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生鲜蔬菜来源的蜡样芽胞杆菌毒力基因分布与MLST分析
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作者 瞿洋 杨正阳 +2 位作者 周昌艳 林婷 索玉娟 《上海农业学报》 2024年第3期79-85,共7页
为了解生鲜蔬菜来源蜡样芽胞杆菌的分子流行病学特征,采用PCR技术对来自5种生鲜蔬菜的37株蜡样芽胞杆菌分离株进行了毒力基因(nheA、nheB、nheC、hblA、hblC、hblD、entFM、cytK、ces)检测和多位点序列分型(MLST)分析。结果表明:37株分... 为了解生鲜蔬菜来源蜡样芽胞杆菌的分子流行病学特征,采用PCR技术对来自5种生鲜蔬菜的37株蜡样芽胞杆菌分离株进行了毒力基因(nheA、nheB、nheC、hblA、hblC、hblD、entFM、cytK、ces)检测和多位点序列分型(MLST)分析。结果表明:37株分离株除呕吐毒素基因ces未检出外,其他8个毒力基因均有检出,其中溶血性肠毒素基因nheB的检出率最高,为94.6%,其次为溶血素基因hblC、hblD、hblA和肠毒素基因entFM,检出率均超过80%,溶血性肠毒素基因nheA和nheC检出率较低,分别为78.4%和64.9%;细胞毒素基因cytK的检出率最低,为29.7%。根据毒力基因携带模式,将37株分离菌株分成14个型别,II型携带率最高,携带Hbl和Nhe两种基因的型别有I型、II型和IV型。MLST分析则发现,37株分离菌株可分为30个ST型和5个CC群。ST4和ST378为主要ST型;CC142分布最广泛,不仅包含的ST型最多,而且携带5种毒力型别。以上结果表明,上海市蔬菜中蜡样芽胞杆菌具有潜在肠毒性危害并在遗传上呈现出多样性。该结果对蔬菜中蜡样芽胞杆菌引起食物的监控、预警和爆发后感染源追踪具有指导意义。 展开更多
关键词 蜡样芽胞杆菌 蔬菜 毒力基因 mlst
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MLMT与MLST在新生隐球菌基因分型中的应用研究
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作者 朱键 曹佳非 +2 位作者 康颖倩 三上襄 Wieland Meyer 《贵州医科大学学报》 CAS 2024年第1期84-89,共6页
目的 探讨多位点微卫星灶分型(MLMT)和多位点序列分型(MLST)在新生隐球菌(C.neoformans)基因分型中的应用。方法 提取22株来源于国内及日本已明确为新生隐球菌的菌株DNA,经MLMT及MLST相应位点的引物进行扩增、测序;计算各微卫星灶(CNG1... 目的 探讨多位点微卫星灶分型(MLMT)和多位点序列分型(MLST)在新生隐球菌(C.neoformans)基因分型中的应用。方法 提取22株来源于国内及日本已明确为新生隐球菌的菌株DNA,经MLMT及MLST相应位点的引物进行扩增、测序;计算各微卫星灶(CNG1、CNG2及CNG3)序列中简单重复序列的重复数,确定菌株MLMT的基因型;将本研究菌株的MLST中各位点序列和网上数据库相应序列进行对比,获取该菌株的MLST基因型;比较两种方法在分型中分辨能力。结果 在22株菌中,有16株的基因型为MLMT17/MLST5(16/22,72.73%),MLMT将所有菌株分为7型,而MLST分为4型;根据MLST分型,MLMT17、16、34及39的菌株为MLST5;MLMT2、14、29相对应MLST66、32及31;两种方法的分型分辨能力比较,差异无统计学意义(P=0.488)。结论 MLMT-17/MLST 5是我国和日本的新生隐球菌常见基因型,包含CNG1、CNG2及CNG3位点的MLMT可作为MLST的替代或补充。 展开更多
关键词 新生隐球菌 多位点微卫星灶分型 多位点序列分型
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多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用 被引量:13
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作者 刘祥 许彦梅 +6 位作者 王斌 邓建平 肖波 孙松松 周阳 熊衍文 王红 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1033-1036,共4页
目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等... 目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等位基因编号及基因序列型(ST型),并利用MEGA6.0软件Neighbor-joining法构建遗传进化树,与大肠埃希菌、志贺氏菌、艾伯特埃希菌和伤寒沙门氏菌参考菌株进行亲缘性分析。结果 30株菌可分为7种新序列型(16株)和4种已知序列型(14株),N-J分析显示与艾伯特埃希菌参考菌株具有高度亲缘性,而与大肠埃希菌、志贺氏菌、弗格森埃希菌和鼠伤寒沙门氏菌存在较大差异。结论 MLST在管家基因水平上准确地确定艾伯特埃希菌的种属关系,首次在国内发现艾伯特埃希菌的存在。 展开更多
关键词 多位点序列分型技术(mlst) 艾伯特埃希菌 新病原
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社区和医院获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MLST联合SCCmec基因分型及耐药性比较 被引量:13
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作者 纪冰 王凤霞 +6 位作者 赵红梅 孙吉花 王涛 刘永云 李娜 孟玮 张玉梅 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期52-55,共4页
目的了解社区获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(CA-MRSA)和医院获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(HAMRSA)分离株的耐药性及遗传背景。方法对CA-MRSA和HA-MRSA进行多位点序列分型(MLST)检测,应用多重聚合酶链式反应(PCR)技术对CA-MRSA和HA-... 目的了解社区获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(CA-MRSA)和医院获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(HAMRSA)分离株的耐药性及遗传背景。方法对CA-MRSA和HA-MRSA进行多位点序列分型(MLST)检测,应用多重聚合酶链式反应(PCR)技术对CA-MRSA和HA-MRSA进行SCCmec基因分型;采用Walk WAY96PLUS PC33药敏板联合K-B纸片扩散法检测CA-MRSA和HA-MRSA抗菌药物敏感性。结果 63株HA-MRSA共检测出2个基因型,4株CA-MRSA共检测出4个基因型,二者遗传背景完全不同。HA-MRSA对红霉素、克林霉素、四环素、庆大霉素、左氧氟沙星和环丙沙星耐药率显著高于CAMRSA(均P<0.05)。结论滨州医学院附属医院CA-MRSA和HA-MRSA分型及主要流行株存在差异,CA-MSSA药物敏感性明显高于HA-MRSA;MLST联合SCCmec基因分型方法是MRSA分子流行病学分析的有效方法。 展开更多
关键词 社区获得性 医院获得性 金黄色葡萄球菌 多位点序列分型 葡萄球菌mec盒式染色体
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利用MLST技术对浙江省大肠杆菌O157的分子流行病学研究 被引量:7
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作者 叶菊莲 占利 +3 位作者 梅玲玲 罗芸 姚苹苹 姜理平 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期901-904,共4页
目的对浙江省2005-2010年大肠杆菌O157分离株进行分子分型研究,了解菌株间的遗传进化关系,为浙江省大肠杆菌O157监测及爆发疫情的控制提供基础。方法选择Pasteur大肠杆菌多位点序列分型(Multilocus SequenceTyping,MLST)方案,对大肠杆菌... 目的对浙江省2005-2010年大肠杆菌O157分离株进行分子分型研究,了解菌株间的遗传进化关系,为浙江省大肠杆菌O157监测及爆发疫情的控制提供基础。方法选择Pasteur大肠杆菌多位点序列分型(Multilocus SequenceTyping,MLST)方案,对大肠杆菌O157分离株及882364菌株进行MLST分型,确定菌株序列型(Sequence type,ST);采用DNAsp、eBURST、START2等软件进行分析。结果 30株菌中,27株O157∶H7菌株具备相同序列型(ST-284),占90%(27/30),其他3株菌序列型分别为ST-367、ST-125、ST-296。8个管家基因核苷酸多态性(Pi)范围为0.00119(polB)~0.00648(uidA),putP基因多态性位点比例最高(4.6%),trpA基因多态性位点比例最低(0.4%)。进化分析结果显示,这些序列型分别属于Group 1及Group 11群。结论浙江省动物源性大肠杆菌O157∶H7的主要序列型为ST-284,与江苏省病人株882364(ST-296)具有同一个进化祖先,提示应加强浙江省大肠杆菌O157病原学监测。 展开更多
关键词 大肠杆菌O157 多位点序列分型(mlst) 管家基因 分子流行病学
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动物源肺炎克雷伯菌耐药性及MLST分析 被引量:14
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作者 杨帆 魏纪东 +1 位作者 李敏 赵永新 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期776-780,共5页
为了解本地区动物源肺炎克雷伯菌耐药性及分子流行病学特征,本研究收集分离于4种动物的肺炎克雷伯菌67株,采用K-B纸片扩散法和肉汤稀释法测定其对15种常用抗生素的敏感性,并采用多位点序列分型技术(MLST)对所有菌株进行分子遗传学分析... 为了解本地区动物源肺炎克雷伯菌耐药性及分子流行病学特征,本研究收集分离于4种动物的肺炎克雷伯菌67株,采用K-B纸片扩散法和肉汤稀释法测定其对15种常用抗生素的敏感性,并采用多位点序列分型技术(MLST)对所有菌株进行分子遗传学分析;同时利用e BURST软件对多位点序列分型结果进行分析。药敏结果显示,67株动物源肺炎克雷伯菌对15株常用抗生素的耐药率为2.99%-61.19%,多重耐药菌株占40.3%,不同来源的菌株耐药性存在明显差异。MLST分析表明,全部菌株共分成17个ST型,其中鸡源菌株有5个(ST235、ST37、ST2019、ST2021、ST726)、猪源菌株有6个(ST258、ST11、ST270、ST106、ST1863、ST263)、兔源菌株有4个(ST17、ST148、ST60、ST168)、犬源菌株有3个(ST11、ST65、ST74),其中ST11为猪源菌株和犬源菌株共有的类型。结果表明肺炎克雷伯菌在不同动物中的流行表现一定的分子差异,对常用抗生素的耐药呈现多重耐药的趋势。本研究将肺炎克雷伯菌的耐药表型与MLST分子型结合进行调查研究,揭示二者间关系,为进一步开展肺炎克雷伯菌分子流行病学研究、防控耐药菌株的暴发流行提供依据。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 动物 耐药性 多位点序列分型
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新疆食源性单增李斯特菌MLST分型及耐药性分析 被引量:9
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作者 康立超 钱晶 +6 位作者 杜冬冬 王国红 刘玉霞 殷月兰 黄新 张星星 罗瑞峰 《食品安全质量检测学报》 CAS 北大核心 2021年第15期6255-6261,共7页
目的研究新疆食源性单增李斯特菌分型和耐药情况。方法将62株食源性和1株羔羊脑炎分离株进行多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)及耐药性实验。结果 63株单增李斯特菌分为20个ST型, 16个克隆群(clonal complex groups, C... 目的研究新疆食源性单增李斯特菌分型和耐药情况。方法将62株食源性和1株羔羊脑炎分离株进行多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)及耐药性实验。结果 63株单增李斯特菌分为20个ST型, 16个克隆群(clonal complex groups, CC),其中68.25%(43/63)属于谱系Ⅱ,其余属于谱系Ⅰ。优势ST型是ST8、ST9、ST121、ST87和ST378,优势CC群是CC8、CC9、CC1和CC121。对苄青霉素(penicillin, P)、氨苄西林(ampicillin, AM)、苯唑西林(oxacillin, OX1) 3种抗生素耐药率达100%;对庆大霉素(gentamicin, GM)、莫西沙星(moxifloxacin,MXF)、红霉素(erythromycin,E)、奎奴普丁/达福普丁(quinupristin,QDA)、利奈唑胺(linezolid, LNZ)、万古霉素(vancomycin, VA)、替加环素(tigecycline, TGC)、利福平(rifampin, RA)和诱导性克林霉素耐性(induced clindamycin resistance, ICR) 9种抗生素敏感率达100%;对呋喃妥因(furadantin, FT)耐药率61.90%(39/63),其中ST7、ST8、ST101、ST155和ST515对此次的3-4类药物表现出多重耐药性。结论新疆单增李斯特菌分子型别呈多样性,耐药谱变宽,存在较大的食品安全风险。 展开更多
关键词 新疆 单增李斯特菌 多位点序列分型 耐药性
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进出口食品中不同血清型沙门氏菌PFGE和MLST分型比较研究 被引量:24
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作者 刘慧玲 万志刚 +6 位作者 洪小柳 谢丹妮 黄李华 赵芳 薛峰 蒋源 吕敬章 《食品安全质量检测学报》 CAS 2014年第11期3454-3461,共8页
目的通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)两种方法对进出口食品中不同血清型沙门氏菌的分辨力和应用价值进行了比较研究。方法采用PFGE和MLST两种方法对进出口食品中分离得到的鼠伤寒及肠炎两种血清型共30株沙门氏菌进行分... 目的通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)两种方法对进出口食品中不同血清型沙门氏菌的分辨力和应用价值进行了比较研究。方法采用PFGE和MLST两种方法对进出口食品中分离得到的鼠伤寒及肠炎两种血清型共30株沙门氏菌进行分型研究。结果两种血清型共30株沙门氏菌经PFGE分型可得到23种型别,DI值为0.9563;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经PFGE分型,DI值分别为1.000和0.9048。MLST对30株沙门氏菌分型得到4种ST型,DI值为0.5793;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经MLST分型,DI值分别为0.2571和0.1333。结论 在分辨力方面,PFGE更适合于同一沙门氏菌血清型的分型,MLST则适合于不同沙门氏菌血清型间的分型。MLST在替代、补充血清型分型方面有潜在的优势,PFGE在溯源研究方面更胜一筹。 展开更多
关键词 食品 鼠伤寒沙门氏菌 肠炎沙门氏菌 脉冲场凝胶电泳 多位点序列分型
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耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MLST联合SCCmec基因分型与耐药性分析 被引量:6
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作者 纪冰 王凯凯 +4 位作者 赵红梅 董艳 孟玮 邢敏 孙吉花 《中国现代医学杂志》 CAS 2018年第10期32-36,共5页
目的了解滨州医学院附属医院MRSA菌株多位点序列分型(MLST)联合SCCmec基因型分布和各种基因型的耐药特征。方法采用聚合酶链反应(PCR)对MRSA菌株进行MLST联合SCCmec基因分型;采用Walk WAY96PLUS PC33药敏板检测MRSA抗菌药物敏感性。结果... 目的了解滨州医学院附属医院MRSA菌株多位点序列分型(MLST)联合SCCmec基因型分布和各种基因型的耐药特征。方法采用聚合酶链反应(PCR)对MRSA菌株进行MLST联合SCCmec基因分型;采用Walk WAY96PLUS PC33药敏板检测MRSA抗菌药物敏感性。结果 SCCmec基因分型结果以Ⅲ型为主(63/67株,占94.03%),MLST分型共检测出6种基因型:ST88、ST121、ST221、ST82、ST239及ST399,其中以ST239(61/67,91.04%)为主,耐药性分析显示SCCmecⅢ型MRSA菌株表现为多重耐药。结论ST239-MRSA-SCCmecⅢ型菌株为鲁北地区MRSA主要流行菌株,该型菌株对多种抗生素呈多重耐药;MLST联合SCCmec基因分型方法是MRSA遗传背景研究简便快速的方法。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 多位点序列分型 葡萄球菌mec盒式染色体 耐药
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副猪嗜血杆菌的MLST分析及数据库建立 被引量:4
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作者 朱必凤 杨旭夫 +1 位作者 彭凌 韦昭玉 《南昌大学学报(理科版)》 CAS 北大核心 2011年第3期284-287,295,共5页
对副猪嗜血杆菌86个分离株的7个看家基因,包括ATP合成酶J9链(atpD)、翻译起始因子IF-2(in-fB)、核糖体蛋白口亚基(rpoB)、苹果酸脱氢酶(mdh)、6-磷酸葡萄糖脱氢酶(6pgd)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(g3pd)和延胡索酸还原酶B(frd... 对副猪嗜血杆菌86个分离株的7个看家基因,包括ATP合成酶J9链(atpD)、翻译起始因子IF-2(in-fB)、核糖体蛋白口亚基(rpoB)、苹果酸脱氢酶(mdh)、6-磷酸葡萄糖脱氢酶(6pgd)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(g3pd)和延胡索酸还原酶B(frdB)进行了PCR扩增;对扩增产物进行了测序;对序列编辑、队列比对、建立MI.ST定义、等位基因序列文件等,与牛津大学动物系KeithJolley合作建立了副猪嗜血杆菌86个分离株的MI。ST数据库。经MLST分析发现所研究的分离株有高度的遗传异源性,86个菌株被分成74个序列类型。基因平均距离为0.674,h-0.804。每个基因位点存在64~76不等数目的等位基因。基因序列多态性位点最大(fedB)达325和(6pgd)219,最小(in,-B)为77;用UPGMA分析确定了5个菌群。 展开更多
关键词 副猪嗜血杆菌 看家基因 多基因位点分析 序列分型
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两株布鲁菌MLST新序列型(ST)的鉴定 被引量:2
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作者 吕燕宁 郭潇潇 +6 位作者 陈丽娟 吕冰 常建华 华文浩 王慧珠 黎新宇 王全意 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期434-440,446,共8页
目的对北京地区分离自布病患者血液的2株布鲁菌进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)及其遗传学特征进行研究,为布病的预防和控制提供科学依据。方法应用布鲁菌属特异性PCR(BCSP31-PCR)和种/型特异性PCR(AMOS-PCR)对分... 目的对北京地区分离自布病患者血液的2株布鲁菌进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)及其遗传学特征进行研究,为布病的预防和控制提供科学依据。方法应用布鲁菌属特异性PCR(BCSP31-PCR)和种/型特异性PCR(AMOS-PCR)对分离的2株布鲁菌进行鉴定,采用MLST技术对2株布鲁菌分离株的19个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列进行测定,与MLST数据库中的等位基因序列进行比对,确定菌株的等位基因谱及9位点和21位点序列型(sequence type,ST)。采用聚类分析法研究2株菌ST型与各种布鲁菌已知ST型的遗传进化关系。结果 2株分离株经BCSP31-PCR鉴定为布鲁菌属细菌,AMOS-PCR鉴定为非羊种、非牛种1、2、4型、非猪种1型、非绵羊附睾种布鲁菌;MLST分析显示,2株菌的等位基因编号(gap/aroA/glk/dnaK/gyrB/trpE/cobQ/int-hyp/omp25/prpE/caiA/csdB/soxA/leuA/mviM/fumC/fbaA/ddlA/putA/mutL/acnA)分别为2、1、2、2、1、3、1、4、1、13、2、2、2、2、1、1、3、7、6、2、3和2、1、2、2、1、3、1、4、29、13、2、2、2、2、1、1、3、7、6、2、3,比对MLST数据库,结果显示这2株细菌的等位基因编号组合未见报道,为新ST型。聚类分析显示这2种新的ST型与牛种布鲁菌ST型处于同一分支。结论北京地区分离的2株布鲁菌为新ST型牛种布鲁菌,已被MLST数据库确认,分别命名为ST74和ST75(9位点序列型)与ST108和ST109(21位点序列型)。与同属牛种布鲁菌的ST型遗传关系最近,该结果为北京地区布病的预防和控制提供了科学依据。 展开更多
关键词 布鲁菌 多位点序列分型 序列型 基因分型
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浙江省三地区冷鲜鸡中大肠埃希菌耐药谱测定及MLST分子分型分析 被引量:2
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作者 杨华 何祥祥 +3 位作者 肖英平 钱鸣蓉 张巧艳 唐标 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期888-893,共6页
大肠埃希菌是食品中普遍污染的条件致病菌,其耐药性非常严重,耐药基因具有极大的传播风险。为了解浙江省地区禽源大肠埃希菌耐药性特点及分布规律,试验从浙江省3个地区市售冷鲜鸡中分离了59株大肠埃希菌并测定了耐药谱,发现有24种耐药谱... 大肠埃希菌是食品中普遍污染的条件致病菌,其耐药性非常严重,耐药基因具有极大的传播风险。为了解浙江省地区禽源大肠埃希菌耐药性特点及分布规律,试验从浙江省3个地区市售冷鲜鸡中分离了59株大肠埃希菌并测定了耐药谱,发现有24种耐药谱,显示了分离株耐药类型的多样性。同时对分离株进行了Multilocus sequence typing(MLST)分子分型,获得38个已知ST型,并发现2个新的ST型。在此基础上,针对7个看家基因进行了系统发育分析,分离株显示了一定的地区差异性。该试验结果可为浙江省禽源大肠埃希菌的耐药性评价和溯源分析提供参考依据。 展开更多
关键词 大肠埃希菌 细菌耐药性 多位点序列分型(mlst) 系统发育树
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上海市动物源性食品中单增李斯特菌的MLST分析 被引量:9
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作者 刘萍萍 王少辉 +5 位作者 赵秋华 李蓓蓓 邵东华 史子学 魏建超 马志永 《中国动物传染病学报》 CAS 2013年第4期18-22,共5页
为了解上海市动物性食品中单增李斯特菌的进化情况和群体遗传学特征,本研究采用MLST法和eBURST软件对33株分离株进行分子分型及进化树分析。结果共分成8个型别,并且33株单增李斯特菌之间遗传相关性不是很大。分为4个进化谱系:ST11和ST19... 为了解上海市动物性食品中单增李斯特菌的进化情况和群体遗传学特征,本研究采用MLST法和eBURST软件对33株分离株进行分子分型及进化树分析。结果共分成8个型别,并且33株单增李斯特菌之间遗传相关性不是很大。分为4个进化谱系:ST11和ST196为一个进化谱系,ST9、ST8和ST155为一个进化谱系,ST87和ST277/589为一个进化谱系,所占比例最多的ST121单独一个进化谱系。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 mlst分型 管家基因 进化树
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MLST分型技术应用于脑膜炎奈瑟菌的分子流行病学研究 被引量:12
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作者 邓小玲 管大伟 +5 位作者 黎薇 刘美真 张万里 柯碧霞 柯昌文 杨杏芬 《华南预防医学》 2008年第3期10-14,共5页
目的对广东省1967-2007年自流行性脑脊髓膜炎(流脑)病人中分离的脑膜炎奈瑟菌(neisseria meningitidis,N.meningitidis)进行分子流行病学研究,了解菌株间的遗传进化关系。方法采用多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)技术... 目的对广东省1967-2007年自流行性脑脊髓膜炎(流脑)病人中分离的脑膜炎奈瑟菌(neisseria meningitidis,N.meningitidis)进行分子流行病学研究,了解菌株间的遗传进化关系。方法采用多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)技术,分别对1967-2007年分离的16株N.meningitidis菌株的7个看家基因的序列进行测定,并将序列与PubMLST数据库中储存的序列比对,确定其等位基因谱型及菌株序列型(Sequencetype,ST),并采用Splits Tree在线软件分析菌株之间的进化关系。结果16株N.meningitidis菌株分为13株A群、2株C群和1株W135群,分属5大克隆系,分别为ST-5、ST-1、ST-4821、ST-11克隆系和未知克隆系的ST-254序列型,其中ST-5克隆系所占比例最多,占68.75%(11/16)。1967-2006年的13株A群分离株中,11株属ST-5克隆系,占84.61%(11/13),另有1977年的1株分离株为ST-1克隆系和1株1984年的分离株为未知克隆系的ST-254序列型;2004和2006年的C群分离株属新出现的高致病性克隆系ST-4821;2007年首次分离的1株W135群菌株为ST-2960,属高致病性的ST-11/ET-37克隆系的子克隆。结论分离于不同年代病人的广东N.meningitidis分离株呈多克隆系并存,但近期以高致病性克隆系为主,特别是广东省首次出现高致病性ST-11/ET-37克隆系的W135群,提示应加强流脑的病原学监测。应用MLST分子分型技术,初步揭示了广东省脑膜炎奈瑟菌的遗传进化关系,基于等位基因图谱的MLST基因分型技术具有较高的分辨率,并通过互联网实现了序列数据库信息的全球共享。 展开更多
关键词 奈瑟球菌 脑膜炎 多位点序列分型技术 分子流行病学
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北京港口水产品中非O1/O139群霍乱弧菌MLST分型研究 被引量:3
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作者 付溥博 张琳 +4 位作者 曾静 张西萌 魏咏新 魏海燕 耿荣 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2018年第4期9-13,共5页
为了分析2008-2011年北京港口进出口水产品中非O1/O139群霍乱弧菌的多位点序列分型(MLST)特征,为霍乱弧菌导致食品安全事件的有效溯源提供理论支持,选取2008-2011年北京港口食源性非O1/O139群霍乱弧菌分离株67株,采用毒力基因PCR检测并... 为了分析2008-2011年北京港口进出口水产品中非O1/O139群霍乱弧菌的多位点序列分型(MLST)特征,为霍乱弧菌导致食品安全事件的有效溯源提供理论支持,选取2008-2011年北京港口食源性非O1/O139群霍乱弧菌分离株67株,采用毒力基因PCR检测并用MLST分析。结果:毒力基因PCR检测结果显示,所有菌株均未检出CTX、tox R、hly A 3种基因。菌株的MLST结果显示,菌株可被分为62个ST型,具有明显的多样性。其中原有STs 2个,新发现STs 60个。同ST型菌株均来源于同一国家,本实验数据同pubmlst数据库中数据进行分析,有7个STs可以归为7个克隆组,它们来源于中国和泰国,同组内STs来源于中国、澳洲、法国、泰国和非洲。表明北京港口非O1/O139群霍乱弧菌遗传特征复杂多样,MLST方法可作为可靠的食品污染溯源手段,相同地区的菌株有一定的地域特点,此研究丰富了现有霍乱弧菌MLST数据库,为其溯源提供支持。 展开更多
关键词 非O1/O139霍乱弧菌 多位点序列分型 北京港口进出口水产品
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D1/D2、MLST及MALDI-TOF MS在新生隐球菌分类中的应用 被引量:7
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作者 刘涛华 王颜颜 +3 位作者 吕倩 牟丽丽 陈燕 康颖倩 《贵阳医学院学报》 CAS 2016年第2期139-144,共6页
目的:比较单一D1/D2区域测定、多位点测序分型技术(MLST)和基质辅助激光解吸-飞行时间质谱技术(MALDI-TOF-MS)在新生隐球菌(Cryptococcus podzolicus)及与之邻近的其他种属的分类研究的稳定性和可靠性。方法:挑选以Cryptococcus podzoli... 目的:比较单一D1/D2区域测定、多位点测序分型技术(MLST)和基质辅助激光解吸-飞行时间质谱技术(MALDI-TOF-MS)在新生隐球菌(Cryptococcus podzolicus)及与之邻近的其他种属的分类研究的稳定性和可靠性。方法:挑选以Cryptococcus podzolicus为主及与之相邻的其他种和属的菌株共20株及1株outgroup模式菌株,运用酵母菌基因组提取试剂盒提取其DNA,PCR扩增5个管家基因(ITS,D1/D2,rpb1,rpb2,tef1)并测序,以Bayesian法(Mr Bayes3.2.1)、最大似然法、邻接法(MEGA 6.0软件)分别构建5个管家基因及D1/D2基因序列的系统发育树;应用MALDI-TOF-MS采集蛋白指纹图谱,在Bruker Daltonics数据库(BDAL)和CBS真菌保藏中心数据库信息的基础上,对20株菌进行聚类分型,构建聚类分型树状图。结果:3种方法所得树状图在种间的层面上,均出现了a、b、c 3个分支;在种内的层面上,特别是a这一分支,均为Cryptococcus podzolicus,单一D1/D2区域所构建的系统发育树分化程度不大,各菌株间无明显的分类多样性,而MLST及MALDI-TOF MS所得到的树状图在种内均出现了明显的分类多样性及亲缘关系的差异性。结论:MLST及MALDI-TOF MS均可作为隐球菌属中菌株分类鉴别中有效的分子生物学方法,能可靠地揭示隐球菌属中各菌种的种间及种内的遗传进化关系,MALDI-TOF-MS比MLST则更为快捷准确。 展开更多
关键词 多位点测序分型 基质辅助激光解吸飞行时间质谱 新隐球菌 分类法 发育生物学 进化
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引起血流感染的耐万古霉素肠球菌基因型、毒力及MLST分型研究 被引量:2
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作者 杨靖娴 刘雪凯 +1 位作者 邵冬华 梁国威 《医学研究杂志》 2019年第4期107-111,共5页
调查引起血流感染的耐万古霉素肠球菌(VRE)的检出情况,并对其进行耐药基因型、毒力和多位点序列分型(MLST)研究。方法:收集2012年7月~2015年7月从笔者医院血培养阳性标本中分离的68株屎肠球菌和28株粪肠球菌,采用含6μg/ml万古霉素的脑... 调查引起血流感染的耐万古霉素肠球菌(VRE)的检出情况,并对其进行耐药基因型、毒力和多位点序列分型(MLST)研究。方法:收集2012年7月~2015年7月从笔者医院血培养阳性标本中分离的68株屎肠球菌和28株粪肠球菌,采用含6μg/ml万古霉素的脑心浸液平皿筛选VRE。采用多重PCR法检测vanA、vanB及粪、屎肠球菌种特异基因,另一种多重PCR法检测常见5种毒力基因(esp、hyl、gelE、asa1和cylA)。采用MLST技术分析菌株序列型(ST)从而进行同源性分析。结果: 96株肠球菌中共检出22株VRE (22/96, 22.9%),包括20株屎肠球菌(20/68, 29.4%)和2株粪肠球菌(2/28, 7.1%)。所有VRE耐药表型与基因型一致,属vanA型。20株屎肠球菌VRE仅esp (16/20, 80.0%)和hyl (10/20, 50.0%)阳性;2株粪肠球菌VRE仅gelE和 asa1阳性。20株屎肠球菌VRE分属7个ST型,包括8株ST78 (8/20, 40.0%)、6株ST17 (6/20, 30.0%)以及2株ST18和ST389、ST414、ST571、ST564各1株。结论:笔者医院VRE耐药问题严重,耐药基因和毒力基因携带率高。20株屎肠球菌VRE经eBURST软件分析均属于与医院感染相关的CC17克隆复合群。 展开更多
关键词 血流感染 耐万古霉素肠球菌 毒力 多位点序列分型
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福州市生殖道沙眼衣原体的MLST分子流行病学研究 被引量:1
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作者 王惠榕 萧剑雄 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期802-805,共4页
目的研究多位点序列分型法(MLST)在福州地区性病门诊人群生殖道沙眼衣原体基因分型中的分辨力,并与来自阿姆斯特丹性病门诊女性患者的样本进行比较。方法采用MLST分型法研究福州性病门诊生殖道沙眼衣原体感染者的基因型,eBURST进行ST型... 目的研究多位点序列分型法(MLST)在福州地区性病门诊人群生殖道沙眼衣原体基因分型中的分辨力,并与来自阿姆斯特丹性病门诊女性患者的样本进行比较。方法采用MLST分型法研究福州性病门诊生殖道沙眼衣原体感染者的基因型,eBURST进行ST型地理分布特征分析。结果从86份阳性标本中可获得完整MLST数据的样本为76份,共分30个ST型,其中14个为新的型别。MLST分型法的Simpson分辨力指数为0.9。eBURST分型结果显示30个ST型分为3个克隆复合体和5个独特型。仅有4个ST型在福州和阿姆斯特丹两地同时存在。结论 MLST为生殖道沙眼衣原体分子流行病学调查提供高分辨率的分型手段。eBURST分析可揭示不同地理来源的生殖道沙眼衣原体之间的进化关系。 展开更多
关键词 生殖道沙眼衣原体 多位点序列分型法 分子流行病学
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健康女性阴道乳酸杆菌MLST分型及其对宫颈癌细胞抑制作用的体外实验研究 被引量:1
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作者 王克迪 苏建荣 《现代检验医学杂志》 CAS 2023年第1期100-106,共7页
目的通过检测健康女性阴道乳酸杆菌(Lactobacillus)对宫颈癌细胞株CaSki细胞体外增殖的影响,并进行多位点序列分型(multi-locus sequence typing,MLST),探讨不同基因型乳酸杆菌对宫颈癌细胞作用的差异性。方法收集2021年1~2月就诊于北... 目的通过检测健康女性阴道乳酸杆菌(Lactobacillus)对宫颈癌细胞株CaSki细胞体外增殖的影响,并进行多位点序列分型(multi-locus sequence typing,MLST),探讨不同基因型乳酸杆菌对宫颈癌细胞作用的差异性。方法收集2021年1~2月就诊于北京友谊医院健康体检中心的健康育龄期妇女生殖道分泌物212份,分离培养鉴定乳酸杆菌,并制备乳酸杆菌提取液。对分离的乳酸杆菌进行多位点序列分型,并采用噻唑蓝(methyl thiazolyl tetrazolium,MTT)比色法检测不同乳酸杆菌菌株提取液对宫颈癌CaSki细胞的抑制作用,探讨不同基因分型的菌株对细胞抑制作用的差异性。结果该研究共分离乳酸杆菌172株,其中卷曲乳杆菌(L.crispatus)88株,格氏乳杆菌(L.gasseri)46株,詹氏乳杆菌(L.jensenii)15株,干酪乳酸杆菌(L.casei)7株,德氏乳杆菌(L.delbrueckii)8株,植物乳杆菌(L.plantarum)5株,唾液乳杆菌(L.salivarius)2株和弯曲乳杆菌(L.curvatus)1株。88株L.crispatus共分出11个ST型,其中ST1最多,56株,占总数的63.64%。46株L.gasseri共分出10个ST型,其中ST15最多,20株,占总数的43.48%。比较不同菌种乳酸杆菌对CaSki细胞抑制率发现,MRS和MRL对细胞的抑制率均值±标准差分别为7.50%±0.26%和19.55%±1.23%。L.crispatus和L.gasseri对细胞的抑制率均值±标准差分别为29.6%±13.2%和32.1%±13.2%。独立样本t检验显示L.crispatus和L.gasseri对CaSki细胞的抑制作用显著高于MRL组,差异有统计学意义(t=7.735,6.922,均P<0.001)。单因素方差分析显示gyrB,gpmA,lepA和recA不同分型等位基因的细胞抑制率不同,差异有统计学意义(F=4.596~5.007,均P<0.05)。结论乳酸杆菌提取液对宫颈癌CaSki细胞有显著的抑制作用,不同等位基因分型的乳酸杆菌对宫颈癌细胞的抑制率不同。 展开更多
关键词 乳酸杆菌 宫颈癌 细胞毒性作用 多位点序列分型(mlst)
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血液分离粪肠球菌毒力基因、MLST分型及生物膜形成能力研究 被引量:1
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作者 杨靖娴 薛晓霞 +1 位作者 陈涛 宋燕 《标记免疫分析与临床》 CAS 2022年第9期1550-1555,共6页
目的对血液分离的粪肠球菌进行毒力基因、多位点序列分型(MLST)及生物膜形成能力研究。方法收集2011年7月至2018年2月从我院血培养阳性标本中分离的72株粪肠球菌,采用多重PCR法检测常见5种毒力基因(esp、gelE、asa1、cylA和hyl)。采用M... 目的对血液分离的粪肠球菌进行毒力基因、多位点序列分型(MLST)及生物膜形成能力研究。方法收集2011年7月至2018年2月从我院血培养阳性标本中分离的72株粪肠球菌,采用多重PCR法检测常见5种毒力基因(esp、gelE、asa1、cylA和hyl)。采用MLST技术分析菌株序列型(ST)从而进行同源性分析。采用结晶紫染色法检测生物膜的形成。结果72株粪肠球菌5种毒力基因的检出率分别为:esp(45/72,62.5%)、gelE(61/72,84.7%)、asa1(61/72,84.7%)、cylA(50/72,69.4%)和hyl(0/72,0.0%)。其中35株(48.6%)为4种毒力基因共存。MLST分型共检出26个ST型,包括16个已知型别和10个新型别,其中ST4占绝对优势(21/72,29.2%),其次为ST16(8/72,11.1%)、ST6(7/72,9.7%)和ST179(6/72,8.3%),其余ST型均不超过4株菌。72株粪肠球菌中,仅6株(6/72,8.3%)无生物膜形成,其余66株(66/72,91.7%)生物膜阳性株按照生物膜形成强度分为弱(+)、中等(++)、强(+++)和很强(++++),占比依次为20.8%(15/72)、43.1%(31/72)、15.3%(11/72)和12.5%(9/72)。结论我院血液标本分离的粪肠球菌具有较高的毒力基因携带率和生物膜形成能力,且以ST4型为优势型别。 展开更多
关键词 血流感染 粪肠球菌 毒力 多位点序列分型 生物膜
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