广州地区耐多药结核分枝杆菌MIRU-VNTR位点与耐药性变迁的关联研究

目的探讨广州地区耐多药结核分枝杆菌散在重复单元-数目可变串联重复序列(ycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat,MIRU-VNTR)与耐药性变迁的关系。方法对2011至2015年广州市胸科医院收治的36例耐多药结核病患者在治疗期间的多次分离培养株105株(2~8株不等)进行MIRU-VNTR分型,分析在治疗期间异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、阿米卡星、左氧氟沙星和莫西沙星等耐药性有变化者与16个MIRU-VNTR位点多态性之间的相关性。耐药表型和VNTR位点之间的相关性使用χ^(2)检验。结果61.1%(22/36)的患者(69株)发生了耐药性变迁,其中异烟肼耐药表型变迁结核菌4株(5.8%),乙胺丁醇耐药表型变迁结核菌18株(26.1%),链霉素耐药表型变迁结核菌8株(11.6%),阿米卡星耐药表型变迁结核菌8株(11.6%),左氧氟沙星耐药表型变迁结核菌21株(30.4%),莫西沙星耐药表型变迁结核菌25株(36.2%)。耐药表型变迁百分率顺序:莫西沙星>左氧氟沙星>乙胺丁醇>链霉素/阿米卡星>异烟肼,6种耐药表型均存在菌株由敏感变为耐药或耐药变为敏感的情况。耐多药结核分枝杆菌的耐药变迁表型与VNTR位点的整体关联差异无统计学意义(P>0.05),耐药变迁表型无变化与具有4种耐药变迁表型变化的VNTR位点关联差异有统计学意义(P<0.05)。乙胺丁醇耐药表型-VNTR4348、链霉素耐药表型-VNTR0595、莫西沙星耐药表型-VNTR1907和莫西沙星耐药表型-VNTR1895差异均有统计学意义(均P<0.05)。结论耐多药结核病患者病原菌耐药性变迁与MIRU-VNTR多态性存在关联,具体机制尚待进一步研究。

河南省结核分枝杆菌MIRU-VNTR和间隔区寡核苷酸分型分析

目的:调查河南省结核分枝杆菌分子流行病学的结构特征。方法:共纳入河南地区668株结核分枝杆菌,进行间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和26位点分枝杆菌散在重复单元-数目可变串联重复序列(MIRU-VNTR)分型分析,评估不同MIRU-VNTR位点组合的分辨效能。结果与结论:北京家族基因型菌株有558(83. 53)株,是河南省最流行的结核分枝杆菌,其中典型北京家族基因型(SIT1)是最具优势的基因型(512株,88. 89%)。26位点MIRU-VNTR可将668株菌分成567种基因型,其中含有38个基因簇和529种独立的基因型。累积Hunter-Gaston分辨力指数表明10个分辨力最强VNTR位点组合的分辨效力接近26位点组合。

新疆牛分枝杆菌MIRU-VNTR基因分型的初步研究

为了解牛分枝杆菌的基因型特点,初步建立适合新疆地区的MIRU-VNTR基因分型方法,本研究利用24个MIRU-VNTR位点,对30株牛分枝杆菌新疆分离株进行基因分型研究。结果显示,在24个MIRU-VNTR位点中,有9个位点(ETR-A、B、D、E;MIRU24;QUB11a、11b、1895、26)具有多态性,可将30株菌分为7个基因型,分型指数为0.611。而国际通用的5个ETRs位点(ETR-A～E)可将该30株菌分为4个基因型,分型指数为0.712。多态性位点中多态性指数较高的5个位点(ETR-B、ETR-D、MIRU24、QUB11a、QUB26)具有与9个位点相似的分型能力,分型指数为0.715。研究表明,新疆地区与其他地区或国家的牛分枝杆菌在基因分型方面存在差异。5个多态性较高的位点均具有良好的分型能力,表明MIRU-VNTR基因分型方法可以作为新疆地区牛分枝杆菌分子流行病学研究的辅助方法。

牛分枝杆菌Spoligotyping和VNTR-MIRU的基因分型研究

为了探讨间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和数目可变串联重复序列-结核分枝杆菌散在分布重复单元(VNTR-MIRU)基因分型法用于国内牛分枝杆菌的基因分型研究,初步了解我国牛分枝杆菌基因型种类、分布以及2种方法在我国应用的可行性。本研究收集东北、西北、华北、华南4个地区分离的10株牛分枝杆菌分离株,分别采用Spoligotyping和VNTR-MIRU对这些分离株进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价其在牛分枝杆菌基因分型中的应用。结果表明,使用Spoligotyping方法,10株牛分枝杆菌呈现出4种基因型,使用VNTR-MIRU方法,10株分离株也呈现4种基因型;当两种方法联合使用时,可以分为5种基因型,其中的2个菌株具有独特的基因型,显示来自不同地区的牛分枝杆菌存在主要的流行型为BCG家族。将Spoligotyping和VNTR-MIRU联合使用,可有效提高牛结核病的分子流行病学调查和病原学的监测效果。

211例中国南方地区结核分枝杆菌48-locus MIRU-VNTR基因分型分析

目的探讨适合于中国南方地区结核分枝杆菌基因分型的MIRU-VNTR基因分型技术。方法复苏培养211例结核分枝杆菌,提取DNA后PCR扩增48个VNTR位点进行48-locus MIRU-VNTR基因分型分析,计算Hunter Gaston Discriminatory Index(HGDI)并以其大于0.6为标准确定适于中国南方地区结核分枝杆菌基因分型分析的位点组合。结果48个位点中30个位点能够得到稳定扩增,HGDI值介于0.09和0.87之间。其中VNTR3192、VNTR2996、VNTR2461、VNTR4052、VNTR4155、VNTR1895、VNTR1955、VNTR0960、VNTR4348、VNTR0595、VNTR1305、VNTR0154、VNTR2687、VNTR2401、VNTR2347、VNTR1907等16个VNTR位点HGDI值均高于0.6,属于高分辨力位点,16位点组合总HGDI大于0.98。结论中国南方地区进行结核分枝杆菌MIRU-VNTR基因分型相关研究时,应至少将上述16个位点纳入分型分析之中。

西藏藏族结核分枝杆菌临床分离株的MIRU-VNTR基因多态性分析与评价

目的了解西藏地区藏族人群中结核分枝杆菌24位点MIRU-VNTR的基因多态性及其评价。方法应用欧盟推荐的24位点MIRU-VNTR分型方法,将本次分型结果与MIRU-VNTRplus数据库进行比对,并应用BioNumerics5.0软件进行聚类分析。结果 577株结核分枝杆菌分为347种基因型,其中299株分为69个基因簇,另278株表现为独特的基因型。MIRU31、Qub11b2、Qub26、Qub4156c、Mtub21、MIRU20和MIRU26七个位点对西藏地区藏族人群中结核分枝杆菌临床分离株的分辨力较高,另17个位点的分辨力较低,其中MIRU24位点分辨率为0。结论西藏地区藏族人群中结核分枝杆菌MIRU-VNTR分型具有良好的多态性,且该地区以现代型结核分枝杆菌为流行优势菌。

华东部分农村地区结核分枝杆菌的VNTR-MIRU分子特征

目的评价VNTR-MIRU分型方法在结核病流行病学中的应用,并描述华东部分农村地区结核分枝杆菌的基因型分布及成簇特征。方法对浙江省宁波市鄞州区及江苏省盐城市阜宁县从2009年6月1日至2010年11月31日登记的结核病患者的结核分离菌株采用VNTR-MIRU方法进行分型,通过Hunter-Gaston指数(HGI)及遗传差异值(h)对MIRU位点进行分辨力及遗传差异性评价,同时进行问卷调查以收集患者的社会人口学及临床治疗信息。结果在297株结核杆菌分离株中发现了281种基因型,近期传播比例为5.4%,MIRU位点组合的分辨力(HGI)为0.9995,7个位点的分辨力大小依次为:VNTR3820>Qub18>Qub11a>MIRU26>Qub11b>Mtub21>Qub26,位点的h大小排序与分辨力的大小排序相同,遗传差异性最大的位点为VNTR3820(h=0.8794),最小的为Qub26(h=0.6613)。比较两个研究地区的结核枝杆菌成簇特征,阜宁县菌株成簇率为19%,而鄞州区无菌株成簇,均呈现"唯一"基因型,这种差异的产生很可能与当地的人口迁徙有关。结论 7位点VNTR-MIRU分型法对结核枝杆菌进行分型简便快速,而且具有较高的分辨力,适合于结核的大规模快速检测。我国华东农村地区结核的流行以既往感染复燃为主,并存在一定比例的近期传播。

吉林省鹿源牛分枝杆菌MIRU分型研究

为了解鹿源牛分枝杆菌(M.bovis)基因多态性,初步建立适合吉林省鹿源M.bovis的基因分型方法,本研究利用12个分枝杆菌散在重复单位(MIRU)位点,对96株鹿源M.bovis吉林分离株进行MIRU基因分型研究。结果显示,12个位点中有8个位点(MIRU2、4、16、23、27、31、39及40)具有多态性,可以将96株菌株分为11个基因型,分辨力指数(H)为0.893,其中6个中度多态性位点的分辨力为0.877。其余4个位点(MIRU10、20、24及26)未显示多态性。研究结果表明,鹿源M.bovis与其他宿主来源的M.bovis在基因分型上存在差异。MIRU位点对鹿源M.bovis具有良好的分辨力,该分型方法可以作为鹿结核病分子流行病学研究的有效方法。

郴州市结核分枝杆菌MIRU-VNTR分型研究

目的调查郴州市结核病患者感染的结核分枝杆菌的分子分型特征及流行情况。方法收集来自郴州市第二人民医院分离培养的结核分枝杆菌188株,采用结核分枝杆菌RD105基因位点对北京基因型进行鉴定,同时对菌株进行药敏试验,并选取MIRU-VNTR中的15位点对结核分枝杆菌进行分型鉴定,通过聚合酶链式反应及琼脂糖凝胶电泳对全部基因型数字化结果进行聚类分析。结果188株结核分枝杆菌中北京基因型占79.8%,药敏结果显示耐药株39株(20.74%)。188株结核分枝杆菌可分为3个基因群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ群),180个基因型,其中Ⅰ群含有144个基因型(80.0%),Ⅱ群含有33个基因型(18.3%),Ⅲ群含有3个基因型(1.7%)。在选定的15个分型位点中分辨力最高的是Mtub21,分辨指数为0.803;其次是MIRU26,分辨指数为0.781;分辨指数最低的是ETRC,分辨指数为0.042。结论郴州市分离的188株结核分枝杆菌具有基因多态性,主要的流行群为Ⅰ群,Mtub21位点、MIRU26位点呈高多态性;郴州市结核病的流行主要是由内源性复燃引起,需重点针对内源性复燃制定结核病的防控策略。

MIRU技术在石河子地区部分结核杆菌基因分型聚类分析中的初步应用

目的采用结核杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interspersed repetitive units,MIRU)分型技术,对石河子地区结核杆菌临床分离株进行基因分型及聚类分析,初步筛选可用于石河子地区结核杆菌临床分离株基因分型的MIRU位点。方法以本实验室保存的结核杆菌临床分离株基因组DNA为模板,采用PCR技术与核酸凝胶电泳技术,分别对7个MIRU位点进行检测,计算分辨指数,应用ntsys2.10e软件对菌株基因型进行聚类分析。结果石河子市33株临床分离株有22种基因型,均与结核杆菌标准株(H37Rv)不同;在石河子地区结核杆菌临床分离株的7个MIRU位点中,分辨率高的位点有1个(MIRU26);中等有2个(MIRU10,MIRU16);低的有3个(MIRU23,MIRU39,MIRU40);有一个位点分辨率为0(MIRU27);石河子地区分离株总HGI指数为:0.966。结论本实验选取的7个MIRU位点中有3个(MIRU26,MIRU10和MIRU16)可用于石河子地区结核杆菌临床分离株初步基因分型。

MIRU-VNTR技术对源于河南的北京基因型结核分枝杆菌分型研究

目的:研究MIRU-VNTR技术对结核分枝杆菌北京基因型家族的分辨能力。方法:用检测RD105区缺失的多重PCR(DTM-PCR)方法对河南省源的结核分枝杆菌进行北京基因型鉴定,鉴定后的菌株检测基因分型方法VNTR-7和VNTR-16位点的分辨能力。结果:DTM-PCR获得98株结核分枝杆菌北京基因型家族菌株,VNTR-16和VNTR-7分辨率指数(Hunter-Gaston指数,HGI)为0.9983、0.9953,菌株的成簇率分别为3.1%、11.2%。结论:VNTR-16和VN-TR-7位点基因分型方法用于北京基因型家族的分析有较高的分辨能力,操作简便,适于结核病控制工作中北京基因型家族菌株占优势地区的分子流行病学研究。

河南省结核菌分离株26位点MIRU-VNTR和Spoligotyping分子分型及耐药分析

目的探讨河南省结核杆菌的遗传多样性。方法使用26位点(经典24位点和其他2位点)的分支杆菌散在重复单元中数目可变串联重复序列(mycobacterium interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat,MIRU-VNTR)和间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)对来自2015年期间河南省不同地区的668株结核杆菌分离株进行分型分析。对结核菌spoligotype类型和耐药表型的相关性进行分析。结果 Spoligotyping分析表明668株结核杆菌被分到10个不同的基因簇中。北京家族基因型是河南地区结核杆菌中的优势菌株。北京家族基因型菌株对四种一线药全耐药以及耐多药菌株比例明显高于非北京型菌株。668株结核杆菌通过26位点VNTR被分为567个不同的基因型。26个位点中15个位点具有高度或适中的分辨能力。10个分辨能力最强位点的组合分辨力能与26位点相当。结论北京家族是河南省最流行的结核杆菌基因型。10位点VNTR和spoligotyping相结合可有效地用于河南省结核杆菌进化遗传学研究。

MIRU技术在结核杆菌基因分型中的应用

目的建立结核分枝杆菌散在分布重复单位(MIRU)基因分型法,应用于突发疫情结核病原的分型检测。方法采用简单数字表法随机抽取宁波市江北区2009-2011年保存的结核菌株,对其进行MIRU分型,同时对2011年一起学校结核突发疫情的病原进行分型检测,比较成簇性,分析传播的危险性。结果 29株江北区2009-2011年菌株MIRU分型结果分为22种不同的MIRU基因型,成簇性低;而一起学校结核突发疫情6份样本MIRU基因型分型结果为同一种MIRU基因型,成簇性高,传播危险性大。12个MIRU位点的多态性分析表明各位点有较大区别(h值为0.67～0.87之间)。结论 MIRU分型方法简单快速,其数字化结果清晰可靠,是一种有效的结核分枝杆菌基因型分型方法。应用于突发疫情病原分析,能有效控制疫情蔓延。

四川省结核分枝杆菌基因分型中MIRU-VNTR位点稳定性评价及保守位点分析

本文收集了四川省2009-2013年184株结核分枝杆菌菌株,用标准12 MIRUVNTR位点组对四川省结核分枝杆菌菌株进行基因分型研究,评估四川地区一线VNTR分型位点的稳定性,确定四川地区保守位点组合及主要MIT型.184株结核分枝杆菌基因分型后得到51个基因型,12个基因型成簇.本研究确定当前四川地区12高分辨力位点VNTR分型方法中的7个MIRU位点依然具有较高的分辩能力（h〉0.55）.MIRU02,MIRU20,MIRU23,MIRU24为多态性最低的4个位点（0≤h〈0.4）,保守位点组的主要MIT型为“2251”.四川省结核分枝杆菌VNTR位点的多态性保持稳定,目前采用的12高分辨力VNTR位点依然稳定可靠.

大理地区结核分枝杆菌MIRU-VNTR位点的多态性分析

目的了解大理地区结核分枝杆菌基因组中的数目可变串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)即MIRU(mycobacterium interspersed repetitive unit)基因多态性,探讨MIRU-VNTR位点多态性的应用价值。方法采用PCR和琼脂糖凝胶电泳检测大理地区临床分离的60株结核分枝杆菌7个VNTR位点,采用MIRU-VNTR技术进行分型,利用Hunter-Gaston指数(HGI)对各MIRU进行分辨力评价,并应用Quantity one软件和BioNumerics6.6软件进行数字化和聚类分析。结果 60株结核分枝杆菌分为5个基因群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ群)52个基因型。Ⅰ群占56.77%,含有29个基因型;Ⅱ群占25.00%,含有13个基因型;Ⅲ群占8.33%,含有5个基因型;Ⅳ群占6.67%,含有3个基因型;Ⅴ群占3.33%,含有2个基因型。7位点组合总分辨力为0.900,最高ETR-E位点0.735,最低ETR-C位点0.455。结论大理地区分离株结核分枝杆菌存在基因多态性,7位点MIRU-VNTR分型简便快速,分辨力高,适合用于大理地区结核分枝杆菌的基因分型检测。

杭州地区结核分枝杆菌氧氟沙星耐药株的MIRU-VNTR基因分型研究

目的探讨MIRU-VNTR技术在杭州地区结核分枝杆菌氧氟沙星耐药株基因分型中的应用。方法收集杭州市2010年4月—2012年6月各结核病定点医院分离培养的临床菌株,进行药物敏感性检测。分别采用RD105缺失基因检测法和MIRU-VNTR技术对氧氟沙星耐药株进行菌株鉴定和基因分型。结果筛选出的52株氧氟沙星耐药株中,43株(82.69%)为北京家族菌株。经12个MIRU-VNTR位点组合分析,52株氧氟沙星耐药株呈52种MIRU-VNTR基因型,总Hunter-Gaston指数(HGI)为0.999。除MIRU40和ETR-F外,其他10个MIRU-VNTR位点对北京家族菌株和非北京家族菌株均显示较高或中等程度的分辨率。结论筛选到的10个MIRU-VNTR位点具有较高分辨率,适用于杭州地区结核分枝杆菌氧氟沙星耐药株分型。

MIRU-VNTR在耐多药结核病分子流行病学中的应用进展

耐多药结核病仍然是全球重要的公共卫生问题之一。多位点数目可变串联重复序列分析(mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat typing,MIRU-VNTR)方法是一种简单快速的结核分枝杆菌基因分型方法,与其他分型方法结合,表现了与金标准RFLP相似的分辨力,已逐渐成为耐多药结核病分子流行病学研究中的重要工具。MIRU-VNTR主要应用于以下方面:(1)探索耐多药结核病传播机制;(2)接触者调查和爆发同源性调查;(3)区分再感染与复燃;(4)揭示结核杆菌菌种多样性和群体遗传关系;(5)与GPS结合,描述各地结核病传播风险"热点"地图;(6)预测结核分支杆菌耐药性。

以居住地域为基础的广州地区结核病传播链分子流行病学初探

目的探讨MIRU-VNTR基因分型技术用于分析广州地区结核病传播关系的可行性。方法以结核患者居住地所属乡镇村组或社区街道相同为前提,假定居住所属地相同结核患者间存在传播关系,拟定广州地区结核病传播链。培养结核分枝杆菌临床分离株并提取DNA,通过PCR扩增进行29位点MIRU-VNTR基因分型分析,并计算HGDI分辨力指数。以基因型成簇与否评价传播链内结核患者间传播关系的有无。结果拟定了178条广州地区结核病传播链,复苏得到456株结核分枝杆菌临床分离株,提取获得其基因组DNA并扩增了29个VNTR位点,其组合HGDI分辨力指数为0.986。基因成簇性分析显示,有2条传播链内患者结核分枝杆菌临床分离株基因成簇,成簇率为1.10%。基因成簇性的2条传播链患者分别居住于同街道,发病时间间隔在2年以内,分别为9和14个月。结论29位点MIRU-VNTR基因分型技术可用于广州地区结核分枝杆菌基因型分析,能否用于结核病传播关系需要进一步深入研究。

分枝杆菌散在重复单位对结核分枝杆菌分型的研究

目的评价分枝杆菌散在重复单位(MIRU)分型方法在结核病流行病学上的应用,探讨该方法的应用前景。方法采用MIRU分型对158株结核分枝杆菌进行基因分型,这些菌株均已进行IS6110-RFLP分型。结果MIRU分型结果产生只需1d。158株结核分枝杆菌共产生105个类型,其中65个为独特类型。在MIRU的12个区中,重复区4、10、26、40具有较高的多态性。用Hunter-Gaston Index(HGI)对2种方法进行评价,IS6110-RFLP的分辨指数为99.4%,MIRU技术的分辨指数为97.8%。当IS6110拷贝数小于等于10个时,IS6110-RFLP的分辨指数为98%,MI-RU的分辨指数达到98.2%。结论MIRU分型方法具有快速、简便、分辨力较高的特点,便于普及,可在结核病分子流行病学研究中发挥重要作用。