基于label-free定量蛋白质组学方法筛选沉默CHAF1B基因后心肌细胞差异表达蛋白及调控网络分析

目的分析沉默染色质装配因子1亚基B(chromatin assembly factor 1 subunit B,CHAF1B)基因后心肌细胞中差异表达蛋白,预测CHAF1B基因调控网络,为寻找促进心肌细胞修复的潜在治疗靶点提供参考。方法采用转染和蛋白质印迹法筛选沉默CHAF1B基因的有效小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)。应用有效siRNA沉默人源心肌AC16细胞CHAF1B基因后,采用细胞活力检测方法检测细胞活力;提取总蛋白质进行定量、还原、烷基化和胰蛋白酶裂解成肽段,利用高效液相串联质谱法鉴定肽段;搜索UniProt蛋白库筛选差异表达的蛋白质进行基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集和蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks,PPI)分析。结果siRNA有效沉默CHAF1B基因后,心肌细胞存活明显受到抑制;label-free定量蛋白质组学方法鉴定结果显示,共有69个差异表达蛋白质,其中50个表达显著上调(差异倍数≥2,P<0.05),19个表达显著下调(差异倍数≤0.5,P<0.05)。GO分析显示,差异表达蛋白质主要参与大分子复合亚基体、细胞组分生物合成和组装等生物学过程,分布在细胞质和囊泡等区域,发挥蛋白质结合等分子功能。KEGG通路富集和PPI分析显示,差异表达蛋白质参与的信号通路包括蛋白酶体、氨酰tRNA生物合成、胞吞、嘧啶代谢和氨基酸生物合成等10条信号途径;表达显著上调的蛋白质如蛋白酶体亚单位A2和B7、26 S蛋白酶体调节亚单位6B和10B参与蛋白酶体途径,丝氨酸、甘氨酸、谷氨酰胺和赖氨酸tRNA合成酶介导氨酰tRNA生物合成;表达显著下调的蛋白质包括骨架相关蛋白2/3复合体亚单位3和热休克70蛋白1样参与胞吞作用,核糖核苷-二磷酸还原酶大亚基介导嘧啶代谢等通路。实时荧光定量聚合酶链式反应结果证实,转染CHAF1B siRNA后心肌细胞中合成骨架相关蛋白2/3复合体亚单位3的基因ARPC3和氨酰tRNA生物合成关键基因QARS1的mRNA水平均显著降低。结论CHAF1B为心肌细胞存活的关键蛋白质,参与调控心肌细胞的胞吞和氨基酸生物合成等多种生物学过程,参考其调控网络可帮助寻找促进心肌细胞修复的干预环节。

基于Label-free定量蛋白组学揭示肠道病毒A71型感染致人扁桃体上皮细胞蛋白质组的改变

肠道病毒A组71型(Enterovirus-A71,EV-A71)感染引起的手足口病给婴幼儿造成严重的疾病负担,明确EV-A71的致病机制能为有效防控手足口病提供科学依据。为了研究EV-A71感染与人扁桃体上皮细胞的互作,本研究采用Label-free定量蛋白组学技术研究EV-A71感染人扁桃体上皮细胞UT-SCC-60B 6h和12h后蛋白质组的改变情况,并确定EV-A71感染动力学(EV-A71 6h∶12h)过程中蛋白质组的改变情况,并进行差异表达蛋白(Differentially expressed proteins,DEPs)的蛋白互作网络和基因本体(Gene ontology,GO)分析。EV-A71感染6h时共有27个DEPs(下调12个DEPs,上调15个DEPs)发生显著改变;EV-A71感染12h时共有62个DEPs(下调26个DEPs,上调36个DEPs)发生显著改变;EV-A71感染动力学(EV-A71 6h∶12h)过程中共有40个DEPs(下调21个DEPs,上调19个DEPs)发生显著改变。显著发生改变的COX6C、TIMM10、MAP1LC3B、HIST1H1D、DNAJC8、TMED4和ARPC5等DEPs为各组间重叠蛋白。蛋白互作网络和GO分析结果显示,DEPs主要涉及到线粒体及线粒体膜的通透性调节、细胞囊泡形成、细胞凋亡、线粒体介导的凋亡等生物学过程。因此,EV-A71感染使人扁桃体上皮细胞的蛋白表达谱发生改变。

不同养殖模式大黄鱼非标记定量差异蛋白组学分析

通过非标记定量蛋白质组学技术研究不同养殖模式大黄鱼的蛋白质差异。选取普通网箱养殖大黄鱼和深水网箱养殖大黄鱼,提取肌肉总蛋白,通过高效液相色谱-质谱联用技术进行鉴定、分析。质谱数据使用MaxQuant软件将峰信号转化为肽段/蛋白的表达矩阵数据,然后使用Perseus软件可视化展示数据。不同养殖模式大黄鱼蛋白质进行Student’s t检验,筛选出差异表达蛋白后并对其进行基因功能分类、代谢通路富集和蛋白质相互作用网络分析,以P<0.05为差异有统计学意义。通过数据库比对获得6077条多肽,分别对应于1232个蛋白,其中130个蛋白在大黄鱼间存在显著差异表达,76个上调蛋白,54个下调蛋白,其中上调倍数最高的属于TCP伴侣蛋白,下调倍数最高的属于α-1(I)链状胶原蛋白。生物信息学分析发现,不同养殖模式大黄鱼蛋白质的差异主要在于热休克蛋白、伴侣蛋白、球蛋白及胶原蛋白等,而不同养殖模式中环境温度可能是导致大黄鱼蛋白质显著差异表达的主要因素。

应用非标记定量蛋白组学研究帕金森病差异表达蛋白

目的寻找帕金森病(PD)患者血清中差异表达的蛋白,探索PD生物学标志物。方法选择在北京医院临床确诊的PD患者24例,其中12例为仅有PD病史(P1组),另12例合并有高血压病、糖尿病基础疾病(P2组);筛选24例年龄、性别匹配的体检者(对照组C1和C2组),采集血清标本去除高丰度蛋白后,应用非标记定量蛋白组学技术检测各组血清中蛋白表达,采取双重对比将P1组与C1组、P2组与C2组比较,分别筛查出差异表达蛋白,再从中筛选出表达变化(上调或下调)一致的蛋白,确定为PD差异表达蛋白,并用生物信息学方法分析解释。结果各组对比后,共鉴定出4种差异表达的蛋白为PRG4、CFHR-3、ACTG1、HIST2H2BF,其中PD患者的血清中PRG4、CFHR-3表达上调,ACTG1、HIST2H2BF表达下调且存在一定的相互作用。结论应用非标记定量蛋白组学筛选出了帕金森差异表达的蛋白,可能对帕金森病的诊断具有一定的意义。

基于非标记定量技术的3种毛皮海狮蛋白组学分析研究

试验旨在通过非标记定量技术对非澳毛皮海狮、南美毛皮海狮、智利毛皮海狮的胡须进行蛋白组学分析,探讨3种海狮间的亲缘关系。首先采集海狮胡须样品,提取总蛋白,再对蛋白进行浓度测定、电泳、酶解和肽段除盐等处理。得到的样品进行色谱与质谱分析、数据库检索、相关性分析与层次聚类分析、差异蛋白筛选与GO富集分析。结果表明:南美毛皮海狮N1与智利毛皮海狮Z1蛋白差异不明显、相关性强,自身表达量分布均匀;非澳毛皮海狮F1与这两种毛皮海狮间蛋白差异较为显著、相关性弱,自身表达量相对分布不均匀。说明非澳毛皮海狮和其他两种海狮亲缘关系较远,有相对明显的遗传差异,属于海狮科海狗属;而南美毛皮海狮与智利毛皮海狮的亲缘关系较近,可能为不同亚种。

定量蛋白组学揭示雷公藤红素抗卵巢癌的作用机制

目的探讨雷公藤红素对卵巢癌细胞的增殖和迁移能力的抑制作用及其分子机制。方法通过细胞增殖及迁移实验,明确雷公藤红素抗卵巢癌细胞增殖及迁移的能力;利用定量蛋白组学结合生物信息学分析差异表达蛋白,解析雷公藤红素对卵巢癌的作用机制;通过体外分子生物学技术,检测雷公藤红素对卵巢癌细胞EMT标志物(Cadherin)、细胞迁移关键蛋白(CD44与HMGB)的表达水平,以及对细胞活性氧(ROS)诱导水平的影响。结果雷公藤红素显著抑制SKOV3及OVCAR3细胞增殖及迁移的能力。通过蛋白组学研究发现,经过雷公藤红素处理后,共有396个DEPs被鉴定出来(126个上调,270个下调)。GO和KEGG通路富集分析均显示雷公藤红素多靶点的抗肿瘤活性与细胞迁移、炎症、缺氧等生物过程密切相关。雷公藤红素下调N-cadherin,上调E-cadherin的表达抑制EMT,抑制CD44与HMGB1、HMGB2的表达来抑制卵巢癌细胞伤口愈合。此外,雷公藤红素诱导ROS的产生。结论雷公藤红素具有多靶向抗卵巢癌活性,其可通过抑制EMT过程并诱导ROS的产生,抑制细胞迁移与增殖,发挥抗卵巢癌的作用。

玉米胚发育过程蛋白组分析

高油玉米是一种籽粒含油量比普通玉米高50%以上的玉米类型,其籽粒中油分含量85%集中于胚中。本研究以高油玉米自交系GY220为材料,对授粉后15 d(G15)、25 d(G25)、35 d(G35)的胚蛋白质组进行双向凝胶电泳分离,利用串联质谱对分离蛋白质进行鉴定,并分析了差异蛋白功能。结果表明在授粉后3个发育时期共鉴定到41个差异表达蛋白,其中授粉后25 d相对于15 d G25/G15上调18个,下调19个;授粉后35 d相对于25 d G35/G25上调18个,下调25个;授粉后35 d相对于15 d G35/G15上调20个,下调22个。通过GO注释分析和KEGG富集分析显示差异表达蛋白主要在小分子代谢、氧化还原和碳水化合物代谢等过程富集。根据差异蛋白表达丰度及其功能注释,甘油-3-磷酸脱氢酶(Zm00001d041962)和果糖激酶(Zm00001d035037)在15 d、25 d时蛋白表达量较高,在35 d时蛋白表达量较低;RT-PCR分析表明在自交系GY220胚发育进程中Zm00001d041962和Zm00001d035037表达量呈逐渐增加趋势,两个基因均与大豆、花生、油菜中的相关基因高度同源。本研究为进一步提升玉米籽粒品质和挖掘胚发育功能基因奠定基础。

结直肠癌细胞辐射敏感性的定量比较蛋白组学研究

为筛选结直肠癌细胞辐射敏感相关的蛋白质,用于结直肠癌放疗的个体化选择,采用荧光差异显微凝胶电泳(DIGE)技术分离并筛选Cy3、Cy5及Cy2荧光素标记的不同辐射敏感性的结直肠癌细胞系SW480和LOVO的移植瘤组织的差异表达蛋白质,结果共筛选出35个差异表达蛋白点,其中,在SW480组肿瘤组织中表达上调的蛋白点有17个,在LOVO组肿瘤组织中表达上调的蛋白点有18个。用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术进行鉴定并分析,成功鉴定蛋白质点27个,LOVO组肿瘤组织表达上调蛋白17个,SW480组肿瘤组织表达上调蛋白15个。这些差异表达蛋白质有可能在结直肠癌辐射敏感性的预测中作为特异性的标记物,在结直肠癌患者的放疗选择中发挥重要作用,为结直肠癌患者的治疗选择提供技术参考。

有氧运动对雄性大鼠生精功能的影响及其睾丸iTRAQ定量蛋白组学分析

目的:探讨有氧运动对雄性大鼠生精功能的影响,并通过蛋白组学筛选睾丸中有生精调控作用的差异表达蛋白,为进一步研究其分子机制奠定基础。方法:24只SD雄性大鼠随机分为对照组和运动组,对照组不进行运动训练。运动组分为无负荷运动组和3%体重负荷运动组,每天连续游泳60 min,无负荷运动组为无负重游泳,3%体重负荷运动组大鼠负荷3%体重重物游泳,每周6次,运动共9周。大鼠末次运动24 h后进行精子计数、生殖激素测定和睾丸组织学分析,并将3%体重负荷运动组和对照组睾丸组织进行同重同位素相对与绝对定量(iTRAQ)蛋白组学分析。结果:3%体重负荷运动组大鼠精子浓度[(3.54±0.52)×10~6/ml]明显高于对照组[(2.12±0.43)×10~6/ml],P<0.01;血清LH[(38.96±1.34)IU/L]和T[(21.36±0.53)nmol/L]也显著高于对照组[LH:(35.99±2.90)IU/L,T:(19.99±0.25)nmol/L,P均<0.01];GnRH和FSH两组无显著差异[GnRH:(641.82±42.78)ng/L vs(623.95±41.44)ng/L,FSH:(22.29±2.31)IU/L vs(20.49±2.44)IU/ml,P均>0.05]。无负荷运动组精子浓度、生殖激素水平与对照组相比均无显著变化。组织学分析显示3%体重负荷运动组大鼠生精上皮内细胞层数较对照组明显增多,成熟精子数增加。蛋白组学分析筛查到差异蛋白47个,其中上调蛋白37个,下调蛋白10个。经过生物信息学分析筛选出与生殖功能密切相关的显著差异表达蛋白5个,其中Anx A1、GPX3、Rimbp3、Dpy19l2表达上调,CYP17表达下调。KEGG通路富集分析显示,差异蛋白主要参与了细胞外基质-受体相互作用通路、蛋白质消化与吸收通路、黏着斑信号通路等。结论:有氧运动可能主要通过改变精子发生与分化相关的蛋白表达来提高机体的生精功能。

应用蛋白组学技术研究壳寡糖对水稻幼苗抗寒性能的诱导机理

水稻幼苗对低温有极高的敏感性,将壳寡糖作为一种新型生物农药应用于水稻生长并帮助其抵御低温胁迫势在必行。本实验选取明恢63水稻,通过模拟水稻幼苗从正常生长到遭遇低温再到复性的全过程,测定水稻幼苗对应时期的生理生化指标,采用灵敏度高、选择性强且效率高的非标记定量技术对水稻幼苗的差异蛋白进行鉴定分析并研究其代谢通路,探究壳寡糖对水稻幼苗抗击低温胁迫的诱导机理,并针对光合作用途径和淀粉蔗糖代谢进行讨论。结果表明,壳寡糖可以调控水稻中的蛋白丰度,抵抗低温胁迫对光合作用的影响,使表达的蛋白丰度提高,同时促进蔗糖分解、淀粉积累转化为葡萄糖供体,用于水稻生长代谢。本研究可为抗寒水稻的选育提供实践指导,为水稻抗寒、新型生物农药的研发利用提供科学依据。

同位素标记相对和绝对定量蛋白组学技术筛选儿童哮喘不同病情控制水平血清差异蛋白

目的从整体蛋白水平研究不同控制水平儿童哮喘患者血清的差异性蛋白,为防治儿童哮喘提供依据。方法采用同位素标记相对和绝对定量标记结合二维液相色谱串联质谱定量蛋白组学技术筛选鉴定控制、部分控制和未控制儿童哮喘患者血清中差异表达蛋白,通过酶联免疫吸附测定法进行差异蛋白验证。结果共鉴定蛋白260种,筛选出不同控制水平儿童哮喘间两两比较均有差异的蛋白57种(变化倍数<0.8或变化倍数>1.2),主要参与21种生物过程,主要具有8种分子功能类型,主要为17种细胞成分类型。酶联免疫吸附测定结果显示控制组的玻连蛋白含量(573.92±412.43)μg/ml高于未控制组的(382.27±238.64)μg/ml,差异有统计学意义(P=0.0399)。结论发现不同病情控制水平儿童哮喘患者血清中的差异性蛋白57种,这些差异蛋白可作为控制儿童哮喘的潜在生物学靶点。

SETD2基因敲除前后鼻咽癌细胞中定量蛋白组学研究及差异信号富集

目的分析甲基转移酶SETD2表达改变对人鼻咽癌(NPC)细胞中蛋白表达谱的影响并富集差异信号通路。方法提取SETD2基因敲除细胞株CNE1SETD2-KO和野生型细胞CNE1WT的总蛋白,利用Tandem Mass Tag(TMT)标记蛋白质定量技术和串联质谱分析技术筛选出差异表达蛋白质,应用GO数据库对差异表达蛋白质进行注释和富集,应用KEGG数据库进行差异蛋白质涉及信号通路富集。结果以表达倍数(FC)≥1.2倍且P<0.05为筛选标准,SETD2基因敲除的CNE1细胞鉴别出2049个差异表达蛋白质,其中904个表达上调,1145个表达下调。GO功能注释结果表明,SETD2敲除后在生物过程(细胞过程及调节,细胞运动、代谢过程及细胞组分的生物合成)、分子功能(催化活性及分子结合、转录因子活性)和细胞组分(胞膜、细胞器、大分子复合物)等具有特征性。KEGG信号富集结果表明SETD2敲除主要影响与肿瘤关系密切的信号有MAPK、PI3K-Akt、Ras、Rap1、mTOR、Hippo、HIF-1、Wnt、AMPK、FoxO、ErbB、p53、JAK-STAT等。结论SETD2敲除后显著改变了NPC细胞中蛋白质表达特征并影响多条与肿瘤关系密切的信号通路,研究结果为NPC的发病机制和治疗标靶筛选提供了参考。

通过定量蛋白组学研究OsGLO1对稻瘟病抗性的调控机制

[目的]水稻葡糖酸氧化酶1(OsGLO1)定位于水稻过氧化物酶体(peroxisome),参与过氧化氢的产生,但其是否参与水稻对稻瘟病抗性的调控还未见报道。本研究的目的是为了考察OsGLO1在水稻对稻瘟病抗性中的作用。[方法]以水稻‘日本晴’和稻瘟病病菌互作体系为研究对象,使用定量蛋白质组学技术,比较和分析了亲和型和非亲和型稻瘟病菌菌株侵染引起的水稻蛋白质表达变化。[结果]研究发现水稻OsGLO1蛋白的表达受到亲和型稻瘟病菌侵染的特异性抑制,但是在非亲和反应中的表达量变化则不明显。水稻原生质体过表达和沉默试验证明,OsGLO1的表达与水稻活性氧积累以及胼胝质沉积量呈正相关,且OsGLO1过表达诱发水杨酸(SA)和茉莉酸(JA)等多种防卫信号通路相关基因的表达。[结论]OsGLO1可以激活水稻的早期防卫反应,并通过启动多种激素信号通路维持水稻对稻瘟病一定水平的抗性。考虑到其也参与植物对非生物胁迫抗性的调控,提示OsGLO1可能是水稻抵抗生物胁迫以及非生物胁迫中的重要因子。

定量蛋白组学技术在筛选急性主动脉夹层早期诊断标志物中的研究进展

急性主动脉夹层(AAD)是一种发病急骤、漏诊率、误诊率和病死率高的灾难性血管疾病。AAD发病机制复杂,涉及多种信号通路和多个蛋白的参与,目前对AAD发病机制的研究尚无突破性进展。探索AAD确切的发病机制、筛选早期诊断生物标志物对于疾病的诊治、改善预后具有重要意义。近年来定量蛋白组学技术已经广泛用于筛选AAD早期诊断标志物的研究,但筛选AAD早期诊断标志物的研究却止步于初步筛查和验证阶段,早期诊断生物标志物的临床实际应用始终未取得突破性进展。

大鼠心肺复苏后心肌蛋白组学研究与分析

目的:鉴定心肺复苏(CPR)后大鼠心肌差异蛋白,为治疗CPR后心肌损伤提供新的思路。方法:16只SD大鼠分为假手术(Sham)组和CPR组,窒息法建立心跳骤停模型。用Label-free定量蛋白组学技术进行心肌蛋白鉴定,在基因本体论(GO)数据库及Reactome通路数据库对差异蛋白进行富集分析。结果:从CPR组及Sham组中鉴定出1011种共同蛋白,其中差异蛋白68种,39种蛋白上调,29种蛋白下调,两组间显著差异的蛋白为线粒体电子传递链复合体I(Ndufa1、Cox6a1)蛋白、细胞色素C氧化酶3(COX3)、苹果酸酶(Me1)及碳酸酐酶(CA),差异蛋白主要参与心肺复苏后能量代谢及二氧化碳代谢。结论:Ndufa1、Cox6a1蛋白、COX3、Me1、CA可能参与了大鼠心肺复苏后心肌损伤过程。

基于TMT标记定量蛋白组学分析SATB1过表达前后鼻咽癌细胞中差异蛋白质及信号富集

目的:分析富含AT序列的特异性核基质区结合蛋白1(SATB1)表达改变对人鼻咽癌(NPC)细胞中蛋白表达谱特征的影响,并采用生物信息学富集分析差异信号通路。方法:利用SATB1过表达慢病毒和阴性对照慢病毒感染CNE1细胞,获得稳定表达细胞系。提取2组细胞的总蛋白,利用TMT标记蛋白定量技术和串联质谱分析技术筛选出差异表达蛋白,采用RT-qPCR对差异蛋白编码基因在mRNA水平进行定量验证;应用GO数据库对差异表达蛋白进行注释和富集分析,应用KEGG数据库对差异蛋白涉及信号通路进行富集分析。结果:SATB1过表达慢病毒感染CNE1细胞后获得稳定表达细胞系。与对照组相比,过表达SATB1的CNE1细胞鉴别出278个差异表达蛋白,其中115个表达上调,163个表达下调;采用RT-qPCR对10个代表性差异蛋白的编码基因进行mRNA水平的验证,其结果与蛋白组学结果具有一致性。GO数据库分析差异表达蛋白主要参与了细胞过程、单有机体过程、生物调控和代谢过程,发挥生物分子结合和催化等分子功能;细胞组件主要存在于细胞部分、细胞以及细胞器上。KEGG数据库分析显示差异表达蛋白参与和肿瘤关系密切的信号通路,主要有MAPK、PI3K-Akt、AMPK、JAK-STAT、p53、PPAR、Hippo和HIF-1通路等。结论:SATB1过表达后明显改变了NPC细胞中蛋白表达谱并影响多条与肿瘤关系密切的信号通路。蛋白组学筛查也为NPC的发病分子机制、治疗和预后标靶筛查提供了可能的宏观手段。

应用Label-free技术研究人牙囊细胞和牙周膜成纤维细胞的差异蛋白质

目的:应用Label-free蛋白定量技术研究牙囊细胞(h DFCs)和牙周膜成纤维细胞(h PDLFs)差异表达蛋白质,为发现h DFCs向h PDLFs转化过程中的重要蛋白质提供参考。方法:应用Label-free蛋白定量技术,结合ultramate 3000 nano-UPLC软件,对h DFCs和h PDLFs总蛋白提取液进行蛋白定性定量检测。然后分别对蛋白质的鉴定结果行重复性、关联性、蛋白相对含量和差异表达蛋白等进行分析;对总体蛋白质和差异表达蛋白质行生物信息学GO或KEGG分析。结果:h DFCs和h PDLFs蛋白相对含量及总体蛋白GO分析结果相似。定量分析显示,当h DFCs分化形成h PDLFs后,有22个差异表达蛋白质,其中下调蛋白15个(P<0.05,FC>2),上调蛋白7个(P<0.05,FC>2)。结论:h DFCs和h PDLFs蛋白质表达谱相似;22个差异表达蛋白质为研究h DFCs向h PDLFs的转化机制提供了方向。

五指山猪和长白猪背最长肌蛋白组学研究

为比较五指山猪和长白猪生长后期肌肉生长发育的差异,以6、8月龄五指山猪和长白猪为试验对象,采用同位素标记相对和绝对定量技术(iTRAQ)对其背最长肌总蛋白进行鉴定,结合生物信息学技术筛选品种间和品种内差异蛋白,并对其进行KEGG通路富集分析。结果表明:4组样品中共鉴定到1713个蛋白;五指山猪和长白猪品种间比较,6、8月龄猪中分别有460、337个差异的蛋白;品种内2个生长阶段比较,五指山猪和长白猪中分别有421、275个差异蛋白;2种比较均为上调的差异蛋白数多于下调差异蛋白数;KEGG通路分析发现,在五指山猪和长白猪品种间,6、8月龄在2个品种间的差异蛋白富集到差异显著(P<0.05)的条目分别为34、33个,在品种内,五指山猪和长白猪在2个生长阶段间的差异蛋白富集到差异显著(P<0.05)的条目分别为24、14个;在品种内发现了调控骨骼肌分化过程中发挥着重要作用的PI3K/AKT信号通路和影响脂肪沉积的PPAR信号通路,在品种间除了这2种外,还发现有肌纤维类型发育相关的糖酵解/糖异生信号通路;品种内2个比较组在PPAR和PI3K/AKT信号通路分别有10、9个共同表达的基因,品种间2个比较组在糖酵解/糖异生、PI3K/AKT和PPAR信号通路分别有10、13、9个共同表达的基因,对这些信号通路中共同表达的基因进行分析后筛选到一些与肌肉生长发育和脂肪代谢相关的关键基因。

抗心磷脂抗体阳性复发性流产小鼠胎盘的差异蛋白组学研究

目的探讨抗心磷脂抗体(ACA)阳性复发性流产小鼠胎盘组织中蛋白的表达谱特征并进行生物信息学分析。方法将20只雌性BALB/c小鼠随机分为正常对照组和ACA阳性流产模型组,每组10只。模型组于第1天和第8天通过腹腔注射β2-糖蛋白I(β2-GPI)建立ACA阳性流产模型,正常对照组于相同时间注射等体积生理盐水,腹腔注射后第18天,雌雄1∶1合笼,观察并记录妊娠时间。妊娠第15天处死小鼠,测量胎鼠、胎盘重量,计算胚胎丢失率,ELISA法检测血清、胎盘中ACA含量。采用Label-free蛋白质组学方法筛选两组小鼠胎盘组织中的差异蛋白,并进行GO富集、KEGG通路以及蛋白相互作网络分析,选择差异蛋白中的低氧诱导因子-1α(HIF-1α)、Toll样受体4(TLR-4)、凝血酶敏感蛋白-1(TSP-1)、T细胞免疫球蛋白黏蛋白分子-3(Tim-3)以及维甲酸相关孤核受体γt(RORγt)进行Western blot验证。结果与正常对照组相比,ACA阳性流产模型组胎鼠及胎盘重量显著下降(P<0.05),胚胎丢失率显著上升(P<0.05),血清、胎盘中ACA含量显著升高(P<0.05)。与正常对照组相比,ACA阳性流产小鼠胎盘组织中鉴别出87个差异表达蛋白,其中35个表达上调,52个表达下调;GO富集分析结果显示差异蛋白主要定位于细胞外,参与跨膜转运活性的调控;KEGG通路分析结果表明差异蛋白主要富集在代谢和磷脂酶D信号通路;蛋白相互作用分析发现差异蛋白中39个蛋白存在相互作用。Western blot验证结果显示,HIF-1α、TLR-4、TSP-1、Tim-3和RORγt表达量在模型组均显著上升(P<0.05),与蛋白组学结果一致。结论成功建立ACA阳性流产小鼠模型。ACA阳性流产小鼠胎盘组织中蛋白表达谱发生显著改变,差异蛋白主要与跨膜转运和代谢通路有关,这些蛋白的差异表达可能与ACA阳性流产有关。

中医证候学与蛋白组学探析

1蛋白质组学的概述 蛋白质组学和功能蛋白质组学随着蛋白质组的提出,蛋白质组学（Proteomics）也自然而然地孕育产生。但目前,蛋白质组学仍无明确的定义。一般认为它是研究蛋白质组或应用大规模蛋白质分离和识别技术研究蛋白质组的一门学科,是对基因组所表达的整套蛋白质的分析。现阶段,蛋白质组学研究的内容不仅包括对各种蛋白质的识别和定量化,还包括确定它们的细胞内外的定位、修饰、相互反应、活性,和最终确定它们的功能。