生鲜蔬菜来源的蜡样芽胞杆菌毒力基因分布与MLST分析

为了解生鲜蔬菜来源蜡样芽胞杆菌的分子流行病学特征,采用PCR技术对来自5种生鲜蔬菜的37株蜡样芽胞杆菌分离株进行了毒力基因(nheA、nheB、nheC、hblA、hblC、hblD、entFM、cytK、ces)检测和多位点序列分型(MLST)分析。结果表明:37株分离株除呕吐毒素基因ces未检出外,其他8个毒力基因均有检出,其中溶血性肠毒素基因nheB的检出率最高,为94.6%,其次为溶血素基因hblC、hblD、hblA和肠毒素基因entFM,检出率均超过80%,溶血性肠毒素基因nheA和nheC检出率较低,分别为78.4%和64.9%;细胞毒素基因cytK的检出率最低,为29.7%。根据毒力基因携带模式,将37株分离菌株分成14个型别,II型携带率最高,携带Hbl和Nhe两种基因的型别有I型、II型和IV型。MLST分析则发现,37株分离菌株可分为30个ST型和5个CC群。ST4和ST378为主要ST型;CC142分布最广泛,不仅包含的ST型最多,而且携带5种毒力型别。以上结果表明,上海市蔬菜中蜡样芽胞杆菌具有潜在肠毒性危害并在遗传上呈现出多样性。该结果对蔬菜中蜡样芽胞杆菌引起食物的监控、预警和爆发后感染源追踪具有指导意义。

MLMT与MLST在新生隐球菌基因分型中的应用研究

目的 探讨多位点微卫星灶分型(MLMT)和多位点序列分型(MLST)在新生隐球菌(C.neoformans)基因分型中的应用。方法 提取22株来源于国内及日本已明确为新生隐球菌的菌株DNA,经MLMT及MLST相应位点的引物进行扩增、测序;计算各微卫星灶(CNG1、CNG2及CNG3)序列中简单重复序列的重复数,确定菌株MLMT的基因型;将本研究菌株的MLST中各位点序列和网上数据库相应序列进行对比,获取该菌株的MLST基因型;比较两种方法在分型中分辨能力。结果 在22株菌中,有16株的基因型为MLMT17/MLST5(16/22,72.73%),MLMT将所有菌株分为7型,而MLST分为4型;根据MLST分型,MLMT17、16、34及39的菌株为MLST5;MLMT2、14、29相对应MLST66、32及31;两种方法的分型分辨能力比较,差异无统计学意义(P=0.488)。结论 MLMT-17/MLST 5是我国和日本的新生隐球菌常见基因型,包含CNG1、CNG2及CNG3位点的MLMT可作为MLST的替代或补充。

健康女性阴道乳酸杆菌MLST分型及其对宫颈癌细胞抑制作用的体外实验研究

目的通过检测健康女性阴道乳酸杆菌(Lactobacillus)对宫颈癌细胞株CaSki细胞体外增殖的影响,并进行多位点序列分型(multi-locus sequence typing,MLST),探讨不同基因型乳酸杆菌对宫颈癌细胞作用的差异性。方法收集2021年1~2月就诊于北京友谊医院健康体检中心的健康育龄期妇女生殖道分泌物212份,分离培养鉴定乳酸杆菌,并制备乳酸杆菌提取液。对分离的乳酸杆菌进行多位点序列分型,并采用噻唑蓝(methyl thiazolyl tetrazolium,MTT)比色法检测不同乳酸杆菌菌株提取液对宫颈癌CaSki细胞的抑制作用,探讨不同基因分型的菌株对细胞抑制作用的差异性。结果该研究共分离乳酸杆菌172株,其中卷曲乳杆菌(L.crispatus)88株,格氏乳杆菌(L.gasseri)46株,詹氏乳杆菌(L.jensenii)15株,干酪乳酸杆菌(L.casei)7株,德氏乳杆菌(L.delbrueckii)8株,植物乳杆菌(L.plantarum)5株,唾液乳杆菌(L.salivarius)2株和弯曲乳杆菌(L.curvatus)1株。88株L.crispatus共分出11个ST型,其中ST1最多,56株,占总数的63.64%。46株L.gasseri共分出10个ST型,其中ST15最多,20株,占总数的43.48%。比较不同菌种乳酸杆菌对CaSki细胞抑制率发现,MRS和MRL对细胞的抑制率均值±标准差分别为7.50%±0.26%和19.55%±1.23%。L.crispatus和L.gasseri对细胞的抑制率均值±标准差分别为29.6%±13.2%和32.1%±13.2%。独立样本t检验显示L.crispatus和L.gasseri对CaSki细胞的抑制作用显著高于MRL组,差异有统计学意义(t=7.735,6.922,均P<0.001)。单因素方差分析显示gyrB,gpmA,lepA和recA不同分型等位基因的细胞抑制率不同,差异有统计学意义(F=4.596~5.007,均P<0.05)。结论乳酸杆菌提取液对宫颈癌CaSki细胞有显著的抑制作用,不同等位基因分型的乳酸杆菌对宫颈癌细胞的抑制率不同。

柠檬酸杆菌基因组多位点序列分型(in silico MLST )研究

对4株柠檬酸杆菌分离株进行全基因测序分析,并基于基因组序列进行16s rRNA、多位点序列分型(in silico MLST)及其遗传进化关系研究。对分离的4株柠檬酸杆菌进行全基因组测序,经拼接得到全基因组序列,然后进行16S rRNA物种鉴定、in silico MLST分析,并基于MLST分型构建遗传进化树,分析分离株的遗传进化关系。全基因组测序分析结果表明,柠檬酸杆菌的基因组大小介于4.771~5.477 Mb之间,平均为5.03 Mb;基因数量在4591~5334之间,平均为4871个。16s rRNA分析结果表明,4株柠檬酸杆菌分离菌中有3株为布雷氏柠檬酸杆菌,1株为沃克曼氏柠檬酸杆菌。MLST分析结果表明,4株柠檬酸杆菌均是新的ST型。该研究分析了4株柠檬酸杆菌的基因组,基因组MLST分型分析表明4株分离菌均为新ST型,丰富了柠檬酸杆菌的菌种资源和遗传信息,为柠檬酸杆菌的防控、溯源奠定了基础。

湛江地区患病对虾池塘中副溶血性弧菌的MLST分型和新型耐药毒株的分离鉴定

为研究湛江地区患病对虾养殖池塘中副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的遗传多样性,选择副溶血性弧菌的7个管家基因对分离菌株进行MLST分型,采用PCR法检测tdh、trh、tlh、mam7、vcrD1、vcrD2和pirAB毒力基因的携带情况,用纸片扩散法对所有菌株进行药敏试验,选择其中1株多重耐药菌株进行全基因组测序,并通过IslandPath-DIOMB分析其耐药基因岛来源。结果表明:从患病的对虾池塘水样中共分离出58株副溶血性弧菌,通过MLST分型共分为34个ST型;58株菌株均携带毒力基因tlh、mam7和vcrD1,未发现tdh、trh和vcrD2基因存在,其中,8株菌株携带引起急性肝胰腺坏死病(AHPND)的毒力基因pirAB;药敏试验显示,58株菌株对青霉素耐药率均为100%,对氨苄西林、克拉霉素和庆大霉素的耐药率较高,其中ST1740型的4株菌株均为多重耐药,从中选择ZJ20-3/2020菌株进行全基因组测序,发现该菌株含有8个耐药基因,分别为blaCARB-41、aadA16、aph(6)-Id、aph(3″)-Ib、tet(A)、sul1、dfrA27和ARR-3,并对青霉素、卡那霉素、四环素和利福平耐药;用IslandPath-DIOMB分析发现,ZJ20-3/2020菌株存在4个基因岛。研究表明,湛江地区患病对虾养殖池塘中的副溶血性弧菌具有丰富的遗传多样性,发现了一个携带pirAB的新ST型(ST1740)菌株,其携带4种来自希瓦氏菌的基因岛且为多重耐药菌株,本研究首次在副溶血性弧菌中发现来自希瓦氏菌属的基因水平转移,这些结果为防治急性肝胰腺坏死病提供了科学依据。

沙门菌分子分型技术研究进展

与传统分型技术相比,分子分型技术以其高分辨率、高重复性、标准化等优点,已成为沙门菌致病性、遗传关联性、溯源和传播路径等研究领域的重要工具。目前,沙门菌分子分型技术主要包括三大类,其中基于限制性内切酶的分子分型方法以脉冲场凝胶电泳和扩增片段多态性为主,基于PCR扩增的分子分型方法以肠杆菌基因间重复共有序列PCR和多位点可变串联重复序列为主,基于测序的分子分型方法以多位点序列分型、规律的成簇间隔短回文重复序列和全基因组测序为主。这三大类分子分型技术均具有灵敏度高、重复性好、结果准确等优点,有助于揭示不同沙门菌间的宿主传播关系、地域传播关系。但这些方法也都存在不同程度的应用局限性,在实际应用中可根据实验室条件及研究需求选择其中一种或联合使用多种分型技术,从而达到对沙门菌精准分型的目的。本文对限制性内切酶、PCR扩增以及测序这三大类沙门菌分子分型方法的国内外相关研究成果进行总结归纳,以期为食品中沙门菌监测、风险评估以及溯源和预警提供参考。

多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用

目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等位基因编号及基因序列型(ST型),并利用MEGA6.0软件Neighbor-joining法构建遗传进化树,与大肠埃希菌、志贺氏菌、艾伯特埃希菌和伤寒沙门氏菌参考菌株进行亲缘性分析。结果 30株菌可分为7种新序列型(16株)和4种已知序列型(14株),N-J分析显示与艾伯特埃希菌参考菌株具有高度亲缘性,而与大肠埃希菌、志贺氏菌、弗格森埃希菌和鼠伤寒沙门氏菌存在较大差异。结论 MLST在管家基因水平上准确地确定艾伯特埃希菌的种属关系,首次在国内发现艾伯特埃希菌的存在。

甘肃省及周边地区畜禽屠宰及市售环节沙门菌的分离鉴定及生物学特性分析

[目的]为合理防控沙门菌感染,本试验针对甘肃省及周边地区畜禽屠宰及市售环节沙门菌的感染情况开展研究。[方法]通过细菌分离培养、生化试验及分子生物学方法进行细菌分离鉴定,采用玻片凝集法和多位点序列分型(MLST)确定沙门菌血清型。采用结晶紫染色定量法评价分离株生物被膜形成能力,通过药敏试验检测分离菌对常用抗菌药的敏感性,评估4种市售消毒剂对沙门菌的灭菌效果,并确定其最小抑菌浓度(MIC)。[结果]细菌分离培养结果显示,疑似沙门菌分离株在BS平板上菌落呈黑色有金属光泽、棕褐色或灰色;在XLD平板上菌落有光泽且中心呈黑色,或呈现全部黑色的菌落;镜检显示为革兰阴性短杆菌。生化鉴定结果显示,分离菌硫化氢、葡萄糖、鸟氨酸、赖氨酸脱羧酶反应结果呈阳性;尿素酶、氰化钾、乳糖、蛋白胨水反应结果呈阴性。PCR扩增沙门菌特异性基因invA获得大小约为284 bp的目的条带,共分离到95株沙门菌,均属于肠道沙门菌的3种血清型——鼠伤寒沙门菌、德尔卑沙门菌、里森沙门菌。多位点序列分型共鉴定出3种,分别为ST34、ST469、ST40型。所有分离株均可形成生物被膜。药敏试验结果显示,所有菌株对米诺环素、万古霉素完全耐药,对阿米卡星、头孢曲松、卡那霉素、头孢唑啉、头孢氨苄、庆大霉素等敏感性较强,75.78%的菌株具有多重耐药性。4种消毒剂对分离株MIC存在差异,0.2%甲醛溶液的MIC为0.125~0.25 mg/mL,0.2%苯扎溴铵的MIC为0.0625~0.125 mg/mL,0.5%碘溶液的MIC为0.3125~0.625 mg/mL,2%氢氧化钠的MIC为1.25~2.5 mg/mL。[结论]德尔卑沙门菌、鼠伤寒沙门菌和里森沙门菌是当前屠宰场中沙门菌的主要血清型,具有生物被膜形成能力和多重耐药性,给公共卫生带来很大威胁。本研究为加强甘肃省及周边地区屠宰场及市售环节卫生管理提供科学依据。

社区和医院获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MLST联合SCCmec基因分型及耐药性比较

目的了解社区获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(CA-MRSA)和医院获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(HAMRSA)分离株的耐药性及遗传背景。方法对CA-MRSA和HA-MRSA进行多位点序列分型(MLST)检测,应用多重聚合酶链式反应(PCR)技术对CA-MRSA和HA-MRSA进行SCCmec基因分型;采用Walk WAY96PLUS PC33药敏板联合K-B纸片扩散法检测CA-MRSA和HA-MRSA抗菌药物敏感性。结果 63株HA-MRSA共检测出2个基因型,4株CA-MRSA共检测出4个基因型,二者遗传背景完全不同。HA-MRSA对红霉素、克林霉素、四环素、庆大霉素、左氧氟沙星和环丙沙星耐药率显著高于CAMRSA(均P<0.05)。结论滨州医学院附属医院CA-MRSA和HA-MRSA分型及主要流行株存在差异,CA-MSSA药物敏感性明显高于HA-MRSA;MLST联合SCCmec基因分型方法是MRSA分子流行病学分析的有效方法。

2008-2022年福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征研究

目的了解福建省O1群霍乱弧菌人源株基因组特征,为深入开展霍乱分子流行病学研究提供依据。方法收集2008-2022年福建省霍乱病例和带菌者来源O1群霍乱弧菌16株,肉汤稀释法检测抗生素最小抑菌浓度(MIC)。运用二代测序技术得到全基因组序列;利用snippy、Roary、Prokka等开源软件及NCBI、BacWGSTdb等在线分析网站进行核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、核心基因组单核苷酸多态性分析(cgSNP)、毒力基因和耐药基因预测、泛基因组多样性的分析。结果福建省霍乱弧菌分为5个ST(sequence type)型别,其中新发现的ST182和ST1480型是当前我国优势克隆群ST75型的进化分支,并与2010年和2013年的台湾株高度同源。产毒株和非产毒株均不同程度地携带各种毒力因子并发生变异;预测出7大类13个耐药基因,其中黏菌素类、四环素类耐药基因携带情况与耐药表型一致。泛基因组学分析发现霍乱弧菌拥有1个开放的泛基因组,Roary聚类分析表现出比cgMLST更高的分辨率。结论福建省O1群霍乱弧菌人源株的基因组结构和功能具有多态性,新发的ST1480型克隆群具有流行潜力,需加强对此类菌株的监测。

上海市首次自腹泻患者中检出格隆柏沙门菌的表型和分子特征研究

目的研究上海市首次自腹泻患者中检出格隆柏沙门菌的表型和分子特征,为沙门菌病防控提供依据。方法对格隆柏分离株(2023JD76)进行生化鉴定、血清凝集试验、抗菌药物敏感性试验以及全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)。收集全球格隆柏沙门菌全基因组序列,进行血清分型、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、耐药基因和毒力基因预测,分析2023JD76与全球株的系统进化关系。结果2023JD76血清分型符合抗原式(Salmonella Grumpensis,13,23:d:1,7),对20种抗菌药物均敏感,MLST型预测为2060(ST2060),携带氨基糖甙类药物耐药基因aac(6′)-Iaa和5类毒力基因,包括黏附基因csg、rat,分泌和转运基因sip、inv,伤寒毒素基因cdt、plt,侵袭性基因营养代谢因子mgt和抗菌肽抗性因子mig。36株全球格隆柏菌株共携带10种耐药基因,不同毒力基因携带率为58.33%~100%。进化树将全球格隆柏沙门菌基因组分为2个支系,支系Ⅰ以ST751(88.89%,16/18)为主,支系Ⅱ以ST2060(89.47%,17/19)为主。本次分离菌株2023JD76处于支系Ⅱ内,其序列型与全球人源粪便株和人源脑脊液株全基因组序列密切相关。结论本研究首次分离国内腹泻患者中的格隆柏沙门菌,不同地理来源菌株间耐药表型差异大,应加强监测以防范全球潜在的传播风险。

江苏省2016—2021年临床分离铜绿假单胞菌耐药及基因组特征分析

目的了解江苏地区临床分离的铜绿假单胞菌耐药情况及基因特征。方法收集2016—2021年江苏地区各哨点医院临床分离的铜绿假单胞菌,采用肉汤稀释法对分离株进行10类19种抗菌药物的敏感性测定,对分离株行全基因组测序并多位点序列分型,综合抗菌药物耐药性数据库(CARD)扫描分析耐药基因。结果2016—2021年通过致病菌识别网12个市的哨点医院收集患者分离的铜绿假单胞菌101株。药敏试验结果显示,全部菌株对共计6类8种抗菌药物全部耐药,包括酰胺醇类抗生素氯霉素、磺胺类的复方磺胺甲口恶唑、头孢菌素类的头孢噻肟和头孢唑林、四环素类的四环素、青霉素类的氨苄西林及氨苄西林/舒巴坦以及β-内酰胺类的阿莫西林/克拉维酸;45.54%的分离株为碳青霉烯类耐药菌株,对亚胺培南、美罗培南两种碳青霉烯类抗生素的耐药率已分别达45.54%、39.60%;耐10种以上抗生素的菌株达63.36%;共发现35种耐药表型,其中1株菌对19种抗菌药物广泛耐药,耐药谱为AMC-AM-SAM-CZ-CTX-C-TE-SXT的菌株最多(31.69%,32株)。多位点序列分析发现75个ST型,聚类发现ST 262处于中心点,并遗传进化出11个亚型或分支。全基因组扫描发现6类18种抗菌药物耐药基因,crp P基因的携带情况与表型完全一致。结论2016—2021年江苏地区临床分离的铜绿假单胞菌耐药情况严重,两种碳青霉烯类抗生素的耐药率、耐10种以上抗生素的菌株比例高于国内其他省份,应引起高度重视。

利用MLST技术对浙江省大肠杆菌O157的分子流行病学研究

目的对浙江省2005-2010年大肠杆菌O157分离株进行分子分型研究,了解菌株间的遗传进化关系,为浙江省大肠杆菌O157监测及爆发疫情的控制提供基础。方法选择Pasteur大肠杆菌多位点序列分型(Multilocus SequenceTyping,MLST)方案,对大肠杆菌O157分离株及882364菌株进行MLST分型,确定菌株序列型(Sequence type,ST);采用DNAsp、eBURST、START2等软件进行分析。结果 30株菌中,27株O157∶H7菌株具备相同序列型(ST-284),占90%(27/30),其他3株菌序列型分别为ST-367、ST-125、ST-296。8个管家基因核苷酸多态性(Pi)范围为0.00119(polB)～0.00648(uidA),putP基因多态性位点比例最高(4.6%),trpA基因多态性位点比例最低(0.4%)。进化分析结果显示,这些序列型分别属于Group 1及Group 11群。结论浙江省动物源性大肠杆菌O157∶H7的主要序列型为ST-284,与江苏省病人株882364(ST-296)具有同一个进化祖先,提示应加强浙江省大肠杆菌O157病原学监测。

动物源肺炎克雷伯菌耐药性及MLST分析

为了解本地区动物源肺炎克雷伯菌耐药性及分子流行病学特征,本研究收集分离于4种动物的肺炎克雷伯菌67株,采用K-B纸片扩散法和肉汤稀释法测定其对15种常用抗生素的敏感性,并采用多位点序列分型技术（MLST）对所有菌株进行分子遗传学分析;同时利用e BURST软件对多位点序列分型结果进行分析。药敏结果显示,67株动物源肺炎克雷伯菌对15株常用抗生素的耐药率为2.99%-61.19%,多重耐药菌株占40.3%,不同来源的菌株耐药性存在明显差异。MLST分析表明,全部菌株共分成17个ST型,其中鸡源菌株有5个（ST235、ST37、ST2019、ST2021、ST726）、猪源菌株有6个（ST258、ST11、ST270、ST106、ST1863、ST263）、兔源菌株有4个（ST17、ST148、ST60、ST168）、犬源菌株有3个（ST11、ST65、ST74）,其中ST11为猪源菌株和犬源菌株共有的类型。结果表明肺炎克雷伯菌在不同动物中的流行表现一定的分子差异,对常用抗生素的耐药呈现多重耐药的趋势。本研究将肺炎克雷伯菌的耐药表型与MLST分子型结合进行调查研究,揭示二者间关系,为进一步开展肺炎克雷伯菌分子流行病学研究、防控耐药菌株的暴发流行提供依据。

进出口食品中不同血清型沙门氏菌PFGE和MLST分型比较研究

目的通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)两种方法对进出口食品中不同血清型沙门氏菌的分辨力和应用价值进行了比较研究。方法采用PFGE和MLST两种方法对进出口食品中分离得到的鼠伤寒及肠炎两种血清型共30株沙门氏菌进行分型研究。结果两种血清型共30株沙门氏菌经PFGE分型可得到23种型别,DI值为0.9563;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经PFGE分型,DI值分别为1.000和0.9048。MLST对30株沙门氏菌分型得到4种ST型,DI值为0.5793;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经MLST分型,DI值分别为0.2571和0.1333。结论 在分辨力方面,PFGE更适合于同一沙门氏菌血清型的分型,MLST则适合于不同沙门氏菌血清型间的分型。MLST在替代、补充血清型分型方面有潜在的优势,PFGE在溯源研究方面更胜一筹。

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MLST联合SCCmec基因分型与耐药性分析

目的了解滨州医学院附属医院MRSA菌株多位点序列分型(MLST)联合SCCmec基因型分布和各种基因型的耐药特征。方法采用聚合酶链反应(PCR)对MRSA菌株进行MLST联合SCCmec基因分型;采用Walk WAY96PLUS PC33药敏板检测MRSA抗菌药物敏感性。结果 SCCmec基因分型结果以Ⅲ型为主(63/67株,占94.03%),MLST分型共检测出6种基因型:ST88、ST121、ST221、ST82、ST239及ST399,其中以ST239(61/67,91.04%)为主,耐药性分析显示SCCmecⅢ型MRSA菌株表现为多重耐药。结论ST239-MRSA-SCCmecⅢ型菌株为鲁北地区MRSA主要流行菌株,该型菌株对多种抗生素呈多重耐药;MLST联合SCCmec基因分型方法是MRSA遗传背景研究简便快速的方法。

新疆食源性单增李斯特菌MLST分型及耐药性分析

目的研究新疆食源性单增李斯特菌分型和耐药情况。方法将62株食源性和1株羔羊脑炎分离株进行多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)及耐药性实验。结果 63株单增李斯特菌分为20个ST型, 16个克隆群(clonal complex groups, CC),其中68.25%(43/63)属于谱系Ⅱ,其余属于谱系Ⅰ。优势ST型是ST8、ST9、ST121、ST87和ST378,优势CC群是CC8、CC9、CC1和CC121。对苄青霉素(penicillin, P)、氨苄西林(ampicillin, AM)、苯唑西林(oxacillin, OX1) 3种抗生素耐药率达100%;对庆大霉素(gentamicin, GM)、莫西沙星(moxifloxacin,MXF)、红霉素(erythromycin,E)、奎奴普丁/达福普丁(quinupristin,QDA)、利奈唑胺(linezolid, LNZ)、万古霉素(vancomycin, VA)、替加环素(tigecycline, TGC)、利福平(rifampin, RA)和诱导性克林霉素耐性(induced clindamycin resistance, ICR) 9种抗生素敏感率达100%;对呋喃妥因(furadantin, FT)耐药率61.90%(39/63),其中ST7、ST8、ST101、ST155和ST515对此次的3-4类药物表现出多重耐药性。结论新疆单增李斯特菌分子型别呈多样性,耐药谱变宽,存在较大的食品安全风险。

分离自非血液无菌体液的金黄色葡萄球菌耐药性和分子特征分析

目的了解上海交通大学医学院附属新华医院分离自无菌体液的金黄色葡萄球菌的耐药性特点和分子分型特征,为临床抗感染治疗提供参考。方法收集该院2010年12月—2022年6月住院患者分离自无菌体液(不包括血液)的金黄色葡萄球菌,抗菌药物敏感性试验使用VITEK®-2 Compact全自动微生物分析系统,采用聚合酶链反应(PCR)法对所有菌株进行多位点序列分型(MLST),采用PCR法对MRSA进行SCCmec分型。结果共收集80株金黄色葡萄球菌,分离自成人的菌株占73.8%,分离自儿童的菌株占26.2%。菌株对青霉素耐药率最高(93.8%),其次是苯唑西林(50.0%)、红霉素(46.7%)、四环素(30.2%)、环丙沙星(30.2%),未检出对利奈唑胺和万古霉素耐药菌株,MRSA总检出率为50.0%,MRSA对多数抗菌药物的耐药率均高于MSSA。对所有菌株进行MLST分型,优势型别为ST5(20.0%)、ST398(12.5%)、ST7(8.8%)和ST239(8.8%),检出1株胸水来源的新型别菌株ST7981;分离自成人的菌株主要型别是ST5(20.3%),分离自儿童的菌株主要型别是ST5(19.0%)和ST398(19.0%)。对MRSA菌株进行SCCmec分型,共检出SCCmecⅠ、SCCmecⅢ、SCCmecⅣc、SCCmecⅤ4种亚型,SCCmecⅠ型菌株多为ST59型,SCCmecⅢ型菌株多为ST630型,SCCmecⅣc型菌株多为ST239型,SCCmecⅤ型菌株多为ST5型,另有10株未能分类,MRSA的主要流行克隆株为ST5-SCCmecⅤ型和ST239-SCCmecⅣc型。结论本研究中金黄色葡萄球菌的优势型别为ST5,MRSA菌株的主要流行克隆株为ST5-SCCmecⅤ型和ST239-SCCmecⅣc型。MRSA的耐药性明显高于MSSA,提示临床医师应更加重视金黄色葡萄球菌感染的治疗,同时加强院感防控。

副猪嗜血杆菌的MLST分析及数据库建立

对副猪嗜血杆菌86个分离株的7个看家基因，包括ATP合成酶J9链（atpD）、翻译起始因子IF-2（in-fB）、核糖体蛋白口亚基（rpoB）、苹果酸脱氢酶（mdh）、6-磷酸葡萄糖脱氢酶（6pgd）、3-磷酸甘油醛脱氢酶（g3pd）和延胡索酸还原酶B（frdB）进行了PCR扩增；对扩增产物进行了测序；对序列编辑、队列比对、建立MI．ST定义、等位基因序列文件等，与牛津大学动物系KeithJolley合作建立了副猪嗜血杆菌86个分离株的MI。ST数据库。经MLST分析发现所研究的分离株有高度的遗传异源性，86个菌株被分成74个序列类型。基因平均距离为0．674，h-0．804。每个基因位点存在64～76不等数目的等位基因。基因序列多态性位点最大（fedB）达325和（6pgd）219，最小（in，-B）为77；用UPGMA分析确定了5个菌群。

两株布鲁菌MLST新序列型(ST)的鉴定

目的对北京地区分离自布病患者血液的2株布鲁菌进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)及其遗传学特征进行研究,为布病的预防和控制提供科学依据。方法应用布鲁菌属特异性PCR(BCSP31-PCR)和种/型特异性PCR(AMOS-PCR)对分离的2株布鲁菌进行鉴定,采用MLST技术对2株布鲁菌分离株的19个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列进行测定,与MLST数据库中的等位基因序列进行比对,确定菌株的等位基因谱及9位点和21位点序列型(sequence type,ST)。采用聚类分析法研究2株菌ST型与各种布鲁菌已知ST型的遗传进化关系。结果 2株分离株经BCSP31-PCR鉴定为布鲁菌属细菌,AMOS-PCR鉴定为非羊种、非牛种1、2、4型、非猪种1型、非绵羊附睾种布鲁菌;MLST分析显示,2株菌的等位基因编号(gap/aroA/glk/dnaK/gyrB/trpE/cobQ/int-hyp/omp25/prpE/caiA/csdB/soxA/leuA/mviM/fumC/fbaA/ddlA/putA/mutL/acnA)分别为2、1、2、2、1、3、1、4、1、13、2、2、2、2、1、1、3、7、6、2、3和2、1、2、2、1、3、1、4、29、13、2、2、2、2、1、1、3、7、6、2、3,比对MLST数据库,结果显示这2株细菌的等位基因编号组合未见报道,为新ST型。聚类分析显示这2种新的ST型与牛种布鲁菌ST型处于同一分支。结论北京地区分离的2株布鲁菌为新ST型牛种布鲁菌,已被MLST数据库确认,分别命名为ST74和ST75(9位点序列型)与ST108和ST109(21位点序列型)。与同属牛种布鲁菌的ST型遗传关系最近,该结果为北京地区布病的预防和控制提供了科学依据。