DELPHI有机共轭体系MM力场的优化和应用

运用我们建议的SC一HMO方法优化了有机共轭烯烃的DELPHI MM力场.将优化所得力场和参数用于计算各类型101个共轭化合物的分子几何构型、生成热、偶极矩和IR频率等,结果可与MM3法相比.

ABEEM／MM浮动电荷力场应用于血红素结构的研究

运用拟合的参数,应用ABEEM/MM浮动电荷力场对血红素分子结构进行了模拟.结果表明,该力场与CHARMM力场相比,能更好地模拟晶体结构.计算的ruffing构象能与B3LYP/6-31G*计算结果的线性相关系数在0.98以上,同时表明血红素分子中twist-angle对ruffing构象具有明显影响.ABEEM/MM力场计算的细胞色素c552中血红素分子的电荷分布与CHARMM固定电荷力场的比较,更准确地反映了血红素分子的电荷分布以及极化现象.

应用ABEEM/MM蛋白质力场模型研究半胱氨酸二肽构象的性质

ABEEM/MM蛋白质力场模型是应用于蛋白质体系的原子-键电负性均衡方法(ABEEM)与力场(MM)相结合的浮动电荷模型.该模型能够准确地描述分子在环境变化时的静电极化,并能快速计算气态和溶液多肽的结构和能量.首次应用ABEEM/MM蛋白质力场模型研究半胱氨酸二肽构象的性质,如构象能、氢键等.此外,应用从头计算HF/6-31G**方法对其性质进行计算.ABEEM/MM蛋白质力场模型可以快速准确地得到半胱氨酸二肽分子不同稳定构象的性质,其结果可以和从头计算相媲美.以上研究有助于加深对半胱氨酸二肽构象性质的了解,从而也为进一步验证ABEEM/MM蛋白质力场模型的正确性以及参数的合理性提供可靠的依据.

血红素近轴侧基氢键的ABEEM/MM分子动力学模拟

应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟.结果表明,血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键,该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用,而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系.同时表明,血红素轴配体的柔性与其邻近的氨基酸和咪唑体积有关.

甲酰胺二聚体性质的分子力学模拟研究

应用ABEEM/MM浮动电荷力场和从头算方法对甲酰氨二聚体的性质进行了研究,甲酰氨二聚体都具有一定的对称性,其中FAD1和FAD4具有C2h对称性而FAD2和FAD3具有Cs对称性。ABEEM/MM力场的模拟结果与较精密从头算法所得的结构都非常相近,因此ABEEM/MM力场能够很好地描述氨基化合物二聚体的结构性质。

用MM2力场模拟手性金属配合物[Co(phen)_2dppz]^(3+)的新方法

配位键并非典型价键 ,所以在模拟金属配合物时若模拟方法和参数选取不当 ,将会导致不能成键或构型发散。本文将探讨一种能在微机上用分子力学模拟手性金属配合物的新方法 ,该方法以CsChem3D中MM2为支持力场 ,通过搭建和优化配合物Δ ,Λ [Co(phen) 2 dppz]3+获得其几何构型 。

Δ，Λ—[Co（phen）2tpphz]^3＋与B—DNA相互作用的分子模拟

针对国际上对金属配合物同DNA间作用机理的争议,采用分子模拟手段在MM2力场下,搭建并优化了手性金属配合物△,Λ-[CO(phen)2tpphz]3+及B-DNA[d(GTCGATCGAC)2]的模型,继而对其相互作用进行了模拟.得出的结论是:对所采用的B-DNA片断,该金属配合物有明显的立体选择性,△型配合物从小沟插入占明显优势,而且,总体来看,从AT区插入更易进行.

在微机上实现分子力学模拟B-DNA

DNA是典型的螺旋结构 ,关于它的模拟方法有很多种 ,本文将探讨一种能在微机上用分子力学模拟B型DNA的方法。该方法以CsChem3D软件包中MM2为支持力场 ,搭建和几何优化B DNA ,并对模拟B