新的与辐射诱导恶性转化相关全长基因Lcrp369克隆及生物信息学分析

背景与目的:辐射诱导细胞恶性转化过程中涉及到众多基因,其中包括大量未知的新基因,克隆新的辐射诱导相关全长基因,从基因水平认识细胞恶性转化过程中生长、分化、再生和癌变的分子机理,对于研究辐射致癌的发生、发展规律具有重要意义。对此,本文旨在克隆新的与辐射致癌相关的全长基因。方法:应用SMARTRACE方法扩增T54EST片段的全长序列,测序后进行拼接及RT-PCR验证。并应用生物信息学方法对得到的新的mRNA序列进行生物信息学分析。结果:克隆了一条新的全长基因Lcrp369。经对其进行初步的生物信息学分析发现该基因是位于染色体14p22号臂上的一条功能尚不清楚的基因。其编码区域由7个外显子和6个内含子组成,mRNA全长1 038 bp,编码一244个氨基酸的蛋白,合成的蛋白位于细胞核内,具有DNA结合位点及N-糖基化位点、依赖于cAMP/cGMP的蛋白激酶磷酸化作用位点、酪蛋白激酶磷酸化位点。该蛋白二级结构推测为含有α螺旋结构为主的蛋白,其分子量为28 000,等电点为6.19。数字化组织表达谱系分析结果发现,该基因表达广泛,可在多个组织中表达及在多种肿瘤中表达。该基因全长已经登录到GENBANK上,ID号DQ525179。结论:成功地利用SMART RACE技术克隆了一条新的全长基因Lcrp369,生物信息学分析结果提示其与辐射致癌有关,其具体作用及功能尚有待进一步的实验学研究。