梓木草防治COVID-19潜在作用机制的网络药理学研究

目的 运用网络药理学方法探讨梓木草治疗新型冠状病毒感染(COVID-19)的潜在作用机制。方法 文献检索梓木草的有效成分,通过DisGeNET数据库、GeneCards数据库获取COVID-19靶点;利用韦恩图获取药物-疾病交集靶点并将其导入蛋白互作网络分析数据库(STRING数据库)获取核心靶点,在注释、可视化和综合发现数据库(DAVID数据库)对交集靶点进行基因本体论(GO)分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析,最后利用AutoDock Vina及PyMOL 2.5软件进行分子对接,使用Cytoscape 3.10.0软件进行可视化呈现。结果 梓木草中的β-谷甾醇、柯伊利素、木犀草素等成分通过肿瘤坏死因子(TNF)、表皮生长因子受体(EGFR)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)等关键靶点调控缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、Janus激酶(JAK)-信号转导和转录激活因子(STAT)信号等通路,从而发挥防治COVID-19的作用。结论梓木草可能通过多成分、多途径发挥抗COVID-19的作用。

基于网络药理学和分子对接探讨梓木草抗炎作用机制

目的基于网络药理学和分子对接探讨梓木草抗炎的作用机制。方法2023年1—3月,首先利用网络药理学研究方法在文献中检索梓木草成分,并通过TCMSP数据库、PubChem数据库获取成分结构式及3D结构,同时将成分结构导入Swiss Target Prediction数据库中获取相应靶点。其次,在DisGeNET数据库、GeneCards数据库获取炎症的相关靶点,并利用微生信平台获取梓木草成分与炎症的共同基因靶点,采用Cytoscape3.9.0软件构建“梓木草-成分-潜在作用靶点-炎症”网络。再次,利用STRING数据库获取梓木草抗炎蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,DAVID平台进行基因本体(GO)分析及京都基因和基因组数据库(KEGG)信号通路富集分析,再采用Cytoscape3.9.0软件中的CytoHubba功能筛选出前十基因靶点。最后,通过Uniprot数据库、PDB数据库获取受体3D结构,通过AutoDock Vina 1.1.2进行分子对接,并用PyMOL 2.5软件将结果进行可视化呈现。结果从文献检索中获得梓木草β-谷甾醇、柯伊利素、木犀草素等9个成分,与炎症共有STAT3、ESR1、EGFR等51个共同靶点。GO富集分析和KEGG富集分析结果显示梓木草主要与RNA聚合酶Ⅱ启动子初始微RNA(pri-miRNA)转录的正向调节、炎症反应的负调节、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的负调节等生物过程和调控癌症的通路、化学致癌-受体活化、胰岛素抵抗等信号通路有关。分子对接结果显示有7个成分可与6NJS、1M17、2Q70等多个炎症蛋白结合。结论梓木草的抗炎作用可能通过多成分与多个炎症蛋白结合、多靶点调控多通路影响炎症反应。