不同物种MHC-DRB1基因外显子2生物信息学分析

为了研究不同物种MHC—DRB1基因的遗传多样性，试验采用比较基因组学和生物信息学方法比较了绵羊、驼鹿、狗、野猪和人的MHC-DRB1基因外显子2序列，并对该基因的遗传多样性及分子系统发育进行了分析。结果表明：在95个基因序列中检测到149个多态位点，共生成83个单倍型。说明物种间及物种内MHC—DRB1基因存在较丰富的遗传多样性。

草鱼MHCⅠα基因克隆及其多态性特征分析

主要组织相容性复合体(MHC)是存在于脊椎动物染色体上、呈高度多态性的基因群,与机体的抗病性密切关系。MHCⅠ类分子由α链和β_(2m)微球蛋白组成,α链呈高度多态性。为探究草鱼MHCⅠα基因的多态性特征,本研究对3个草鱼个体的MHCⅠα基因进行克隆和测序,并使用生物信息学方法分析比较草鱼与小鼠、牛和鸡的MHCⅠα基因多态性特征。结果:共获得了5条草鱼MHCⅠα基因型序列,其基因编码332个氨基酸,包括信号肽、α1、α2、α3和TM/CY区域。草鱼MHCⅠα基因的氨基酸变异位点主要分布在α1和α2区域,与小鼠、牛和鸡MHCⅠα基因肽结合区(PBR)空间结构相似,多态性位点分布在抗原递呈的关键部位α螺旋或β折叠上。草鱼MHCⅠα基因的进化受自然环境的负向选择作用,而其他3个物种的进化方式均为正向选择。此外,草鱼MHCⅠα基因与其他脊椎动物亲缘关系较远,单独构成进化树上一大分支,且个体间继续分化为不同的亚支。本研究从基因层面阐述了草鱼MHCⅠα基因多态性特征和分子进化规律,为进一步探究低等脊椎动物MHCⅠα基因的生物学特征奠定基础。

中国美利奴羊(军垦型)MHC-DRB1基因Nested PCR—RFLP反应体系的优化

试验针对目前对绵羊MHC-DRB1基因的分析,介绍了利用Nested PCR扩增再进行RFLP反应的方法在中国美利奴(军垦型)上的应用。分析了在Nested PCR-RFLP反应中的一些影响因素及它的优缺点,建立了绵羊MHC-DRB1基因Nested PCR-RFLP的最佳反应体系。

多浪羊MHC-DRB1基因多态性与包虫病抗性分析

通过PCR扩增122只包虫病(细粒棘球蚴病)阴性和70只包虫病阳性多浪羊的MHC-DRB1第2外显子,产物经SacⅠ、Hin1Ⅰ和HaeⅢ3种限制性内切酶酶切后进行RFLP多态性分析。结果表明,多浪羊MHC-DRB1基因第2外显子在SacⅠ、Hin1Ⅰ和HaeⅢ酶切位点存在丰富的多态性,分别检测出了2、2和6种等位基因,出现了3、3和18种基因型。将包虫病阴性和阳性多浪羊的等位基因频率和基因型频率分别进行比较分析,发现等位基因HaeⅢa对包虫病感染具有一定的易感性(P<0.05),SacⅠab和Hin1Ⅰaa 2个基因型对包虫病具有一定的抗性(P<0.05),HaeⅢbe和HaeⅢef这2个基因型对包虫病具有较强的易感性(P<0.01)。

DF-1细胞MHC单倍型的分子鉴定

为了鉴定鸡胚成纤维细胞(DF-1细胞)主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)单倍型,试验选取生长状态良好的DF-1细胞,提取其总RNA并将总RNA反转录成cDNA;以DF-1细胞cDNA为模板,采用PCR方法扩增鸡MHC B基因座的微卫星LEI0258和MCW0371及BF2、BLB2基因并测序,同时采用“PCR+1”方法扩增BF2基因并测序,以根据上述序列及结构特征判定DF-1细胞的MHC单倍型。结果表明:微卫星LEI0258和MCW0371序列长度分别为357,205 bp,其中微卫星LEI0258含有1个CTATGTCTTCTTT重复单元和16个CTTTCCTTCTTT重复单元,与MHC B基因座B130、B131、B201、B5.1、B6.1、B21、B75单倍型的微卫星长度、重复单位的结构和数量完全相同;BF21基因序列长度为1117 bp,与GenBank收录3条鸡MHC B21单倍型的BF2基因序列(登录号分别为AF013493.1、S78682.1、NM-001031338.2)完全一致。说明DF-1细胞来源于MHC B21单倍型纯合鸡胚。

寡核苷酸DNA Microarray用于HLA DRB1基因分型的研究

对寡核苷酸DNAMicroarray用于HLADRB1基因分型的技术进行研究。常规的酚 /氯仿法提取标准血样基因组DNA ,在DRB1的exon 2区域设计一对引物 ,经PCR扩增基因组相应区段并用Cy5 dCTP进行标记。设计寡核苷酸分型探针 ,将探针固定在APS PDC法制作的DNAMicroarray上 ,用标记的PCR产物与之杂交 ,扫描仪对杂交结果进行扫描 ,Imagene软件对杂交图象进行分析。共检测了 33例标准血样的HLADRB1基因型。检测结果证明研制的DNAMicroarray准确、灵敏。DNAMicroarray技术可以有效地检测DRB1等位基因 ,对比常规的PCR SSP和PCR SSO方法、分型基因芯片方法更为直观 。

4082名上海骨髓库汉族无关供者HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因及单体型多态性研究

目的了解上海地区汉族人群HLA-A、B、DRB1在高分辨分型水平上的等位基因及单体型频率分布特征。方法采用PCR-测序分型技术(Sequence-based typing,SBT)对4 082名随机、无血缘关系、健康的中华骨髓库上海分库汉族造血干细胞捐献者进行HLA-A、B、DRB1高分辨基因分型,利用计数法和最大似然性原理方法分别计算HLA-A、B、DRB1等位基因及单体型频率。结果 4 082例样本中,共观察到204个HLA等位基因,其中频率>0.1的HLA-A、B、DRB1等位基因分别有A*11∶01、A*24∶02、A*02∶01、B*46∶01、DRB1*09∶01、DRB1*15∶01。841条A-B单体型中,70条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD>0,HF≥3.67×10-4,χ2>3.84),8条表现为强连锁不平衡(RLD>0.40),17条单体型的频率高于0.01;1 027条B-DRB1单体型中,99条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD>0,HF≥3.67×10-4,χ2>3.84),12条表现为强连锁不平衡(RLD>0.40),12条单体型的频率高于0.01;3 344条A-B-DRB1单体型中,681条单体型是"可靠的"(频率≥3.67×10-4),单体型频率高于0.001有135条。结论获得上海地区汉族人群HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因频率和单体型分布数据及相关遗传参数,为临床移植供者的选择、中国人群CWD表的制订、骨髓库最适库容的评估及人类遗传学研究提供参考数据。

重庆地区汉族人群HLA-A、B、DRB1、DQB1等位基因多态性的研究

目的研究重庆地区人群HLA-A、B、DRB1和DQB1位点等位基因的多态性特点。方法采用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)技术对1 664名重庆籍健康人进行HLA-A、B、DRB1、DQB1等位基因的低分辨分型,并与国内其他地区汉族人群进行比较。结果本次研究共检出HLA-A、B、DRB1、DQB1位点等位基因62种,其中A位点14种,B位点27种,DRB1位点13种,DQB1位点8种。A位点中A*11(34.62%)、A*02(28.81%)、A*24(14.93%)、A*30(5.53%)为重庆人群的优势基因。B位点中B*46(14.92%)>B*40(12.96%)>B*13(12.39%)>B*51(7.26%)。DRB1位点中,频率最高的为DRB1*09(15.65%),其次为DRB1*12(14.78%)、DRB1*14(14.49%)、DRB1*04(14.49%)。DQB1位点中,频率最高的为DQB1*07(26.04%),其次为DQB1*05(19.94%)、DQB1*09(15.51%)。与其他地区不同人群相比,HLA-A、B、DRB1、DQB1各位点等位基因的分布均有显著的差异。结论重庆地区人群的HLA-A、B、DRB1、DQB1位点等位基因符合南方汉族人群分布特点,具有复杂的多态性,中国各地常见的基因均有分布,白血病及其他器官移植患者在重庆不难找到合适的供者。

绵羊DRB1基因生物信息学分析

利用生物基因组学数据库,对绵羊MHCⅡ区DRB1基因进行生物信息学分析,以预测DRB1基因编码产物的理化性质、结构与功能,同时构建DRB1同源基因的系统进化树。结果表明,DRB1基因编码产物为不稳定亲水性蛋白,具有明显的信号肽,其切割位点位于29-30位的氨基酸之间。二级结构主要以无规则卷曲和延伸链为主,主要在细胞质中发挥生物学作用。序列分析表明,DRB1编码产物可能具有免疫应答和受体、胁迫应答和信号转导等功能,可能在免疫应答和胁迫应答过程中发挥重要作用,可能对绵羊免疫力和抗病性起关键作用。DRB1基因编码产物氨基酸邻接系统树表明,绵羊DRB1与山羊、羚羊、塔尔羊和牛等物种DRB1氨基酸距离较近,具有高度同源性。

DNA序列分析鉴定HLA-DRB1新等位基因DRB1 1449

目的鉴定HLADRB1位点新等位基因。方法应用基因克隆和DNA测序技术对1例受检样本HLADRB1基因第2外显子(Exon2)作核苷酸序列分析,与已知等位基因序列比对并作血清学分型。结果基因组DNA和DNA克隆的测序结果一致;DRB1Exon2的核苷酸序列与已知等位基因序列均不相同,与同源性最高的HLADRB11432相比,存在4处碱基的改变;以Exon2的第1位碱基为记数起点,核苷酸71位C→>G,196位G→>A,244位T→>G和245位上G→>T,引起相应编码氨基酸28位上天门冬氨酸(Asp)→>谷氨酸(Glu),70位上精氨酸(Arg)→>谷氨酸盐(Gln),86位上缬氨酸(Val)→>氨基乙酸(Gly)。血清学分型结果表明新等位基因血清学特异性为DR14。结论被检标本HLADRB位点存在新等位基因,2005年2月WHOHLA命名委员会正式将其命名为HLADRB11449。

不同物种MHC-DQA1基因部分序列的生物信息分析

作者应用比较基因组学和生物信息学方法比较了绵羊、牛、鹿和狗MHC-DQA1基因部分序列,并对该基因的遗传多样性及分子系统发育进行了分析。结果表明,38个基因序列检测到107个多态位点,共生成38个单倍型。物种间及物种内MHC-DQA1存在较丰富的遗传多样性。

甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星多态性与生长速度的关联分析

通过220只甘肃高山细毛羊生长性能测定、DNA测序验证、微卫星DNA多态性检测和相关性分析,研究了甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星多态性与生长性能的相关性。结果表明,甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星重复单位是由GT/GA组成的复合型微卫星座位。研究共检测到13个等位基因和40种基因型,等位基因201、195和193 bp是优势等位基因,201/201 bp是优势基因型。该微卫星座位多态信息含量为0.830,杂合度为0.847,属高度多态座位。相关性分析表明,183、191、207和197 bp等位基因对应的甘肃高山细毛羊群体出生体质量极显著高于165、219、195、213和203 bp等位基因群体(P<0.01),同时显著高于179、189、193和201 bp等位基因群体(P<0.05),含有179、189、193和201 bp等位基因的群体的出生重显著高于165、219、195、213和203 bp等位基因的群体(P<0.05)。就甘肃高山细毛羊1月龄、2月龄、3月龄和6月龄体质量综合考虑,含有197和207 bp等位基因群体的体质量较高,从甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星座位选择考虑,在选种时尽量保留含有197和207 bp等位基因的个体作为种用,将可能提高甘肃高山细毛羊的出生体质量和出栏体质量(6月龄体质量)。

HLA-DRB1*7及*13等位基因与原发性肝癌的相关性研究

目的探讨HLA-DRB多态性与肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）的相关性。方法以37例按诊断标准确诊的原发性肝癌患者作为病例组、20例健康人作为对照组，应用PCR-SSP方法对HLA—DRB1^＊7及HLA-DRB1^＊13两个等位基因进行检测，分析这两个等住基因与原发性肝细胞癌发生的相关性。结果HIn—DRB1^＊07和HLA—DRB1^＊13在病例组的分布频率均较对照组显著下降（x^2=-8．707，P=0．003，OR．=19．38；x^2=21．808，P=0．000，OR=2．222）。结论HLA-DRB1^＊07和HLA-DRB1^＊13等住基因的缺失可能与原发性肝癌发生的遣传易感性存在相关性。

HLA—DRB1^＊等位基因与肺结核的相关性研究

目的探讨人类白细胞抗原HLA-DRB1*等位基因与肺结核发病相关性,寻找与肺结核发病可能相关的HLA-DR易感基因。方法采用病例-对照的研究方法,用PCR-SSO分型技术对80名肺结核患者和105名健康对照者的HLA-DRB1基因分型,统计分析比较基因频率和相对危险率。结果肺结核病组中的HLA-DRB1*14频率明显高于对照组(10.63%vs3.81%),差异有显著性统计学意义(χ2=6.6955,P<0.05),相对危险率2.91。结论HLA-DRB1*14基因可能与肺结核的易感性相关。

HLA-DRB1基因多态性与慢性乙型肝炎病毒感染的相关性研究

目的研究HLA-DRB1等位基因与HBV感染慢性化的相关性。方法用PCR-SSP方法对陕西地区汉族慢性乙肝患者108例与正常对照108人以及慢性乙型肝炎表面抗原携带者32人进行HLA-DRB1等位基因分型比较,并进行HLA-DRB1等位基因分型与HBV复制状态相关性分析。结果陕西地区汉族人HLA-DRB1等位基因以DRB1*04(16.2%),DRB1*09(12.5%),DRB1*12(11.6%),DRB1*15(13.4%)最为常见;病例组HLA-DRB1*03的等位基因频率(10.6%)明显高于健康对照组(3.7%),(OR=3.10;P<0.05);HLA-DRB1*07等位基因频率病例组(17.6%)明显高于健康对照组(9.3%),(OR=2.09;P<0.05);DRB1*07基因位点在HBV高复制状态多见(OR=2.22;P<0.05)。结论HLA-DRB1*03、HLA-DRB1*07与陕西地区汉族人HBV感染后的慢性化相关联。该研究提示HLA-Ⅱ类基因与HBV感染慢性化有关联。

黑龙江地区汉族HLA-A、B、DRB1基因及单倍型的研究与应用

目的研究中国造血干细胞捐献者资料库黑龙江分库汉族捐献者HLA-A、B、DRB1等位基因和单体型频率分布特征,探讨中国广大地区乃至世界其他人种利用黑龙江汉族捐献者进行造血干细胞移植的可能性。方法采用序列特异性引物(PCR-SSP)和序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)基因分型技术,对黑龙江地区汉族捐献干细胞的9 019名供者进行HLA-A、B、DRB1基因低分辨检测。结果共观察到77个HLA等位基因,其中频率>0.1的A、B、DRB1座位特异性分别为A2、A11、A24、B13、DR15、DR9、DR7、DR12、DR4。432条A-B单体型中,25条单体型的频率高于0.01,101条单体型呈现显著的正连锁不平衡,21条表现为强连锁不平衡(RLD>0.40);437条B-DRB1单体型中,22条单体型的频率高于0.01,115条单体型呈现显著的正连锁不平衡,16条表现为强连锁不平衡;2 002条A-B-DRB1单体型中,971条单体型有意义(频率≥1.66×10-4),18条单体型频率高于0.005。截止2007年3月通过中国造血干细胞捐献者资料库管理中心检索,成功移植20例。结论黑龙江汉族人群HLA-A,B,DRB1等位基因和单体型的分布特征接近北方汉族人群,与中国汉族人总体分布特征相似。未发现群体特有的基因和单体型,但具有其自身分布特征。不同地区、不同人群有可能在中国造血干细胞库黑龙江地区汉族捐献者中寻找到HLA相合的供者。其中中国人群最容易找到HLA相合供者,其次是日本人和韩国人。

白鱀豚MHC基因类DQB1座位第二外元的序列变异分析

测定了 4 5个克隆的白豚 (Lipotesvexillifer)MHCⅡ类基因DQB座位第二外元 172bp的核苷酸序列 ,共获得 15种序列 ,发现了 2 2个变异位点。核苷酸的非同义替换明显多于同义替换 ,并造成了 15个氨基酸的改变。氨基酸的替换趋于集中在假定的与抗原的选择性识别相关的位点附近。白豚DQB基因的核苷酸和氨基酸序列与文献报道的白鲸 (Delphinapterusleucas)和一角鲸 (Monodonmonoceros)DQB1序列具有较高的同源性。氨基酸序列不具备人及其它一些灵长类动物DQB2基因所共有的基序 (Motif) ,而与牛DQB1基因的基序相近 ,说明本研究得到的白豚MHC序列应属于类DQB1基因。同一个体出现了多种序列的情况 ,提示白豚的DQB基因可能存在着座位重复。白豚的类DQB1座位的序列中存在多种基序的不同组合 ,推测是由于基因转换造成的.

三种猫科动物MHC Class Ⅱ DRB等位基因序列变异性分析

分析了云豹(Neofelisnebulosa)、豹(Pantherapardus)和东北虎(Pantheratigrisaltaica)等3种猫科动物的主要组织相容性复合物ClassⅡDRB座位的等位基因序列变异性。使用一对简并性引物扩增了DRB座位第二外元目标片段。用单链构像多态性分析方法确定不同的单倍型。每个个体挑出15个单克隆用来分离、纯化和测序。实验中从4个个体中获得了8种不同序列。237bp核苷酸序列中发现有59个变异位点。根据人类的抗原肽结合区推测79个氨基酸位点中存在21个假定的抗原肽结合位点,而且非同义替换率明显高于同义替换率,这可能说明了第二外元的较高变异性是由平衡选择作用来维持的。重建的NJ树和MP树显示豹和东北虎的亲缘关系较近,而两者与云豹的亲缘关系较远。

湖南地区人群HLA-A、B、DRB1等位基因多态性的研究

目的研究湖南地区人群HLA-A、B、DRB1位点等位基因的多态性。方法采用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)技术对3 664名湖南籍健康人进行HLA-A、B、DRB1等位基因的低分辨分型。结果本次研究共检出HLA-A、B、DRB1位点等位基因74种,其中A位点17种,B位点44种,DRB1位点13种。A位点中A*11(34.42%)、A*02(31.88%)、A*24(18.01%)、A*33(6.18%)为湖南人群的优势基因。B位点中B*40(23.70%)>B*46(17.76%)>B*15(13.99%)>B*13(8.60%)。DRB1位点中,频率最高的为DRB1*09(19.69%),其次为DRB1*15(14.01%)、DRB1*12(12.97%)、DRB1*04(11.96%)、DRB1*08(9.02%),频率最低的为DRB1*01(0.88%)。与其他地区不同人群相比,HLA-A、B、DRB1各位点等位基因的分布均有显著的差异。结论湖南人群的HLA-A、B、DRB1位点等位基因具有复杂的多态性,中国各地常见的基因均有分布,白血病患者在湖南不难找到合适的造血干细胞供者。本研究结果可作为湖南地区人群正常参考值,为人类学及HLA与疾病相关的研究提供了有力的背景资料。

人类白细胞抗原DRB1基因多态性与三氯乙烯药疹样皮炎易感性的关系

目的研究人类白细胞抗原DRB1(HLA-DRB1)基因多态性与三氯乙烯药疹样皮炎易感性的关系。方法应用聚合酶链反应产物直接测序方法,比较112例三氯乙烯药疹样皮炎病例和142例健康三氯乙烯接触工人HLA-DRB1基因第2外显子氨基酸密码子多态性及等位基因频率分布,并计算相对危险度(OR)及其95%可信区间(95%CI)。结果病例组与接触对照组HLA-DRB1等位基因频率差异有显著性,病例组DRB1*1501、*1202和*04等位基因频率显著高于对照组(分别为18.8%vs7.7%,OR=2.748,95%CI=1.587～4.761;12.5%vs6.0%,OR=2.244,95%CI=1.195～4.214;17.4%vs11.3%,OR=1.660,95%CI=1.002～2.750),而DRB1*0301、*0901、*13和*1502等位基因频率显著低于对照组(分别为0.4%vs4.6%,OR=0.093,95%CI0.012～0.720;7.6%vs13.7%,OR=0.516,95%CI=0.283～0.939;1.3%vs6.7%,OR=0.189,95%CI=0.055～0.648;2.7%vs8.5%,OR=0.298,95%CI=0.120～0.743);病例组与接触对照组间12个位点(密码子9、11、12、13、26、28、30、33、37、70、71、74)氨基酸密码子多态性分布频率差异有显著性。结论HLA-DRB1基因多态性可能是导致三氯乙烯药疹样皮炎个体易感性差异的原因之一。