小鼠胚泡着床期LongSAGE文库中双标签的制备研究

研究探讨小鼠胚胎着床期LongSAGE文库构建过程中总RNA提取、cDNA合成及双标签(D itags)制备方法,优化PCR扩增中双标签PCR的最佳模板稀释度及扩增循环次数。

运用3′RACE验证LongSAGE文库构建后白念珠菌不同菌相的差异表达基因

目的 鉴定从LongSAGE文库筛选到的白念珠菌不同菌相表达基因差异表达标签JMD8和JSW10所代表基因。方法 诱导白念珠菌菌丝相的表达后,运用3′RACE技术扩增白念珠菌差异表达基因标签基因片段,纯化回收后,T/A连接,经氯化钙法转化大肠杆菌,X gal/IPTG诱导表达,在阳性菌株中抽提质粒后酶切、测序。结果 两个片段均能在GenBank中找到同源序列,Score值小于40 ,Evalue小于0 5。结论 鉴定了白念珠菌LongSAGE标签JMD8和JSW 10代表的基因分别为EFT2和SHMII。

家蚕黄茧限性品种不同性别LongSAGE文库的构建与分析

为了调查家蚕丝物质生产过程中雌雄之间差异表达基因,本研究构建了家蚕黄茧色限性品种Ysh不同性别的丝腺与中肠LongSAGE文库,按照P<0.05和差异倍数大于2倍的标准,筛选出差异标签,借助家蚕全基因组公共数据库,通过参考文库、GLGI等方法对这些标签进行注释。结果表明,雌性和雄性SAGE文库分别获得了96 713和98 126个标签次数,共筛选出了202个差异标签,其中108个标签在雌性中上调表达,94个标签在雄性中上调表达,最后有76个标签得到了基因注释,认为是家蚕5龄期幼虫雌雄之间差异表达的基因。本SAGE文库中提供的大量性别差异标签对于进一步阐明限性黄茧品种雌雄差异性状机理具有一定的参考价值。

小鼠胚泡着床期子宫内膜LongSAGE基因文库构建

按照LongSAGE文库构建原理,先后经子宫内膜总RNA提取、cDNA合成、130bp双标签的产生、PCR扩增、34bp双标签形成、连接成串联体、与载体连接、转化大肠杆菌等相关步骤构建小鼠胚泡着床期子宫内膜LongSAGE基因文库。经证实所构建文库的阳性克隆率达100%,克隆中插入的串联体长度介于400￣500bp之间,成功构建了小鼠胚泡着床期子宫内膜LongSAGE基因文库。

家蚕LongSAGE文库鉴定及延长标签的改进GLGI方法

结合标签的基因序列延伸(GLGI)是随着基因表达序列标签(SAGE)应运而生的一种鉴定新标签的技术。为了克服该技术操作繁琐、成本高的弊端,根据已经构建的家蚕限性茧色品种的2个LongSAGE文库,选择30个差异表达的标签(tag)进行GLGI延伸。尝试了几个简化,(1)用totalRNA代替mRNA进行dsDNA的合成;(2)调整磁珠吸附DNA的顺序;(3)在PCR反应中用普通的DNA聚合酶代替高保真酶(Pfu)。结果显示,30个标签有27个获得有效扩增,扩增序列真实包括了SAGE标签的17bp序列,3个标签的结果符合NCBI的家蚕数据库已有注释,13个未注释标签经过延长后得到了注释,11个标签序列为待确定的新基因序列。这种简化能够作为家蚕SAGE文库其他tag和新基因研究的有效简化操作体系。与传统的方法相比,可减少成本30%以上,缩短操作时间20%。

高校图书馆特色资源库建设方法和策略研究——以南京师范大学图书馆学人文库(校友文库)建设为例

高校图书馆特色资源建设不仅具有本校的学科特色,而且体现了高校图书馆的学术积淀和人文底蕴。高校图书馆加强学人文库(校友文库)的建设具有文化认同、提升学术水平、促进学术研究交流的重要意义。论文在分享南京师范大学图书馆学人文库(校友文库)文献收集和搭建设计校友文库平台虚拟平台的基础上,对高校图书馆文库建设和服务进行了展望,认为文库需要建立共享交流纽带才能充分调动校友捐赠的参与积极性;创新服务管理模式才能更加助力学术带头人获得更多成果;高效整合学术资源才能加深对校友学术资源的挖掘开发。

《江右文库》文献编《易》类著作提要七则

介绍著作人的生平仕履情况,各书之卷次结构、各卷内容、学术源流以及版本流传情况等,并交代《江右文库》本次影印各书所依据的版本。

国家翻译实践工程《大中华文库》解析

《大中华文库》是为实现国家文化战略的国家翻译实践工程,翻译规划、译者及原文本选择、译本生成、出版传播的各个层面均带有国家主体烙印和国家战略考量。从汉英对照到多语种汉外对照,再到“一带一路”沿线国家语言对照的三期阶段性渐进式翻译过程,反映了国家主体的动态规划;从原文选择到出版社、译者及译本选择,折射出蔚为国译的系统性主客体统筹;从宏观性项目流程的整体规制到微观审校与翻译标准,突显了保障翻译质量、提升中国语言文化地位的国家把关取向;从精印出版到国家层面的宣介与推广,体现出国家在“走出去”道路上的持续性后续保障和助力。作为国家翻译实践工程的《大中华文库》,提供了动态化、多语种、多文类、多视角的中国文化诠释,为全面认知和解读中国文化提供了张力。

建立亲子互助的家庭阅读生活——基于日本PTA母亲文库的经验探索

20世纪50年代,日本处于新式教育初步建立、家庭教育氛围正兴的时代,PTA母亲文库应时而生。PTA母亲文库萌发于日本长野县立图书馆与信州大学附属小学家长教师联谊会的倡议。在公立图书馆提供巡回文库服务、学校提供图书流通场所及家庭阅读指导的条件下,乡村母亲们开启阅读生活。母亲的阅读行为有助于构建家庭阅读的氛围,社会力量的支持又可以为家庭阅读提供物资保障。探索其中经验,对于促进我国家庭亲子阅读的有效展开、落实《全国青少年学生读书行动实施方案》提出的拓展读书形式、涵育家庭阅读风尚的要求有一定的借鉴意义。

猪源Rab基因shRNA文库与稳定细胞株的构建及其对猪伪狂犬病病毒增殖的影响

【目的】探究Rab家族蛋白在猪伪狂犬病病毒(Porcine pseudorabies virus,PRV)感染宿主细胞中的作用。【方法】以猪肾上皮细胞(PK15)为试验模型,构建Rab基因shRNA文库,并用嘌呤霉素筛选获得稳定的能够抑制猪源Rab基因表达的细胞株。用实时荧光定量PCR检测细胞敲减效率,通过流式细胞术检测敲减Rab基因对PRV增殖的影响;用Western blotting检测PRV-gB蛋白表达量,使用实时荧光定量PCR检测敲减Rab基因后PRV-gB、PRV-TK基因以及相关细胞炎性因子表达量。【结果】试验成功构建包含13种Rab基因敲减细胞系的shRNA文库。流式细胞术检测结果显示敲减Rab基因能显著抑制PRV-GFP增殖(P<0.05);病毒滴度与Western blotting检测结果表明,敲减Rab基因极显著抑制子代病毒的产生以及PRV-gB蛋白的表达(P<0.01)。实时荧光定量PCR检测结果显示,敲减Rab基因会显著或极显著抑制PRV-gB、PRV-TK基因表达(P<0.05;P<0.01);敲减Rab14和Rab27基因后细胞中IFN-β、ISG15、IL-1β、IL-18基因表达量均显著或极显著升高(P<0.05;P<0.01)。【结论】敲减Rab基因能够抑制PRV增殖。研究结果为进一步研究Rab基因在PRV生活周期中发挥的作用奠定基础。

灰霉菌胁迫下番茄叶片cDNA文库构建及SlbZIP1互作蛋白筛选鉴定

为筛选番茄在灰霉菌侵染下与bZIP转录因子SlbZIP1(Solyc01g008730.2.1)互作的蛋白,以感病番茄Moneymaker为材料,提取接种灰霉菌胁迫处理后0、24、48、72、96 h的番茄叶片的总RNA,通过三框法构建cDNA酵母文库,计算文库库容量、重组效率。同时,以SlbZIP1为诱饵,利用构建的文库探索其在灰霉菌侵染过程中的互作蛋白,并对其中可能参与病原菌防御反应的潜在蛋白在酵母中进行互作验证。结果表明,酵母文库库容达到1.5×10^(6)CFU,重组效率为98%。酵母双杂交共计筛选到14个与SlbZIP1互作的潜在蛋白。进一步互作验证表明,SlbZIP1与谷氧还蛋白SlGRXC9、SlGRXC6、bZIP转录因子SlTGA2.2及钙调蛋白SlCaM1均存在互作。上述结果可为进一步阐明SlbZIP1对腐生型真菌病害的抗病分子机制奠定基础。

文库构建与基因簇靶向筛选驱动的微生物天然产物高效发现

微生物天然产物作为小分子药物的主要来源,已被广泛应用于医药与农业等领域。随着全球抗生素耐药性与其他公共健康问题的加剧,新结构、新靶点微生物天然产物发现迫在眉睫。大规模(宏)基因组测序揭示微生物蕴含了巨大的生物合成潜力,相继催生了多种不同类型的天然产物挖掘策略。然而,目前仍然缺乏将天然产物合成基因簇与编码产物快速关联的高效方案。近年来,(宏)基因组文库构建在获取批量天然产物合成基因簇方面展现出明显优势,结合高效的基因簇靶向筛选方法,显著加速了新结构天然产物系统发现。本文综述了三类基于(宏)基因组文库构建与靶向筛选驱动天然产物创新发现的策略,主要从克隆载体类型、文库构建方式、基因簇靶向筛选方法等角度进行了阐述,并对Cosmid/Fosmid文库、BAC/PAC文库、FAC/YAC文库等不同文库类型的优缺点及应用范围进行了对比,最后对这些策略的发展前景进行了展望。未来,基于文库构建与基因簇靶向筛选策略将极大驱动不同生境微生物来源的活性天然产物挖掘,预期大量新靶点、新结构天然产物将不断涌现。

白菜种子cDNA酵母文库的构建及BrTTG1互作蛋白的筛选及分析

【目的】通过构建白菜种子的cDNA文库,筛选WDR 40蛋白TRANSPARENT TESTA GLABRA 1(TTG1)的互作蛋白,探究TTG1参与MBW三元复合体调控种皮原花青素形成的分子机制。【方法】以棕籽白菜自交系‘B147’的种子为材料,提取总RNA并建立cDNA文库,通过gateway技术构建诱饵载体pGBKT7-TTG1并进行酵母双杂交筛库。【结果】酵母文库库容为1.2×10^(7)CFU,文库滴度是5.0×10^(7)CFU/mL,插入片段平均长度大于1000 bp,诱饵载体在酵母中无自激活活性。通过构建的诱饵载体pGBKT7-TTG1与构建的cDNA文库杂交,共获得了38个阳性互作蛋白,功能预测显示其中一个蛋白注释为MYB转录因子,注释为MYB73,序列分析结果显示该基因含有R2R3-MYB型抑制子保守基序C1和C2,推测该基因为白菜中参与种皮颜色形成的R2R3-MYB型抑制子,暗示着白菜中可能存在不同MYB转录因子参与的调控网络,影响着原花青素的形成。【结论】本研究构建了白菜种子组织的酵母双杂交cDNA文库,获得了38个TTG1阳性互作蛋白,首次挖掘到了可能影响白菜种皮颜色原花青素形成的R2R3-MYB型抑制子MYB73,为后期探究白菜种皮原花青素的调控网络奠定良好的基础。

玉米大斑病菌cDNA文库的构建及转录因子StMR1互作蛋白的筛选

【目的】筛选玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)转录因子的互作蛋白,解析黑色素调控转录因子StMR1调控玉米大斑病菌致病性的分子机制。为解析玉米大斑病菌侵染过程中转录因子的调控网络,阐明病菌的致病机理提供参考。【方法】收集玉米大斑病菌菌丝和孢子不同萌发阶段作为试验材料,采用Gateway方法构建玉米大斑病菌cDNA文库,使用同源重组的方法构建转录因子StMR1的诱饵载体,采用酵母双杂交技术筛选其互作蛋白并进行一对一验证。【结果】构建的玉米大斑病菌文库插入的平均片段长度大于1000 bp,初级文库及次级文库的库容量为1.2×107和1.04×107CFU,重组率为100%,可以用于酵母双杂交筛选。成功构建可以用于筛库的诱饵载体pGBKT7-StMR1,经初筛与复筛得到3个互作蛋白,一对一验证短链脱氢酶、糖基转移酶、富含亮氨酸重复序列蛋白均与转录因子StMR1存在互作。【结论】成功构建了丰富度高且质量好的玉米大斑病菌cDNA文库并筛选到了与转录因子StMR1互作的蛋白。

基于Fosmid文库筛选山羊瘤胃源酯类水解酶基因及其原核表达验证

试验旨在挖掘瘤胃微生物中潜在的酯类水解酶基因并进行原核表达,研究其酶学性质及对芥子碱的降解效果。利用功能筛选方法,从前期构建的山羊瘤胃微生物Fosmid文库中鉴定出潜在的酯类水解酶基因,并在大肠杆菌中异源表达,通过酶活测定及芥子碱的降解研究来筛选功能酶,最后分析酯类水解酶的酶学性质。结果表明:从山羊瘤胃微生物Fosmid文库中鉴定到6个酯类水解酶基因Estg1、Estg2、Esty1、Estp、Estk1和Estk2,并在E.coli BL21(DE3)中成功表达,获得的酯类水解酶的活性均高于空载对照(P<0.05),其中Estp和Estk1的活性最高,分别为205.33 U/mL和212.67 U/mL,其分子量为33、28 ku,且能够降解芥子碱,降解率分别为13.26%和11.66%;酯酶Estp和Estk1在温度为40℃、pH 11时活性最高,在40~50℃、pH8~11条件下相对稳定;金属离子Mn^(2+)和Ni^(2+)对酯酶Estp和Estk1的活性有促进作用(P<0.01),有机溶剂正己烷能增强其活性(P<0.05);而EDTA、金属离子Cu^(2+)、Zn^(2+)、Co^(2+)和Fe^(3+)、有机溶剂乙腈以及表面活性剂吐温-80和曲拉通X-100会抑制Estp和Estk1的活性(P<0.01)。本研究从山羊瘤胃宏基因组文库中筛选了2个高产酯类水解酶的基因,异源表达后具有嗜中温、耐碱、耐有机溶剂等特性,且能够降解芥子碱,可为酯类水解酶的深入挖掘及应用提供理论依据。

基于酵母双杂交文库鉴定鸡PGCs形成过程中的关键泛素化修饰酶

试验拟筛选与C2EIP互作的蛋白,构建调节PGCs形成过程的泛素化E3连接酶复合体。通过逆转录和同源重组等方法构建鸡PGCs酵母文库;将C2EIP连入诱饵空载体pGBKT7中,并转化酵母感受态细胞进行诱饵载体(C2EIP-pGBKT7)的毒性和自激活检测;将酵母文库与诱饵载体菌液共培养后,通过涂板筛选阳性克隆并进行测序和生物信息学分析筛选互作蛋白。结果显示:成功构建了鸡PGCs酵母文库,其滴度为3.0×10^(6)cfu/mL,总库容为1.5×10^(7)cfu,且重组率为100%,符合筛库要求。成功构建无毒性和不能自激活的C2EIP-pGBKT7诱饵载体,能够用于后续的文库筛选。C2EIP-pGBKT7诱饵载体菌液与酵母文库共培养后,通过PCR测序与蛋白序列分析后共筛选了36个C2EIP的互作蛋白,其中RCJMBM04和CCDC174蛋白功能域分析发现分别具有典型的RING功能域和PPXY基序,进行的生物信息学分析发现WWP1和WWP2具有典型的WW功能域,能够与CCDC174结合。研究表明,试验成功鉴定了C2EIP/RCJMB04/CCDC174/WWP泛素化E3连接酶复合体,为后续研究泛素化修饰调控鸡PGCs形成机制奠定理论基础。

微小扇头蜱microRNA文库建立及miR-275靶蛋白Vg-2的生物信息学分析

【目的】建立饱血状态雌性微小扇头蜱的microRNA文库,鉴定所含microRNA的种类,分析miR-275靶蛋白Vg-2的二、三级结构,检测其信号肽、跨膜结构域、磷酸化及糖基化位点,预测其优势抗原表位。【方法】以雌性、饱血状态的微小扇头蜱为研究对象,通过高通量测序技术建立其microRNA文库,利用软件miRDP及检索miRBase数据库,鉴定饱血状态雌性微小扇头蜱所含的microRNA种类;运用在线软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL等分析Vg-2蛋白质理化性质,推断其二、三级结构;运用在线软件SignalP 5.0、TMHMM、NetPhos 3.1及NETCGlyc 1.0检测该蛋白的信号肽、跨膜结构域、磷酸化与糖基化位点;利用在线软件ABCpred Prediction、Scratch、IEDB和NetCTL预测Vg-2蛋白的B、T细胞优势抗原表位。【结果】获得成熟的microRNA 383个,其中67个为已被鉴定和注释的microRNA,316个为新发现的microRNA;微小扇头蜱的Vg-2基因序列全长5040 bp,共编码1679个氨基酸;Vg-2蛋白为亲水性酸蛋白,分子大小为189.89 kDa,理论等电点(pI)为6.08,其二级结构以无规则卷曲为主要结构成分,而其三级结构却以β-折叠为主要结构成分;Vg-2蛋白存在268个磷酸位点,20个糖基化位点,无信号肽和跨膜结构域,拥有58个B细胞优势抗原表位和8个T细胞优势抗原表位。【结论】在饱血状态雌性微小扇头蜱体内含有383个microRNA,受miR-275调控的Vg-2蛋白为结构不稳定的亲水性酸蛋白,具有良好的抗原性与免疫源性。

矢车菊不同颜色花瓣酵母cDNA文库的构建

【目的】矢车菊花瓣的蓝色呈色和品种间花色变异的分子调控机制尚不明晰。本研究采用Gateway技术构建了矢车菊6个不同花色品种花瓣的酵母cDNA文库,以期进一步通过酵母单杂交或双杂交技术筛选参与调控花瓣呈色的关键互作蛋白。【方法】本研究以白色、粉色、红色、蓝色、紫色和墨色矢车菊花瓣为材料,提取总RNA后分离和纯化mRNA,合成双链cDNA后依次进行BP重组反应和LR重组反应,分别获得初级和次级文库。最后将次级文库质粒转化酵母Y187,获得矢车菊不同颜色花瓣的酵母cDNA文库。【结果】质量鉴定结果显示:初级文库的库容量为1.3×10^(7) CFU,重组率为100%,且插入片段长度均在1000 bp以上;次级文库的库容量为1.6×10^(7) CFU,重组率为100%,且插入片段长度均在1000 bp以上。酵母文库的滴度为3.5×10^(7) CFU/mL,随机挑选的24个单克隆经PCR检测后均扩增出明亮条带,重组率为100%,插入片段长度均大于1000 bp。【结论】本研究构建的矢车菊不同颜色花瓣酵母cDNA文库的质量较高,能满足酵母文库筛选的试验要求,为后续探究矢车菊花瓣的蓝色呈色和品种间花色变异的分子调控机制提供了材料基础。

基于Fosmid文库筛选山羊瘤胃微生物源蛋白酶基因及其表达验证

【目的】利用Fosmid文库功能筛选法,获得山羊瘤胃微生物源蛋白酶基因并进行原核表达。【方法】利用功能底物筛选法从山羊瘤胃微生物源Fosmid文库中筛选具有蛋白酶活性的克隆子,对其进行Illumina二代测序,对预测到的基因进行功能注释,根据基因丰度结果确定后续研究的功能基因。利用大肠杆菌BL21(DE3)对功能基因进行诱导表达,对表达产物进行酶活性测定。通过CRISPR/Cas9基因编辑技术,将密码子优化后的功能基因分别敲入枯草芽孢杆菌C6基因组ctc位点并进行表达验证。【结果】从Fosmid文库1700个克隆子中筛选到1个具有蛋白酶活性的阳性克隆Pro4-C5。通过二代测序技术,鉴定出3个潜在的蛋白酶基因gene0833(内肽酶,EC编号:EC3.4.21.53)、gene0196(金属内肽酶,EC编号:EC3.4.24)和gene0585(羧肽酶,EC编号:EC3.4.17.14)以及1个L-天冬酰胺酶基因(gene0683,EC编号:EC3.5.1.1)。以pET-28a(+)为表达载体,通过大肠杆菌BL21(DE3)原核诱导表达发现,gene0585和gene0196未表达;gene0833表达的蛋白分子质量为87 ku,蛋白酶活性为10.45 U/mL;gene0683表达的蛋白分子质量为37 ku,L-天冬酰胺酶活性为88.52 U/mL,同时发现该蛋白也具有蛋白酶活性,酶活性为5.25 U/mL。将密码子优化后的gene0683和gene0833定点敲入枯草芽孢杆菌C6基因组中表达发现,gene0833未表达,gene0683表达的蛋白酶活性为109.72 U/mL,相比原始菌株(100.97 U/mL)显著提高了8.67%(P<0.01);L-天冬酰胺酶活性为31.63 U/mL,相比原始菌株(22.79 U/mL)显著提高了30.06%(P<0.01)。【结论】从山羊瘤胃微生物源Fosmid文库中筛选和鉴定出了2个具有蛋白酶活性的功能基因(gene0833和gene0683),均来源于微小杆菌属(Exiguobacterium),其中gene0683在大肠杆菌和枯草芽孢杆菌中的表达产物具有较高的蛋白酶和L-天冬酰胺酶酶活性。

甲氧苄啶纳米抗体噬菌体展示文库的构建及初步筛选

【目的】构建甲氧苄啶(trimethoprim,TMP)纳米抗体(nanobody,Nb)噬菌体展示文库,制备TMP高亲和力纳米抗体,为TMP免疫分析方法的建立提供新型抗体材料。【方法】通过活性酯酶法将TMP半抗原Hapten B与牛血清白蛋白(BSA)、钥孔血蓝蛋白(KLH)偶联制备2种免疫原,Hapten A和Hapten B与卵清白蛋白(OVA)偶联制备2种包被原。采用磺胺增效剂类药物单克隆抗体5C4,通过间接ELISA方法验证免疫原和包被原偶联效果。将免疫原与弗氏佐剂混合,先后对羊驼进行基础免疫和加强免疫,监测每次免疫后羊驼抗血清效价及对TMP的亲和力,选取效价及TMP亲和力最高的外周血作为纳米抗体基因来源,构建噬菌体展示文库。分离羊驼外周血总淋巴细胞,扩增重链抗体可变区纳米抗体基因(VHH),插入噬菌粒,电击转化大肠杆菌XL1-Blue感受态细胞构建初始噬菌体纳米抗体展示文库。经辅助噬菌体救援,采用同源包被原浓度梯度递减包被、酸洗脱、TMP浓度梯度递减洗脱筛选策略筛选TMP高亲和力噬菌体并测序,原核表达纳米抗体,通过SDS-PAGE和Western blotting鉴定纳米抗体融合蛋白。【结果】间接ELISA检测结果显示,2种免疫原与2种包被原在稀释18000倍时D 450 nm值仍高于1.25。免疫原Hapten B-BSA 5次免疫后羊驼抗血清效价为1∶88000,对TMP的半数抑制浓度(IC 50)为12.21μg/L,但Hapten B-KLH 4次免疫后羊驼抗血清效价为1∶11000,对TMP的IC 50为30.56μg/L。以Hapten B-BSA五免后羊驼外周血为纳米抗体基因来源构建噬菌体展示文库,初始库容量为6.08×10^(7) CFU/mL,目的片段插入率为96%,噬菌体展示文库多样性良好。经4轮筛选后,获得3株TMP高亲和力噬菌体,测序分析后获得1株TMP高亲和力纳米抗体及序列。SDS-PAGE和Western blotting鉴定融合蛋白大小约为17 ku,蛋白含量80%以上。【结论】本研究成功构建TMP纳米抗体噬菌体展示文库,获得1株TMP高亲和力纳米抗体。研究结果为磺胺增效剂类药物纳米抗体的制备提供了理论依据和技术支持,为兽药等小分子新型识别材料的制备提供了新的思路。