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烟草MADS-box家族基因保守片段的克隆与序列分析 被引量:4
1
作者 李元元 杨爱国 +5 位作者 王鲁 罗成刚 贾兴华 刘贯山 苏振刚 王元英 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2011年第3期21-27,共7页
MADS-box家族基因在植物的生长发育过程中具有重要功能。在烟草生产中出现的早花现象与MADS-box家族基因相关,为了能从烟草中克隆出与开花时间相关的基因,根据不同植物MADS-box家族基因的保守区序列,设计简并引物,采用RT-PCR技术从烟草... MADS-box家族基因在植物的生长发育过程中具有重要功能。在烟草生产中出现的早花现象与MADS-box家族基因相关,为了能从烟草中克隆出与开花时间相关的基因,根据不同植物MADS-box家族基因的保守区序列,设计简并引物,采用RT-PCR技术从烟草品种NC82茎尖中成功分离出27条cDNA片段,长度在122~146 bp之间。序列分析表明,其中有16条具有MADS_MEF2类保守结构域,其推导的氨基酸序列与拟南芥等MADS-box家族基因具有同源性,相似性平均能达到76%,并具有15个保守的氨基酸位点,其中7个位点参与蛋白与DNA的相互作用,4个位点具有蛋白二聚化功能。系统发育分析结果表明,这些保守片段分别和拟南芥9个不同的MADS-box家族基因亚类最近似,其中许多亚家族与成花相关,说明NC82中存在具有调控开花的MADS-box家族基因表达,并可能与NC82低温敏感,易早花特性相关。 展开更多
关键词 烟草 mads-box家族基因 RT-PCR 序列分析
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米槠雄花发育相关的转录组和MADS-box家族基因表达特性分析 被引量:3
2
作者 连辉 江淑珍 +2 位作者 熊远芳 沈军 陈世品 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期39-48,共10页
以米槠〔Castanopsis carlesii(Hemsl.)Hayata〕花芽期、半开期和盛花期的雄花为研究材料,利用高通量测序平台构建米槠雄花发育过程的转录组数据库。分别对花芽期与半开期、半开期与盛花期以及花芽期与盛花期进行比较,筛选与雄花发育相... 以米槠〔Castanopsis carlesii(Hemsl.)Hayata〕花芽期、半开期和盛花期的雄花为研究材料,利用高通量测序平台构建米槠雄花发育过程的转录组数据库。分别对花芽期与半开期、半开期与盛花期以及花芽期与盛花期进行比较,筛选与雄花发育相关的差异表达unigenes,并对差异表达unigenes进行功能注释。同时对米槠MADS-box家族基因进行鉴定,分析其在米槠雄花发育3个时期的表达量变化。结果显示:在获得的转录组中,clean reads数为628800000~643700000,高质量总碱基量为6.29~6.44 Gb,Q30碱基百分比均不小于90.67%,GC含量为45.09%~45.39%。花芽期与半开期、半开期与盛花期以及花芽期与盛花期间分别有15086、6770和16150个差异表达unigenes。GO功能注释结果显示:差异表达unigenes主要注释在催化活性、连接和膜等相关的生物过程。KEGG代谢通路注释结果显示:差异表达unigenes主要注释在全局及概要图、碳水化合物代谢、环境适应性和信号转录等相关的代谢通路。说明催化酶在米槠雄花发育过程有重要作用,注释在细胞组分中的差异表达unigenes主要与花粉成熟相关,同时雄花发育受碳水化合物代谢和转录因子的调控。表达量分析发现,米槠type-Ⅱ型MADS-box家族基因在雄花发育过程中的表达具有差异性。SHP和AG基因表达趋势相似,在花芽期表达量较低,半开期和盛花期表达量升高;AP 3基因随着雄花发育表达量逐渐升高;2个MIKC*类同源基因主要在半开期表达;3个AP1/FUL类同源基因在雄花发育3个时期中均有表达,但表达趋势有差异;AGL 6基因在雄花发育3个时期表达量均较高;4个SEP类同源基因在雄花发育中表达量较高,其中,SEP 3基因表达量最高,在雄花发育3个时期的表达量变化不大,其余3个SEP类同源基因均在盛花期表达量升至最高。综合分析结果表明:在米槠雄花转录组中,多数差异表达unigenes的功能与花粉发育和催化酶的作用相关,且参与碳水化合物代谢和转录等代谢通路。MADS-box家族基因在雄花发育的3个时期差异表达,与雄花发育密切相关。 展开更多
关键词 米槠 雄花 转录组 差异表达unigenes mads-box家族基因
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MADS-box家族蛋白在植物开花、结实及根瘤形成中的多功能调节作用 被引量:10
3
作者 陈翠翠 马元武 +1 位作者 冯永君 吴存祥 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2008年第B10期74-77,共4页
MADS-box家族蛋白是一类序列特异的转录调控因子,在激活或抑制基因的转录过程中起作用。本研究对MADS-box家族蛋白在植物开花、果实发育中的重要作用以及在根瘤形成中的功能作了概述,提出了部分MADS-box家族蛋白的双功能调节性质,并对MA... MADS-box家族蛋白是一类序列特异的转录调控因子,在激活或抑制基因的转录过程中起作用。本研究对MADS-box家族蛋白在植物开花、果实发育中的重要作用以及在根瘤形成中的功能作了概述,提出了部分MADS-box家族蛋白的双功能调节性质,并对MADS-box基因的研究意义和研究前景进行了讨论。 展开更多
关键词 mads-box蛋白 双结构与双功能 开花调节 根瘤形成
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柱型苹果MADS-box家族的2个同源基因克隆与生物信息学分析 被引量:7
4
作者 孙晓茜 戴洪义 张玉刚 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2012年第2期50-54,共5页
基于笔者前期进行的柱型苹果转录组测序(RNA-seq)结果,采用RT-PCR方法,从柱型苹果花芽中克隆了MADS-box基因家族的2个同源基因,分别命名为MdSOCla和MdSOClb。分析结果表明,MdSOCla开放阅读框长度为708 bp,编码235个氨基酸,蛋白质分子量... 基于笔者前期进行的柱型苹果转录组测序(RNA-seq)结果,采用RT-PCR方法,从柱型苹果花芽中克隆了MADS-box基因家族的2个同源基因,分别命名为MdSOCla和MdSOClb。分析结果表明,MdSOCla开放阅读框长度为708 bp,编码235个氨基酸,蛋白质分子量为26.95 kDa,等电点为9.13;MdSOClb开放阅读框长度为717 bp,编码238个氨基酸,蛋白质分子量为27.49 kDa,等电点为9.61。MdSOCla和MdSOClb的编码区碱基序列相似性为83.49%,氨基酸的相似性为73.72%。MdSOCla和MdSOClb的第1~75个氨基酸为高度保守的MADS盒结构域,第105~170个为K盒结构域。在构建的SOC1系统进化树中,MdSOCla与MdSOClb与苹果SOC1关系最近,其次为橙SOC1,与拟南芥SOC1同源基因进化关系最远。苹果、橙、大岩桐关系较近而聚为一类,而大豆、豇豆、葡萄、拟南芥、草莓和玉兰聚为一类。蛋白质二级结构预测显示,MdSOCla蛋白有8个α-螺旋,5个β折叠区,13个β-转角;而MdSOClb蛋白有11个α-螺旋,7个β折叠区,11个β-转角。推测二者在花的发育中可能起不同的调控作用。 展开更多
关键词 柱型苹果 mads-box SOC1基因 基因克隆
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油菜MADS-box家族基因AGL11的克隆、表达及转化油菜的研究 被引量:3
5
作者 熊书 李彦杰 周大祥 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第10期2174-2178,共5页
【目的】本研究为油菜种子中油脂合成分子调控机理提供新的线索。【方法】通过定量PCR分析油菜AGL11基因的组织表达模式,同时构建AGL11的干扰载体。【结果】生物信息学分析发现油菜AGL11具有完整且典型的MADS-box保守结构域,蛋白整体形... 【目的】本研究为油菜种子中油脂合成分子调控机理提供新的线索。【方法】通过定量PCR分析油菜AGL11基因的组织表达模式,同时构建AGL11的干扰载体。【结果】生物信息学分析发现油菜AGL11具有完整且典型的MADS-box保守结构域,蛋白整体形态呈现典型的DNA核酸结合结构,属于MADS-box家族转录调控因子,亲源关系与拟南芥AGL11蛋白最近。定量PCR研究发现,AGL11在油菜盛花期和果夹5DAP(盛花后5 d的种子)表达量最高,实验成功构建了RNA干扰载体。【结论】AGL11基因在油菜种子发育和油脂积累过程中强烈表达,该基因可能在种子发育及油脂的合成中发挥着重要作用。RNA干扰载体的构建成功将为后续获得转基因油菜,观察转基因油菜胚的发育和种子油脂的积累,从而确定AGL11在油菜胚的发育及油脂的合成中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 油菜 mads-box AGL11 RNAI 油脂合成
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甜菜MADS-box家族基因的全基因组鉴定及进化分析 被引量:2
6
作者 孔维龙 张康达 +4 位作者 吴俊池 张丽平 潘辉 唐嘉蔚 傅小鹏 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期86-95,共10页
为了进一步了解MADS-box家族基因的功能,利用生物信息学的手段,首次对甜菜MADS-box基因进行了全基因组的鉴定,并对其染色体定位、系统发生关系、基因结构、保守元件、表达模式以及蛋白功能联系进行预测和分析。结果表明,甜菜MADS-box基... 为了进一步了解MADS-box家族基因的功能,利用生物信息学的手段,首次对甜菜MADS-box基因进行了全基因组的鉴定,并对其染色体定位、系统发生关系、基因结构、保守元件、表达模式以及蛋白功能联系进行预测和分析。结果表明,甜菜MADS-box基因共34个成员,其中,typeⅠ成员7个和typeⅡ成员27个,typeⅠ进一步分为Mα(3)、Mβ(1)、Mγ(3)3个组;typeⅡ进一步分为MIKCC(22)和MIKC*(5)2个组,MIKCC组可进一步分为AG(2)、AGL12(2)、AP3-PI(4)、Bs(2)、SOC1(1)、SVP(1)、SEP(3)、AGL17(5)、AP1-FUL(1)和FLC(1)10个亚组。MADS-box家族基因在染色体上呈不均匀分布,同一染色体上的基因簇状分布,其中,第6号染色体上分布最多,在第7号染色体上没有分布。甜菜MADS-box家族基因虽然基因结构差别较大,但蛋白序列相对保守。基因表达谱显示,大部分MADS-box基因优势表达于分生组织,部分MADS-box基因在种子、直根、幼叶等组织亦有较高表达。部分MADS-box基因响应盐、热胁迫轻微上调,可能参与甜菜逆境生理调控。 展开更多
关键词 甜菜 mads-box 全基因组 家族基因
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油菜MADS-box家族基因AGL13表达分析及RNA干扰载体的构建
7
作者 熊书 孙厚良 +3 位作者 杨丽珊 马强 李国利 周大祥 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期45-48,共4页
为探索油菜种子中油脂合成的分子调控机理,提高油脂含量,改良油菜品质奠定基础。通过定量PCR分析油菜AGL13基因的组织表达模式,同时构建AGL13的干扰载体。生物信息学分析发现油菜AGL13具有完整且典型的MADS-box保守结构域,蛋白整体形态... 为探索油菜种子中油脂合成的分子调控机理,提高油脂含量,改良油菜品质奠定基础。通过定量PCR分析油菜AGL13基因的组织表达模式,同时构建AGL13的干扰载体。生物信息学分析发现油菜AGL13具有完整且典型的MADS-box保守结构域,蛋白整体形态呈现典型的DNA核酸结合结构,属于MADS-box家族转录调控因子,亲源关系与拟南芥AGL13蛋白最近。定量PCR研究发现AGL13在油菜盛花期到种子45DAP(盛花后45 d的种子)表达水平都很高,其中在果夹15DAP表达水平最高,实验成功构建了RNA干扰载体。结果表明,AGL13基因在油菜种子发育和油脂积累过程中强烈表达,该基因可能与油菜种子发育及油脂的合成密切相关。RNA干扰载体的构建成功将为后续获得转基因油菜,观察转基因油菜胚的发育和种子油脂的积累,从而明确AGL13在油菜胚的发育及油脂的合成中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 油菜 mads-box AGL13 RNAI 油脂合成
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陆地棉MADS-box家族基因鉴定及组织特异性表达分析 被引量:5
8
作者 张爱 王彩香 +5 位作者 宿俊吉 张先亮 史春辉 刘娟娟 彭云玲 马雄风 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2020年第5期404-417,共14页
【目的】MADS-box蛋白是1种重要的转录因子,参与调控棉花生长发育进程。鉴定分析陆地棉MADS-box家族基因,可为研究其生物学功能奠定基础。【方法】基于2019年最新组装的陆地棉TM-1参考基因组,通过HMMER 3.0软件鉴定陆地棉TypeⅠ型及MIKC... 【目的】MADS-box蛋白是1种重要的转录因子,参与调控棉花生长发育进程。鉴定分析陆地棉MADS-box家族基因,可为研究其生物学功能奠定基础。【方法】基于2019年最新组装的陆地棉TM-1参考基因组,通过HMMER 3.0软件鉴定陆地棉TypeⅠ型及MIKC型MADS-box基因。利用MapInspect、MEGA7.0、MEME和TBtools软件以及omicshare网站进行染色体定位、多序列比对聚类分析、Motif预测、基因结构鉴定以及组织特异性表达分析。【结果】从全基因组水平上鉴定出181个陆地棉MADS-box基因(66个TypeⅠ型和115个MIKC型),染色体定位发现该181个基因在陆地棉26条染色体上均有分布,其中A组染色体上分布有78个基因、D组上分布有103个基因。系统进化分析显示TypeⅠ型MADS-box蛋白有3个亚家族,MIKC型蛋白包括MIKC*型和含有10个亚家族的MIKCC型;motif预测结果显示所有MADS-box蛋白均含有MADS结构域,基因结构分析结果显示,外显子、内含子结构和长度在各亚家族内具有同一性;组织特异性表达分析发现MADS-box家族基因中有33个在纤维组织中优势表达,103个在花器官中优势表达,41个基因在根茎中优势表达。【结论】本研究通过生物信息学方法,鉴定并获得了与陆地棉开花调控和纤维发育相关的MADS-box基因,对于揭示棉花纤维品质等重要性状的遗传调控机制及分子育种具有一定的理论意义和应用价值。 展开更多
关键词 陆地棉 mads-box基因 家族鉴定 生物信息学 表达分析
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向日葵MADS-box家族基因HaAGL11的克隆及表达分析 被引量:2
9
作者 何卓远 韦小英 +4 位作者 苏周 吴雨 雷豆 杨军 邹建 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期260-268,共9页
花发育是被子植物生命周期史中的重要阶段,直接关系到植物的子代繁殖和物种延续。在植物花发育进程中,MADS-box基因发挥着关键的调控作用。本研究从向日葵转录组数据库中筛选并克隆到了一个MADS-box基因家族新成员HaAGL11基因,并对其进... 花发育是被子植物生命周期史中的重要阶段,直接关系到植物的子代繁殖和物种延续。在植物花发育进程中,MADS-box基因发挥着关键的调控作用。本研究从向日葵转录组数据库中筛选并克隆到了一个MADS-box基因家族新成员HaAGL11基因,并对其进行了系统的分析。系统发育分析结果显示,向日葵HaAGL11基因与拟南芥中的AGL11基因具有较近的同源关系。另外,花发育不同时期的表达模式结果显示,HaAGL11基因在向日葵花器官成熟后期、小花开放期和胚胎发育早期高表达;精细的花器官表达模式结果显示,HaAGL11基因在花器官成熟后期和小花开放期的子房中特异性高表达。本研究结果表明,向日葵HaAGL11基因在向日葵花发育后期子房和果实的发育进程中具有重要的调控作用。本研究结果为初步探究HaAGL11基因在向日葵中的花发育及果实形成的调控作用奠定基础,有助于进一步探究向日葵生长发育的分子调控机制,为向日葵的遗传育种提供了一定的指导线索。 展开更多
关键词 向日葵 花发育 mads-box HaAGL11基因 基因克隆 表达分析
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小麦成熟胚脱分化过程中MADS-box家族基因的表达分析 被引量:1
10
作者 刘海霞 臧鑫 +5 位作者 王帮太 梅兹君 阎丽慧 章慧玉 程玉红 陈军营 《山东农业科学》 2013年第9期1-4,共4页
利用小麦成熟胚脱分化基因芯片对脱分化过程中MADS-box家族基因的表达变化进行研究,检测到MADS-box家族转录因子基因及其靶基因共19个,上调表达基因3个,下调表达基因12个,混合表达基因4个,其中,CA730918、CK213813、BE417035、BJ276784... 利用小麦成熟胚脱分化基因芯片对脱分化过程中MADS-box家族基因的表达变化进行研究,检测到MADS-box家族转录因子基因及其靶基因共19个,上调表达基因3个,下调表达基因12个,混合表达基因4个,其中,CA730918、CK213813、BE417035、BJ276784、CA726603可能在小麦脱分化过程中意义重大。利用半定量RT-PCR技术对CA670406、CK213813、CA679889、AB107992和BJ228622基因的表达变化进行验证,结果与基因芯片检测结果相似。 展开更多
关键词 MADS—box家族 转录因子基因 脱分化 基因芯片
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灰毡毛忍冬MADS-box基因家族鉴定与CMB1基因克隆
11
作者 付学森 刘紫璇 +4 位作者 王玲 龙雨青 曾娟 周日宝 刘湘丹 《湖南中医药大学学报》 CAS 2024年第3期383-394,共12页
目的鉴定灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides MADS-box家族基因并进行生物信息学分析与表达模式验证,克隆湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬MADS-box家族成员CMB1全长。方法基于转录组数据,利用在线工具对灰毡毛忍冬MADS-box进行生物信息学分析,... 目的鉴定灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides MADS-box家族基因并进行生物信息学分析与表达模式验证,克隆湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬MADS-box家族成员CMB1全长。方法基于转录组数据,利用在线工具对灰毡毛忍冬MADS-box进行生物信息学分析,并利用qRT-PCR验证MADS-box基因在不同品种中的表达模式,通过RT-PCR、RACE技术克隆湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬CMB1基因全长。结果28个灰毡毛忍冬MADS-box蛋白长度为89~359 aa,碱性蛋白占比85.7%,不稳定蛋白占比96.4%,亲水性蛋白占比96.4%,均定位于细胞核,均为无跨膜结构的非分泌蛋白。转录组显示,与野生型比较,湘蕾型中28个MADS-box基因有17.86%表达下调,MIKCC型基因中有18.75%表达下调。克隆得到在两个品种的灰毡毛忍冬花中高度特异性表达的CMB1基因全长,均包含一个738 bp的ORF,编码245个氨基酸。CMB1基因在两个品种的花中表达量存在显著差异(P<0.01),且与茎、叶相比,在花中高度特异性表达(P<0.01)。结论基于灰毡毛忍冬转录组数据,鉴定了28个MADS-box家族基因,克隆得到湘蕾型与野生型灰毡毛忍冬CMB1基因全长,为进一步研究灰毡毛忍冬花发育、优良表型形成的分子机制提供研究基础与理论依据。 展开更多
关键词 灰毡毛忍冬 mads-box基因家族 表达分析 CMB1基因 基因克隆 表型变异
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柳属植物花发育相关的MADS-box基因家族成员鉴定与表达分析
12
作者 王媛 翁慧莹 +3 位作者 曾思文 王苑 李煜 何理 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期355-363,共9页
【目的】利用基因组和转录组数据鉴定分析花发育相关的MADS-box基因家族成员的结构特征及表达模式,为柳属花被缺失的分子机制研究提供理论依据。【方法】通过生物信息学方法鉴定柳属的长梗柳(Salix dunnii)、欧蒿柳(S.viminalis)、红皮... 【目的】利用基因组和转录组数据鉴定分析花发育相关的MADS-box基因家族成员的结构特征及表达模式,为柳属花被缺失的分子机制研究提供理论依据。【方法】通过生物信息学方法鉴定柳属的长梗柳(Salix dunnii)、欧蒿柳(S.viminalis)、红皮柳(S.purpurea)的MADS-box基因家族成员,并对3种柳树花发育相关的MADS-box基因系统发育关系、基因复制和丢失、基因结构和理化性质进行分析。根据雌雄花芽的转录组数据分析长梗柳花发育相关基因在花芽不同发育阶段的表达模式。【结果】在长梗柳、欧蒿柳和红皮柳中分别鉴定出82、82和98个MADS-box家族基因。3种柳树的花发育相关基因经历了基因复制和丢失,相同亚类基因结构和保守结构域相似,但部分A、B、C和E亚类基因的K-box结构域缺失。长梗柳花发育相关基因的表达结果显示,在雌花和雄花中具有不同的表达模式。其中,B亚类SdMADS26和SdMADS4基因表达量均偏低。【结论】柳属植物花发育相关基因中部分成员的基因结构和表达模式发生了变化,推测这些变化可能与柳属花被缺失相关。 展开更多
关键词 柳属 花被 mads-box基因家族 基因组 转录组
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辣椒MIKC型MADS-box基因家族鉴定及胁迫响应
13
作者 罗希榕 祝晓云 +4 位作者 杨仕梅 李唐燕 李靖 陀海燕 覃成 《种子》 北大核心 2024年第1期59-67,113,共10页
MADS-box家族在花的诱导和发育中作用广泛,有些基因在明显不相关的发育阶段具有多种功能。本研究通过生物信息学对辣椒MIKC型MADS-box家族系统发育树、保守结构、基因特征、GO和KEGG富集分析、时空表达等进行系统分析。在辣椒中共鉴定... MADS-box家族在花的诱导和发育中作用广泛,有些基因在明显不相关的发育阶段具有多种功能。本研究通过生物信息学对辣椒MIKC型MADS-box家族系统发育树、保守结构、基因特征、GO和KEGG富集分析、时空表达等进行系统分析。在辣椒中共鉴定到25条MIKC_MADS基因,均具有MIKC_MADS的N端SRF-TF和C端K-box保守结构域,氨基酸数为122~278 aa,为两性亲水性蛋白。Motif分析发现,25条CaMADS-box基因均含有Motif1、Motif2、Motif4共3个保守基序。染色体定位发现,25条基因不均匀地分布在12条染色体上,其中染色体Chr02定位基因最多,共计5条基因。共线性分析发现MIKC_MADS在野生种Chiltepin中存在多个共线性区块。GO富集分析发现,MIKC_MADS主要参与植物生长初期发育过程,主要是花器官、胚乳发育过程,KEGG富集到甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢(ko00260),乙醛酸盐和二羧酸盐代谢(ko00630),碳代谢(ko01200)。顺式作用元件发现,与光响应元件、水杨酸、胚乳等元件相关。在时空表达过程中,MIKC_MADS在茎、叶、芽和花过程表达呈现上调表达趋势。 展开更多
关键词 辣椒 mads-box基因 基因特征 时空表达特性
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谷子MADS-box基因家族的鉴定和表达分析 被引量:2
14
作者 王育选 张梦超 +3 位作者 常丽君 张艾英 张莉 郭世华 《生物信息学》 2023年第1期51-59,共9页
MADS-box基因是真核生物中一类重要的转录因子,参与调控多项植物的生长发育过程。然而关于谷子穗发育的MADS-box基因研究比较少。本研究使用序列相似性检索,在Phytozome 13.0数据库中筛选并且鉴定出了68个谷子MADS家族成员,并对这些家... MADS-box基因是真核生物中一类重要的转录因子,参与调控多项植物的生长发育过程。然而关于谷子穗发育的MADS-box基因研究比较少。本研究使用序列相似性检索,在Phytozome 13.0数据库中筛选并且鉴定出了68个谷子MADS家族成员,并对这些家族成员的物理化学性质、系统发育树、染色体定位、表达谱等进行了全面的分析。结果表明,谷子MADS家族成员在染色体上分布不均匀,可以分为5个亚族。通过组织特异性表达谱分析得到,多数MADS基因在穗中表达量要高于其他器官。此外利用转录组测序技术对发育初期的谷穗和成熟期的谷穗进行了转录组测序分析,筛选到数个与谷穗分生组织发育相关MADS-box基因。为进一步揭示MADS-box基因在谷子穗发育过程中的作用奠定了重要的基础。 展开更多
关键词 谷子 mads-box 表达谱 花序发育
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锥栗MADS-box基因家族鉴定及组织特异性表达分析 被引量:4
15
作者 余玉云 沈军 +2 位作者 柳明珠 罗开金 陈世品 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2023年第1期60-67,共8页
为研究MADS-box基因家族在锥栗花和果实发育过程中的作用,在锥栗全基因组水平上,用生物信息学方法对其MADS-box基因家族进行鉴定、理化性质分析、系统进化分析和染色体定位,分析其基因复制、基因结构、顺式作用元件和表达量。结果表明,... 为研究MADS-box基因家族在锥栗花和果实发育过程中的作用,在锥栗全基因组水平上,用生物信息学方法对其MADS-box基因家族进行鉴定、理化性质分析、系统进化分析和染色体定位,分析其基因复制、基因结构、顺式作用元件和表达量。结果表明,锥栗基因组中存在60个ChM ADS-box基因,不均匀地分布在除了2号染色体(Chr2)外的11条染色体上,其中,存在4对串联重复和8对片段重复。根据系统发育关系,可将锥栗基因组的60个ChM ADS-box基因分为type-Ⅰ型(20个)和type-Ⅱ型(40个)。ChM ADS-box蛋白均含有MADS结构域(Motif1和Motif2),且同亚家族基因显示出相似的基因结构。ChM ADS-box基因的启动子区域含有植物生长、光反应、激素反应和胁迫反应等顺式作用元件。ChM ADS-box基因在叶、雄花、雌花、果实和壳斗5种组织中具有特异性表达模式,表明其在植物生长发育过程中具有不同的功能。在果实和雄花发育的3个过程中,ChM ADS17、ChM ADS22、ChM ADS30、ChM ADS32、ChM ADS36、ChM ADS43、ChM ADS49、ChM ADS53表达较高,表明它们在锥栗花和果实发育过程中起到重要作用。 展开更多
关键词 锥栗 mads-box基因家族 全基因组鉴定 生物信息学 组织特异性 表达分析
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结球甘蓝CBF家族特征分析及低温诱导基因BoCBF1、BoCBF2a和BoCBF3表达分析
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作者 张伟 余方伟 +2 位作者 李建斌 于利 王神云 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期156-164,共9页
转录因子CBF在植物对低温胁迫的响应和增强植物的抗寒性方面发挥着重要作用。为分析结球甘蓝CBF家族成员的氨基酸序列特征,探究其是否受低温诱导表达,本研究利用结球甘蓝923全基因组数据库对其进行蛋白质理化特征、系统发育关系、编码... 转录因子CBF在植物对低温胁迫的响应和增强植物的抗寒性方面发挥着重要作用。为分析结球甘蓝CBF家族成员的氨基酸序列特征,探究其是否受低温诱导表达,本研究利用结球甘蓝923全基因组数据库对其进行蛋白质理化特征、系统发育关系、编码基因结构以及2℃低温胁迫下编码基因表达水平分析。结果表明,共鉴定到7个BoCBF基因,系统发育分析后分成2个亚组(Ⅰ和Ⅱ)。BoCBF蛋白的氨基酸长度为203~283 aa,全部是亲水性蛋白质。在结球甘蓝02-12中,BoCBF1、BoCBF2a和BoCBF3基因在叶、花、芽和角果中基本不表达,在愈伤组织、根和茎中表达量较低。转录组测序和实时荧光定量PCR分析发现,在耐寒结球甘蓝923和不耐寒结球甘蓝D9中,BoCBF2b、BoCBF2c基因不受低温诱导表达,BoCBF2a基因低温诱导表达最为迅速,其次是BoCBF1和BoCBF3基因。BoCBF1、BoCBF2a和BoCBF3基因的相对表达量在低温胁迫3~6 h达到最大值,相对表达量达到最大值后急剧下降,在24 h降至最低。本研究结果为后续开展BoCBF1、BoCBF2a和BoCBF3基因调控结球甘蓝响应低温胁迫机理研究奠定了基础。 展开更多
关键词 结球甘蓝 CBF基因家族 低温胁迫 基因表达
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枸杞SWEET基因家族鉴定及其与可溶性糖含量关系
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作者 尹跃 秦小雅 +3 位作者 赵建华 杨萍 何军 安巍 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期396-407,共12页
【目的】糖外排转运蛋白(sugars will eventually be exported transporters,SWEETs)在植物生长发育过程中发挥重要作用,解析SWEETs基因在枸杞果实发育过程中对糖积累作用,为进一步揭示SWEETs基因在枸杞果实发育过程中的作用提供参考。... 【目的】糖外排转运蛋白(sugars will eventually be exported transporters,SWEETs)在植物生长发育过程中发挥重要作用,解析SWEETs基因在枸杞果实发育过程中对糖积累作用,为进一步揭示SWEETs基因在枸杞果实发育过程中的作用提供参考。【方法】用生物信息学方法对枸杞SWEET基因(LbaSWEETs)进行全基因组鉴定,并用已发表的转录数据分析LbaSWEETs在果实发育时期的基因表达情况。【结果】枸杞SWEET基因家族共有37个成员,随机分布于10条染色体上,分别编码152~621个氨基酸,蛋白质分子质量为16.87~69.97 kD,等电点为4.96~9.86。亚细胞定位预测位于叶绿体或质膜,大多数含有7个跨膜螺旋。系统进化分析发现,37个LbaSWEETs蛋白可分为4个亚群,每个亚群的基因结构和保守基序组成相似。启动子元件分析表明:Lba-SWEETs基因启动子富含大量激素响应、逆境胁迫和生长发育响应元件。转录组数据和qRT-PCR分析表明:LbaSWEET9和LbaSWEET29基因表达量随果实成熟呈现显著增加。相关性分析结果表明,LbaSWEET9和LbaSWEET29基因表达量与果糖含量呈显著正相关。【结论】LbaSWEET9和LbaSWEET29基因是果糖积累的关键基因。 展开更多
关键词 枸杞 SWEET基因家族 进化分析 表达分析 可溶性糖含量
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荔枝VQ基因家族鉴定及其对非生物胁迫的响应
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作者 凡超 杨杰 +2 位作者 陈蓉 刘伟 向旭 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期739-750,共12页
【目的】VQ蛋白是一类含有保守VQ基序(FxxhVQxhTG)的植物特异性蛋白,在植物生长发育和非生物胁迫应答中发挥重要作用。研究鉴定了荔枝VQ基因家族,并分析其在不同组织的表达模式及在低温、高温、干旱和盐胁迫下的应答,为后续研究其抗逆... 【目的】VQ蛋白是一类含有保守VQ基序(FxxhVQxhTG)的植物特异性蛋白,在植物生长发育和非生物胁迫应答中发挥重要作用。研究鉴定了荔枝VQ基因家族,并分析其在不同组织的表达模式及在低温、高温、干旱和盐胁迫下的应答,为后续研究其抗逆机制奠定了基础。【方法】用生物信息学方法在荔枝全基因组中鉴定LcVQ基因,并对其理化性质、亚细胞定位、基因结构和保守基序等进行分析;用MEGA 6.0软件构建系统发育树,分析荔枝、拟南芥和水稻VQ蛋白的系统发育关系;用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证LcVQs对多种非生物胁迫的响应情况。【结果】荔枝中共鉴定获得可聚类为9个亚族的18个VQ基因(LcVQ1-18),依次分布在荔枝的11条染色体上,其编码蛋白的氨基酸数介于111~427之间,分子质量为12.48~45.49 kD;除LcVQ15和LcVQ17定位于细胞质之外,其余LcVQ蛋白均定位于细胞核。LcVQs启动子区域包含大量植物生长发育响应元件、激素响应元件及逆境响应元件。LcVQs的表达量在不同组织中具有明显差异,总体上分为普遍性表达和特异性表达。LcVQs可快速响应非生物胁迫,在低温、高温、干旱和盐胁迫处理3 h内分别有4,3,3,4个LcVQs明显上调表达。【结论】荔枝全基因组中有18个VQ家族成员,具有典型VQ保守结构域,能差异化响应多种非生物胁迫。 展开更多
关键词 荔枝 VQ基因家族 生物信息学 非生物胁迫 表达分析
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白菜型油菜IPT基因家族鉴定及表达分析
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作者 刘博 王旺田 +8 位作者 马骊 武军艳 蒲媛媛 刘丽君 方彦 孙万仓 张岩 刘睿敏 曾秀存 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期56-66,共11页
异戊烯基转移酶(isopentenyltransferase,IPT)是细胞分裂素生物合成的第一限速酶,为分析IPT基因家族在白菜型油菜生长中的功能,利用生物信息学方法从其基因组中鉴定出13个BrIPT基因,它们不均匀地分布在7条染色体上。BrIPTs可分为4个亚族... 异戊烯基转移酶(isopentenyltransferase,IPT)是细胞分裂素生物合成的第一限速酶,为分析IPT基因家族在白菜型油菜生长中的功能,利用生物信息学方法从其基因组中鉴定出13个BrIPT基因,它们不均匀地分布在7条染色体上。BrIPTs可分为4个亚族,各家族成员均含有8~10个保守基序和1~2个UTR区。BrIPT基因的启动子区域包含众多响应元件。BrIPT基因家族成员受环境因子、生物激素及防御与应激调控。qRTPCR结果显示,tRNA-IPT基因BrIPT4、BrIPT6、BrIPT9在白菜型油菜体内各个部位均有表达。相比于苗期,成熟期白菜型油菜IPT基因的表达量更高,为后续深入研究IPT基因家族成员的生理生化功能提供了理论依据。 展开更多
关键词 白菜型油菜 IPT基因家族 细胞分裂素 生物信息学分析
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辣椒EIL基因家族的鉴定及其在盐碱胁迫下的表达分析
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作者 吴鹏 李冬雪 郭茜茜 《河南农业科学》 北大核心 2024年第5期123-132,共10页
EIL(Ethylene-insensitive 3-like)基因在参与植物乙烯信号通路的转导和生长发育过程中发挥着重要作用。为了解辣椒EIL基因家族成员信息,利用生物信息学手段对辣椒EIL基因家族成员的理化性质、蛋白质结构、系统进化、基因结构、保守域... EIL(Ethylene-insensitive 3-like)基因在参与植物乙烯信号通路的转导和生长发育过程中发挥着重要作用。为了解辣椒EIL基因家族成员信息,利用生物信息学手段对辣椒EIL基因家族成员的理化性质、蛋白质结构、系统进化、基因结构、保守域、启动子顺式作用元件及CaEILs基因在不同组织部位和不同非生物胁迫条件下的表达模式进行分析。同时使用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对辣椒叶片中CaEILs在盐碱胁迫下的表达模式进行研究。结果表明,辣椒9个CaEILs分布在6条染色体上,氨基酸数目、蛋白质理论分子质量和脂肪系数分别介于209~677、23.77~76.07 ku和63.10~87.75,且主要为酸性、亲水的不稳定性核蛋白。系统进化分析显示,CaEILs被分成了4个亚家组,9个CaEILs在根、茎、叶、花蕾、花中具有不同程度的表达,而低温、高温、高盐、干旱胁迫下均能诱导CaEILs的表达,其对以上非生物胁迫均具有不同程度的响应。此外,利用qRT-PCR对盐碱胁迫下辣椒叶片中CaEILs进行了检测,结果发现,随着处理时间的延长,CaEIL1、CaEIL2、CaEIL4、CaEIL5、CaEIL8的表达量整体呈上升趋势,而CaEIL3、CaEIL6、CaEIL7、CaEIL9的表达量整体呈下降趋势。 展开更多
关键词 辣椒 EIL基因家族 基因结构 盐碱胁迫 表达
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