多浪羊MHC-DRB3基因座的PCR-RFLP多态性分析

主要组织相容性复合体(MHC)是由紧密连锁的高度多态的基因位点所组成的染色体上的一个遗传区域,它在动物机体的免疫系统中发挥着非常重要的作用。应用PCR RFLP技术首次对多浪羊的MHC DRB3的外显子2进行分子遗传多态性检测与分析。结果显示,多浪羊MHC DRB3基因的外显子2在TaqⅠ、PstⅠ和HaeⅢ酶切位点存在多态,其酶切位点分别由2、2和6种共显性等位基因控制。综合3种酶切结果,本实验研究在多浪羊中检测到了DRB3基因的24种等位基因。

发育性内皮基因座-1在人冠状动脉粥样硬化斑块中的表达及其与冠心病的关系

目的 检测发育性内皮基因座-1(DEL-1)在人冠状动脉粥样硬化斑块中的表达,探讨其参与冠心病(CHD)发生发展的相关机制。方法 将58例人冠状动脉标本分为CHD组(25例)和对照组(CON组,33例),以左前降支作为研究对象;通过HE染色检测冠状动脉内膜厚度、纤维帽厚度、管腔狭窄程度评价冠状动脉结构改变;Western blot法检测冠状动脉内DEL-1、白细胞介素-17(IL-17)、糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)、磷酸化糖原合成酶激酶-3β(p-GSK-3β)及CCAAT增强结合蛋白β(C/EBPβ)的表达水平;免疫组织化学染色方法检测DEL-1、GSK-3β、C/EBPβ及IL-17在动脉粥样硬化斑块内的细胞分布及表达水平;Pearson积矩相关系数检验分析DEL-1表达水平与冠状动脉形态结构变化之间的相关性。结果 HE结果显示,与CON组相比,CHD组血管内膜增厚、管腔狭窄程度增大、纤维帽厚度变薄(P<0.05);免疫组织化学染色显示,CHD组中DEL-1主要表达在斑块内泡沫细胞胞质及胞核,而IL-17、GSK-3β及C/EBPβ主要在胞质中表达;Western blot结果显示,与CON组比较,CHD组中DEL-1、IL-17、GSK-3β、p-GSK-3β、C/EBPβ表达水平升高(P<0.05);Pearson积矩相关系数结果显示,DEL-1的蛋白表达水平与血管内膜厚度、管腔狭窄程度呈正相关(r=0.693、0.733,P<0.05),与纤维帽厚度呈负相关(r=-0.432,P<0.05)。结论 DEL-1在人动脉粥样硬化斑块内表达增加,其可能通过GSK-3β/C-EBPβ通路调节斑块内炎症反应,从而参与CHD的发生发展。

AUNX1基因座位内的听神经病家系GRIA3基因突变分析

目的在定位于AUNX1基因座位内的非综合征型听神经病家系中进行GRIA3基因突变检测,分析基因与该家系表型的关系。方法AUNX1家系共有43人,其中听神经病患者7人,听力正常36人。GRIA3基因共有16个外显子,针对GRIA3基因的全部编码序列(第2～16外显子)设计15对引物,进行PCR扩增,对扩增产物进行2%的琼脂糖凝胶电泳,检测其纯度、浓度,应用PCR产物直接测序法进行基因突变检测;使用DNAStar软件进行测序序列的对比分析,检测基因突变。结果在GRIA3基因第9外显子上检测到一个同义突变1200T>C(N400N),家系43人中5人检测了此位点,其中1人(听力正常男性)出现了这种变化。在距离第6个外显子前的第16个核苷酸的内含子(DNA第210 646位)中检测到T>C纯合和T/C杂合两种改变,家系43人中14人(均为听力正常)发生T>C纯合突变,10人(均为听力正常)发生T/C杂合突变。结论在AUNX1家系成员中检测到两个位点的三种碱基改变(1200T>C,210646T>C纯合或210646T/C杂合),没有引起氨基酸的改变,考虑GRIA3基因可能不是AUNX1听神经病家系的致病基因,需进一步研究探索。

多浪羊MHC-DRB3基因第二外显子序列分析

主要组织相容性复合体(Major Histocompitibility Complex,MHC)广泛存在于脊椎动物中,由于高度多态性在遗传育种和抗病性方面成为人们关注的热点。本实验用直接测序技术(DR)对23 只多浪羊DRB3 基因进行核酸序列分析。并用DNAMAN 分析序列共检测出46 个突变位点。结果表明,MHC-DRB3 基因在多浪羊中具有较高的多态性。

D3S1358、vWA和FGA基因座在河南回族群体中的遗传多态性分析

目的 :了解D3S13 5 8、vWA和FGA基因座多态性在河南回族群体中的分布特点及其应用价值。方法 :使用荧光自动检测技术。结果 :D3S13 5 8基因座检出 7个等位基因 (n =15 1) ,vWA基因座检出 7个等位基因(n =15 1) ,FGA基因座检出 13个等位基因 (n =14 9) ,三个位点的等位基因频率在群体中的分布符合Hardy Weinberg平衡。结论 :D3S13 5 8、vWA和FGA三个遗传标记的个人识别率高、非父排除能力较强且能稳定遗传 。

MHC-DRB3基因PCR-RFLP反应体系在新疆地方绵羊品种中的优化

为了探讨影响新疆地方绵羊MHC-DRB3基因PCR-RFLP扩增的因素,试验对影响扩增结果的各个因素和反应程序进行了研究,建立了绵羊MHC-DRB3基因PCR-RFLP的最佳反应体系和反应程序。结果表明:抗凝剂,模板的浓度、纯度,Mg2+的浓度,引物的浓度,变性温度,Taq聚合酶,退火温度等因素对扩增结果均会产生影响。

D3S1754、D18S535基因座在中国北方汉族的多态性分析

目的 了解D3S1754、D18S535基因座多态性在中国北方人群中的分布特点及其应用价值。方法 使用PCR、聚丙烯酰胺垂直板电泳及银染的方法。结果D3S1754基因座检出9个等位基因（n=184）,D185535基因座检出8个等位基因（n=201）,两个位点的等位基因频率在群体中的分布符合Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）,它们的杂合率（He）分别为0.706和0.807,个人识别机率（DP）分别是0.859和0.934,非父排除率（EPP）分别为0.464和0.629。结论 D3S1754、D18S535两个遗传标记的个人识别率高、非父排除能力较强且能稳定遗传,具有较高的应用价值。

D3S1358基因座检出三条带分析

法医遗传学；染色体畸变；D3S1358基因座；三条带近年来在法医遗传学方面，已有报道TPOX、CSF1PO、FGA、D7S820、D5S818、D2S11、D16539、vWA和D18S51等基因座出现了三条带模式的等位基因。笔者在工作中遇到D3S1358基因座检出3个等位基因的情况，3个峰信号强度相近，现分析如下。

马可·波罗盘羊和5种家养绵羊MHC-DRB3基因第2外显子遗传多态性分析

【目的】分析马可·波罗盘羊MHC-DRB3基因第2外显子多态性,确定其等位基因数及核苷酸、氨基酸多态位点,以及与家养绵羊的遗传进化关系。【方法】采用PCR-SSCP方法对39只马可·波罗盘羊、159只塔什库尔干羊、72只藏绵羊、76只宁夏滩羊、36只柯尔克孜羊和26只多浪羊MHC-DRB3基因第2外显子的等位基因进行检测,对不同绵羊品种产生的差异等位基因进行克隆及测序,并对等位基因单倍型序列进行分析;利用生物信息学在线软件分析马可·波罗盘羊MHC-DRB3基因第2外显子编码蛋白的理化性质、结构和功能。【结果】试验共获得66个MHC-DRB3等位基因,马可·波罗盘羊、塔什库尔干羊、藏绵羊、宁夏滩羊、柯尔克孜羊和多浪羊的等位基因数分别为23、14、12、12、4和1个。马可·波罗盘羊、塔什库尔干羊、藏绵羊、宁夏滩羊和柯尔克孜羊MHC-DRB3基因第2外显子等位基因序列中的核苷酸多态位点分别为74、76、45、49和25个,表明相较于藏绵羊、宁夏滩羊和柯尔克孜羊,马可·波罗盘羊和塔什库尔干羊的多态性更高。系统发育分析表明,马可·波罗盘羊和塔什库尔干羊MHC-DRB3基因均呈两支分化;马可·波罗盘羊、塔什库尔干羊和藏绵羊MHC-DRB3基因单倍型的相似性较高。马可·波罗盘羊MHC-DRB3基因第2外显子编码产物为不稳定亲水性蛋白,二级结构主要以无规则卷曲和α-螺旋为主,其生物学作用主要在细胞质中体现。【结论】本试验确定了马可·波罗盘羊和5种家养绵羊MHC-DRB3基因第2外显子的等位基因数及核苷酸、氨基酸多态位点,为进一步探究绵羊MHC-DRB3基因的调控机理及进化意义提供材料。

血清CHI3L1、ANRIL联合检测对慢性乙型肝炎的诊断价值

目的探究血清壳多糖酶3样蛋白1(CHI3L1)、细胞周期激酶抑制因子4基因座中反义非编码RNA(ANRIL)联合检测诊断慢性乙型肝炎(CHB)的临床价值。方法前瞻性选取2022年10月至2024年4月西安市第八医院收治的172例CHB患者作为研究组,另选取同期在本院体检的健康者172例作为对照组。检测并比较两组受检者的血清CHI3L1、ANRIL水平和肝功能[总胆红素(TBIL)、谷草转氨酶(AST)、丙氨酸转氨酶(ALT)和白蛋白(ALB)]以及不同肝纤维化程度CHB患者的血清CHI3L1、ANRIL水平、肝功能和肝纤维化指标[层黏连蛋白(LN)、Ⅳ型胶原(Ⅳ-C)、透明质酸(HA)及Ⅲ型前胶原(PC-Ⅲ)];采用Pearson相关性分析CHB患者血清CHI3L1、ANRIL及两者与肝功能、肝纤维化指标的相关性;采用多因素Logistic回归分析CHB的影响因素;绘制受试者工作特征曲线(ROC)曲线分析血清CHI3L1、ANRIL对CHB的诊断价值。结果研究组患者的血清CHI3L1、ANRIL、TBIL、AST、ALT水平分别为(74.56±5.54)ng/m L、2.52±0.50、(42.03±4.52)mol/L、(56.45±4.65)U/L、(59.66±5.77)U/L,明显高于对照组的(46.37±3.42)ng/m L、1.01±0.24、(16.53±3.02)mol/L、(25.05±3.54)U/L、(30.54±4.38)U/L,ALB为(34.77±8.22)g/L,明显低于对照组的(50.42±12.21)g/L,差异均有统计学意义(P<0.05)。S0期、S1~S2期及S3~S4期患者的血清CHI3L1、ANRIL、TBIL、AST、ALT、LN、Ⅳ-C、HA和PC-Ⅲ水平依次升高,ALB依次降低,差异均有统计学意义(P<0.05)。Pearson相关性分析结果显示,血清CHI3L1与ANRIL呈正相关(P<0.05),且两者与TBIL、AST、ALT、LN、Ⅳ-C、HA和PC-Ⅲ均呈正相关(P<0.05),但与ALB均呈负相关(P<0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,CHI3L1、ANRIL、TBIL、AST、ALT、LN、Ⅳ-C、HA和PC-Ⅲ均是影响CHB的危险因素(P<0.05),ALB为保护因素(P<0.05)。ROC曲线分析结果显示,血清CHI3L1、ANRIL检测诊断CHB的AUC分别为0.830、0.779,两者联合检测诊断CHB的AUC为0.897,两者联合优于各自单独诊断(P<0.05)。结论CHB患者的血清CHI3L1、ANRIL水平显著升高,两者与肝功能以及肝纤维化指标有关,两者联合检测可提高对CHB的诊断价值。

中国荷斯坦牛BoLA-DRB3基因的mRNA表达研究

为揭示牛MHC-DRB3上游调控区多态对其表达调控作用,利用PCR-SSCP和DNA序列测定技术分析并建立BoLA-DRB3*exon2和BoLA-DRB3 URR之间的连锁关系。结合不同近端调控区与转录因子结合模式预测结果,选择3种不同上游调控序列的连锁组合,应用实时定量RT-PCR技术对牛MHC-DRB3基因mRNA相对表达量进行了验证分析。结果表明,上游调控区基因型为H17H17的BoLA-DRB3基因mRNA相对表达量显著高于(P<0.01)基因型H1H1及H5H6。初步证明上游调控区中的多态会引起结构基因表达量的变化。

F_(2:3)设计全基因组标记的Bayesian分析

数量性状的遗传率低时,常采用F2:3设计进行遗传分析,但往往忽略异质家系内QTL的混合分布特性。同时,用多QTL模型检测QTL会提高QTL检测的功效。因此,本文在利用F2:3设计异质F2:3家系内QTL混合分布特性基础上,提出F2:3设计全基因组多标记联合分析新方法。该方法充分利用了异质F2:3家系内的QTL混合分布,并采用多QTL遗传模型。Monte Carlo模拟研究表明,新方法能获得精确的QTL效应和位置的估计。此外,还比较了QTL效应抽样的两种策略。研究表明,新策略能显著提高QTL检测的功效。

靶向敲除β-珠蛋白基因座控制区增强子HS2对K562细胞转录组的影响

人类β-地中海贫血的发病机制与β-样珠蛋白基因异常表达息息相关。人类β-样珠蛋白基因以5′-ε-Gγ-Aγ-δ-β-3′的顺序排列于β-珠蛋白基因座,受5′LCR (locus control region)中5个超敏位点(hypersensitive site,HS)5′HS5~5′HS1和3′HS1调控。其中5′HS2是最重要的增强子,能产生增强子RNA(enhancerRNA)并调控ε-globin、γ-globin和β-globin的表达。为了进一步探究K562细胞中增强子5′HS2的功能,本研究首先通过染色质构象捕获技术在人慢性髓原白血病K562细胞中探测到5′HS2介导的染色质相互作用集中在以包含CTCF(CCCTC-bindingfactor)位点的3′HS1和5′HS5为边界的拓扑结构域中,5′HS2在三维空间上与HBE1、HBG2和HBG1启动子区域相互靠近。其次运用CRISPRDNA片段编辑技术在K562细胞系中删除了增强子5′HS2。最后通过RNA-seq和CUT&Tag (cleavage under target&tagmentation)实验分析两个5′HS2删除的单克隆细胞系的转录组和染色质H3K27ac组蛋白修饰,发现91个基因表达显著下调而且其启动子区的H3K27ac修饰程度显著降低。这些基因主要聚类于氧气运输、免疫应答、细胞粘附、抗氧化和维持血栓形成等与红细胞功能相关的生物过程中,表明K562细胞系中增强子5′HS2对红细胞功能相关基因的转录产生了广泛影响。

胃黏膜肠上皮化生的H3K27ac增强子重编程特征及转录调控机制

目的描绘胃黏膜肠上皮化生(intestinal metaplasia,IM)(肠化)组织增强子标志H3K27ac修饰的全基因组分布图谱,探讨增强子调控肠化的作用机制。方法于本院收集41例肠化胃黏膜与21例正常胃黏膜进行H3K27ac染色质靶向切割和标签化(Cleavage Under Targets and Tagmentation,CUT&Tag)测序与RNA测序,比较两种组织的H3K27ac修饰数量、信号强度差异,分析增强子重编程特征;探讨增强子相关转录因子调控肠化基因表达的分子机制。结果相比正常胃黏膜,肠化组织的H3K27ac修饰数量、信号强度均显著增加,其重编程区域主要位于增强子;在肠化组织的高变异增强子基因座中,活性升高的增强子占92.4%,后者可能上调大量肠上皮细胞相关基因表达,改变肠化细胞表型和生物学特性;肠化增强子区域富集了CDX2等14个转录因子的结合基序,它们在肠化组织表达上调,组成转录因子调控网络,可能在增强子激活肠化相关基因表达中发挥重要作用。结论本研究采用表观组、转录组测序及整合分析,发现全基因组增强子重塑是肠化的一个重要表观修饰特征,增强子可能通过招募CDX2等转录因子形成调控网络,协同上调肠化相关基因表达。

水稻抽穗期4个异交相关性状对外源GA_3的敏感性及其QTLs定位

以98个家系组成的Nipponbare/Kasalath//Nipponbare回交重组自交系(BIL)及其亲本为遗传材料,利用复合区间作图方法(CIM)在两个环境下研究了水稻抽穗期4个异交性状对外源GA3处理的敏感性及其QTLs定位。结果表明:两个环境下BIL群体4个异交性状GA3处理值较对照显著增加。最上节间长度反应指数在两个生长环境中共检测到3个QTLs,分别位于第1、3、11染色体上,对GA3敏感的等位基因分别来自Kasalath、Kasalath、Nipponbare,解释表型变异的7.70%～13.77%。柱头外露率反应指数共检测到2个QTLs,分别位于第2和第7染色体上,对GA3敏感的等位基因分别来自Nipponbare和Kasalath,解释表型变异的14.17%和20.58%。小花开花历时反应指数在两个生长环境中检测到1个QTL,位于第11染色体上,对GA3敏感的等位基因来自Kasalath,解释表型变异的10.76%。开颖角度反应指数共检测到2个QTLs,分别位于第1和第7染色体上,对GA3敏感的等位基因分别来自Nipponbare和Kasalath,解释表型变异的9.42%和14.17%。与Nipponbare相比,Kasalath含有较多的增强GA3敏感性的等位基因。

水稻幼苗性状对GA_3处理的敏感性及其QTL分析

以98个家系组成的Nipponbare/Kasalath//Nipponbare回交重组自交系及其亲本为遗传材料,利用不同方式GA3处理幼苗以及复合区间作图法,研究了苗高和叶鞘长度对外源GA3处理的敏感性及控制GA3反应指数的数量性状位点（QTL）.结果表明,GA3浸泡处理的幼苗第一叶鞘长度较对照显著增加,苗高和第二叶鞘长度增加效应不显著;GA3喷洒处理对第一叶鞘长度增加不显著,苗高和第二叶鞘长度显著增加.GA3浸泡处理条件下,检测到1个位于第1染色体的控制第一叶鞘长度反应指数的QTL（qIFL-1）,解释性状变异的14%,对GA3敏感的等位基因来自Kasalath.GA3喷洒处理条件下,检测到2个分别位于第3、12染色体的控制第二叶鞘长度反应指数的QTL（qJSL-3和qISL-12）,分别解释5%和20.2%的性状变异,对GA3敏感的等位基因分别来自于Kasalath和Nipponbare.qIFL-1与控制第一叶鞘长度本身的数量性状位点qFSL-1a位于同一染色体区段（C742～R2414）;qISL-12位于控制第二叶鞘长度本身的qSSL-12a与qSSL-12b之间（C732～G193）.

D3S1358、D21S11和FGA复合扩增系统的研究

目的 :研究D3S135 8、D2 1S11和FGA3个STR基因座复合扩增的最佳体系。方法 :设计正交实验优化复合扩增最佳反应条件 ,然后采用聚丙烯酰胺凝胶电泳分离显带技术检测扩增片段。结果 :获得复合扩增条件各反应因素较为满意的参数。

LncRNA ANRIL对缺氧/复氧诱导的H9c2心肌细胞焦亡及NLRP3炎性体通路的影响

目的探讨长链非编码RNA(LncRNA)的INK4基因座中反义非编码RNA(ANRIL)对缺氧/复氧(A/R)诱导的H9c2心肌细胞焦亡及核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3(NLRP3)炎性体通路的影响。方法qRT-PCR检测LncRNA ANRIL在A/R诱导的H9c2细胞中的表达;通过慢病毒转染构建抑制LncRNA ANRIL的H9c2心肌细胞系,分组为:空白组、si-NC组、si-ANRIL组,转染24 h后,利用荧光显微镜观察荧光变化;qRT-PCR检测LncRNA ANRIL表达以验证转染结果;将慢病毒转染成功的H9c2心肌细胞进行缺氧24 h复氧6 h处理,并分组为,正常对照组(Ctrl组,细胞正常培养,未经任何处理)、A/R组、si-NC+A/R组、si-ANRIL+A/R组,免疫荧光法检测各组细胞中caspase-1蛋白表达;ELISA法检测各组细胞上清液中IL-1β和IL-18的含量;Western blot检测各组细胞中NLRP3、凋亡相关斑点样蛋白(ASC)的表达。结果 LncRNA ANRIL在A/R诱导的H9c2细胞中的表达水平显著高于正常细胞;荧光显微镜可观察到转染慢病毒的H9c2细胞呈现出绿色荧光,且si-ANRIL组H9c2细胞中ANRIL表达水平显著低于空白组和si-NC组(P<0.05),成功构建抑制ANRIL的H9c2心肌细胞系;与Ctrl组比较,A/R组H9c2细胞中IL-1β和IL-18含量、caspase-1、NLRP3、ASC蛋白表达水平显著升高(P<0.05);与A/R组和si-NC+A/R组比较,siANRIL+A/R组H9c2细胞中IL-1β和IL-18含量、caspase-1、NLRP3、ASC蛋白表达水平显著降低(P<0.05)。结论沉默LncRNA ANRIL可能通过抑制NLRP3炎性体通路来改善A/R诱导的H9C2心肌细胞焦亡。

鲍特菌属3型分泌系统的调控

在鲍特菌属中，百日咳鲍特菌（B．pertussis，Bpe）、副百日咳鲍特菌（B．papapcrtussis，Bpa）和支气管败血鲍特菌（B．bronchiseptica，Bbr）都包含1个高度保守的3型分泌系统。目前只有Bbr的3型分泌系统被详细研究，其3型分泌系统，受BvgAS双成分调控系统调节，由22个基因组成，都属于bsc基因座，包括BopD、Bsp22、BopB和BscN等。在bsc基因座附近新发现了5个保守的开放阅读框架（ORF）——btrS、btrX、btrV、btrW和btrU，这为研究鲍特菌属3型分泌系统提供了新的途径。