采用MS-Fit进行肽质量指纹谱鉴定蛋白质时主要参数的优化

目的:为了优化肽质量指纹谱(Peptide mass fingerprinting,PMF)鉴定蛋白质时采用MS-Fit引擎搜索的分析参数。方法:将2-DE分离后的Carbonic anhydrase-2和BSA进行胶内充分酶解,肽段经过MALDI-TOF-MS分析得到PMF数据。选择Swissprot数据库,以Carbonic anhydrase2为模型优化搜索参数。结果:主要搜索参数的最佳设置为:半胱氨酸修饰为Carbamidomethylation,肽质量容错模型为百分数,在研究中0.1%容错数为最好。结论:本文通过标准蛋白对搜索主要参数的优化,建立了方便、可靠的MS-Fit搜索参数模式。