寄主和非寄主植物中MMDVd正负链比例的研究

引物特异反转录结合实时荧光定量PCR技术对MMDVd在寄主和非寄主植物体内正负链的积累差异进行了研究。根据MMDVd基因组序列,设计了3对反向互补的反转录引物,对桑树和拟南芥中的MMDVd的正负链进行引物特异的反转录,荧光定量PCR技术对纯化后的c DNA进行定量分析。分析表明,桑树中,3组反转录引物的结果都是负链高于正链,为2~9倍,而拟南芥中,正负链的比例不定,显示了较高的随机性。本研究可为进一步的类病毒的侵染机制及其寄主域的研究提供参考。

桑花叶萎缩类病毒基因组结构特征及聚类分析

桑花叶萎缩类病毒（Mulberry mosaic dwarf viroid, MMDVd）是近些年发现的桑花叶型萎缩病的病原物,本研究利用Mfold等软件和保守序列分析了MMDVd的二级结构及其中存在的核酶,并进一步对类病毒和卫星RNA进行了聚类分析,以期解决其分类和进化地位。结果表明MMDVd的正链存在典型的锤头型核酶结构,自切割位点为AUC,负链存在有疑似发夹型核酶的二级结构,是目前发现的第四个发夹核酶。聚类分析研究中,Pospiviroidae科类病毒单独形成一分支,Avsunviroidae科PLMVd和CChMVd首先与v LTSV聚合,而本研究MMDVd首先与卫星RNA s TRSV、s ArMV聚合,结合MMDVd正负链不同于已知Avsunviroidae科的两个锤头型核酶的结构,表明MMDVd应为一个新的未分类属,对于其核酶的自切割活性及其复制机制,则需要进一步的实验研究来验证。

桑花叶萎缩类病毒基因组核酶活性及其对桑树侵染性的研究

桑花叶萎缩类病毒(Mulberry mosaic dwarf viroid,MMDVd)基因组由单链环状小分子RNA组成,根据预测二级结构可能存在锤头核酶(Hammerhead ribozyme,HH)和疑似发夹核酶(Hairpin ribozyme,HP),但目前还缺乏对核酶活性的研究。本研究使用体外自切割和2,3-环磷酸基测序对核酶活性及自切割位点进行了鉴定,并在发夹核酶Loop1增加一对碱基设计合成了突变核酶MMDVd-HP’,比较了其与MMDVd-HP的活性差异,分析了MMDVd对正常未染病和桑花叶卷叶病相关病毒(Mulberry mosaic leaf roll-associated virus,MMLRaV)阳性桑树的侵染。体外自切割结果显示,所有核酶均成功自切割产生了相应的单体,均有核酶活性。2,3-环磷酸基测序结果显示,腺苷化接头分别连接于第7位的C和302位的A之后,MMDVd-HH的切割位点位于AUC↑处,MMDVd-HP切割位点位于ACA↓处。定量PCR结果显示反应体系中的MMDVd-HP多于MMDVd-HP’,表明MMDVd-HP’更多的发生了切割,活性高于MMDVd-HP。侵染性实验结果显示,桑树(-)没有检测到MMDVd,而所有桑树(MMLRaV)样本均检测到了MMDVd,说明MMDVd能侵染桑树(MMLRaV),与satRNA的特征相似。