生鲜蔬菜来源的蜡样芽胞杆菌毒力基因分布与MLST分析

为了解生鲜蔬菜来源蜡样芽胞杆菌的分子流行病学特征,采用PCR技术对来自5种生鲜蔬菜的37株蜡样芽胞杆菌分离株进行了毒力基因(nheA、nheB、nheC、hblA、hblC、hblD、entFM、cytK、ces)检测和多位点序列分型(MLST)分析。结果表明:37株分离株除呕吐毒素基因ces未检出外,其他8个毒力基因均有检出,其中溶血性肠毒素基因nheB的检出率最高,为94.6%,其次为溶血素基因hblC、hblD、hblA和肠毒素基因entFM,检出率均超过80%,溶血性肠毒素基因nheA和nheC检出率较低,分别为78.4%和64.9%;细胞毒素基因cytK的检出率最低,为29.7%。根据毒力基因携带模式,将37株分离菌株分成14个型别,II型携带率最高,携带Hbl和Nhe两种基因的型别有I型、II型和IV型。MLST分析则发现,37株分离菌株可分为30个ST型和5个CC群。ST4和ST378为主要ST型;CC142分布最广泛,不仅包含的ST型最多,而且携带5种毒力型别。以上结果表明,上海市蔬菜中蜡样芽胞杆菌具有潜在肠毒性危害并在遗传上呈现出多样性。该结果对蔬菜中蜡样芽胞杆菌引起食物的监控、预警和爆发后感染源追踪具有指导意义。

健康女性阴道乳酸杆菌MLST分型及其对宫颈癌细胞抑制作用的体外实验研究

目的通过检测健康女性阴道乳酸杆菌(Lactobacillus)对宫颈癌细胞株CaSki细胞体外增殖的影响,并进行多位点序列分型(multi-locus sequence typing,MLST),探讨不同基因型乳酸杆菌对宫颈癌细胞作用的差异性。方法收集2021年1~2月就诊于北京友谊医院健康体检中心的健康育龄期妇女生殖道分泌物212份,分离培养鉴定乳酸杆菌,并制备乳酸杆菌提取液。对分离的乳酸杆菌进行多位点序列分型,并采用噻唑蓝(methyl thiazolyl tetrazolium,MTT)比色法检测不同乳酸杆菌菌株提取液对宫颈癌CaSki细胞的抑制作用,探讨不同基因分型的菌株对细胞抑制作用的差异性。结果该研究共分离乳酸杆菌172株,其中卷曲乳杆菌(L.crispatus)88株,格氏乳杆菌(L.gasseri)46株,詹氏乳杆菌(L.jensenii)15株,干酪乳酸杆菌(L.casei)7株,德氏乳杆菌(L.delbrueckii)8株,植物乳杆菌(L.plantarum)5株,唾液乳杆菌(L.salivarius)2株和弯曲乳杆菌(L.curvatus)1株。88株L.crispatus共分出11个ST型,其中ST1最多,56株,占总数的63.64%。46株L.gasseri共分出10个ST型,其中ST15最多,20株,占总数的43.48%。比较不同菌种乳酸杆菌对CaSki细胞抑制率发现,MRS和MRL对细胞的抑制率均值±标准差分别为7.50%±0.26%和19.55%±1.23%。L.crispatus和L.gasseri对细胞的抑制率均值±标准差分别为29.6%±13.2%和32.1%±13.2%。独立样本t检验显示L.crispatus和L.gasseri对CaSki细胞的抑制作用显著高于MRL组,差异有统计学意义(t=7.735,6.922,均P<0.001)。单因素方差分析显示gyrB,gpmA,lepA和recA不同分型等位基因的细胞抑制率不同,差异有统计学意义(F=4.596~5.007,均P<0.05)。结论乳酸杆菌提取液对宫颈癌CaSki细胞有显著的抑制作用,不同等位基因分型的乳酸杆菌对宫颈癌细胞的抑制率不同。

西藏牦牛源EHEC的MLST聚类和致病性分析

目的掌握西藏牦牛源肠出血性大肠杆菌核酸多位点序列分型、聚类情况和致病性。方法对实验室已分离鉴定的14株肠出血性大肠杆菌采用分子生物学和动物实验的方法,进行多位点序列分型鉴定及聚类分析,动物实验后挑选致病性最强菌株进行生长曲线测定和半数致死量(LD 50)计算,HE染色制作组织病理切片。结果14株牦牛源肠出血性大肠杆菌中共出现了3种ST型,分别为ST 33、ST 226、ST 446,各ST型中西藏阿里菌株占比最多为57%(8/14);各ST型中ST 33占比最多为57%(8/14),其次是ST 226占比14%(2/14)该型菌株的致病性最强,ST 446占比最少为7%(1/14)。此外,还有3株占比22%(3/14)未定型肠出血性大肠杆菌。MLST聚类分析表明管家基因在不同ST型中携带等位基因的数量不同,ST 33型中Mdh 22个最多,ST 446型中icd 26个最多,ST 226型中Fumc 27个最多。14株菌株攻毒80只小鼠表现出不同程度的致病性,其中ST 226型致病性最强。将致死小鼠解剖后发现肠上皮出血水肿,脾脏、肝脏有淤血等病理变化。14株菌株中的阿里株(TBY 7)是ST 226型其致病性最强,其生长曲线显示14 h达最大生长数,浓度为1×10^(11)cfu/mL;60只小鼠差浓度梯度攻毒试验计算出该菌的LD_(50)为2.4×10^(7)cfu/mL。阿里株(TBY 7)ST 226型感染小鼠后经HE染色制作组织病理切片后,结果显示小鼠的十二指肠、盲肠、结肠和直肠黏膜上皮坏死脱落,盲肠肠壁内可见寄生虫,空肠、回肠绒毛结构坏死萎缩、固有层充血;肝细胞轻微空泡变性,脾脏红髓轻微淤血。结论西藏牦牛源肠出血性大肠杆菌存在不同ST型,且各地区均有分布;不同ST型的致病性与携带等位基因数量相关,且主要引起肠组织病变,提示相关部门应加强对该致病菌的宣传。

四川部分地区禽源空肠弯曲菌MLST分型及遗传进化分析

目的为了解四川部分地区分离到的48株禽源空肠弯曲菌间的分子特征,以对来源不同的空肠弯曲菌进行分子分型及遗传进化分析。方法本研究参照MLST数据库,选取了空肠弯曲菌MLST分型7个管家基因aspA,glnA,glyA,gltA,tkt,pgm和uncA作为目的基因分别扩增及测序,并将所得序列经比对后进行遗传进化分析。结果 48株分离株中共含24种不同的序列型分属于9种不同的克隆系及11种独特型,其中22株分离株含有新序列型,占分离株的45.83%(22/48);9种不同的克隆系中以CC-21、CC-353、CC-464克隆系所含菌株相对较多,而克隆系CC-45、CC-48最少,均为1株分离株;11种独特型共存于21株分离株中,其中以ST-8675序列型最多,为8株。遗传进化树显示,属同一克隆系的不同型别间的分离株亲缘关系较近,如同属于CC-21克隆系的ST-298与ST-760型别分离株处于同一小分支、亲缘关系较近,但不同克隆系的分离株间遗传进化关系较远,鹌鹑源分离株(V13-20)单独处于一大分支与其余禽源分离株间的亲缘关系最远。总体而言,不同地区、宿主来源的分离株呈现遗传多样性。结论本研究中分离株间具有基因多样性,MLST分型为了解该地区空肠弯曲菌的遗传特性和分布特点提供了参考依据。

多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用

目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等位基因编号及基因序列型(ST型),并利用MEGA6.0软件Neighbor-joining法构建遗传进化树,与大肠埃希菌、志贺氏菌、艾伯特埃希菌和伤寒沙门氏菌参考菌株进行亲缘性分析。结果 30株菌可分为7种新序列型(16株)和4种已知序列型(14株),N-J分析显示与艾伯特埃希菌参考菌株具有高度亲缘性,而与大肠埃希菌、志贺氏菌、弗格森埃希菌和鼠伤寒沙门氏菌存在较大差异。结论 MLST在管家基因水平上准确地确定艾伯特埃希菌的种属关系,首次在国内发现艾伯特埃希菌的存在。

甘肃省及周边地区畜禽屠宰及市售环节沙门菌的分离鉴定及生物学特性分析

[目的]为合理防控沙门菌感染,本试验针对甘肃省及周边地区畜禽屠宰及市售环节沙门菌的感染情况开展研究。[方法]通过细菌分离培养、生化试验及分子生物学方法进行细菌分离鉴定,采用玻片凝集法和多位点序列分型(MLST)确定沙门菌血清型。采用结晶紫染色定量法评价分离株生物被膜形成能力,通过药敏试验检测分离菌对常用抗菌药的敏感性,评估4种市售消毒剂对沙门菌的灭菌效果,并确定其最小抑菌浓度(MIC)。[结果]细菌分离培养结果显示,疑似沙门菌分离株在BS平板上菌落呈黑色有金属光泽、棕褐色或灰色;在XLD平板上菌落有光泽且中心呈黑色,或呈现全部黑色的菌落;镜检显示为革兰阴性短杆菌。生化鉴定结果显示,分离菌硫化氢、葡萄糖、鸟氨酸、赖氨酸脱羧酶反应结果呈阳性;尿素酶、氰化钾、乳糖、蛋白胨水反应结果呈阴性。PCR扩增沙门菌特异性基因invA获得大小约为284 bp的目的条带,共分离到95株沙门菌,均属于肠道沙门菌的3种血清型——鼠伤寒沙门菌、德尔卑沙门菌、里森沙门菌。多位点序列分型共鉴定出3种,分别为ST34、ST469、ST40型。所有分离株均可形成生物被膜。药敏试验结果显示,所有菌株对米诺环素、万古霉素完全耐药,对阿米卡星、头孢曲松、卡那霉素、头孢唑啉、头孢氨苄、庆大霉素等敏感性较强,75.78%的菌株具有多重耐药性。4种消毒剂对分离株MIC存在差异,0.2%甲醛溶液的MIC为0.125~0.25 mg/mL,0.2%苯扎溴铵的MIC为0.0625~0.125 mg/mL,0.5%碘溶液的MIC为0.3125~0.625 mg/mL,2%氢氧化钠的MIC为1.25~2.5 mg/mL。[结论]德尔卑沙门菌、鼠伤寒沙门菌和里森沙门菌是当前屠宰场中沙门菌的主要血清型,具有生物被膜形成能力和多重耐药性,给公共卫生带来很大威胁。本研究为加强甘肃省及周边地区屠宰场及市售环节卫生管理提供科学依据。

副猪嗜血杆菌的MLST分析及数据库建立

对副猪嗜血杆菌86个分离株的7个看家基因，包括ATP合成酶J9链（atpD）、翻译起始因子IF-2（in-fB）、核糖体蛋白口亚基（rpoB）、苹果酸脱氢酶（mdh）、6-磷酸葡萄糖脱氢酶（6pgd）、3-磷酸甘油醛脱氢酶（g3pd）和延胡索酸还原酶B（frdB）进行了PCR扩增；对扩增产物进行了测序；对序列编辑、队列比对、建立MI．ST定义、等位基因序列文件等，与牛津大学动物系KeithJolley合作建立了副猪嗜血杆菌86个分离株的MI。ST数据库。经MLST分析发现所研究的分离株有高度的遗传异源性，86个菌株被分成74个序列类型。基因平均距离为0．674，h-0．804。每个基因位点存在64～76不等数目的等位基因。基因序列多态性位点最大（fedB）达325和（6pgd）219，最小（in，-B）为77；用UPGMA分析确定了5个菌群。

社区和医院获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MLST联合SCCmec基因分型及耐药性比较

目的了解社区获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(CA-MRSA)和医院获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(HAMRSA)分离株的耐药性及遗传背景。方法对CA-MRSA和HA-MRSA进行多位点序列分型(MLST)检测,应用多重聚合酶链式反应(PCR)技术对CA-MRSA和HA-MRSA进行SCCmec基因分型;采用Walk WAY96PLUS PC33药敏板联合K-B纸片扩散法检测CA-MRSA和HA-MRSA抗菌药物敏感性。结果 63株HA-MRSA共检测出2个基因型,4株CA-MRSA共检测出4个基因型,二者遗传背景完全不同。HA-MRSA对红霉素、克林霉素、四环素、庆大霉素、左氧氟沙星和环丙沙星耐药率显著高于CAMRSA(均P<0.05)。结论滨州医学院附属医院CA-MRSA和HA-MRSA分型及主要流行株存在差异,CA-MSSA药物敏感性明显高于HA-MRSA;MLST联合SCCmec基因分型方法是MRSA分子流行病学分析的有效方法。

艾滋病患者感染新型隐球菌的MLST分型及临床特点分析

目的了解艾滋病患者感染新型隐球菌的基因分型情况。方法收集我院50例艾滋病合并新型隐球菌感染患者的分离菌株,采用PCR测序的方法对分离的新型隐球菌的7个管家基因(CAP59、GPD1、LAC1、PLB1、SOD1、URA5和IGS1)进行PCR扩增和测序,将序列上传至Fungal MLST Database得到序列类型(sequence type,ST),最后通过BioNumerics 4.0软件对ST分型结果进行最小生成树分析。结果50例艾滋病患者中,88.0%(44/50)的为男性,其中31~50岁之间患者占56.0%(28/50),60%患者有中枢神经系统感染,从50例患者的不同部位分离出53株新型隐球菌,其MLST分型分析结果显示,共分离出9种基因型,81.1%(43/53)的菌株为ST5型,ST31和ST296分别有2株,ST63、ST289、ST295、ST298、ST324和ST337分别有1株。结论艾滋病患者感染新型隐球菌以男性为主,北京地区MLST基因分型主要是ST5型,为新型隐球菌的研究提供分子流行病学依据。

利用MLST技术对浙江省大肠杆菌O157的分子流行病学研究

目的对浙江省2005-2010年大肠杆菌O157分离株进行分子分型研究,了解菌株间的遗传进化关系,为浙江省大肠杆菌O157监测及爆发疫情的控制提供基础。方法选择Pasteur大肠杆菌多位点序列分型(Multilocus SequenceTyping,MLST)方案,对大肠杆菌O157分离株及882364菌株进行MLST分型,确定菌株序列型(Sequence type,ST);采用DNAsp、eBURST、START2等软件进行分析。结果 30株菌中,27株O157∶H7菌株具备相同序列型(ST-284),占90%(27/30),其他3株菌序列型分别为ST-367、ST-125、ST-296。8个管家基因核苷酸多态性(Pi)范围为0.00119(polB)～0.00648(uidA),putP基因多态性位点比例最高(4.6%),trpA基因多态性位点比例最低(0.4%)。进化分析结果显示,这些序列型分别属于Group 1及Group 11群。结论浙江省动物源性大肠杆菌O157∶H7的主要序列型为ST-284,与江苏省病人株882364(ST-296)具有同一个进化祖先,提示应加强浙江省大肠杆菌O157病原学监测。

沙门菌分子分型技术研究进展

与传统分型技术相比,分子分型技术以其高分辨率、高重复性、标准化等优点,已成为沙门菌致病性、遗传关联性、溯源和传播路径等研究领域的重要工具。目前,沙门菌分子分型技术主要包括三大类,其中基于限制性内切酶的分子分型方法以脉冲场凝胶电泳和扩增片段多态性为主,基于PCR扩增的分子分型方法以肠杆菌基因间重复共有序列PCR和多位点可变串联重复序列为主,基于测序的分子分型方法以多位点序列分型、规律的成簇间隔短回文重复序列和全基因组测序为主。这三大类分子分型技术均具有灵敏度高、重复性好、结果准确等优点,有助于揭示不同沙门菌间的宿主传播关系、地域传播关系。但这些方法也都存在不同程度的应用局限性,在实际应用中可根据实验室条件及研究需求选择其中一种或联合使用多种分型技术,从而达到对沙门菌精准分型的目的。本文对限制性内切酶、PCR扩增以及测序这三大类沙门菌分子分型方法的国内外相关研究成果进行总结归纳,以期为食品中沙门菌监测、风险评估以及溯源和预警提供参考。

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MLST联合SCCmec基因分型与耐药性分析

目的了解滨州医学院附属医院MRSA菌株多位点序列分型(MLST)联合SCCmec基因型分布和各种基因型的耐药特征。方法采用聚合酶链反应(PCR)对MRSA菌株进行MLST联合SCCmec基因分型;采用Walk WAY96PLUS PC33药敏板检测MRSA抗菌药物敏感性。结果 SCCmec基因分型结果以Ⅲ型为主(63/67株,占94.03%),MLST分型共检测出6种基因型:ST88、ST121、ST221、ST82、ST239及ST399,其中以ST239(61/67,91.04%)为主,耐药性分析显示SCCmecⅢ型MRSA菌株表现为多重耐药。结论ST239-MRSA-SCCmecⅢ型菌株为鲁北地区MRSA主要流行菌株,该型菌株对多种抗生素呈多重耐药;MLST联合SCCmec基因分型方法是MRSA遗传背景研究简便快速的方法。

不同毒力差异基因型的新生隐球菌MLST分型及交配型鉴定研究

目的了解及比较两组毒力差异明显的新生隐球菌格鲁比变种的多位点序列分型(MLST)的特点并进行交配型鉴定。方法采用多位点序列分型(MLST)的方法,设计7个看家基因(CAP59,GPD1,LAC1,PLB1,SOD1,URA5和IGS1)的引物,扩增并分析来源分别为环境和临床的各10株新生隐球菌格鲁比变种的基因型,并鉴定实验菌株交配型,与多位点微卫星分型(MLMT)结果对比,比较不同基因分型方法在分类中的稳定性和可靠性。结果在微卫星分型中为MLMT-36的10株环境分离株,MLST分型为ST-15,而在微卫星分型中为MLMT-13型的10株临床分离株,MLST分型为ST-32,所有菌株交配型均为MAT-α。结论 MLST分型结果与MLMT分型结果高度一致,提示以上两种分子分型技术在真菌分类鉴定研究中可显示对于其分离背景及进化来源的高分辨率及稳定性。

MLST分型技术应用于脑膜炎奈瑟菌的分子流行病学研究

目的对广东省1967-2007年自流行性脑脊髓膜炎(流脑)病人中分离的脑膜炎奈瑟菌(neisseria meningitidis,N.meningitidis)进行分子流行病学研究,了解菌株间的遗传进化关系。方法采用多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)技术,分别对1967-2007年分离的16株N.meningitidis菌株的7个看家基因的序列进行测定,并将序列与PubMLST数据库中储存的序列比对,确定其等位基因谱型及菌株序列型(Sequencetype,ST),并采用Splits Tree在线软件分析菌株之间的进化关系。结果16株N.meningitidis菌株分为13株A群、2株C群和1株W135群,分属5大克隆系,分别为ST-5、ST-1、ST-4821、ST-11克隆系和未知克隆系的ST-254序列型,其中ST-5克隆系所占比例最多,占68.75%(11/16)。1967-2006年的13株A群分离株中,11株属ST-5克隆系,占84.61%(11/13),另有1977年的1株分离株为ST-1克隆系和1株1984年的分离株为未知克隆系的ST-254序列型;2004和2006年的C群分离株属新出现的高致病性克隆系ST-4821;2007年首次分离的1株W135群菌株为ST-2960,属高致病性的ST-11/ET-37克隆系的子克隆。结论分离于不同年代病人的广东N.meningitidis分离株呈多克隆系并存,但近期以高致病性克隆系为主,特别是广东省首次出现高致病性ST-11/ET-37克隆系的W135群,提示应加强流脑的病原学监测。应用MLST分子分型技术,初步揭示了广东省脑膜炎奈瑟菌的遗传进化关系,基于等位基因图谱的MLST基因分型技术具有较高的分辨率,并通过互联网实现了序列数据库信息的全球共享。

浙江省三地区冷鲜鸡中大肠埃希菌耐药谱测定及MLST分子分型分析

大肠埃希菌是食品中普遍污染的条件致病菌,其耐药性非常严重,耐药基因具有极大的传播风险。为了解浙江省地区禽源大肠埃希菌耐药性特点及分布规律,试验从浙江省3个地区市售冷鲜鸡中分离了59株大肠埃希菌并测定了耐药谱,发现有24种耐药谱,显示了分离株耐药类型的多样性。同时对分离株进行了Multilocus sequence typing(MLST)分子分型,获得38个已知ST型,并发现2个新的ST型。在此基础上,针对7个看家基因进行了系统发育分析,分离株显示了一定的地区差异性。该试验结果可为浙江省禽源大肠埃希菌的耐药性评价和溯源分析提供参考依据。

山东省动物源沙门氏菌MLST和血清分型与分布研究

目的比较动物源沙门氏菌多位点序列分型(MLST)与血清分型的差别,获得动物源沙门氏菌在山东省的分布规律。方法从山东部分地区分离78株鸡源沙门氏菌、56株鸭源沙门氏菌和20株猪源的沙门氏菌,PCR扩增七段沙门氏菌内部保守的片段序列进行多位点序列分型,同时用玻片凝集法分析其血清型。结果血清分析结果表明,鸡源沙门氏菌检出6种血清型,其中肠炎沙门氏菌占88.5%、印第安纳沙门氏菌占5.1%、汤卜逊沙门氏菌占2.6%、鼠伤寒沙门氏菌占1.3%、山夫登堡沙门氏菌占1.3%、阿格玛沙门氏菌占1.3%;鸭源沙门氏菌检出2种血清型,其中肠炎沙门氏菌占67.9%、鼠伤寒沙门氏菌占32.1%;猪源沙门氏菌检出3种血清型,其中鼠伤寒沙门氏菌占65%、德贝儿沙门氏菌占20%、肠炎沙门氏菌占15%。通过MLST分型,鸡源检出7种ST型:ST11、ST19、ST26、ST128、ST14、ST17和New1;鸭源检出3种ST型:ST11、ST19和New2;猪源检出3种:ST34、ST40和ST3007。结论整体来看,分离菌的血清型和ST型数量比较接近,二者分型能力相近。

院内多重耐药鲍曼不动杆菌分子流行病学和耐药性研究

目的分析院内临床和环境多重耐药鲍曼不动杆菌(MDRAB)的耐药机制和分子流行病学特征,为预防和控制MDRAB的传播提供依据。方法收集2020年5月至2021年4月院内临床及环境分离到的非重复MDRAB菌株34株,其中临床标本25株,环境标本9株。应用PCR和测序方法检测MDRAB的耐药基因。多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)对MDRAB进行分子分型。结果34株MDRAB阳性基因携带率分别为:blaOXA23、blaOXA-51及blaOXA64gp均为100%,TEM 85.3%(29/34)。25株临床MDRAB监测到7个ST序列类型:分别为ST540(10/25)、ST195(5/25)、ST369(3/25)、ST208(2/25)、ST381(2/25)、ST938(2/25)和ST451(1/25);6个克隆群:分别为A群(9/25)、D群(8/25)、C群(4/25)、F群(2/25)、E群(1/25)、G群(1/25)。9株环境MDRAB监测到2个ST序列类型:ST208(8/9)、ST540(1/9);2个克隆群:B群(8/9)、C群(1/9)。结论院内MDRAB主要来源于重症监护病房,blaOXA-51-Like+blaOXA-23+blaTEM-like是主要碳青霉烯耐药模式。院内临床流行的主要序列类型为ST540和ST195,主要的克隆群为A群、D群。ST540、A克隆群MDRAB贯穿整个研究阶段且在多个重症监护病区播散流行。临床与环境MDRAB主要流行的ST序列型和克隆群存在差异。

111株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MLST基因分型研究

目的:回顾性调查昆明医科大学附属甘美医院2010年10月-2013年12月分离的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)菌株的多位点序列分型(MLST)基因分型状况及流行趋势,为防控MRSA暴发提供数据资料。方法:收集昆明医科大学附属甘美医院2010年10月-2013年12月连续分离的非重复MRSA111株,通过MLST分析获得7个管家基因的等位基因谱,提交至MLST同站确定序列型(ST),进一步结合病历资料获取科别及时间段的集中流行趋势。结果:111株MRSA经MLST分析得到11个ST序列型,发现其中104株细菌集中在ST239、ST5、ST7和ST15型别,尤其是ST239和ST5型。ST239共有43株,且86.05%(37/43)集中于2010年10月-2011年2月,主要出现在呼吸科、神经外科、ICU和乳腺科4个科室;ST5共有42株,且80.95%(34/43)集中于2013年7-10月,主要出现在呼吸科、神经外科、ICU、干疗科和乳腺科5个科室;ST7为11株;ST15为8株;ST641、ST6、ST9、ST59、ST965、ST88、ST217各1株。结论:昆明医科大学附属甘美医院MRSA的ST型别多样化,但主要流行克隆系为ST239和ST5,ST7、ST15、ST464、ST6、ST9、ST59、ST965、ST88、ST217等克隆系也有分布。

引起凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病的副溶血弧菌MLST新序列型

针对12株引起凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病(AHPND)的致病性副溶血弧菌,运用多位点测序技术,分析致病菌株的遗传特征。实验选择副溶血弧菌的7个管家基因dnaE、gyrB、recA、dtdS、pntA、pyrC及tnaA,对12株AHPND致病菌扩增测序。将核酸序列上传至PubMLST数据库进行比对后获得每株菌的序列型。收集其他地区AHPND致病性副溶血弧菌的多位点序列分型(MLST)数据,采用eBURSTV3及MEGA5.0软件进行遗传进化分析。结果显示,2014年中国广东分离的AHPND致病株属于一个新序列型ST1710(42、134、99、79、141、41、51),仅与库中ST415及ST975同源性较高。目前,急性肝胰腺坏死致病株的9种ST型可归为2个克隆组和5个单体。经系统发育树进一步分析可知新序列型ST1710与单体ST975遗传关系相近。本研究首次报道中国AHPND分离株的序列型,丰富了PubMLST数据库,并为其遗传进化研究奠定了理论基础。

新疆克拉玛依地区奶牛源致病性大肠杆菌的血清型、系统进化群及MLST分析

试验对新疆克拉玛地区106头健康成年荷斯坦奶牛的新鲜粪便进行了致病性大肠杆菌的分离鉴定、分型及遗传进化分析,初步掌握了调查地区奶牛致病性大肠杆菌的流行情况。参考USDA检测法,对106份粪便样品选择性增菌,分别利用麦康凯和伊红美蓝琼脂培养基对大肠杆菌进行分离纯化鉴别,通过PCR方法鉴定,获得55株大肠杆菌分离株,对这些分离株进行致病性大肠杆菌血清型鉴定、系统进化群及多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)分析,利用goeBURST和Mega 7.0生物学软件进行聚类和进化研究,并进行流行病学分析。结果显示,106头健康荷斯坦奶牛的新鲜粪便中大肠杆菌的检出率为51.89%,55株大肠杆菌分离株共鉴定出9种与致病性相关的血清型,检出率为54.55%,其中肠致病性大肠杆菌(EPEC)、肠侵袭性大肠杆菌(EIEC)和肠产毒性大肠杆菌(ETEC)血清型检出率分别为21.82%、18.81%和14.55%,优势血清型为O142∶K86(B)和O124∶K72(均为10.91%),前者属于肠致病性大肠杆菌,后者属于肠侵袭性大肠杆菌,而肠出血性大肠杆菌(EHEC)血清型检出率为0;系统发育群结果表明,55株大肠杆菌中B1群所占比例最高,为70.91%,其次为A群,占21.82%,D群所占比例较少,占7.27%,B2群未检测出;MLST分析可知,分离株中存在24个ST型,其中优势ST型为ST154(18.18%);进化树分析显示有7个进化分支。结果表明,新疆克拉玛依地区健康成年奶牛粪便大肠杆菌多样性丰富,不仅存在多种致病性大肠杆菌,而且大肠杆菌菌株之间还存在一定的进化关系。因此,健康成年奶牛粪便也具有潜在的安全风险,应加强对奶牛粪便致病性大肠杆菌的检测和监控。