长链非编码RNA MIR4713HG调节结直肠癌进展及预后的生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法,分析长链非编码RNA(long no-codding RNA,lncRNA)MIR4713HG对结直肠癌(colorectal cancer,CRC)进展及预后的作用,并进一步预测可能的分子机制。方法:从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载CRC基因表达数据及临床数据,应用Perl及R软件对数据进行整理后筛选出差异表达的基因;进一步对差异基因行生存、独立预后及临床病理相关性分析,选取相关性最强的差异基因作为目的基因;分析目的基因的表达与CRC不同临床病理特征的相关性及对患者预后的影响;利用R软件对不同的临床病理特征行独立预后分析;最后,对目的基因行基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA),并利用R软件分析目的基因与潜在靶基因的相关性,预测目的基因调控CRC进展及预后可能的机制。结果:通过对基因表达数据进行分析获得7866个差异表达基因;对差异基因行生存、独立预后及临床病理特征相关性分析发现,MIR4713HG与CRC的生存预后及临床病理特征均显著相关。选取MIR4713HG作为目的基因,通过TCGA数据库发现MIR4713HG在CRC组织中显著高表达(P<0.001);MIR4713HG与CRC的分级、TNM分期具有相关性(P<0.05),而与患者的年龄无相关性(P=0.999);独立预后分析提示患者预后与MIR4713HG、年龄、肿瘤分级、TNM分期相关(P<0.05),MIR4713HG及年龄可作为评价患者预后的独立风险因子。GSEA显示,MIR4713HG在P53信号通路中被富集;MIR4713HG与潜在靶基因的相关性分析显示,MIR4713HG与BAK1、FAS具有相关性(|r|>0.25,P<0.001)。结论:lncRNA MIR4713HG可作为评价CRC进展及预后的靶标,其可能通过P53/BAK1/FAS信号通路发挥作用。