【目的】探讨长链非编码RNA-1708(lncRNA-1708)在人骨髓间充质干细胞(hBMSC)成骨分化中的表达差异及其对hBMSC成骨分化的影响。【方法】将购买的3组不同来源的hBMSC进行体外增殖培养,并用实时荧光定量逆转录-多聚酶链反应(qRT-PCR)方法...【目的】探讨长链非编码RNA-1708(lncRNA-1708)在人骨髓间充质干细胞(hBMSC)成骨分化中的表达差异及其对hBMSC成骨分化的影响。【方法】将购买的3组不同来源的hBMSC进行体外增殖培养,并用实时荧光定量逆转录-多聚酶链反应(qRT-PCR)方法检测3组hBMSC成骨诱导分化前后lncRNA-1708的表达,分析其与hBMSC成骨分化的关系。分别转染lncRNA-1708过表达慢病毒及lncRNA-1708干扰质粒,获得稳定的hBMSC细胞株后成骨诱导分化14 d,用qRT-PCR检测Runt相关转录因子2(RUNX2)、碱性磷酸酶(ALP)mRNA的表达并行碱性磷酸酶染色。【结果】相较成骨诱导分化前,3组hBMSC成骨诱导分化7 d后lncRNA-1708表达量均降低(P <0.001)。在稳定高表达lncRNA-1708和低表达lncRNA-1708的hBMSC细胞株中lncRNA-1708的表达量较其对应的阴性对照相比有明显变化(lncRNA-1708过表达细胞株:48 h,P <0.05;lncRNA-1708低表达细胞株:48 h,P <0.01)。与阴性对照组相比,转染过表达lncRNA-1708的hBMSC中成骨相关基因RUNX2、ALP表达水平降低(0.46±0.03 vs. 1.00±0.02,0.15±0.07 vs. 1.02±0.28,P均<0.01)。相反,沉默LncRNA-1708的hBMSC中的RUNX2、ALP表达水平与其对应的阴性对照组相比则升高了(1.62±0.18 vs. 1.00±0.04,1.58±0.11 vs. 1.01±0.18,P均<0.01)。【结论】LncRNA-1708可能有抑制hBMSC的成骨分化的作用。展开更多
LncRNA-疾病关联预测的计算方法是解决传统生物学实验昂贵且费时的有效途径,其中基于机器学习的计算方法是当前研究热点,但其存在着未充分考虑lncRNA-疾病关联矩阵的局部结构和全局结构的问题.因此,本文提出了一种lncRNA与疾病潜在关联...LncRNA-疾病关联预测的计算方法是解决传统生物学实验昂贵且费时的有效途径,其中基于机器学习的计算方法是当前研究热点,但其存在着未充分考虑lncRNA-疾病关联矩阵的局部结构和全局结构的问题.因此,本文提出了一种lncRNA与疾病潜在关联的多层线性投影预测方法(MLPLDA:Multi-layer linear projection for predicting lncRNA-disease association).MLPLDA利用组合加权整合lncRNA和疾病的两种相似性,然后用WKNKN重构原始的lncRNA-疾病关联矩阵,最后使用堆叠层策略的多层线性投影进行lncRNA-疾病关联预测.在留一和五折交叉验证实验中,MLPLDA获得的AUC分别是0.8807和0.8563±0.0045,体现了其可靠的性能.在3种疾病(肺癌,乳腺癌和骨肉瘤)的案例研究中,MLPLDA能够有效预测与3种疾病有关系的lncRNA.展开更多
文摘黑色素瘤是一种预后较差的侵袭性癌症。了解黑色素瘤的分子机制和诊断标志物对黑色素瘤的防治极为重要。LncRNAs在肿瘤的发生发展中发挥重要作用。与正常黑色素细胞相比,LncRNA-177922在B16-F10黑色素瘤中高表达。丝裂源活化蛋白激酶15 (mitogen-activated protein kinase 15, MAPK15)的缺失影响肿瘤的发生和进展。本研究中,LncRNA-177922在B16-F10细胞中过表达,结果显示,黑色素生成、增殖、迁移相关基因的mRNA和蛋白质水平显著上调(P<0.05),自噬相关基因的mRNA水平和蛋白质丰度下调(P<0.05),PI3K/AKT/mTOR通路被激活。同时,进一步验证了细胞迁移、增殖和自噬的表型。结果提示,LncRNA-177922靶向MAPK15通过交叉点细胞外调节蛋白激酶(extracellular regulated protein kinases, ERK)参与调控黑色素生成、增殖、迁移、自噬等B16-F10细胞的生物学特性,可能是一个新的治疗靶点和诊断标志物。
文摘【目的】探讨长链非编码RNA-1708(lncRNA-1708)在人骨髓间充质干细胞(hBMSC)成骨分化中的表达差异及其对hBMSC成骨分化的影响。【方法】将购买的3组不同来源的hBMSC进行体外增殖培养,并用实时荧光定量逆转录-多聚酶链反应(qRT-PCR)方法检测3组hBMSC成骨诱导分化前后lncRNA-1708的表达,分析其与hBMSC成骨分化的关系。分别转染lncRNA-1708过表达慢病毒及lncRNA-1708干扰质粒,获得稳定的hBMSC细胞株后成骨诱导分化14 d,用qRT-PCR检测Runt相关转录因子2(RUNX2)、碱性磷酸酶(ALP)mRNA的表达并行碱性磷酸酶染色。【结果】相较成骨诱导分化前,3组hBMSC成骨诱导分化7 d后lncRNA-1708表达量均降低(P <0.001)。在稳定高表达lncRNA-1708和低表达lncRNA-1708的hBMSC细胞株中lncRNA-1708的表达量较其对应的阴性对照相比有明显变化(lncRNA-1708过表达细胞株:48 h,P <0.05;lncRNA-1708低表达细胞株:48 h,P <0.01)。与阴性对照组相比,转染过表达lncRNA-1708的hBMSC中成骨相关基因RUNX2、ALP表达水平降低(0.46±0.03 vs. 1.00±0.02,0.15±0.07 vs. 1.02±0.28,P均<0.01)。相反,沉默LncRNA-1708的hBMSC中的RUNX2、ALP表达水平与其对应的阴性对照组相比则升高了(1.62±0.18 vs. 1.00±0.04,1.58±0.11 vs. 1.01±0.18,P均<0.01)。【结论】LncRNA-1708可能有抑制hBMSC的成骨分化的作用。
文摘LncRNA-疾病关联预测的计算方法是解决传统生物学实验昂贵且费时的有效途径,其中基于机器学习的计算方法是当前研究热点,但其存在着未充分考虑lncRNA-疾病关联矩阵的局部结构和全局结构的问题.因此,本文提出了一种lncRNA与疾病潜在关联的多层线性投影预测方法(MLPLDA:Multi-layer linear projection for predicting lncRNA-disease association).MLPLDA利用组合加权整合lncRNA和疾病的两种相似性,然后用WKNKN重构原始的lncRNA-疾病关联矩阵,最后使用堆叠层策略的多层线性投影进行lncRNA-疾病关联预测.在留一和五折交叉验证实验中,MLPLDA获得的AUC分别是0.8807和0.8563±0.0045,体现了其可靠的性能.在3种疾病(肺癌,乳腺癌和骨肉瘤)的案例研究中,MLPLDA能够有效预测与3种疾病有关系的lncRNA.
