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红花檵木全基因组分析
1
作者
张霞
张大毛
+5 位作者
张力
王香菲
熊兴耀
甘德欣
于晓英
李炎林
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第21期7023-7029,共7页
红花檵木花红叶艳、耐修剪、抗逆性强和生态适应性广,广泛应用于城市绿化和园林美化,是重要的中药材。其分子生物研究进展缓慢,红花檵木全基因组的破译能为其花色、叶色、株型、主要功能成分代谢等方面的深入研究提供坚实的基础。本研...
红花檵木花红叶艳、耐修剪、抗逆性强和生态适应性广,广泛应用于城市绿化和园林美化,是重要的中药材。其分子生物研究进展缓慢,红花檵木全基因组的破译能为其花色、叶色、株型、主要功能成分代谢等方面的深入研究提供坚实的基础。本研究基于Illumina测序平台测定了红花檵木基因组,运用生物信息学的方法预测其基因组大小,分析了基因组的杂合度、重复序列情况、GC含量等基因组特征,并进一步用SOAP de novo软件进行了基因组的组装。研究表明:红花檵木基因组大小的校正值为2.87 Gb;红花檵木基因组具有高重复序列和低杂合的特点,重复序列比率为76.32%,杂合率为0.20%,GC含量为35.52%;利用SOAP de novo软件对49.42 Gb Clean data进行了组装,得到4 333 224条Scaffold,拼接序列总长度为1 504 451 854 bp,组装后得到的最长序列为26 254 bp,N50为528 bp,N90为133 bp,后续研究建议采用Illumina+PacBio RSⅡ测序技术相结合方式,辅以Hi-C技术及其相应的拼接组装软件,有望得较好的红花檵木全基因组图谱。
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关键词
红花檵木(
loropetalum
chinense
var.rubrum)
基因组大小
杂合度
全基因组
原文传递
题名
红花檵木全基因组分析
1
作者
张霞
张大毛
张力
王香菲
熊兴耀
甘德欣
于晓英
李炎林
机构
湖南农业大学园艺学院
湖南农业大学
中国农业科学院蔬菜花卉研究所
湖南农业大学风景园林与艺术设计学院
出处
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第21期7023-7029,共7页
基金
湖南省科技计划(2018TP2007)
湖南省科技厅重点研发计划项目(2016NK2100)
+2 种基金
湖南农业大学‘双一流'建设项目科学研究培育项目(SYL201802026,SYL2019012)
湖南省教育厅项目(18B124)
湖南农业大学第三批重大科研项目暨创新团队培育工程(201909)共同资助。
文摘
红花檵木花红叶艳、耐修剪、抗逆性强和生态适应性广,广泛应用于城市绿化和园林美化,是重要的中药材。其分子生物研究进展缓慢,红花檵木全基因组的破译能为其花色、叶色、株型、主要功能成分代谢等方面的深入研究提供坚实的基础。本研究基于Illumina测序平台测定了红花檵木基因组,运用生物信息学的方法预测其基因组大小,分析了基因组的杂合度、重复序列情况、GC含量等基因组特征,并进一步用SOAP de novo软件进行了基因组的组装。研究表明:红花檵木基因组大小的校正值为2.87 Gb;红花檵木基因组具有高重复序列和低杂合的特点,重复序列比率为76.32%,杂合率为0.20%,GC含量为35.52%;利用SOAP de novo软件对49.42 Gb Clean data进行了组装,得到4 333 224条Scaffold,拼接序列总长度为1 504 451 854 bp,组装后得到的最长序列为26 254 bp,N50为528 bp,N90为133 bp,后续研究建议采用Illumina+PacBio RSⅡ测序技术相结合方式,辅以Hi-C技术及其相应的拼接组装软件,有望得较好的红花檵木全基因组图谱。
关键词
红花檵木(
loropetalum
chinense
var.rubrum)
基因组大小
杂合度
全基因组
Keywords
loropetalum chinense
var.rubrum
Genome size
Heterozygosity
Whole-genome
分类号
S567.19 [农业科学—中草药栽培]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
红花檵木全基因组分析
张霞
张大毛
张力
王香菲
熊兴耀
甘德欣
于晓英
李炎林
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2020
0
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参考文献
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