ABCB5和LEF1基因与高血压相关研究进展

动脉高血压的发病机制涉及许多因素和分子途径。最近有研究发现ATP结合盒超家族成员ABCB5与心血管相关疾病和WNT信号通路存在关联,有报告指出Wnt/β-catenin通路在高血压患者的病程和发展中的作用,且LEF1作为WNT信号通路中的关键转录因子可能通过相关机制引起高血压,本文就其相关性研究进行综述。

家蚕核型多角体病毒lef5基因对病毒基因组复制和转录调控的影响

lef5是杆状病毒的核心基因之一。构建家蚕核型多角体病毒(BmNPV)lef5基因敲除型病毒lef5-ko-Bacmid和补回型病毒lef5-re-Bacmid,研究lef5基因在BmNPV的基因组DNA复制及各时期基因转录调控中的作用。透射电子显微镜下观察lef5-ko-Bacmid转染BmN细胞后不能产生具有侵染活性的病毒粒子(BV)。荧光定量PCR(qPCR)发现lef5基因缺失对病毒基因组DNA的复制没有明显影响,但会导致病毒各时期基因的转录水平显著下降。进一步通过检测由BmNPV多角体蛋白基因(polh)启动子驱动的荧光素酶活性变化,明确lef5基因对polh基因启动子的调控作用,结果表明lef5基因对polh基因启动子有显著的正调控作用。研究结果提示,lef5基因缺失后不影响BmNPV基因组DNA的复制,但会影响病毒早期、晚期、极晚期基因的转录表达。

LEF1基因在巴什拜羊不同毛色皮肤组织中的DNA甲基化及mRNA表达水平分析

【目的】分析LEF1基因在红棕色与青灰色巴什拜羊皮肤组织中DNA甲基化与mRNA的表达水平。【方法】运用BSP(亚硫酸盐修饰后测序PCR)与RT-RCR(实时荧光定量PCR),检测不同毛色巴什拜羊皮肤组织LEF1基因启动子区的甲基化水平与mRNA表达量。【结果】在红棕色巴什拜羊皮肤组织中的LEF1基因启动子区的甲基化水平高于青灰色的甲基化水平,且二者甲基化CpG位点不同,二者呈显著的负相关(P<0.05)。【结论】DNA甲基化水平对红棕色与青灰色巴什拜羊的毛色形成具有调节作用,可作为一个候选的巴什拜羊毛色遗传标记。

骨髓增生异常综合征核心基因及关键通路的生物信息学分析

目的:基于基因表达数据库(GEO)筛选骨髓增生异常综合征(MDS)相关差异基因(DEG),通过分析DEG的生物学功能及相关信号通路,探讨MDS的核心基因及其发病机制。方法:从GEO数据库筛选包含有MDS患者和正常对照组的基因芯片数据集(GSE4619,GSE19429,GSE58831),借助GEO数据库的基因表达分析工具(GEO2R),以|log FC(fold change)|≥1以及P<0.01为标准筛选数据库中的DEG。利用David在线数据库对DEG进行基因本体功能注释(GO);利用Metascape在线数据库对DEG进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用STRING数据库构建蛋白质互作用网络(PPI)并利用Cytoscape的CytoHubba和Mcode插件分析其关键基因簇及核心基因。利用R语言对筛选出的核心基因进行诊断试验分析并绘制ROC曲线。根据LEF1的表达量对GSE19429进行GSEA富集分析。结果:本研究共筛选出74个共同差异基因,其中上调14个,下调60个。GO分析结果显示,下调基因的BP主要富集在RNA聚合酶Ⅱ启动子转录及调控、细胞增殖的负调控以及免疫应答;CC主要富集在细胞核、转录因子复合物和黏着斑;MF主要富集在蛋白质结合、DNA结合以及β-连环蛋白结合;KEGG通路则主要富集在原发性免疫缺陷、Hippo信号通路、cAMP信号通路、癌症中的转录失调以及造血细胞系。上调基因的BP主要富集在Ⅰ型干扰素信号通路、病毒反应等,CC主要富集在细胞质,MF主要富集在RNA结合。通过STRING数据库及Cytoscape软件共筛选出10个核心基因以及3个重要的基因簇,进一步通过基因功能富集发现3个关键基因簇的功能均与免疫调控关系密切。ROC分析发现筛选出的核心基因对MDS具有较好的诊断意义。通过对核心基因进行GSEA分析发现LEF1可能通过调控炎症反应等影响造血干细胞的正常功能,进一步揭示了MDS的发病机制。结论:利用生物信息学方法能有效筛选出MDS的核心基因和关键信号通路,为MDS的诊治提供新的策略。

敲低LEF1-AS1对胰腺癌细胞的影响

目的:探究淋巴增强因子1反义RNA1(LEF1-AS1)对胰腺癌(PC)细胞的影响及机制。方法:使用Gene Expression Profiling Interactive Analysis(GEPIA)网站分析来源于癌症基因组图谱(TCGA)数据库中PC组织和正常胰腺组织LEF1-AS1的表达;取对数生长期的正常人胰管上皮细胞株HPDE和PC细胞株Panc-1、Bxpc-3、As PC-1、Capan-1、CFPAC-1及MIA Pa Ca-2,采用q PCR检测LEF1-AS1在各细胞中的表达;选取q PCR检测后LEF1-AS1表达较高的PC细胞株Panc-1和MIA Pa Ca-2,用si LEF1-AS1与si Control分别转染后分为下调组和对照组,分别采用细胞计数试剂盒(CCK-8)、平板克隆实验、划痕实验和Transwell实验检测敲低LEF1-AS1对各组PC细胞增殖、细胞侵袭及迁移能力的影响,采用Western blot实验检测敲低LEF1-AS1对各组PC细胞中B细胞白血病淋巴瘤2(Bcl-2)、B细胞白血病淋巴瘤相关蛋白(Bax)、钙黏附蛋白E(E-cadherin)及波形蛋白(Vimentin)表达的影响。结果:PC组织中LEF1-AS1的表达高于正常组织(P<0.05),Panc-1、Bxpc-3、As PC-1、Capan-1、CFPAC-1及MIA Pa Ca-2细胞中LEF1-AS1表达水平较HPDE细胞上调(P<0.05);下调组Panc-1和MIA Pa Ca-2细胞24 h、48 h和72 h时OD值均较对照组下降,下调组细胞集落形成数较对照组降低(P<0.05);下调组Panc-1和MIA PaCa-2细胞迁移和侵袭能力较对照组细胞降低(P<0.05);敲低LEF1-AS1表达后,下调组Panc-1和MIA Pa Ca-2细胞Bcl-2和Vimentin蛋白的表达量均较与对照组下降,Bax和E-cadherin蛋白的表达量均较与对照组升高(P<0.05)。结论:敲低LEF1-AS1表达后抑制PC细胞的增殖、迁移和侵袭,其机制可能与促进PC细胞的凋亡和抑制上皮细胞-间充质转化进程有关。

棉铃虫单核衣壳核多角体病毒(HaSNPV)Hind III-L片段的序列分析

本文报道了棉铃虫单核衣壳核多角体病毒 (Helicoverpaarmigerasingle nucleocapsidnucleopolyhedrovirus,HaSNPV)基因组的HindIII L片段的全序列。该片段全长 2 6 35bp ,包括 5个有意义的开放阅读框 :HaSNPVORF2 2 7,晚期表达因子 10基因 (lef10 ) ,vp10 5 4基因 ,Ac5 5 (AcMNPVORF5 5的同源基因 ) ,Ac5 6 (AcMNPVORF5 6的同源基因 )。与其它 6种杆状病毒的氨基酸序列比较表明 ,HaSNPV的lef10基因与甜菜夜蛾核型多角体病毒 (SeMNPV)的同源性最高 ,为6 4 % ,与冷杉毒蛾核型多角体病毒 (OpMNPV)的同源性最低 ,为 4 3% ;HaSNPV的vp10 5 4基因与SeMNPV的同源性最高 ,为 6 5 % ,与OpMNPV的同源性最低 ,为 4 9%。序列比较表明 ,HaSNPV的LEF10与VP10 5 4蛋白与其它 6种杆状病毒具有相同的保守区和亮氨酸拉链 (leucinezipper)