小概率大意义:MET融合基因融合谱的故事

2016年,《Nat Med》上发表了一篇内容为“复现的MET融合基因代表小儿胶质母细胞瘤中的一类药物靶标”的文章,MET融合基因因此得到了广泛关注。该作者对53例小儿胶质母细胞瘤患者的肿瘤及血液DNA和5例小儿胶质母细胞瘤细胞系进行了全基因组测序,确认了约10%小儿胶质母细胞瘤的病例中涉及先前未确定的MET融合基因。包括1例TFG-MET融合基因,1例CLIP2-MET融合基因和首次发现的2例PTPRZ1-MET融合基因。这些MET融合基因激活促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号传导,诱导侵袭性胶质细胞肿瘤。在PTPRZ1-MET融合基因中,MET的表达由高活性的PTPRZ1启动子驱动并导致MET过度表达。在没有RNA-seq数据的另外两个肿瘤中,通过PCR也确认了该融合亚型。使用MET抑制剂克唑替尼治疗MET融合的小儿胶质母细胞瘤患者,导致肿瘤缩小和症状缓解。对MET融合基因诱导肿瘤发生的认识和治疗提供了一种新的方法[1]。2017年5月,《Nat Med》杂志发表了一篇重量级文章,纪念斯隆凯瑟琳癌症研究中心的科学家采用MSK-IMPACT方法,开展了一项大规模、前瞻性的临床测序研究,他们对1万多名晚期癌症患者,接近300多种肿瘤进行基因二代测序,同时收集这些患者的临床注释、病理等方面的信息,其中MET融合4例,非小细胞肺癌占0.13%(2/1563),1例为肺腺癌,融合伙伴SLC1A2,另1例为鳞状细胞癌,融合伙伴为PTPRZ1;乳腺癌占0.08%(1/1 238),为浸润性小叶癌,融合伙伴为ST7;子宫内膜癌占0.48%(1/210),为子宫透明细胞癌,融合伙伴为ST7[2]

FISH技术检测胶质瘤患者PTPRZ1-MET融合基因的表达及临床意义

目的建立检测胶质瘤患者PTPRZ1-MET融合基因的荧光原位杂交（FISH）方法，并探讨其用于标本诊断的可行性。方法本研究取材于首都医科大学附属北京天坛医院神经外科行手术治疗的9例胶质瘤患者，采用双色FISH方法检测肿瘤组织中PTPRZ1-MET融合基因的表达率，并与聚合酶链式反应／Sanger测序（PCR／Sanger）的检测结果进行比较，分析两者的相关性。结果9例患者中，PCR扩增30个和50个循环均未获得目的条带的3例，计为阴性患者；PCR扩增50个循环获得目的条带的3例，计为50个循环阳性／测序阳性（50^＋／Sanger^＋）患者；经过30个和50个循环均可获得目的条带的3例，计为30个循环阳性／测序阳性（30^＋／Sanger^＋）患者。对比FISH与PCR／Sanger检测结果，30^＋／Sanger^＋患者的PTPRZ1-MET融合基因阳性细胞百分率〉20％；50^＋／Sanger^＋患者的PTPRZ1-MET融合基因阳性细胞百分率约为10％；阴性患者的阳性细胞百分率〈5％，各组间的差异有统计学意义（均P〈0．05）。结论FISH方法检测胶质瘤患者PTPRZl一MET融合基因的表达与PCR／Sanger检测结果具有较好的一致性，可补充或作为患者诊断的初步筛选方法。