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题名梨几丁质酶基因克隆及其生物信息学分析
被引量:3
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作者
李伟阳
曾斌
李疆
田嘉
李秀根
王苏珂
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机构
新疆农业大学林学与园艺学院/新疆农业大学果树学新疆特色果树研究中心
中国农业科学院郑州果树研究所
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出处
《中国农学通报》
2015年第9期184-193,共10页
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基金
国家高技术研究发展计划(863计划)子课题"梨分子育种与品种创新"(2011AA10020604)
林业公益性行业科研专项
+1 种基金
新疆特色林果提质增效关键技术研究与示范之专题"新疆特色林果优良品种选育与推广"(201304701-1)
新疆维吾尔自治区果树学重点学科(201007)
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文摘
对克隆获得的梨几丁质酶基因Lchi1进行生物信息学分析,从而为该基因的功能鉴定提供理论基础,以期为梨的抗病育种提供基因来源。根据Genbank中已克隆得到的几丁质酶基因保守区,在梨基因组数据库中进行Blast比对,调取DNA序列,从而设计引物,以高抗腐烂病品种‘小香水’(Pyrus ussuriensis cv.Xiaoxiangshui)为研究材料,克隆获得梨几丁质酶Lchi1基因c DNA全长,并对其进行初步的生物信息学分析。梨基因组数据库中调取的DNA序列2535 bp,含有3个外显子区、2个内含子区。Lchi1基因全长1300 bp,编码322个氨基酸,其蛋白的分子式为C1607H2407N415O468S17,分子量为35573.3 Da,理论等电点为7.10。二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,三级结构具有高度保守性。Lchi1编码蛋白为可溶性胞外蛋白,存在少量的潜在磷酸化位点,属于糖苷水解酶19家族,含有N-端信号肽,但是缺乏几丁质结合区。Lchi1基因属于CLASSⅡ几丁质酶基因,与其他科属植物的几丁质酶基因相似性均较高。
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关键词
梨
几丁质酶
lchi1基因
生物信息学
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Keywords
pear
chitinase
lchi1 gene
bioinformatics
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分类号
S661.2
[农业科学—果树学]
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