药物性肝损伤与免疫性肝损伤肝组织中lncRNA表达谱的差异分析

目的:研究长链非编码RNA(lncRNA)在药物性肝损伤及免疫性肝损伤中表达谱的变化,并分析二者的差异。方法:利用lncRNA芯片技术分别检测对乙酰氨基酚诱导的小鼠药物性肝损伤及刀豆蛋白A诱导的小鼠免疫性肝损伤肝组织的lncRNA表达谱,通过对原始数据进行预处理达到均一化后,筛选出差异表达lncRNA并进行分析。结果:与正常肝脏组织比较,变化1.5倍以上并且差异有统计学意义(P<0.05)的lncRNA被认为是差异表达的lncRNA;药物性肝损伤肝组织中变化1.5倍以上的共68条,其中升高1.5倍以上的共21条,降低1.5倍以上的共47条;免疫性肝损伤肝组织中变化1.5倍以上的共60条,其中升高1.5倍以上的共17条,降低1.5倍以上的共43条。所有的lncRNA中有8条lncRNA同时在2种肝损伤肝组织中上调,在药物性肝损伤肝组织上调的lncRNA中占38%,在免疫性肝损伤肝组织中占47%;有28条lncRNA同时在2种肝损伤肝组织中下调,在药物性肝损伤肝组织下调的lncRNA中占59%,在免疫性肝损伤肝组织中占65%。结论:与正常肝脏组织比较,药物性肝损伤肝组织和免疫性肝损伤肝组织中lncRNA表达谱均发生明显变化,且2种不同肝损伤肝组织比较,lncRNA表达谱也存在差异,提示2种肝损伤肝组织中这些同时上、下调的lncRNA可能参与了2种肝损伤之间相似或是相同的病理生理过程,而那些表达不同的lncRNA可能参与相对特异的肝损伤机制的发生。

LncRNA在缺氧诱导的胃癌细胞中表达谱的变化

目的:观察长链非编码RNA(lncRNA)在常氧条件下的胃癌细胞及缺氧诱导的胃癌细胞中表达谱的变化。方法:利用lncRNA芯片技术检测常氧条件下的胃癌细胞,缺氧诱导的胃癌细胞中lncRNA表达谱的变异,经对原始数据进行预处理达到均一化后,筛选出差异表达lncRNA,进行分析。结果:与常氧条件下的胃癌细胞相比较,缺氧诱导胃癌细胞中1.5倍以上变化并有显著差异(P<0.05)的lncRNA,确定为差异表达lncRNA。其中在三种胃癌细胞中的变化均在1.5倍以上的共254条,占所有lncRNA的3.6%;大于1.5倍上调的共136条,1.5倍以上降低的共118条;2倍以上上调的共30条;2倍以上降低的共25条;3倍以上升高的共5条;3倍以上降低的共5条。结论:缺氧诱导的胃癌细胞与常氧的胃癌细胞比较,lncRNA表达谱发生显著变化。提示差异性表达的lncRNAs可能参与了缺氧环境下胃癌细胞多种恶性表型的变化。

小细胞肺癌组织中lncRNA表达谱的差异

目的:观察长链非编码RNA(lncRNA)在未发生转移的小细胞肺癌和发生转移的小细胞肺癌组织中表达的差异。方法:利用高通量lncRNA芯片技术分别检测3例未发生转移的小细胞肺癌组织和3例发生转移的小细胞肺癌组织中lncRNA表达谱的变异,经对原始数据进行预处理达到均一化后,筛选出差异表达的lncRNA,进行聚类分析。结果:将lncRNA表达在发生转移的小细胞肺癌组织中与未发生转移的小细胞肺癌组织中的变化倍数在2倍以上并有显著差异(P<0.05)的lncRNA,确定为差异性表达的lncRNA。其中在3例发生远处转移的患者肺癌组织中变化均在2倍以上的共842条,占所有lncRNA的12.1%。其中,2倍以上表达上调的共440条,2倍以上表达降低的共402条;5倍以上表达升高的共31条;5倍以上表达降低的共65条。结论:发生转移的小细胞肺癌组织与未发生转移的小细胞肺癌组织比较,lncRNA表达谱发生显著变化。提示差异性表达的lncRNAs参与了小细胞肺癌侵袭和转移的恶性表型。

高氧诱导支气管肺发育不良新生小鼠肺组织中lncRNA表达谱的变化

目的:分析长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)在高氧诱导支气管肺发育不良(bronchopulmonary dysplasi,BPD)小鼠模型肺中表达谱的变化。方法 :构建高氧诱导支气管肺发育不良新生小鼠模型,利用lnc RNA芯片技术检测正常小鼠肺及BPD小鼠肺组织中lnc RNA表达谱的变化,经过对原始数据进行预处理,筛选出差异表达的lnc RNA。结果:与对照组相比,模型组差异表达的lnc RNA(差异倍数≥2倍且P<0.05)共1 769条,其中882条上调,887条下调;5倍以上上调的共140条,下调的共71条;10倍以上上调的共28条,下调的有2条。结论:高氧诱导BPD发生时,肺组织中lnc RNA的表达谱发生了显著变化;这些差异表达的lnc RNA,可能参与了BPD发生、发展过程。

LncRNA在宫颈癌组织中的表达谱变化及意义

目的研究宫颈癌组织中lncRNA的表达变化情况,为探讨lncRNA参与宫颈癌发生与发展提供分子依据。方法取20例宫颈癌患者的宫颈癌组织和20例正常宫颈组织,应用高通量lncRNA芯片技术分别检测两组中lncRNA表达谱的变化情况,并应用qRT-PCR技术对结果加以验证。结果与正常宫颈组织相比,宫颈癌组织中共有30586条lncRNA和13982条mRNA存在差异性表达,通过GO聚类分析表明,上调mRNA和下调mRNA分别参与多种不同的生物过程。通过进一步分析发现变化差异性最明显的10个lncRNA可能通过影响相应的mRNA来发挥其生物学功能。qRT-PCR结果与芯片检测结果一致,提示4个lncRNA(BC008359,RP11-521B24.5,BRE-AS1,和RP11-229P13.15)在宫颈癌组织中发挥重要作用。结论本实验阐述了宫颈癌组织中lncRNA的变化情况,为探讨lncRNA参与宫颈癌发生与发展以及治疗提供新的分子依据。

口腔鳞状细胞癌患者血浆lncRNAs差异表达谱的初步研究

目的:筛选与口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),探讨OSCC相关lncRNAs在OSCC的发生、发展中的潜在作用机制。方法:选取OSCC TNM Ⅲ/Ⅳ期患者和健康对照组各3例,应用Arraystar人类lncRNA芯片(v4. 0)进行mRNA和lncRNA表达谱研究,对差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行GO和KEGG分析。结果:共有6606个lncRNAs表达有差异,其中上调3511个,下调3095个;有4196个mRNAs表达有差异,其中上调1766个,下调2430个。GO和KEGG分析显示DEGs功能涉及到肿瘤细胞的生长、分化、代谢、凋亡、信号传导等整个细胞周期过程,和肿瘤的增殖、迁移、侵袭等生物学行为密切相关。结论:筛选出了OSCC相关的差异表达lncRNAs,生物信息学分析提示它们参与了OSCC的发生、发展过程,是OSCC潜在的诊断和预后标志物,其作用机制还需要进一步验证。

旋转细胞培养系统模拟微重力环境对小鼠成纤维细胞lncRNA表达的影响

目的研究旋转细胞培养系统(RCCS)模拟微重力环境对小鼠成纤维细胞株L929 lncRNA表达的影响。方法体外培养L929细胞,随机分为模拟微重力组(SMG组)和正常重力组(NG组),每组3个样本。SMG组回转器轴心与地面平行旋转,NG组回转器轴心与地面垂直旋转,两组转速一致。RCCS培养7d,收集样本,提取样本总RNA,进行荧光标记和芯片杂交。利用Agilent Mouse lncRNA芯片分别检测SMG组和NG组L929细胞的lncRNA和mRNA表达,筛选差异表达显著的lncRNA,RT-q PCR验证芯片结果;利用GO和Pathway分析差异表达lncRNA的功能分布,结合mRNA差异表达谱,进行lncRNA-mRNA联合分析。结果 lncRNA芯片检测分析发现,RCCS模拟微重力环境下小鼠成纤维细胞L929共有238条差异表达的lncRNA,其中134条表达上调,104条表达下调;差异表达的mRNA共有237条,其中53条表达上调,184条表达下调。获取差异表达lncRNA的聚类分析图,对差异表达显著的4条lncRNA芯片结果进行RT-q PCR验证,结果相吻合。GO分析结果显示差异表达的lncRNA与巨噬细胞分化、伤口愈合的负性调节等生物学过程相关,Pathway分析结果显示差异表达的lncRNA与系统性红斑狼疮、TGF-β等信号通路相关。同时成功构建了lncRNA-mRNA-TF可视化网络图。结论 RCCS模拟微重力环境显著影响L929细胞的lncRNA及mRNA表达谱,基于芯片技术的lncRNA靶基因预测和功能富集分析可为失重应激损伤机制探讨和修复措施建立提供理论依据。

常染色体显性多囊肾病的外周血LncRNA差异表达研究

目的:为了寻找到常染色体显性遗传性多囊肾(ADPKD)的生物标志物和潜在的治疗靶点。方法:通过Arraystar LncRNA芯片分析,找到差异表达LncRNA,行生物信息学对比分析。结果:本实验利用Fold change进行差异LncRNAs筛选(Fold change≥2.0),结果发现:差异表达上调的LncRNA总共有1 082个,差异表达下调的LncRNA总共有521个。差异反义(antisense)LncRNAs共有24个,差异lincRNAs共有130个;差异高保守LncRNAs表达上调的有39个,表达下调的有21个;差异生物学过程相关LncRNAs表达上调的有203个,表达下调的有142个;差异疾病相关LncRNAs表达上调的有220个,表达下调的有139个;差异组织特异性LncRNAs表达上调的有340个,表达下调的有218个。其中差异表达的LncRNA大部分为反义或基因间LncRNA,大部分与癌症疾病有关,参与了细胞周期、凋亡、增生等基本的生物学过程。发现在多囊肾组ENST00000413645(P=9.066 4E-07,Fold Change=5.367 391 5)、NR_117100(P=2.607 15E-05,Fold Change=6.823 964 7)、NR_103753(P=3.195 93E-05,Fold Change=11.429 959 6)、NR_003367(P=0.003 377 454,Fold Change=2.470 739 8)参与了细胞周期、细胞凋亡、细胞增生、细胞粘附、血管生成、新陈代谢、DNA损伤、致癌基因相关的生物学过程等且与肾脏疾病相关,差异较为显著,因而猜测其与ADPKD的发病关系密切。查找LncRNA与其邻近的mRNA发现,反义LncRNA ENST00000568795相关的邻近mRNA基因Symbol为PKD1,其P=0.028 959 977、Fold change=2.245 613 3,结果有统计学意义。结论:差异表达的ENST00000413645、NR_117100、NR_103753、NR_003367和ENST00000568795与ADPKD的发病存在密切关系,有望作为其诊疗的生物标志物。

膀胱癌相关lncRNA及其共表达mRNA的初步筛选与功能预测

目的筛选出在膀胱癌组织中特异性表达的长链非编码RNA(lncRNA)及其共表达mRNA,并进行初步验证及功能预测。方法采用lncRNA v4.0芯片筛选4对膀胱癌和癌旁组织中lncRNA及其共表达mRNA的差异表达谱,通过聚类分析比较二者表达差异;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法对5个异常调节的lncRNA(RP11-359E19.2、AL928768.3、AC002519.6、RP11-79H23.3、AK021804)和4个共表达的mRNA(HRAS、VEGFA、ITGB1、DNMT3B)进行验证。同时,对lncRNA共表达的mRNA进行GO及KEGG pathway富集分析。结果差异表达的lncRNA共4 155条,其中2 045条高表达、2 110条低表达;与lncRNA共表达的mRNA共4 416条,其中2 472条高表达、1 944条低表达。|FC|≥10的lncRNA 345条,包括127条高表达和218条低表达。RP11-436F21.1和H19是上调最明显的lncRNA。|FC|≥10的共表达mRNA有75条,其中57条上调、18条下调。与癌旁组织相比,膀胱癌组织5种lncRNA中RP11-359E19.2表达上调,AL928768.3、AC002519.6、RP11-79H23.3及AK021804表达下调(P均<0.05);4种共表达的mRNA中HRAS、VEGFA、ITGB1和DNMT3B表达均上调(P均<0.05);qRT-PCR结果与芯片结果一致。GO分析显示,上调的共表达mRNA主要参与细胞代谢和有丝分裂的生物学过程,下调的共表达mRNAs主要参与免疫系统的刺激反应和免疫应答;KEGG pathway富集分析显示,10个通路与上调或下调的共表达mRNA有关,其中在上调的共表达mRNA中,p53信号通路和膀胱癌的富集度最高,在下调的共表达mRNA中细胞因子-因子受体相互作用富集度最高。结论成功筛选出膀胱癌特异表达的lncRNA及其共表达mRNA,这些特异表达的lncRNA及共表达mRNA在膀胱癌的发生、发展和转移中发挥重要的生物学作用,有望成为膀胱癌新的标志物。

长非编码RNA lncRNA ADAMTS9-AS2促进唾液腺腺样囊性癌侵袭转移的研究

目的检测不同转移能力的唾液腺腺样囊性癌(salivary gland adenoid cystic carcinoma,SACC)细胞中差异表达的长非编码RNA(lncRNA),探讨lncRNA在唾液腺腺样囊性癌侵袭转移中的作用。方法以腺样囊性癌高转移细胞株SACC-LM为实验组,低转移细胞株SACC83为对照组,采用lncRNA芯片初步筛选差异表达的lncRNA,通过qRT-PCR进一步验证差异表达的lncRNA。通过侵袭迁移实验检测转染差异表达的lncRNA siRNAs前后腺样囊性癌细胞株侵袭迁移能力的变化。并对差异表达的lncRNA与SACC患者的临床病理特征和预后进行分析。结果芯片筛选出ADAMTS9-AS2在高转移细胞系(SACC-LM)中高表达,实时定量RT-PCR进一步验证了其在高转移细胞系(SACC-LM)显著上调,通过侵袭迁移实验发现在转染后下调ADAMTS9-AS2的表达水平后侵袭迁移能力明显降低(P<0.001)。临床病理资料分析表明,ADAMTS9-AS2在SACC组织中高度表达。高表达的ADAMTS9-AS2与SACC患者预后不良和肿瘤转移率高有关。结论高表达ADAMTS9-AS2促进SACC细胞迁移和侵袭,ADAMTS9-AS2在SACC组织中上调,并且与高转移率和不良预后相关。

长链非编码RNA在舌鳞癌中的表达谱特征

【目的】观察长链非编码RNA(lncRNA)在正常舌组织和舌鳞癌组织中表达谱的变化。【方法】利用lncRNA表达谱芯片检测技术,筛查3例舌鳞癌组织及3例正常舌组织中lncRNA表达谱的变异,通过对原始数据进行预处理达到均一化后,确定舌鳞癌组织中2倍以上变化并有显著差异(P<0.05)的lncRNA为差异表达lncRNA,筛选出差异表达的lncRNA;分别在scc-9、cal-27、um-1和um-2共4种人舌鳞癌细胞和1种人正常舌细胞以及在35例舌鳞癌组织和12例正常舌组织中,利用实时荧光定量逆转录-多聚酶链反应(qRT-PCR)对芯片结果进行验证;对筛选所得的部分差异表达的lncRNA,利用lncRNA与mRNA特异性表达的标准化信号强度,构建基因共表达网络,并进行分析。【结果】芯片共筛选差异表达lncRNA 3590条,其中上调的共1785条,降低的共1805条;选取其中部分lncRNA,qRT-PCR进一步证实了芯片结果的准确性;共表达网络构建提示某些lncRNA可能在参与舌鳞癌发生发展过程中发挥重要调控作用。【结论】与正常舌组织比较,舌鳞癌组织lncRNA表达谱发生显著变化,提示差异表达的lncRNA可能与舌鳞癌的多种恶性表型有着密切联系。

linc00619通过AKT/ERK信号抑制BEAS-2B细胞的增殖和迁移

目的:探讨长链非编码RNA 00619(linc00619)在人肺上皮细胞BEAS-2B中的生物学作用。方法:用RNA原位杂交对linc00619进行BEAS-2B亚细胞定位;采用CRISPR/Cas9方法构建linc00619慢病毒敲除载体,CCK8和Transwell试验检测linc00619敲除对BEAS-2B增殖和迁移的影响;lncRNA芯片检测linc00619敲除后差异表达的mRNAs并进行KEGG富集分析;Western blot检测AKT、MEK和ERK等增殖相关分子。结果:linc00619定位于细胞质。linc00619敲除促进了BEAS-2B的增殖和迁移。linc00619敲除后得到了3461个差异表达mRNAs。共有922个mRNAs被富集进KEGG信号通路,其中MAPK信号是显著富集的信号之一。Western blot证实,linc00619敲除活化了AKT和ERK。结论:细胞质表达的linc00619通过抑制AKT/ERK信号抑制了BEAS-2B的增殖和迁移。

宫颈癌放化疗前后LncRNA的表达谱变化及意义

目的:研究宫颈癌组织放化疗前后长链非编码RNA(lncRNA)的表达谱变化及其临床意义。筛选出与宫颈癌放化疗相关的lncRNA,为宫颈癌的临床放化疗敏感性预测提供依据。方法:取30例宫颈癌患者放化疗前宫颈活检组织和放化疗后手术切除的宫颈组织,应用高通量lncRNA芯片技术分别检测宫颈癌放化疗前后组织中的lncRNA的表达谱变化,并应用RT-PCR技术对结果加以验证。结果:与放化疗前的宫颈癌相比,宫颈癌放化疗组织中共有23 530条lncRNA和14 037个mRNA存在差异性表达。通过GO聚类分析表明:上调mRNA和下调mRNA分别参与多种不同的生物过程。通过进一步分析发现变化差异性最明显的20个lncRNA可能通过影响相应的mRNA来发挥其生物学功能。经RT-PCR验证结果与芯片检测结果相一致。结论:本研究罗列了与宫颈癌放化疗密切相关的lncRNA及相关转录的分子功能、涉及的分子生物学通路等,筛选出了与放化疗密切相关的明显差异表达的lncRNA,为预测宫颈癌放疗敏感性标志物提供分子依据。

LncRNA在子宫脱垂组织中表达谱的变化

目的筛选出与子宫脱垂相关的长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）,为探讨lncRNA参与子宫脱垂的发生与发展提供实验依据。方法选取2015年1~6月在武汉市人民医院进行手术的6例子宫脱垂组织和6例未脱垂的正常子宫组织,应用高通量lncRNA芯片技术检测两组子宫组织中lncRNA表达谱的变异。结果分析两组lncRNA表达谱的变化,发现与正常子宫组织相比,子宫脱垂组织中的lncRNA和mRNA表达量均表现出上调和下调。上调mRNA（Fold〉2）参与了多细胞生物过程、信号传导和细胞交流等生物过程,下调mRNA（Fold〉2）参与了细胞器形成、细胞周期和细胞分裂等生物过程。通过GO聚类分析着重分析了变化差异性最明显的10个lncRNA,寻找出了与其变化密切相关的mRNA。通过荧光定量聚合酶链反应对4个变化最明显的lncRNA（BC008359、RP11-521B24.5、BRE-AS1和RP11-229P13.15）进一步验证,与芯片检测结果一致。结论子宫脱垂组织中lncRNA的变化情况说明,4个变化最明显的lncRNA（BC008359、RP11-521B24.5、BRE-AS1和RP11-229P13.15）在子宫脱垂组织中发挥重要作用,为探讨lncRNA参与子宫脱垂的发生与发展提供实验依据和理论基础。

与放疗抵抗相关的长链非编码RNA在不同放疗敏感性结直肠癌细胞株中的表达

目的 筛选与结直肠癌细胞放疗敏感性相关的长链非编码RNA（lncRNA）.方法 将HT29、SW480、RKO、Lovo和HCT116等5株结直肠癌细胞梯度照光后行克隆形成实验,通过细胞存活率（SF2值）来检测5株细胞的放疗敏感性差异;利用高通量lncRNA芯片筛选在SW480、RKO和Lovo细胞株中两两比较表达差异均大于2倍的lncRNA,并通过实时定量PCR进一步检测所选lncRNA在5株结直肠癌细胞中的表达差异.结果 5株结直肠癌细胞放疗敏感性由低至高（即SF2值由高至低）依次为HT29 （0.83±0.03）、SW480 （0.69±0.02）、RKO （0.53±0.02）、Lovo （0.47±0.05）和HCT116（0.32±0.03）（P＜0.01）.lncRNA芯片筛选得到5种与结直肠癌细胞放疗敏感性相关的lncRNA基因,其中R05532、NR_015441和NR_033374基因表达水平与细胞放疗抵抗呈正相关（均P＜0.01）,而NR_073156和AA745020基因表达水平与细胞放疗抵抗无明显相关性（均P＞0.05）.结论 R05532、NR_015441和NR_033374三种lncRNA可能成为结直肠癌细胞放疗敏感性的预测分子,其高表达提示放疗抵抗。

长链非编码RNA在肝癌中表达谱的变化

目的 观察长链非编码RNA（lncRNA）在正常肝组织及肝癌中表达谱的变化.方法 利用lncRNA芯片技术检测人正常肝脏、肝癌组织LncRNA表达谱的差异,经过对原始数据进行预处理、均一化后,筛选出差异表达LncRNA,进行分析.结果 与正常肝脏组织比较,其中2倍以上变化并且差异有统计学意义（P＜0.05）的lncRNA,认为是差异表达的lncRNA,2倍以上变化的共837条,占所有lncRNA的4.30%;2倍以上升高的共325条;2倍以上降低的共512条;5倍以上升高为共47条;5倍以上降低的共69条;10倍以上升高为共7条;10倍以上降低的共6条.结论 肝癌与正常肝脏组织比较,LncRNA表达谱发生了显著变化,差异性lncRNAs中,可能包括相当一部分的促癌lncRNA和抑癌lncRNA,参与肝癌分子调节机制的关键环节.

长链非编码RNA在药物性肝损伤大鼠肝脏中表达谱的变化

本试验研究了长链非编码RNA(lncRNA)在药物性肝损伤SD大鼠肝脏中表达谱的变化,采用lncRNA芯片对肝脏lncRNA表达谱进行分析,对原始数据进行归一化处理后,筛选出差异表达的lncRNA并通过基因功能GO富集、KEGG信号通路等生物信息学间接分析主要差异lncRNA的潜在功能。结果表明,与正常SD大鼠肝脏相比,lncRNA表达谱发生了显著变化,2倍以上变化的lncRNAs共有902条(P<0.05),其中上调的有566条,下调的lncRNA有336条,这说明差异性lncRNA可能参与了药物性肝损伤发生及发展过程。

慢性血栓栓塞性肺动脉高压中长链非编码RNA表达谱的研究

目的利用基因芯片技术筛选长链非编码RNA（1ncRNA）在慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）中的异常表达，分析lncRNA在CTEPH疾病发生中的分子机制。方法试验组5例CTEPH患者的病变肺动脉内膜组织，对照组5例肺移植术供体的正常肺动脉内膜组织。应用高通量基因芯片技术检测两组标本的lncRNA和mRNA表达谱，构建lncRNA-mRNA共表达网络，Pathway及GO分析探究基因功能。结果与对照组相比，在CTEPH组织中发现了185种差异表达lncRNA。进一步分析发现464个增强调控相关的lncRNA和重叠、反义或附近mRNA。随后构建了基因共表达网络体系。lncRNA（NR_036693、NR_027783、NR_033766、NR_001284）的表达水平显著改变。GO分析和Pathway分析证实了lncRNA在关键调控过程中具有潜在作用，包括炎症反应、对内源刺激的反应以及抗原的加工与提呈反应。结论CTEPH患者肺动脉内膜组织中差异表达的lncRNA可能与CTEPH的疾病发生发展有密切联系，本研究的结果将对未来关于CTEPH诊断和治疗有所帮助。