荷斯坦牛Leptin基因外显子2多态性与繁殖力性状的相关性研究

以94头荷斯坦牛为试验材料,应用PCR-SSCP技术研究Leptin基因外显子2多态性与繁殖力的相关性。在Leptin基因外显子2的E2FB区上,经分析存在影响奶牛繁殖的多态位点,测序首次发现102nt处T突变为C。在平均产犊间隔上,AA与AT差异极显著(P<0.01);AT与TT差异极显著(P<0.01);A为优势等位基因,可作为荷斯坦牛育种中繁殖力的分子辅助标记。

婴儿神经轴索营养不良致病基因PLA2G6突变分析

目的探讨婴儿神经轴索营养不良(INAD)PLA2G6基因突变的致病特点,丰富INAD的基因突变谱,为INAD相关遗传咨询提供依据。方法收集1例先证者的家系相关临床资料,采用三人家系全外显子组测序对先证者及其父母进行测序分析,筛选可能的致病突变位点,Sanger测序验证突变位点,结合生物信息学分析对突变位点的致病性进行预测,最后通过羊水穿刺检查为孕妇提供产前诊断。结果全外显子测序结果显示临床表现为精神运动发育倒退的先证者为PLA2G6基因c.1A>G(p.M1?)和c.2242G>A(p.A748T)复合杂合突变,其父亲为c.1A>G(p.M1?)杂合突变携带者,母亲为c.2242G>A(p.A748T)杂合突变携带者。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异评级相关指南,c.1A>G(p.M1?)为致病性突变,c.2242G>A(p.A748T)为意义未明突变。产前诊断胎儿为c.1A>G(p.M1?)杂合突变携带者,现该孕妇已足月顺产一男活婴,产后随访7个多月生长状况良好。结论PLA2G6基因c.1A>G(p.M1?)和c.2242G>A(p.A748T)复合杂合突变为该先证者患INAD的遗传病因,其中c.2242G>A(p.A748T)为新发现的变异位点,这扩大了INAD的基因突变图谱,全外显子测序数据为该家系提供了精准的遗传咨询和产前诊断。

松辽黑猪FOXA 2基因第3外显子多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】分析叉头框家族转录因子A2(forkhead box A2,FOXA2)基因第3外显子多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与松辽黑猪繁殖性状的相关性。【方法】采集90头健康经产松辽黑猪母猪耳组织,采用直接测序法检测FOXA 2基因第3外显子SNP位点,利用SPSS 26.0软件分析FOXA 2基因第3外显子SNP位点多态性(基因型频率、基因频率、遗传纯合度、遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量)及其与松辽黑猪母猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、乳头数以及仔猪初生重、3周龄重、断奶重、断奶仔猪数)的相关性。【结果】松辽黑猪FOXA 2基因第3外显子共检测出3个SNPs位点,1337 bp处SNP位点(C1337A)上发现CC、CA和AA 3种基因型;1343 bp处SNP位点(C1343G)上发现CC、CG和GG 3种基因型;1626 bp处SNP位点(C1626T)上发现CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验表明,松辽黑猪FOXA 2基因第3外显子的C1337A、C1626T位点符合哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05),C1343G位点偏离哈迪-温伯格平衡状态(P<0.05)。多态信息含量(PIC)计算显示,C1337A、C1626T位点为中度多态(0.25<PIC<0.50),C1343G位点为高度多态(PIC>0.50)。关联分析结果表明,C1337A位点的CC基因型个体总产仔数显著高于CA基因型(P<0.05),AA基因型个体所产仔猪3周龄重、断奶重极显著高于CC、CA基因型(P<0.01);C1626T位点的CC基因型个体所产仔猪3周龄重、断奶重极显著或显著高于CT、TT基因型(P<0.01;P<0.05),CC基因型个体乳头数显著高于CT基因型个体(P<0.05)。【结论】FOXA 2基因第3外显子存在3个多态性位点,与松辽黑猪总产仔数、3周龄重、断奶重和乳头数均有显著关联性。

新疆褐牛leptin基因第二外显子E2JW和E2FB位点的多态性分析

利用改进的DNA提取方法和PCR-RFLP技术,对145头新疆褐牛leptin基因外显子2上E2JW和E2FB两个位点的多态性进行了分析。结果表明,新疆褐牛leptin基因外显子2上E2JW位点存在CIaⅠ限制性内切酶的酶切位点,E2FB位点存在Kpn2Ⅰ限制性内切酶的酶切位点。在这2个酶切位点上均有多态性。其中,E2JW位点AA基因型频率为0.81,AB型为0.19,BB型为0;A等位基因频率为0.91,B等位基因频率为0.09。E2FB位点CD型基因型频率为0.96,DD型为0.04,CC型为0;C等位基因频率为0.48,D等位基因频率为0.52。

中国5个牛种leptin基因外显子3的多态性分析

利用改进的DNA提取方法和PCR-RFLP技术,对南阳牛、秦川牛、西镇牛、鲁西牛(地方黄牛品种)和荷斯坦奶牛等5个牛品种的263头个体lep tin基因外显子3多态性进行了分析。结果表明,牛lep tin基因外显子3长度为330 bp,存在H aeⅢ和Ap aⅠ限制性内切酶的酶切位点,但在这2个酶切位点上无多态性,2种酶酶切片段长度均为70 bp和260 bp。说明牛lep tin基因外显子3在H aeⅢ和Ap aⅠ2个酶切位点上具有保守性。

小梅山、中梅山及大约克猪的SLA-DQB基因外显子2 PCR-RFLP多态性分析

采用限制性内切核酸酶RsaⅠ对中国地方猪种小梅山、中梅山及国外猪种大约克SLA DQB基因外显子 2的2 73bp扩增产物进行多态性分析。小梅山猪酶切后出现两种基因型 :2 4 6bp 2 7bp(AA)、132bp 84bp 30bp 2 7bp(BB) ;中梅山猪中出现 4种基因型 :2 4 6bp 2 7bp(AA)、132bp 84bp 30bp 2 7bp(BB)、132bp 114bp 2 7bp(CC)、2 4 6bp 132bp 84bp 30bp 2 7bp(AB) ;大约克猪中出现 5种基因型 :2 4 6bp 2 7bp(AA)、132bp 84bp 30bp 2 7bp(BB)、132bp 114bp 2 7bp(CC)、2 4 6bp 132bp 84bp 30bp 2 7bp(AB)、2 73bp 2 4 6bp 2 7bp(AD)。分析发现 ,SLA DQB基因外显子 2的 11、94和 12 4位碱基表现出多态性并在 3个猪种中检测到A、B、C和D 4个等位基因 ;χ2 适合性检验结果表明 ,小梅山、中梅山及大约克SLA DQB基因外显子 2在RsaⅠ酶切位点已经达到了Hardy

广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的多态性研究

为探讨广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的多态性,以其耳组织为试验材料,经PCR扩增获得广西巴马小型猪SLA-DQB外显子2片段,片段大小为273 bp,含有1个RsaI酶切位点和5个HaeIII酶切位点,基因型分别为27bp/246 bp和84 bp/83 bp/7 bp/16 bp/29 bp/54 bp。采用PCR-RFLP对30头广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的PCR扩增产物进行多态性分析,发现广西巴马小型猪封闭群内S,LA-DQB基因外显子2无多态性位点;而克隆测序及同源性比较分析表明,广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2序列与普通猪(Sus Scrofa)、人类(Homo sapiens)的同源性分别为94.1%、79.1%。

E-选择素第2外显子G98T基因多态性与高血压病的相关性研究

目的 观察原发性高血压病(EH)患者E-选择素(E-selectin)基因第2外显子G98T多态性,并探讨高血压发病的遗传学机制。方法 应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术检测155例高血压患者和160例正常对照者E-selectin基因型,生化技术测定血脂水平。结果 E-selectin基因型GG、GT频率在高血压组和对照组分别为85.2％、14.8％和92.5％、7.5％;等位基因G、T频率在高血压组和对照组分别为92.6％、7.4％和96.3％、3.7％。基因型频率和等位基因频率在高血压组和对照组比较差异均有显著性(P<0.05)。结论 E-selectin第2外显子G98T基因多态性与高血压的发病有关性,T等位基因可能是高血压发病的危险因素之一。

米易鸡ADSL基因第2和第9外显子多态性与肌苷酸含量的关联

为了检测米易鸡ADSL基因第2、第9外显子的单核苷酸多态性并分析该多态性与胸肌肌苷酸含量的关联性,以四川省优质地方鸡种米易鸡为研究对象,采用高效液相色谱测定米易鸡胸肌肌肉肌苷酸的含量,并运用测序技术测定了ADSL基因第2、第9外显子的单核苷酸多态性。结果表明:ADSL基因在外显子2(A3713G、C3797T),外显子9(C10191T)处出现3个SNP位点,变异引起相应的氨基酸均为同义变异,第2外显子A3713G位点的基因型为AA、GG、AG型;C3797T位点的基因型为CC、CT、TT型;第9外显子的C10191T位点的基因型为CC、CT型。经独立性检验,ADSL基因A3713G、C10191T位点变异处于Hardy-Weinberg平衡状态;应用最小二乘法对基因型与肌苷酸含量进行分析,说明ADSL第9外显子C10191T SNP位点与IMP含量存在显著相关性(P<0.05),CT型个体的胸肌肌苷酸含量高于CC型个体,初步推测米易鸡中ADSL基因第9外显子C10151T SNP位点CT型为优势基因型。

新疆褐牛瘦素基因第2外显子多态性与肉品质性状的相关性

探索Leptin基因多态性与新疆褐牛肉品质的相关性,旨在寻找与新疆褐牛肉品质性状相关分子标记,为新疆褐牛的选育提供分子遗传学理论依据。利用PCR-RFLP方法检测新疆褐牛Leptin基因第2外显子多态性,并分析其与肉质性状的相关性。结果表明,Leptin基因第2外显子E2JW位点存在AA、AT和TT 3种基因型,处于中度多态,E2FB位点有CT和TT 2种基因型,处于低度多态,均为Hardy-Weinberg非平衡状态。相关分析表明:Leptin基因第2外显子E2JW位点与肌纤维直径呈正相关,且相关关系极显著(r=0.435),与胱氨酸含量正相关,且相关关系显著(r=0.410),与蛋氨酸含量呈弱负相关趋势(r=-0.308)。E2FB位点与硬脂酸含量呈正相关趋势(r=0.425)。结果提示E2JW位点有可能成为影响新疆褐牛肉品质性状的分子遗传标记位点。

‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子多态性及其与流产性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法检测431只‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子的多态性,测序并分析群体内突变产生的等位基因.结果表明:MHC-DQB2基因第3外显子有15个基因型、8个等位基因、35个变异位点;χ2适合性检验结果表明,该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);该位点多态信息含量为0.838 5,杂合度为0.317 9,有效等位基因数为6.899 8;等位基因平均遗传距离为0.048 8;经NJ树分析发现,各等位基因为同源序列;经流产数据统计发现,基因型CF中无流产个体,且在其198位插入1个碱基C.说明‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子具有丰富的遗传多态性;牛和羊的MHC-DQB2外显子3最初是由2个等位基因突变分化而来,而同物种的绵羊与山羊在该位点有很高的同源性;基因型CF可能与流产性状有关.

全外显子组序列分析新生儿FGFR2基因相关疾病1例

目的通过对1例新生儿期特殊面容、神经系统结构畸形患儿进行全外显子组序列检测分析,旨在为该患儿寻找潜在的致病原因。方法纳入1例在复旦大学附属儿科医院(我院)新生儿病房住院期间未能明确诊断的多发畸形患儿,主要临床表型为前额突出、腭弓高、耳位低、枕部较平,双侧脑室扩大、透明隔部分缺如、胼胝体发育异常,采用Sure Selct Human All Exon捕获试剂盒和Illumina Hi Seq2000测序平台,行全外显子组序列检测。数据分析采用复旦大学附属儿科医院转化中心所建立的高通量测序数据分析流程。采用Sanger测序进行验证。结果患儿全外显子组序列检测数据,共检测到79 064个变异,经过质量控制筛选、变异频率筛选、变异分类筛选,剩余645个变异。在进一步分析中,645个变异中有159个其所在基因在OMIM数据库及HGMD数据库与疾病相关。从3个已经报道的突变位点中锁定致病突变为FGFR2基因(NM_000141)c.C1040G,p.S347C。Sanger测序在家系内验证该位点为新发(de novo)突变。结论采用全外显子组序列检测,明确诊断FGFR2相关疾病1例。并且结合我院已经建立的高通量测序数据分析和临床诊断流程,为新生儿多发畸形寻找潜在的致病基因提供了快速、高效的方法。

鸡IGF2基因外显子1的多态性及其与生产性能的相关性

为研究胰岛素样生长因子2基因(IGF2)多态性及其对鸡生产性能的影响,采用DNA测序、PCR-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术分析基因单核苷酸多态性,并对鸡的生产性能进行相关分析。结果可知:共发现2个SNPs位点,P1位点对4周龄鸡体质量具有显著影响(P<0.05)。研究结果初步表明:IGF2基因可能是影响鸡生长繁殖性状的1个主效基因或是与其存在紧密遗传连锁的1个标记。

杜寒杂交羊Leptin基因外显子三的多态性及其与生长发育的相关性研究

利用引进的杜泊羊和本地的小尾寒羊杂交,培育地方优质肉羊新品种是山东省良种工程实施的任务之一。本研究利用DNA池和测序技术对杜寒杂交羊Leptin基因外显子三进行多态位点的筛查,再用PCR-RFLP技术对基因进行多态性分析,为在杂交后代中选育理想个体提供选择依据。研究结果表明,在试验群体202个样品中检测到G3941T一个突变位点G/T突变,将其基因型命名为GG、GT、TT,基因型频率分别为0.3020、0.5198、0.1782。统计分析表明,G3941T位点与生长发育性状存在相关性。在G3941T位点,TT基因型体重、体高、体长、胸围指标均高于GG基因型,其中体高和体长指标差异显著(P<0.05),体重和胸围指标差异极显著(P<0.01)。Leptin基因可以作为选育杜寒杂交羊生长发育性状的分子遗传标记。

秦川牛脂联素基因第2外显子多态性及其与部分产肉性状的相关性

【目的】研究秦川牛脂联素基因第2外显子的多态性及其与部分产肉性状的关系。【方法】以405头24月龄的秦川牛为研究对象,利用PCR-SSCP和测序技术对其脂联素基因第2外显子的多态性进行检测,并对发现的多态位点与秦川牛产肉性状的相关性进行分析。【结果】秦川牛脂联素基因第2外显子存在AA、AB和BB 3种基因型,基因型频率分别为0.696,0.207和0.097;等位基因A和B的基因频率分别为0.799和0.201。BB基因型个体在64 bp处发生了G→C突变,导致22位的谷氨酸(GAA)转变为谷氨酰胺(CAA)。胸围、宰前活质量、胴体质量、背膘厚和眼肌面积等指标,AA型个体显著高于AB型(P<0.05);AA型个体腿臀围显著高于AB型(P<0.05),极显著高于BB型(P<0.01)。【结论】脂联素基因第2外显子可能是影响秦川牛产肉性能的主效数量性状座位或与之紧密连锁,可作为秦川牛产肉性状的辅助选择标记。

贵州小香羊FSHβ基因第2外显子SSCP多态性分析

为寻找与贵州小香羊繁殖力相关的分子标记提供基础数据,采用单链构象多态(SSCP)方法对在生殖中起重要作用的FSHβ基因外显子2的序列进行多态性检测,并对具有SSCP多态性的DNA片段进行测序分析。结果表明,在该特异性扩增产物中存在基因多态性,在94bp处检测到1个多态位点,该位点发生了G→A突变,出现3种基因型(AA、AB和BB)并导致编码的氨基酸由丙氨酸变为苏氨酸,A等位基因频率为62.3%,B等位基因频率为37.7%。

解耦联蛋白2基因外显子8的45bp插入/缺失多态及基因编码区Ala55 Val变异与静息能量消耗及肥胖的关系

目的 研究解耦联蛋白 2 (UCP2 )基因外显子 8的 4 5bp插入 /缺失多态 (Exon 8Ins/Del)及基因编码区Ala5 5Val(A5 5V)变异与静息能量消耗及体脂含量、分布的关系。方法 采用PCR及PCR RFLP方法检测5 7名正常体重者和 99名超重 /肥胖者的Exon 8Ins/Del多态位点和A5 5V变异位点。采用间接测热法测量静息能量消耗 ,生物电阻抗法 (BIA)及MRI测量体脂含量及分布 ,研究 2个变异位点与静息能量消耗及肥胖的关系。结果 ①校正年龄后女性Ins -者REE/kg显著低于Ins +者。②在超重 /肥胖者中Ins-者较Ins +者REE/kg显著降低 ,且肥胖程度更显著。③无论腹内型肥胖还是非腹内型肥胖Ins -者REE/kg均较Ins +者降低 ,以前者更甚。④肥胖组与正常对照组A5 5V变异频率的差异无显著性 ,但与女性REE/kg相关。结论①UCP2Exon8Ins/Del多态位点与女性REE/kg相关 ,Ins -者REE/kg显著低于Ins +者。②UCP2Exon 8Ins/Del多态位点与超重 /肥胖者REE/kg有关 ,参与其超重 /肥胖程度的不同。③无论腹内型肥胖还是非腹内型肥胖Ins -者REE/kg均较Ins+者降低 ,但以前者更甚。④UCP2A5 5V变异位点与女性REE/kg相关。

先天性脊柱侧凸患者中胚层后方同源物2基因外显子突变的筛查

目的:探讨汉族人群中中胚层后方同源物2(mesoderm posterior 2,MESP2)基因外显子突变与先天性脊柱侧凸(congenital scoliosis,CS)发生的关系。方法:2010年5月～2011年3月在我院行手术治疗且有完整影像学资料的散发非综合征型CS患者60例(病例组),其中男23例、女37例,年龄5～23岁,平均13.2±3.8岁;100例健康体检者为对照组,其中男42例、女58例,年龄12～16岁,平均12.9±2.7岁。两组对象均为中国汉族人群,性别相匹配。CS患者分型:形成障碍26例,分节不良13例、混合型21例。从外周血中提取基因组DNA,根据Gene Bank中人类MESP2基因外显子(共2个外显子,exon 1和exon 2)序列设计引物将该基因的两个外显子序列全部扩增出来,然后应用DNA自动测序仪对扩增出来的目的产物进行测序,将病例组MESP2基因两个外显子测序结果与对照组该基因外显子序列、美国NCBI基因库里公布的该基因外显子序列进行比对,将对照组该基因外显子序列与美国NCBI基因库里公布的该基因外显子序列也进行比对。结果:病例组和对照组MESP2基因的exon 1和exon 2均未见突变及新的单核苷酸多态性位点。结论:中国汉族散发非综合征型CS患者MESP2基因外显子无突变,在中国汉族人群中MESP2基因外显子突变与散发非综合征型CS发病可能无关。

云南高峰牛MHC-DQB基因外显子2遗传多态性分析

本研究采用PCR直接测序和PCR-RFLP法研究了云南高峰牛MHC-DQB基因外显子2(DQB.2)的遗传多态性,并利用DNAMAN软件分析了云南高峰牛与部分物种DQB.2相应核苷酸序列的同源性。结果发现,共检测到了17个等位基因,其中HaeⅢ酶切位点存在10种基因型,由A、B、C、D和E 5个复等位基因控制;RsaⅠ酶切位点存在22种基因型,由A、B、C、D、E、F、G、H、I、J和K共11个复等位基因控制;TaqⅠ酶切位点只出现了1种基因型。分析发现,云南高峰牛DQB.2基因的12、25、63、96、106、126、152、156、165、204位的碱基表现出了多态性。所分析的物种该基因片段大小相同均为270bp,云南高峰牛第224位碱基缺失及236位碱基插入现象。云南高峰牛与人、猪、马、绵羊、黄牛×瘤牛的核苷酸序列的同源性分别为81.4%、83.3%、78.1%、87.7%、86.6%。经χ2检验结果表明,HaeⅢ和TaqⅠ酶切位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而RsaⅠ酶切位点则未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。

Leptin对瞬时转染OBRb基因的C2C12细胞系PI3K活性的影响

目的:观察瘦素(leptin)对C2C12肌小管及瞬时转染OBRb基因的C2C12肌小管PI3K活性变化的影响,探讨leptin对外周组织直接作用的可能通路及其受体调控机制。方法:用脂质体介导基因转染;用马血清诱导C2C12成肌细胞分化为肌小管;OBRb mRNA表达用RT—PCR检测;leptin受体蛋白表达用Western印迹法检测;用抗JAK-2多克隆抗体免疫沉淀相关蛋白,以L-磷脂酸肌醇为反应底物,通过对掺入PI3K的32p放射活性磷屏扫描分析,检测PI3K活性变化。