长链非编码RNA MALAT1在大肠癌中的表达及其临床意义:基于多基因表达数据库分析

背景结直肠癌(colorectal cancer, CRC)是临床中最为常见的消化系统恶性肿瘤,近年来长链非编码RNA(longchainnon-coding RNA, LncRNA)在CRC发生、发展及侵袭转移中发挥重要作用. MALAT1为新近发现的LncRNA,其在CRC中的作用及与患者预后的关系并不十分清楚.目的应用生物信息数据挖掘技术探讨LncRNA MALAT1在大肠癌中的差异表达及其临床意义.方法应用BioGPS数据库分析正常肠上皮中MALAT1的表达情况.在肿瘤芯片表达数据库Oncomine中荟萃分析大肠癌组织与正常肠上皮组织MALAT1的差异表达并分析MALAT1高、低表达与患者生存期是否存在相关性.在STRING数据库中应用蛋白相互作用网络分析与MALAT1相互作用及共表达的相关蛋白.结果MALAT1在正常大肠癌组织中的相对表达量较低.Oncomine数据库中,大肠癌差异表达的研究8项,其中6项在大肠癌中高表达, 2项低表达.比较大肠癌与对应正常组织的相关芯片数据为18个.大肠癌组织中MALAT1表达水平显著高于正常组织(P = 0.027).按结肠癌与直肠癌进亚组分析,结肠癌组织与正常组织MALAT1表达水平无统计学差异(P = 0.149),而直肠癌组织中MALAT1表达水平明显高于对应正常组织(P = 1.04 E-5).在Kaplan-Meier Plotter数据平台中分析MALAT1高、低表达组总生存期分别为41.93mo和52.2 mo,差异无统计学意义(HR = 0.64, 95%CI:0.29-1.39, P = 0.25). String数据库中分析与MALAT1可能相互作用的蛋白,结果显示MALAT1与TP53, SUZ12,CDK4, KDMA,等具有相互作用关系.共表达分析显示MALAT1与EZH2, TP53, SRSF1等基因具有共表达关系,提示这些基因在功能上可能具有相似性.结论大肠癌组织中MALAT1基因表达表达水平明显上调,但MALAT1表达水平与患者预后并无相关性.MALAT1与TP53, SUZ12, CDK4, KDMA蛋白相互作用,上述相互作用蛋白包括多梳蛋白家族,周期蛋白依赖性蛋白激酶等,与肿瘤的基因表达、转录调控及细胞分裂有关.

长链非编码RNA在肾细胞癌发生、发展中的作用研究进展

长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200个核苷酸、无蛋白质编码功能的RNA分子,是基因表达与细胞生长、增殖、分化等生理过程相互作用的重要调节因子,在表观遗传学、转录等水平发挥调控作用。肾细胞癌(RCC)是常见的泌尿系统恶性肿瘤,其发病率高,且预后不良。lncRNA的异常表达与RCC的发生、发展有密切关系,其中HOTAIR、MALAT1、SNHGs、ATB、GAS5、MEG3、H19等基因通过相关分子海绵机制介导不同的miRNA,通过激活不同信号传导途径和调节关键标志物表达调控RCC的发生、发展,其中HOTAIR、MALAT1、SNHGs、ATB基因起到促癌作用,GAS5、MEG3基因起到抑癌作用,H19基因则具有抑癌与致癌双重作用。

丹参通络解毒汤对IRI模型大鼠心肌细胞自噬的调控机制

目的:探讨丹参通络解毒汤对缺血再灌注(ischemia reperfusion,IRI)模型大鼠心肌细胞自噬的作用,并观察其对IRI心肌细胞MALAT1、Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)/核转录因子-κB(nuclear transcription factor-κB,NF-κB)信号通路的调节作用。方法:取雄性SD大鼠60只,随机分成5组:空白组,模型组(心肌缺血再灌注),丹参通络解毒汤组,TLR4抑制剂组(TAK-242),丹参通络解毒汤+TLR4抑制剂组。采取结扎左冠状动脉左前降支30 min后松解结扎线30 min的方法建立IRI模型。丹参通络解毒汤组、丹参通络解毒汤+TLR4抑制剂组以3.9 mL·kg^-1的丹参通络解毒汤灌胃,每日1次,空白组、模型组、TLR4抑制剂组给予相同体积的生理盐水灌胃,每日1次。选用酶联免疫吸附法测定血清中磷酸肌酸激酶(creatine phosphate kinase,CK)水平;免疫组织化学法测定心肌组织中LC3Ⅱ蛋白的表达水平;蛋白免疫印迹法(Western blot)测定心肌组织中TLR4及NF-κB蛋白的表达,RT-PCR测定MALAT1基因表达。结果:与空白组比较,模型组的心肌细胞损伤明显,血清中CK含量显著升高,LC3Ⅱ、TLR4、NF-κB蛋白和MALAT1基因的表达显著升高(P<0.01)。与模型组比较,丹参通络解毒汤组、丹参通络解毒汤+TLR4抑制剂组、TLR4抑制剂组能明显改善大鼠受损心肌,血清中CK水平明显降低,LC3Ⅱ、TLR4、NF-κB蛋白和MALAT1基因的表达显著降低(P<0.01),且丹参通络解毒汤组CK水平、LC3Ⅱ、TLR4、NF-κB蛋白和MALAT1基因的表达量低于TLR4抑制剂组。结论:丹参通络解毒汤能够抑制IRI心肌细胞自噬,其作用机制可能与通过下调MALAT1基因表达和抑制TLR4/NF-κB信号通路有关。