组织桥接整合因子1、Ⅰ型胶原蛋白基因、核转运蛋白基因2与三阴性乳腺癌术后复发关系

目的探究组织桥接整合因子1(BIN1)、Ⅰ型胶原蛋白基因(COL1A1)、核转运蛋白基因2(KPNA2)表达与三阴性乳腺癌(TNBC)术后复发关系及联合检测意义。方法选取2019年5月至2020年5月上海市第八人民医院行手术治疗的TNBC病人80例,根据术后2年是否复发分为复发组、未复发组,比较两组临床资料、组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达,复发的相关影响因素采用单因素与多因素logistic回归分析,组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达预测术后复发的价值采用受试者操作特征曲线(ROC曲线)分析,组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达与复发时间关系采用Pearson分析,比较不同组织BIN1、COL1A1、KPNA2基因表达病人无复发生存期(RFS)。结果复发组T分期、N分期与未复发组比较,差异有统计学意义(P<0.05);复发组组织BIN1mRNA表达为0.24±0.07,低于未复发组的0.35±0.10(P<0.05),复发组组织COL1A1mRNA、KPNA2mRNA表达分别为2.07±0.62、2.91±0.84,高于未复发组的1.48±0.43、1.85±0.60(P<0.05);T分期、N分期、COL1A1 mRNA、KPNA2 mRNA均是复发相关独立危险因素,BIN1 mRNA是复发相关独立保护因素(P<0.05);BIN1 mRNA、COL1A1 mRNA、KPNA2 mRNA的AUC分别为0.76、0.80、0.78,三者联合的AUC为0.94;BIN1mRNA与复发时间呈负相关(r=-0.79,P<0.001),COL1A1mRNA、KPNA2mRNA与复发时间呈正相关(r=0.77、0.78,均P<0.001);BIN1mRNA高水平病人RFS长于低水平病人,COL1A1mRNA、KPNA2mRNA高水平病人RFS短于低水平病人(P<0.05)。结论BIN1mRNA、COL1A1mRNA、KPNA2mRNA与TNBC术后复发风险、复发时间有关,联合检测可作为早期预测术后复发的一个可靠方案,为临床治疗提供重要的参考信息。

大豆C_2H_2型锌指蛋白基因SCTF-1的克隆及功能分析

锌指蛋白是一类具有手指型结构的蛋白质,其中一些锌指蛋白是转录因子,对真核生物的生长发育及非生物逆境胁迫的耐受能力都有着重要作用。文章从大豆(Glycine max(L.)Merr.)中克隆了一个新的C2H2型锌指蛋白基因SCTF-1(GenBank登录号:JQ692081),该基因包含一个699 bp的开放阅读框,编码233个氨基酸,无内含子,有两个典型的C2H2型锌指结构。锌指结构中有植物锌指蛋白特有的保守氨基酸序列QALGGH。经软件预测分析,其等电点pI=8.33,分子量24.9 kDa。农杆菌介导的洋葱表皮细胞GFP瞬时表达实验结果表明,SCTF-1蛋白能够定位到细胞核中。通过RT-PCR检测发现该基因在大豆叶和花中的表达量较高,在茎和根的表达量相对较低。在对大豆幼苗的低温胁迫中,SCTF-1基因的表达量明显增加。将SCTF-1基因转入烟草(Nicotiana tabacum L.)中,发现SCTF-1基因的过量表达能够明显提高转基因烟草的耐冷能力。

苦荞锌指蛋白基因FtLSD1的克隆及其对非生物胁迫的应答

根据苦荞(Fagopyrum tataricum)花期转录组数据,分别以苦荞DNA和cDNA为模板,克隆得到1个苦荞C2C2型锌指蛋白基因FtLSD1(GenBank登录号KP252134)的DNA序列和cDNA序列,采用实时荧光定量PCR方法,研究了FtLSD1基因在非生物胁迫下的表达模式。结果显示:苦荞FtLSD1基因DNA全长2 427bp,由6个外显子和5个内含子构成,符合GU-AG剪切原则;cDNA序列包含一个528bp开放阅读框,编码175个氨基酸,具有LSD1家族的典型结构域;UV-B照射和水杨酸处理均能使FtLSD1基因的表达量上升,且UV-B处理在6h达到最大,为0h(CK)的3.84倍;水杨酸处理于10h达到最大,为0h(CK)的3.44倍,而4℃冷胁迫下该基因表达量保持稳定。推测该基因可能参与苦荞抗UV-B和高浓度水杨酸等非生物胁迫的应答反应,为苦荞的抗逆性研究提供新的视角。

棉花C2H2类型锌指蛋白基因GhSIZ1的克隆及表达分析

通过RT-PCR技术从陆地棉中克隆到1个编码C2H2型锌指蛋白的基因,命名为Gh SIZ1(Stress Induced Zinc finger protein1)。该基因编码239个氨基酸残基,预测蛋白分子量为26.6205 k D,等电点为6.52。Gh SIZ1包含一个C2H2型锌指结构域,在其N端含有保守的L-box,C–末端含有一个转录抑制结构域EAR/DLN-box。系统发育树分析表明Gh SIZ1与可可(XP_007044496.1)和中粒咖啡(CDP00218.1)中的锌指蛋白亲缘关系较近。实时定量PCR分析Gh SIZ1在棉花各组织中均有表达,但在根中表达量最高。低温、高盐、干旱胁迫处理后Gh SIZ1的表达水平显著上调。亚细胞定位分析表明,Gh SIZ1定位在细胞核中。本研究表明,Gh SIZ1可能在棉花响应低温、高盐、干旱等非生物胁迫中起着重要作用。

2型糖尿病患者血清E盒锌指蛋白1和泛素化特异性蛋白酶22表达水平与糖脂代谢及胰岛素抵抗的关系

目的检测2型糖尿病患者血清E盒锌指蛋白1(ZEB1)和泛素化特异性蛋白酶22(USP22)基因的表达水平,分析两者与糖脂代谢及胰岛素抵抗的关系。方法选择2020年6月至2023年6月苏州大学附属第一医院诊治的120例2型糖尿病患者为研究对象(糖尿病组),同时选择同期在该院进行体检的120例健康者作为对照组。采用qRT-PCR法检测血清ZEB1 mRNA和USP22 mRNA表达水平;Pearson法分析2型糖尿病患者血清ZEB1 mRNA和USP22 mRNA表达水平的相关性,及两者与体重指数(BMI)、三酰甘油(TG)、总胆固醇(TC)、空腹血糖(FPG)、空腹胰岛素(FIns)、胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)、胰岛素敏感性指数(ISI)、胰岛β细胞功能指数(HOMA-β)相关性;多元线性回归分析2型糖尿病患者血清ZEB1 mRNA和USP22 mRNA表达水平的影响因素。结果糖尿病组患者的BMI、TG、TC、FPG、FIns、HOMA-IR、ZEB1 mRNA、USP22 mRNA水平明显高于对照组,ISI、HOMA-β明显低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。经Pearson相关分析显示,2型糖尿病患者血清ZEB1 mRNA和USP22 mRNA表达水平正相关(r=0.425,P<0.001);血清ZEB1 mRNA和USP22 mRNA表达水平均与FPG、FIns、HOMA-IR呈正相关(P<0.05),均与ISI、HOMA-β呈负相关(P<0.05)。多元线性回归分析显示,FIns升高、ISI降低是血清ZEB1 mRNA表达水平的影响因素(P<0.05);FPG升高是USP22 mRNA表达水平的影响因素(P<0.05)。结论2型糖尿病患者血清中ZEB1 mRAN和USP22 mRAN表达具有正相关关系,且两者与部分糖脂代谢和胰岛素抵抗指标具有相关性。

冷胁迫下普通油茶CCCH型锌指蛋白基因家族的鉴定和分析

【目的】为挖掘和利用耐寒普通油茶Camellia oleifera遗传资源提供参考。【方法】基于普通油茶的冷胁迫转录组数据,对其CCCH型锌指蛋白基因进行鉴定,并对CCCH型锌指蛋白进行理化性质分析、系统发育分析、保守结构域预测、二级结构预测等相关生物信息学分析,并以庐山高海拔油茶(LSG)和栽培油茶品种赣无1(GW1)为材料,对CCCH型锌指蛋白基因在冷胁迫下的表达情况进行分析。【结果】在普通油茶的冷胁迫转录组数据中共鉴定到24个CCCH型锌指蛋白基因,参考水稻分类方法,将24个CCCH型锌指蛋白聚类到2个亚家族中。保守基序分析结果表明,在24个基因中仅有3种CCCH型锌指蛋白基序类型,即C-X8-C-X5-C-X3-H、C-X7-C-X5-C-X3-H和C-X5-C-X4-C-X3-H,数目分别为92、4和4。转录组表达谱分析结果表明:在野外冷胁迫试验中CoC3H17基因在D4、D5和D6时期的表达量高于D1、D2和D3时期,在室内冷胁迫试验中庐山高海拔油茶和赣无1的CoC3H17基因一直表现为更高的转录本丰度;CoC3H14和CoC3H24基因在野外试验的D4、D5和D6时期均表现为表达量明显上升,且在室内冷胁迫试验中庐山高海拔油茶的这2个基因的表达量高于赣无1。【结论】CoC3H17、CoC3H14和CoC3H24基因可能是普通油茶应对冷胁迫的关键基因。

人C2H2型锌指蛋白基因ZNF194全长cDNA的克隆

用一个含有锌指编码序列的人cDNA片段(L2～9)作为探针杂交筛选人肝组织cDNA分子库,得到8个杂交阳性克隆,经测序和拼接后,将其整合为一条长1838bp的cDNA序列.该序列的221～1642bp为一个完整的开放阅读框,编码了一个由473个氨基酸组成的蛋白质,1～220 bp为5’-UTR,1643～1838 bp为3’-UTR,在1801～1806bp有一个加尾信号序列AATAAA,3’端为18 bp的polyA.编码蛋白质已被HGMW命名为ZNF194.全长cDNA在GenBank登录为No.U95044.ZNF194蛋白的N端有一个KRAB-A box,C端含10个C_2H_2型锌指结构.该基因呈泛在性表达,经用FISH方法定位,结果显示它位于染色体19q13.3～13.

沙冬青RING型锌指蛋白基因AmRFP1的克隆与功能初步分析

利用RT-PCR方法,从强抗逆植物蒙古沙冬青克隆到1个受寒旱诱导的锌指蛋白基因AmRFP1。预测其编码蛋白由366个氨基酸残基组成,其中含有1个C3H2C3型锌指结构域,故属于RING-H2(C3H2C3)型锌指蛋白。该蛋白还含有2个跨膜区,很可能定位于细胞质膜。半定量RT-PCR分析表明,在不同季节野外生长沙冬青植株嫩叶中,AmRFP1在夏季只有低水平表达,进入秋季后表达量明显增加,尤其在秋末冬初其表达量迅速增加并达到全年最高峰,但在进入最寒冷的隆冬后又回落至秋季水平并维持到翌年春季基本未变。将该基因在拟南芥中超表达,则明显降低了转基因拟南芥的抗冻性。

水稻C2C2锌指蛋白基因OsLSD2对日本晴品种生长及氮素利用的影响

LSD1基因家族是一类特殊的C2C2型锌指蛋白基因。OsLSD2是LSD1型基因家族的一员。已知LSD1基因参与了植物抗病信号途径。为了培育环境友好型水稻,我们研究了OsLSD2在日本晴中的过量表达。T3代转基因水稻表型表现为株高降低,分蘖数平均减少2个,结实率只有64%～72%,单株产量下降33%～42%,生育期提前15d,对氮素的吸收利用率降低等,说明该基因过量表达显著抑制水稻的生长和氮素转运。

MYH7基因c.1574A>G突变致扩张型心肌病1S型家系分析

目的 采用全外显子组测序分析1例左心系统扩张患儿的基因变异情况,并进行家系分析,确认扩张型心肌病1S型(DCMIS)的病因。方法 收集1例左心系统扩张患儿的临床资料。采用染色体拷贝数变异测序(CNV-seq)检测患儿染色体结构缺失和重复情况。采用全外显子组测序分析患儿基因变异情况,采用Sanger测序对患儿及其父母、异卵双生姐姐变异位点进行验证。通过生物信息学分析评估变异位点的危害性。结果 患儿心脏彩色多普勒超声示左心功能降低,左心系统明显扩张增大,肺动脉高压,二尖瓣和三尖瓣反流。CNV-seq结果为seq[hg19]46,XN,未发现染色体异常。全外显子组测序分析结果显示,患儿β-心肌肌肉球蛋白重链7(MYH7)基因发生杂合变异[c.1574A>G(p.Glu525Gly)]。检索OMIM、ClinVar数据库,未见相关报道;检索ESP数据库、千人基因组数据库、ExAC数据库和gnomAD数据库,该变异位点未被收录,属于新发变异。Sanger测序证实变异存在,患儿父母、姐姐MYH7基因均正常。MYH7基因c.1574A>G(p.Glu525Gly)变异导致蛋白侧链O端与第484位赖氨酸侧链N端之间形成的氢键侧链相互作用消失。结论 c.1574A>G(p.Glu525Gly)为新发现的MYH7基因变异,是造成患儿左心系统明显扩张的原因。新发变异的检出丰富了DCMIS致病机制研究数据。

半番鸭源禽1型副粘病毒FM01株的分离鉴定与F蛋白基因分析

从表现类似新城疫症状的病死半番鸭中分离到1株病毒FM01株,经血凝及血凝抑制试验证实为禽1型副粘病毒。以SPF鸡胚测定其平均致死时间为113.4h,对1d雏鸡脑内接种致病指数为0.23,表明为温和型毒株。利用RT-PCR技术一次性扩增其F蛋白全基因,克隆到pMD18-T质粒载体,测序后获得F基因全序列,并推导出其相应的氨基酸序列。FM01株的F蛋白基因完整的编码区全长1662bp,编码553个氨基酸,其裂解位点的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117,具有温和型毒株特有的氨基酸序列结构。与常见新城疫毒株的核苷酸同源性在88.4%～99.6%之间,氨基酸同源性在89.2%～99.1%之间。

拟南芥硫氧还蛋白M1型基因(AtTRX m1)与环境逆境之间的关系

硫氧还蛋白家族是约12 kD的小分子蛋白质,含有高度保守的活性反应位点WCG/PPC,催化硫醇—二硫键相互交换,调节细胞内的氧化还原作用。在本研究中,通过RT-PCR法获得目的基因拟南芥硫氧还蛋白M1型基因 (AtTRX m1, GenBank Accession No. At1g03680)。通过Northern杂交分析拟南芥悬浮细胞系在 100 mmol/L NaCl、10mmol/L NaHCO3、50μmol/L ABA、10mmol/L H2O2 等逆境处理下mRNA表达水平的变化和硫氧还蛋白 M1 型转基因植株对NaCl、NaHCO3盐及ABA逆境的抗性分析,表明硫氧还蛋白M1型基因与生物环境胁迫有一定的相关性,尤其是氧化胁迫,能够增强植物对逆境的耐受力。从而为进一步研究硫氧还蛋白基因家族与逆境之间的相关作用奠定了基础。

过表达秋茄C2H2型锌指蛋白基因KcZFP提高烟草耐盐性

基因转录调节是植物对非生物胁迫适应机制的一个重要方面,转录调节因子在胁迫信号转导途径中调节下游基因的表达,在建立植物对胁迫适应性过程中起到重要作用。锌指蛋白是功能多样的转录调节因子蛋白家族,家族成员在植物响应非生物胁迫方面扮演着重要角色。本研究以秋茄C2H2型锌指蛋白编码基因KcZFP为目的基因,在烟草中过表达KcZFP,分析C2H2型锌指蛋白在植物耐盐性中的作用。研究结果显示:转基因株系中,KcZFP表达量显著提高。过表达KcZFP的烟草植株的耐盐性明显提高,在200mmol/LNaCl处理的条件下,KcZFP过表达烟草中脯氨酸水平远高于野生型植株。对光合作用参数比较分析显示,在KcZFP过表达植株中净光合速率受盐胁迫的影响小于野生型植株,光合系统在一定程度上得到了保护。研究结果说明KcZFP作为转录调节因子参与了植物的渗透调节,对植物的耐盐性具有贡献。

野生大豆(Glycine soja)C2H2型锌指蛋白基因的克隆与序列分析

根据大豆SCOF-1的CDs区设计特异引物,通过PCR和RT-PCR从野生大豆01-197中克隆到含两个锌指的C2H2型锌指蛋白基因,命名为GjC2H2,GenBank登录号为FJ172776。对其进行核苷酸和氨基酸同源性分析及系统发生分析,结果表明:该基因内部无内含子,长度为702bp,分子量为25.13KD,与其他锌指蛋白基因有很高的同源性,推测其与植物抗逆性有关。

5株猪O型口蹄疫病毒结构蛋白VP1基因的克隆与序列分析

提取5株猪O型口蹄疫病毒(FMDV)(L1～L5)的RNA,用1对通用引物经RT PCR法扩增了5株病毒VP1基因的DNA片段.克隆后通过测序获得其核苷酸序列,分析表明,除L2株外,其余4株(L1、L3、L4和L5)VP1基因的核苷酸序列同源性在96 7%～99 8%,氨基酸序列同源性在99 5%～100%;而L2株与L1、L3、L4和L5株VP1基因的核苷酸序列同源性在82 0%～83 4%,氨基酸序列同源性在89 7%～90 1%.L1、L3、L4和L5株病毒VP1基因的核苷酸序列与已经发表的GD/CHA/86、HKN/1/99、HKN/16/96的同源性较高,核苷酸序列同源性在85 0%～99 8%,属于同一基因型;而与L2、F29/CHINA及国外大多数毒株相比,属于不同的基因型,其核苷酸序列同源性仅为41 0%～82 6%.5株毒株中的L1、L3、L4和L5的主要中和抗原位点140～160、200～213位氨基酸序列完全相同,推测其有相近的中和单抗表位和相同的抗原性.

非洲输入性恶性疟病例裂殖子表面蛋白1等位基因型检测

目的了解输入性恶性疟原虫裂殖子表面蛋白1(MSP1)等位基因型特征。方法采集非洲疟疾流行区回国人员中恶性疟现症患者血样,采用巢式PCR方法,用恶性疟原虫MSP1基因特异引物扩增疟原虫虫株MSP1基因第2区与第3区部分片段,并对MSP1等位基因型进行分析。结果 135例输入性恶性疟患者中检出MSP1等位基因117例,检出率为86.7%。117例扩增阳性的患者中,MAD20、K1、RO33、MAD20+K1、MAD20+RO33、K1+RO33和MAD20+K1+RO33型的检出率分别为6.0%(7/117)、36.8%(43/117)、20.5%(24/117)、6.8%(8/117)、3.4%(4/117)、17.1%(20/117)和9.4%(11/117),其中混合型感染占36.8%(43/135),MSP1等位基因多重感染平均数(MOI)为1.46。MAD20型、K1型和RO33型恶性疟患者中重症患者比例差异无统计学意义(P>0.05);74例单一型和43例混合型感染者中重症患者比例分别为25.7%(19/74)和32.6%(14/43),2种感染者回国前在国外停留的平均天数分别为(241±176)d和(285±216)d,两者间差异均无统计学意义(P>0.05)。结论非洲输入性恶性疟患者感染的疟原虫MSP1基因的3种基因型和4种混合型均存在,以K1型和RO33型为优势基因型。

切除修复交叉互补基因1、核糖核苷酸还原酶M1亚基和3型β微管蛋白分子检测指导晚期非小细胞肺癌个体化治疗的临床效果

目的探讨切除修复交叉互补基因1（ERCC1）、核糖核苷酸还原酶M1亚基（RRMl）和3型β微管蛋白（TUBB3）分子检测在指导晚期非小细胞肺癌（NSCLC）个体化治疗的临床效果。方法将2013年1～11月秦皇岛市第二医院胸外科住院治疗的48例经病理确诊的晚期NSCLC患者分为实验组（20例）和对照组（28例）。实验组采用SYBR荧光实时定量PCR检测方法检测患者胸水或静脉血中ERCC1、RRM1和TUBB3的表达量，根据表达情况选择化疗方案：对照组则均采用顺铂与吉西他滨联合治疗。经过2个周期治疗后比较两组的疗效、不良反应及疾病进展、生存获益情况。结果实验组的总有效率和总控制率均显著高于对照组（P〈0．05）；实验组和对照组治疗后的PS评分均显著高于治疗前（P〈0．05），但两组治疗后的PS评分、PS评分改善率差异均无统计学意义（P〉0．05）；两组间不良反应发生率差异无统计学意义（P〉0．05），且两组间不同系统的不良反应严重程度差异均无统计学意义（P〉0．05）。结论实时定量PCR技术检测病理组织的ERCC1、RRM1和TUBB3表达水平用于指导晚期NSCLC患者个体化治疗，可提高治疗有效率和疾病控制率，但在改善生活质量和减少不良反应发生效果不显著．建议进一步探索标志物指导下更为有效的化疗方案。

在载脂蛋白E基因敲除小鼠和人脐静脉平滑肌细胞中同型半胱氨酸对B1和Alu重复序列甲基化的影响

目的观察同型半胱氨酸对载脂蛋白E基因敲除小鼠不同组织和人脐静脉平滑肌细胞中B1和Alu序列甲基化水平的影响,为进一步阐明同型半胱氨酸致动脉粥样硬化形成的分子机制提供理论和实验依据。方法复制高同型半胱氨酸血症载脂蛋白E基因敲除小鼠模型,给予不同饮食14周后,分别取小鼠心脏组织、血管及白细胞;原代培养人脐静脉平滑肌细胞,用50、100、200及500μmol/L同型半胱氨酸干预培养72 h后,抽提组织、白细胞及平滑肌细胞的基因组DNA,采用巢式降落式甲基化特异性PCR法分别检测不同组织和细胞中B1和Alu序列甲基化水平的变化。结果饲以高蛋氨酸饮食的载脂蛋白E基因敲除小鼠心脏组织、血管和白细胞中B1重复序列甲基化水平下降明显,与正常对照组比较有显著性差异(P<0.05和P<0.01);在同型半胱氨酸干预的平滑肌细胞中Alu序列甲基化水平下降显著(P<0.05和P<0.01)。结论同型半胱氨酸引起B1和Alu序列低甲基化改变可能是其导致动脉粥样硬化发生发展的重要机制之一。

羧基末端截短型乙型肝炎病毒表面抗原中蛋白反式激活基因1的克隆化研究

目的:研究乙型肝炎病毒(HBV)羧基末端截短型表面抗原中蛋白(MHBst)的反式激活作用,利用差异显示技术,筛选克隆MHBst蛋白的反式激活作用的靶基因,发现新型基因,为阐明MHBst对于肝细胞表达基因谱的影响,探索新的研究方向。方法:利用多聚酶链反应技术(PCR)扩增MHBst的编码基因片段,构建真核表达载体pcDNA3.1-MHBst,转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,与仅转染空白载体pcDNA3.1的HepG2细胞进行差异显示,利用抑制性消减杂交技术(SSH)克隆鉴定MHBst的反式激活作用的靶基因,通过生物信息学技术,确定新基因的序列,设计序列特异性引物,利用HepG2细胞来源的mRNA进行逆转录PCR(RT-PCR)扩增,克隆新基因,并对于新基因的序列以及编码基因产物序列进行分析。利用生物信息学技术确定TTP1基因是新基因。结果:构建表达载体pcDNA3.1-MHBst,经过序列分析和酶切鉴定正确。转染HepG2细胞系,利用SSH技术获得差异表达的基因片段。经对于美国生物工程信息学中心(NCBI)建立的核苷酸序列的数据库(GenBank)检索,证实这是一个新型基因片段。通过对于同源基因序列的比对,根据Kozak规则和终止密码子下游的多聚腺苷酸信号序列,确定新基因的序列,将这种MHBst反式激活的新基因命名为TTP1,并在GenBank中注册登录。结论:克隆并鉴定了乙型肝炎病毒羧基末端截短型表面抗原中蛋白反式激活作用的新型靶基因TTP1,为今后研究MHBst的反式激活作用,开辟了新的研究方向和可能。