手足口病病例中1株新型星状病毒MLB1的分子生物学鉴定

目的对2020年云南省文山州手足口病病例中一株新型星状病毒MLB1型(astrovirus-MLB1,AstV-MLB1)进行分子生物学鉴定。方法从2020年文山州手足口病实验监测系统采集3岁患儿粪便标本(编号296号),先用MD91/OL68-1引物检测手足口病病原,再用SF0080/SF0094、SF0073/SF0076和SF0061/SF0053引物分别扩增星状病毒开放阅读框(open reading frame,ORF),ORF1a、ORF1b和ORF2片段并进行基因测序,用Sequencher 4.0软件对序列进行编辑后,与GenBank数据库中的序列进行对比,构建进化树,对病毒进行鉴定。结果基因测序和进化分析表明,296号病例标本在肠道病毒VP4/VP2结合区最接近分离自2020年云南省曲靖市手足口病病例中一株柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CVA6)(55/QJ/YN/CHN/2020),它们之间的核苷酸相似性为98.80%,氨基酸同源性为98.40%;与CVA6原型株Gdula(AF081297)的核苷酸相似性为81.91%,氨基酸同源性为94.40%,证明296号病例标本为CVA6病毒。在星状病毒开放读码框ORF1a、ORF1b和ORF2三个片段,标本296号病例与新型AstV-MLB1香港株HK05(基因库ID:HM450380)最接近,核苷酸相似性分别为98.10%、94.30%和97.00%,氨基酸同源性分别为99.50%、97.70%和98.50%。与新型AstV-MLB1原型株(FJ222451)的核苷酸相似性分别为95.70%、94.50%和95.70%,氨基酸同源性分别为98.50%、96.20%和99.50%,证明296号病例标本为新型AstV-MLB1。结论从手足口病病例中检测到由肠道病毒CVA6与AstV-MLB1混合感染的病例。AstV-MLB1在全球广泛存在,有必要在腹泻病毒监测项目中加强对AstV-MLB1的监测和研究。

一株MLB1型星状病毒全基因组序列分析

了解我国MLB1型星状病毒基因组特征,为星状病毒腹泻的防控提供基础数据。使用星状病毒通用引物筛查北京市丰台区2017年72份儿童腹泻监测病例标本;扩增MLB星状病毒全基因组序列,采用在线比对、进化、重组等生物学信息学方法分析MLB1的全基因组序列。从72份标本中检出2份1型星状病毒(2.78%)和1份MLB1型星状病毒(MLB1-FT)(1.39%)。MLB1-FT与GenBank已报道的MLB1型星状病毒全基因组相似性为92.51%~98.28%;MLB1-FT的三个ORF区,仅5个位点氨基酸与其他株均不相同。依据其ORF2部分序列的进化分析,MLB1可分为A和B两个组,其中A组可分为a和b亚组,MLB1-FT为A组中的b亚组。未发现MLB1-FT具有重组现象。MLB1-FT具有星状病毒特征性的保守基序,部分保守基序与其他型别星状病毒不一样,为MLB1星状病毒特有。MLB1-FT具备新型星状病毒MLB的典型特征。我国新型星状病毒监测力度较弱,应加强监测。