运用生物信息学方法分析LRP1B和LRP12在胃腺癌预后中的作用

运用生物信息学方法,富集、筛选与胃腺癌预后相关的基因,探究LRP1B和LRP12的作用机制。方法:使用LinkedOmics数据库富集胃腺癌中与LRP1B和LRP12表达显著相关的前1000位基因,筛选出相关性较强的前100位基因,然后通过DAVID数据库进行GO和KEGG分析,并开展体外细胞实验,探究LRP1在不同细胞中的表达。结果:生物信息学分析发现与LRP1B相关的100个基因主要富集于蛋白质的运输、蛋白质多聚泛素化、MAPK信号通路、AMPK信号通路等通路,与LRP12相关的基因主要富集于细胞内吞、调节炎症反应、胰液分泌、PI3K-AKT信号通路,LRP1在胃癌细胞中高表达,抑制LRP1的表达能够减弱胃癌细胞的增殖能力。结论:LRP1B和LRP12参与胃癌的发生、发展,可作为判断胃癌患者预后的标志物。

冠心病血瘀证差异表达基因及其启动子甲基化状态的初步研究

目的探讨冠心病血瘀证差异表达基因及其启动子甲基化的情况。方法以家系冠心病血瘀证患者14例为观察对象,家系健康人7例为对照,采用表达谱芯片检测冠心病血瘀证差异表达基因。再收集冠心病血瘀证患者16例和健康人7例,选择其中2个差异基因进行启动子区甲基化特异性PCR(MS-PCR)研究,初步分析冠心病血瘀证差异表达基因及其启动子甲基化状态。结果表达谱芯片结果通过倍数变化值(FC)>3或FC<1/3、Call=P筛选,共获取差异表达基因26个,选择KLF5和LRP12基因进行MS-PCR,冠心病血瘀证与健康人各启动子甲基化率比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论冠心病血瘀证差异基因KLF5和LRP12的启动子甲基化状态和健康人比较无明显区别。