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基于RNA-seq测序的弓獭蛤(Lutraria rhynchaena)不同组织转录组差异研究
1
作者
王宏玲
陈琨
+2 位作者
吴斌
潘红平
廖馨
《广西科学院学报》
2024年第1期80-92,共13页
弓獭蛤(Lutraria rhynchaena)是我国南方沿海重要的海水养殖贝类,为探讨弓獭蛤不同组织的基因表达差异,本研究采用RNA-seq测序技术对北部湾海域弓獭蛤7种组织(肌肉、外套膜、鳃、肝胰腺、虹吸管、雌性性腺和雄性性腺)进行转录组测序及...
弓獭蛤(Lutraria rhynchaena)是我国南方沿海重要的海水养殖贝类,为探讨弓獭蛤不同组织的基因表达差异,本研究采用RNA-seq测序技术对北部湾海域弓獭蛤7种组织(肌肉、外套膜、鳃、肝胰腺、虹吸管、雌性性腺和雄性性腺)进行转录组测序及生物信息学分析。结果显示,21个样本共获得939 197 518条质控后序列,各组织质控后的碱基数为15.39—29.26 G。测序结果经过Denovo组装和ORF查找共获得56 773个Unigenes。在5个公共数据库NR (Non-Redundant protein sequence database)、GO (Gene Ontology)、eggNOG(evolutionary genealogy of genes:Non-supervised Orthologous Groups)、KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)和SWISS-Prot对比各注释分别得到24 557、13 094、17 524、10 352和13 857条有效注释信息。本研究获得了大量弓獭蛤组织间的差异表达基因,丰富了弓獭蛤的基因数据库,为更深入地了解弓獭蛤各组织功能,进一步挖掘和开发利用弓獭蛤功能基因提供基础数据。
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关键词
弓獭蛤
组织
高通量测序
转录组
生物信息学分析
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题名
基于RNA-seq测序的弓獭蛤(Lutraria rhynchaena)不同组织转录组差异研究
1
作者
王宏玲
陈琨
吴斌
潘红平
廖馨
机构
广西大学动物科学技术学院
广西科学院
出处
《广西科学院学报》
2024年第1期80-92,共13页
基金
广西创新驱动发展专项(广西科技重大专项,桂科AA19254008-2)资助。
文摘
弓獭蛤(Lutraria rhynchaena)是我国南方沿海重要的海水养殖贝类,为探讨弓獭蛤不同组织的基因表达差异,本研究采用RNA-seq测序技术对北部湾海域弓獭蛤7种组织(肌肉、外套膜、鳃、肝胰腺、虹吸管、雌性性腺和雄性性腺)进行转录组测序及生物信息学分析。结果显示,21个样本共获得939 197 518条质控后序列,各组织质控后的碱基数为15.39—29.26 G。测序结果经过Denovo组装和ORF查找共获得56 773个Unigenes。在5个公共数据库NR (Non-Redundant protein sequence database)、GO (Gene Ontology)、eggNOG(evolutionary genealogy of genes:Non-supervised Orthologous Groups)、KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)和SWISS-Prot对比各注释分别得到24 557、13 094、17 524、10 352和13 857条有效注释信息。本研究获得了大量弓獭蛤组织间的差异表达基因,丰富了弓獭蛤的基因数据库,为更深入地了解弓獭蛤各组织功能,进一步挖掘和开发利用弓獭蛤功能基因提供基础数据。
关键词
弓獭蛤
组织
高通量测序
转录组
生物信息学分析
Keywords
lutraria rhynchaena
tissues
high throughput sequencing
transcriptome
bioinformatics analysis
分类号
S917 [农业科学—水产科学]
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题名
作者
出处
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被引量
操作
1
基于RNA-seq测序的弓獭蛤(Lutraria rhynchaena)不同组织转录组差异研究
王宏玲
陈琨
吴斌
潘红平
廖馨
《广西科学院学报》
2024
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