blot检测p53、Bcl-2和自噬相关蛋白质的表达。结果T24/GEM细胞中UCA1的表达显著高于亲本T24细胞(P<0.05)。在0~10μmol/L浓度范围的GEM呈依赖性促进T24/GEM细胞自噬(P<0.05)。敲降UCA1后,T24/GEM细胞对GEM的敏感性增加(P<0.05),自噬能力减弱(P<0.05),p53和Bcl-2表达降低(P<0.05)。Bcl-2过表达能部分逆转UCA1-shRNA对T24/GEM细胞的GEM增敏和抑制自噬的作用(P<0.05)。结论敲降lncRNA UCA1通过抑制Bcl-2介导的自噬降低T24/GEM细胞对GEM的耐药性。

滋金补水膏对慢性阻塞性肺疾病模型大鼠的治疗作用及对lncRNAPVT1、miR-30b-5p表达的影响

【目的】探讨滋金补水膏对慢性阻塞性肺疾病(COPD)模型大鼠的治疗作用及机制。【方法】将96只大鼠随机分为正常组,模型组,滋金补水膏低、中、高剂量组,盐酸氨溴索组、滋金补水膏高剂量+pcDNA组,滋金补水膏高剂量+pcDNA-人浆细胞瘤转化迁移基因1(PVT1)组,每组12只。除正常组外,其他各组大鼠采用气道滴注脂多糖(LPS)联合烟雾暴露法构建COPD模型。建模成功后,进行给药干预。给药结束后,采用酶联免疫吸附分析(ELISA)检测大鼠血清中白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)水平;流式细胞术检测大鼠外周血中辅助性T细胞17/调节性T细胞(Th17/Treg)水平,苏木素-伊红(HE)染色法观察肺组织病理变化,实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测血清和肺组织中长链非编码RNA(lncRNA)PVT1、miR-30b-5p表达,Western Blot法检测肺组织中维甲酸相关孤核受体γt(RORγt)、叉头框蛋白P3(Foxp3)蛋白表达,双荧光素酶报告基因实验验证lncRNA PVT1与miR-30b-5p的关系。【结果】与正常组比较,模型组肺泡间隔变大,支气管周围有大量炎症细胞浸润,Treg细胞比例、miR-30b-5p表达水平、Foxp3蛋白表达水平降低,IL-6、TNF-α水平,Th17细胞比例、Th17/Treg比值,lncRNA PVT1表达水平,RORγt蛋白表达水平升高(均P<0.05);与模型组比较,滋金补水膏低、中、高剂量组及盐酸氨溴索组大鼠肺组织病理损伤减轻、Treg细胞比例、miR-30b-5p表达水平、Foxp3蛋白表达水平升高,IL-6、TNF-α水平,Th17细胞比例,Th17/Treg比值,lncRNA PVT1表达水平,RORγt蛋白表达水平降低(均P<0.05)。lncRNA PVT1靶向调控miR-30b-5p表达。【结论】滋金补水膏可能通过调节lncRNA PVT1/miR-30b-5p轴促进Th17/Treg细胞平衡来抑制COPD大鼠炎症反应。

LncRNA FAS-AS1转染对K562细胞生物学行为的影响

目的探究LncRNA FAS-AS1对K562白血病细胞生物学行为的影响。方法取对数生长期的K562细胞培养分为空白对照组(正常培养,不做任何处理),阴性对照组(转染LncRNA FAS-AS1空质粒),实验组(Lnc RNA FAS-AS1)。MTT法检测细胞增殖情况,Western blot检测细胞中mTOR、AMPK蛋白含量,流式细胞仪检测细胞凋亡情况。结果与空白对照组和阴性对照组相比,实验组K562细胞FAS-AS1 mRNA表达显著上升(P<0.05),但空白组与阴性对照组细胞中FAS-AS1 mRNA表达比较差异无统计学意义(P>0.05)。随着培养时间的延长,实验组K562细胞的增殖率显著低于对照组(P<0.05),但空白与阴性对照组细胞增殖率比较差异无统计学意义(P>0.05)。实验组凋亡率显著高空白对照和阴性对照组(P<0.05),而空白对照组与阴性对照组凋亡率比较差异无统计学意义(P>0.05)。实验组K562细胞AMPK蛋白表达水平显著高于空白对照组和阴性对照组(P<0.05),而空白对照组和阴性对照组K562细胞中表达水平蛋白mTOR、AMPK比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论LncRNA FAS-AS1过表达对K562白血病细胞的生物学行为有显著影响,能够降低细胞的增殖数量及增殖活性,可能与活化AMPK基因进而阻断mTOR活性相关。

灰树花多糖通过LncRNA HULC/miR-186-5p轴调控胆囊癌细胞增殖、迁移和侵袭

目的:分析灰树花多糖(Grifola frondose polysaccharide,GFP)对胆囊癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响及机制。方法:将对数期GBC-SD细胞随机分组:对照组、GFP组(0.5、1、2µg/mL GFP)、shNC组、shHULC组、miR-NC组、miR-186-5p mimics组、GFP+pcDNA组、GFP+pcDNA-HULC组。CCK-8法检测细胞抑制率;Transwell小室法检测GBC-SD细胞迁移和侵袭;Western Blot印迹检测Cyclin D1、P21、MMP-2、MM-9蛋白水平;qRT-PCR检测LncRNA HULC和miR-186-5p的水平;Starbase在线软件预测HULC与miR-186-5p的结合位点,双荧光素酶报告实验检测LncRNA HULC和miR-186-5p的靶向关系。裸鼠移植瘤实验检测GFP对GBC-SD细胞移植瘤体内生长的影响。结果:0.25~8µg/mL GFP对胆囊癌GBC-SD细胞具有一定的抑制作用;与对照组比较,0.5、1、2µg/mL的GFP(极)显著(P<0.05,P<0.01)抑制GBC-SD细胞迁移和侵袭,(极)显著降低Cyclin D1、MMP-2和MM-9水平(P<0.05,P<0.01),(极)显著(P<0.05,P<0.01)增加P21水平,极显著(P<0.01)下调LncRNA HULC,上调miR-186-5p的表达(P<0.05,P<0.01);Starbase在线软件预测HULC与miR-186-5p存在结合位点,与miR-NC组比较,miR-186-5p mimics组HULC-WT的荧光素酶活性极显著降低(P<0.01),而HULC-MUT荧光素酶活性无统计学差异(P>0.05);与shNC组比较,shHULC组HULC相对表达水平极显著(P<0.01)降低,miR-186-5p相对表达水平极显著(P<0.01)增加,细胞存活率、迁移数目、侵袭数目极显著(P<0.01)降低,Cylin D1、MMP-2和MM-9水平极显著下调(P<0.01);与GFP+pcDNA组比较,GFP+pcDN-HULC组抑制率显著降低(P<0.05),迁移数目、侵袭数目极显著增加(P<0.01),Cylin D1、MMP-2和MM-9水平显著上调(P<0.05);与GFP+pcDNA给药组比较,GFP+pcDN-HULC给药组瘤体体积、质量极显著增加(P<0.01),miR-186-5p水平极显著下调(P<0.01)。结论:GFP可抑制胆囊癌细胞的增殖、侵袭和迁移,其机制与调控LncRNA HULC/miR-186-5p有关。

广西麻鸡卵巢组织中差异lncRNA筛选及ceRNA网络构建

【目的】筛选广西麻鸡卵巢中差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、信使RNA(messenger RNA,mRNA)以及微RNA(microRNAs,miRNA),并进一步筛选出与鸡产蛋性状相关的lncRNA,为后期研究lncRNA对鸡产蛋性状的调控提供理论支持。【方法】根据广西麻鸡从开产到41周龄的产蛋情况筛选出高产和低产的广西麻鸡各3只,并以其卵巢组织为材料,进行转录组测序,使用edgeR和DEseq2软件从测序得到的数据中筛选出差异表达的lncRNA、mRNA以及miRNA,利用miRanda软件和lncRNA的顺式作用分别预测miRNA和lncRNA的靶基因,对差异lncRNA的靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析后,利用Cytoscape(v 3.8.2)软件构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络图。利用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果。【结果】本研究共获得广西麻鸡卵巢组织中438个差异表达的lncRNAs、18个差异表达的miRNAs以及301个差异表达的mRNAs。对上述差异表达的lncRNA的靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析后发现,其显著富集于激素分泌调节、中胚层形成、中胚层发育以及中胚层形态发生等与产蛋有关的生物过程,以及MARK、甘露糖O-聚糖的生物合成、卵母细胞减数分裂、孕激素介导的卵母细胞成熟以及促性腺激素释放激素等信号通路。通过GO功能和KEGG通路富集分析获得6个与产蛋性状相关的lncRNAs,分别是TCONS_00091814、TCONS_00051866、XR_006939520.1、XR_005839807.1、TCONS_00088588、TCONS_00037324。根据测序结果成功构建出包含9个miRNAs、60个lncRNAs和3个mRNAs的ceRNA网络图,且网络中所有的基因均在低、高产组中差异表达。所选差异表达基因实时荧光定量PCR结果与转录组测序的基因表达水平一致,说明转录组测序结果可靠。【结论】通过RNA测序技术从广西麻鸡卵巢中筛选到了一系列差异表达的lncRNA,并筛选出了6个可能与产蛋性状相关联的lncRNAs,为进一步提高鸡的产蛋性能提供了理论支持。

lncRNA LUCAT1调控AREG的表达促进宫腔粘连的发生

目的探讨lncRNA LUCAT1通过调控双调蛋白(amphiregulin,AREG)对宫腔粘连发生的作用,为宫腔粘连的防治提供新的分子靶点。方法在宫腔粘连组织和经过转化生长因子-β1(transforming growth factor-β1,TGF-β1)处理的子宫内膜基质细胞(endometrial stromal cell,ESC)中采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)方法检测lncRNA LUCAT1、AREG及纤维化标志物α-平滑肌肌动蛋白(α-smooth muscle actin,α-SMA)、Ⅰ型胶原蛋白(collagen typeⅠalpha 1 chain protein,COL1A1)的mRNA表达水平,采用Western blot法检测AREG、α-SMA、COL1A1的蛋白表达水平。si-LUCAT1、pcDNA LUCAT1、si-AREG分别转染ESC,RT-qPCR方法进一步检测lncRNA LUCAT1和AREG的mRNA表达水平。然后,si-LUCAT1和pcDNA LUCAT1分别转染入ESC中并经过TGF-β1处理48h,采用Western blot法进一步检测AREG、α-SMA、COL1A1的蛋白表达水平,细胞增殖实验和细胞凋亡实验检测细胞增殖率和细胞凋亡率。结果宫腔粘连组织和经TGF-β1处理的ESC中lncRNA LUCAT1、AREG及纤维化标志物α-SMA、COL1A1的表达水平上调。AREG随lncRNA LUCAT1的变化而变化,而下调AREG后lncRNA LUCAT1的表达无明显变化,lncRNA LUCAT1正向调节AREG。在ESC向成纤维细胞转化过程中,si-LUCAT1显著抑制AREG、α-SMA、COL1A1的蛋白表达水平,抑制细胞增殖促进细胞凋亡,差异有统计学意义(P<0.01);pcDNA LUCAT1显著诱导AREG、α-SMA、COL1A1的蛋白表达,差异有统计学意义(P<0.01)。结论lncRNA LUCAT1通过上调AREG的表达促进宫腔粘连的发生。lncRNA LUCAT1/AREG轴可能为宫腔粘连的防治提供新的分子靶点。

LncRNA LIPCAR在慢性心力衰竭患者外周血中的表达及临床意义

目的证实长链非编码RNA LIPCAR(LncRNA LIPCAR)在慢性心力衰竭患者中的表达,探讨LncRNA LIPCAR的表达水平与心脏左室射血分数(LVEF)、血清中氨基末端脑钠肽前体(NT-proBNP)的相关性及其对心力衰竭诊断的效能。方法选取住院患者共80例作为研究对象,依据左室射血分数值将其分为正常对照组(n=20)、心力衰竭射血分数降低组(n=20)、射血分数保留组(n=20)、射血分数中间值组(n=20),采用荧光定量PCR法检测血浆LncRNA LIPCAR水平,双向测流免疫法检测NT-proBNP含量。应用Pearson线性相关分析查验心衰患者LncRNA LIPCAR水平与LVEF值、NT-proBNP的相关性,根据受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)比较LncRNA LIPCAR联合NT-proBNP水平、LVEF值对心力衰竭的预测价值。结果慢性心力衰竭患者LVEF值低于正常对照组(P<0.05);心力衰竭射血分数降低组、射血分数中间值组患者LncRNA LIPCAR值明显高于正常对照组(P<0.05)。慢性心力衰竭患者LncRNA LIPCAR水平与LVEF值呈负相关(P<0.05),与NT-proBNP水平呈正相关(P<0.05)。LncRNA LIPCAR、NT-proBNP水平、LVEF值单独及三者联合预测慢性心衰患者的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.910、0.989、0.847和1.000。结论LncRNA LIPCAR在射血分数降低及中间值心衰患者中异常表达,联合NT-proBNP水平、LVEF值对心力衰竭诊断及预后的预测价值更高。

LncRNA NORAD通过miR-513b-5p/GREM1轴调节颅内动脉瘤血管平滑肌细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的作用机制

目的:探讨长链非编码RNA DNA损伤诱导的非编码RNA(LncRNA NORAD)通过miR-513b-5p/GREM1轴调节颅内动脉瘤血管平滑肌细胞(VSMC)增殖、迁移、侵袭和凋亡的机制。方法:采用实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)法检测人颅内动脉瘤组织和正常组织中LncRNA NORAD、miR-513b-5p及GREM1表达。体外分离培养人VSMC,随机分为对照组、LncRNA NORAD siRNA组、miR-513b-5p mimics组、共转染(LncRNA NORAD siRNA+miR-513b-5p inhibitor)组、共转染阴性对照(LncRNA NORAD siRNA阴性对照+miR-513b-5p inhibitor阴性对照)组,分组转染后,采用实时荧光定量PCR法检测各组细胞LncRNA NORAD、miR-513b-5p及GREM1 mRNA表达;采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和免疫荧光染色检测各组细胞增殖情况;采用Hoechst 33342染色和免疫荧光染色检测各组细胞凋亡情况;采用细胞划痕实验和Transwell实验检测各组细胞迁移、侵袭情况;采用免疫印记实验检测各组细胞上皮间充质转化(EMT)标志蛋白神经钙黏素(N-cadherin)、E-钙黏素(E-cadherin)、波形蛋白(Vimentin)表达;采用双荧光素酶报告实验分析VSMC中LncRNA NORAD对miR-513b-5p、miR-513b-5p对GREM1的靶向调控。结果:与正常组织比较,颅内动脉瘤组织LncRNA NORAD、GREM1 mRNA表达明显升高(P<0.05),miR-513b-5p表达明显降低(P<0.05)。与对照组比较,LncRNA NORAD siRNA组、miR-513b-5p mimics组细胞GREM1 mRNA表达、增殖率、Ki67阳性率、迁移率、侵袭数及N-cadherin、Vimentin蛋白表达降低(P<0.05),miR-513b-5p表达、凋亡率及Bax/Bcl-2、E-cadherin蛋白表达升高(P<0.05);共转染阴性对照组各指标差异无统计学意义(P>0.05)。与LncRNA NORAD siRNA组比较,共转染组细胞GREM1 mRNA表达、增殖率、Ki67阳性率、迁移率、侵袭数及N-cadherin、Vimentin蛋白表达升高(P<0.05),miR-513b-5p表达、凋亡率及Bax/Bcl-2、E-cadherin蛋白表达降低(P<0.05)。结论:敲低LncRNA NORAD可通过上调miR-513b-5p表达而降低GREM1表达,从而抑制VSMC增殖与侵袭迁移,并促使其凋亡。

lncRNA FTX通过靶向miR-590调控膀胱癌细胞的增殖、迁移和侵袭

目的探究lncRNA FTX在膀胱癌中的表达及其对肿瘤细胞增殖、迁移、侵袭的影响和相关机制。方法RT-qPCR检测34例膀胱癌患者癌组织和癌旁组织、人膀胱癌细胞系(5637、RT4、T24和UMUC3)及人输尿管上皮细胞系(SV-HUC-1)中lncRNA FTX和miR-590表达。将沉默lncRNA FTX表达的慢病毒载体(sh-FTX)和阴性对照(sh-NC)分别转染RT4和T24细胞,并记为sh-FTX组和sh-NC组,共转染sh-NC与miR-NC的细胞为sh-NC+miR-NC组,共转染sh-NC与miR-590 inhibitor的细胞为sh-NC+miR-590 inhibitor组,共转染sh-FTX与miR-NC的细胞为sh-FTX+miR-NC组,共转染sh-FTX与miR-590 inhibitor的细胞为sh-FTX+miR-590 inhibitor组。CCK-8检测RT4和T24细胞的增殖率,细胞划痕实验检测RT4和T24细胞的迁移能力,Transwell检测细胞的侵袭能力。Pearson相关系数分析膀胱癌组织中lncRNA FTX表达与miR-590表达的相关性。生物信息学技术和双荧光素酶基因报告实验验证lncRNA FTX和miR-590的调控关系。结果与癌旁组织相比,癌组织中lncRNA FTX的表达明显升高(P<0.01),而miR-590的表达水平显著降低(P<0.01);在膀胱癌组织中miR-590表达与lncRNA FTX表达呈负相关。与SV-HUC-1细胞相比,5637、RT4、T24及UMUC3细胞中lncRNA FTX的表达均明显升高(P<0.05)。与sh-NC组相比,sh-FTX组RT4和T24细胞的增殖率、迁移和侵袭能力均明显降低(P<0.05)。lncRNA FTX可靶向抑制miR-590表达。与sh-NC+miR-NC组相比,sh-NC+miR-590 inhibitor组RT4和T24细胞增殖率、迁移和侵袭能力均显著升高(P<0.01),sh-FTX+miR-NC组RT4和T24细胞增殖率、迁移和侵袭能力明显降低(P<0.01),sh-FTX+miR-590 inhibitor组RT4和T24细胞增殖率、迁移和侵袭能力无明显变化(P>0.05);与sh-FTX+miR-NC组相比,sh-FTX+miR-590 inhibitor组RT4和T24细胞的增殖率、迁移和侵袭能力均明显升高(P<0.05)。结论lncRNA FTX在膀胱癌组织及细胞中表达升高,下调其表达可能通过调控miR-590表达抑制膀胱癌的进展。

茯苓多糖通过LncRNA HCG11/miR-539-3p调控肝癌细胞自噬、化疗耐药的机制

目的:探讨茯苓多糖(Poria cocos polysaccharide,PCP)对肝癌细胞增殖、自噬和化疗耐药的影响及机制。方法:对数期HepG-2/DDP细胞随机分组:对照组、PCP组(7.5、15、30μg/mL PCP)、shNC组、HCG11siRNA组(转染50 nmol/L HCG1干扰序列)、pcDNA组(转染2μg pcDNA)、pcDNA3.1-HCG11组(转染2μg pcDNA3.1-HCG11)、PCP组(30μg/mL)和PCP+pcDNA3.1-HCG11组(转染2μg pcDNA3.1-HCG11+30μg/mL PCP)。MTT检测肝癌细胞耐药情况和抑制率,Western blot检测Beclin-1、LC3Ⅰ和LC3Ⅱ水平,实时荧光定量PCR(Real time quantitative PCR,qRT-PCR)检测细胞株中LncRNA HCG11和miR-539-3p的水平,双荧光素酶报告实验检测LncRNA HCG11和miR-539-3p的靶向关系,裸鼠成瘤实验验证体内瘤体的瘤重、瘤体积及自噬相关蛋白水平。结果:4~128μg/mL PCP抑制HepG-2/DDP细胞增殖,7.5、15、30μg/mL的PCP能显著降低HepG-2/DDP细胞中MRP1、P-gp、Beclin-1、LC3Ⅱ的水平,下调HCG11水平,增加miR-539-3p的表达水平(P<0.01);与对照组比较,HCG11 siRNA组HepG-2/DDP细胞HCG11相对表达水平、IC_(50)(顺铂)、Beclin-1、LC3Ⅱ/LC3Ⅰ比值显著降低,miR-539-3p水平和抑制率(顺铂)显著增加(P<0.01);与PCP组比较,PCP+pcDNA3.1-HCG11处理组HCG11相对表达水平显著升高,Belin-1、LC3Ⅱ/LC3Ⅰ比值显著增加(P<0.01);在不同浓度的顺铂处理下,与PCP组比较,PCP+pcDNA3.1-HCG11组抑制率显著降低(P<0.01);与PCP组比较,PCP+HCG11 shRNA组肿瘤体积和肿瘤重量显著降低,Belin-1、LC3Ⅱ/LC3Ⅰ水平显著下调(P<0.05)。结论:PCP能通过LncRNA HCG11/miR-539-3p调控耐药和自噬,并影响肝癌细胞的增殖。

基于高通量测序技术构建糖尿病肾病小鼠lncRNA相关ceRNA调控网络

目的:筛选糖尿病肾病(DKD)小鼠肾脏组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)、小RNA(miRNA),构建lncRNA相关竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。方法:选取6只BKS-db/m雄性小鼠为对照组,6只BKS-db/db雄性小鼠为模型组,模型组构建DKD小鼠模型。处死小鼠后取肾脏组织进行高通量测序,利用DESeq软件筛选两组差异表达的lncRNA、miRNA,使用Miranda软件进行差异表达的miRNA靶基因预测。构建lncRNA相关ceRNA调控网络并进行GO功能富集分析以及KEGG信号通路富集分析。结果:共筛选出DKD小鼠差异表达的lncRNA 1495个、差异表达的miRNA 72个。成功构建由MSTRG.7252.3、MSTRG.10465.2、MSTRG.16253.3等23个lncRNA、23个miRNA与2个mRNA组成,与lncRNA相关的ceRNA网络。GO功能富集分析显示,该网络主要涉及生物学过程、细胞组成和分子功能;KEGG信号通路富集显示,主要与PPAR信号通路、造血细胞谱系、细胞黏附分子、TNF信号通路等有关。结论:成功构建DKD小鼠lncRNA相关的ceRNA调控网络。

LncRNA PURPL调节miR-342-3p/PIK3R1轴对肝癌细胞恶性生物学行为的影响

目的:探究长链非编码RNA(PURPL)调节微小RNA-342-3p(miR-342-3p)/磷脂酰肌醇-3激酶调节亚基1(PIK3R1)轴对肝癌细胞恶性生物学行为的影响。方法:细胞实验:将si-NC、si-PURPL、si-PURPL+inhibitor NC、si-PURPL+miR-342-3p inhibitor分别转染至肝癌细胞Huh-7细胞并命名为si-NC组、si-PURPL组、si-PURPL+inhibitor NC组、si-PURPL+miR-342-3p inhibitor组,未做任何处理的Huh-7细胞记为NC组。双荧光素酶报告基因实验验证LncRNA PURPL、miR-342-3p、PIK3R1的关系;qRT-PCR检测人正常肝细胞系L02和人肝癌细胞系Huh-7中LncRNA PURPL、miR-342-3p表达;Western blot检测L02细胞、Huh-7细胞PIK3R1蛋白水平;MTT法检测Huh-7细胞增殖情况;流式细胞术检测Huh-7细胞凋亡率;Transwell检测Huh-7细胞侵袭数量;划痕试验测定Huh-7细胞迁移。体内实验:构建裸鼠异种移植模型,分组同细胞实验,检测肿瘤体积和肿瘤重量。结果:细胞实验结果显示:与si-NC组相比,si-PURPL组Huh-7细胞OD490值、划痕愈合率、侵袭细胞数量、LncRNA PURPL、PIK3R1水平显著下降(P<0.05),Huh-7细胞凋亡率、miR-342-3p相对表达量显著升高(P<0.05),而抑制miR-342-3p表达减弱了沉默LncRNA PURPL抑制Huh-7细胞增殖、迁移、侵袭和促进凋亡的效果;LncRNA PURPL负向调控miR-342-3p/PIK3R1轴。体内结果显示:si-PURPL组裸鼠肿瘤体积和质量较si-NC组下降(P<0.05);抑制miR-342-3p表达减弱了沉默LncRNA PURPL对体内肿瘤生长的抑制作用。结论:沉默LncRNA PURPL可抑制Huh-7细胞的恶性生物学行为,其机制可能与调控miR-342-3p/PIK3R1轴有关。