mNGS对肝硬化自发性腹膜炎患者的诊断与预后的临床应用价值

目的探究宏基因组二代测序(mNGS)对于自发性细菌性腹膜炎患者的早期诊断与预后的价值。方法纳入2021年3月至2023年3月期间肝硬化腹水患者60例。进行腹水培养和腹水mNGS检测。比较mNGS阳性与阴性组患者一般临床资料、APRI指数、FIB-4指数、MELD评分、MELD-Na评分和Child-Pugh评分。采用腹水多核白细胞计数(PMN)联合腹水mNGS诊断自发性细菌性腹膜炎。结果2组患者的基本资料差异无统计学意义(P>0.05)。PMN联合腹水mNGS检测诊断自发性细菌性腹膜炎的敏感度为86.67%,特异度为78.86%。随访结果显示,mNGS阳性组具有更高的不良事件发生率、病死率和肝硬化相关指标评分。腹水mNGS阳性组和腹水mNGS阴性组的MELD评分分别为18.25和13.11、MELD-Na评分分别为23.82±11.77和14.58+11.27、Child-Pugh评分分别为11.25和9.75。结论PMN联合mNGS检测诊断自发性细菌性腹膜炎优于联合腹水培养,mNGS阳性与肝硬化自发性细菌性腹膜炎患者发生不良预后有较高的相关性。

支气管肺泡灌洗液及其mNGS对血液系统疾病造血干细胞移植后肺部感染的临床应用

白血病是起源于造血干细胞的恶性克隆性疾病,白血病细胞大量的增值后抑制了骨髓中正常的白细胞、血小板和红细胞的生成。粒细胞缺乏所致的感染常见感染部位有上呼吸道、肺部、口腔、肛周及全身(败血症)。最常见的致病菌为革兰氏阴性杆菌,其次为革兰氏阳性球菌,还可能出现病毒、真菌(含卡氏肺孢子菌)感染等。造血干细胞移植(Hematopoietic stem cell transplantation, HSCT)是指对患者进行放疗、化疗及免疫抑制预处理,消除异常造血与免疫系统后,将供者或自身造血干细胞(HSC)经血管输注到患者体内,使之重建正常造血和免疫系统的一种治疗方法。自1959年美国E. D. Thomas医师实行全球首例同卵孪生提供造血干细胞进行HSCT后,HSCT已成为治疗多种血液系统恶性疾病有效乃至唯一的耿直方法。骨髓移植后由于全血细胞减少、粒细胞缺乏、留置导管、粘膜屏障受损及免疫功能低下等,感染相当常见。由于HSCT患者的特殊性导致抗生素的滥用以及感染病原体的不断产生、进化和编译,导致其脓毒血症、呼吸衰竭死亡的患者病死率高。临床常用检测方法为分离、生化、核酸等操作相对简单,成本较低的方式方法,然而这些传统方法检测耗时较长,且仅能对常见病原体检测,并且所送项目及标本更依赖临床医师执业水准和判断,因此对像HSCT这种免疫力低下的患者可能感染到的未知及罕见病原体识别困难。宏基因二代测序技术(metagenomics next generation sequencing, mNGS)比较上一代测序方法通量更高,测序速度更快,理论上能无偏倚地检测出细菌、真菌、病毒以及罕见致病微生物,因此,mNGS对疑难甚至复合感染的早期诊断,指导临床抗生素的合理使用和精准治疗提供了重大参考意见。

mNGS技术联合GM试验、血清烟曲霉特异性抗体检测对COPD合并侵袭性肺曲霉菌病的诊断价值

目的观察宏基因二代测序(mNGS)联合半乳甘露聚糖(GM)试验、血清烟曲霉特异性抗体检测对慢性阻塞性肺疾病(COPD)合并侵袭性肺曲霉菌病(IPA)的诊断价值。方法收集2020年8月至2023年8月杭州市第九人民医院收治的疑似合并IPA的96例COPD患者,均行m NGS、GM试验和血清烟曲霉特异性抗体检测,根据“金标准”诊断标准,将患者分为IPA组(=40)和非IPA组(=56),比较各检测结果,分析血清GM值及烟曲霉Ig G抗体水平单独及联合检测对IPA的诊断价值,分析三者联合诊断IPA与最终诊断结果的一致性。结果m NGS检出阳性44例,其中真阳性36例,阴性52例,其中真阴性48例。IPA组血清GM值及烟曲霉Ig G抗体水平均高于非IPA组(均P<0.05)。ROC曲线显示血清GM值、烟曲霉Ig G抗体水平诊断IPA的最佳截断值分别为0.64、77.32 k AU/L,对应的为0.804、0.807,联合诊断准确度分别为96.88%、92.19%、93.75%,与最终诊断结果的一致性检验和血清烟曲霉Ig G抗体检测对COPD合并IPA具有较高的诊断价值,与最终诊断结果一致性良好。

mNGS阴性结果对危重非感染性发热患者的诊断意义:24小时内诊断成人Still病1例并文献复习

非感染性发热是指发热不是由病原体侵入机体感染所引起的危重发热状态,约占整体发热患者的20%~30%,多见于自身炎症性疾病(autoinflammatory disease,AID)和自身免疫病(autoimmune diseiase,AD)。确诊此类疾病常需明确非感染状态作为前提,其中最为典型的成人Still病(adult-onset Still's disease,AOSD),以发热、关节痛和/或关节炎、皮疹、中性粒细胞增多为临床特征[1,2]。以往诊断须完善血培养、痰培养等确认非感染状态,耗时需1周以上[3],易延误治疗。新型宏基因二代测序(metagenomics next generation sequencing,mNGS)技术快速、敏感的特性有望帮助解决这一问题[4]。本文现报道1例通过其快速确认非感染状态进而确诊免疫紊乱相关AOSD病例,并文献复习。

mNGS在疑似脓毒症患者中的应用价值

目的评估宏基因组测序技术(mNGS)在脓毒症患者中的诊断价值。方法本研究对87例疑似脓毒症患者共125例样本进行mNGS、培养法和其他传统方法检测,比较不同方法对病原体的检测效能,并分析了相关病原谱。结果mNGS总检出率显著高于传统检测方法(P<0.01)。mNGS的敏感性显著高于培养和其他病原检测方法(P<0.01)。mNGS覆盖的病原谱更加全面。结论本研究为mNGS的临床转化提供更多的临床实践依据,可以选择不同的样本类型以提高mNGS对病原的检测效率。

mNGS技术和血清G试验在判断耶氏肺孢子菌感染与定植中的价值及二者相关性研究

背景耶氏肺孢子菌(PJ)既可定植于肺部,亦可引起肺部感染。为避免临床过度治疗及延误治疗,识别定植与感染很重要。多项研究显示宏基因组二代测序(mNGS)技术及血清1,3-β-D葡聚糖定量检测(G试验)可辅助诊断耶氏肺孢子菌肺炎(PJP),但二者有无鉴别PJ定植和感染的截断值呢?目的探讨肺泡灌洗液mNGS技术、血清G试验在判断PJ感染与定植中的价值及二者之间相关性。方法收集2018年9月至2022年5月在江汉大学附属湖北省第三人民医院住院治疗,且行肺泡灌洗液mNGS技术检出PJ序列数的40例肺部感染患者病例资料进行回顾性分析。根据mNGS检出PJ是否抗PJ治疗分为PJ感染组21例,PJ定植组19例。收集患者一般资料包括性别、年龄、体质指数(BMI)、吸烟史、基础疾病及用药史〔慢性肾脏疾病、血液系统疾病、自身免疫性疾病、恶性肿瘤、人类免疫缺陷病毒(HIV)感染、实体器官移植、慢性肺部疾病、糖皮质激素/免疫抑制剂使用情况〕,临床症状(发热、咳嗽、咳痰、呼吸困难、胸痛、咯血),影像学特点(磨玻璃渗出影、间质改变、实变、结节、胸腔积液、囊状),实验室指标〔白细胞计数、中性粒细胞计数、淋巴细胞计数、降钙素原(PCT)、C反应蛋白(CRP)、乳酸脱氢酶(LDH)、动脉血氧分压/吸入氧浓度百分比(PaO_(2)/FiO_(2))、CD_(4)^(+)T淋巴细胞计数〕,绘制mNGS序列数、血清G试验判断PJ感染与定植的受试者工作特征曲线(ROC曲线),分析二者的相关性。结果PJ感染组较PJ定植组糖皮质激素/免疫抑制剂使用率高(P<0.05);PJ感染组磨玻璃渗出影、间质改变比例高于PJ定植组(P<0.05);PJ感染组CD_(4)^(+)T淋巴细胞计数低于PJ定植组,而mNGS序列数、血清G试验高于PJ定植组(P<0.05);ROC曲线示mNGS序列数与血清G试验鉴别PJ感染与定植的最佳截断值分别为24个、106.7 ng/L,ROC曲线下面积(AUC)分别为0.95、0.89,灵敏度分别为95.2%、76.2%,特异度分别为78.9%、89.5%。Spearman秩相关结果示mNGS序列数与血清G试验水平呈正相关(rs=0.769、P<0.001)。结论PJ感染患者糖皮质激素/免疫抑制剂使用率高,影像学表现为典型磨玻璃渗出影及间质改变,外周血CD_(4)^(+)T淋巴细胞计数下降(尤其<200个/μl),血清G试验及mNGS检出PJ序列数明显升高,分别≥106.7 ng/L、≥24个时,有助于PJ感染的诊断。

mNGS在中枢神经系统感染中的作用

目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)和传统病原学检测在中枢神经系统感染病原学诊断中的作用。方法收集2020年7月至2023年4月于内蒙古医科大学附属医院住院治疗的中枢神经系统感染病例,分析一般资料、临床表现、传统病原学检查结果及mNGS结果,以临床诊断为金标准,明确mNGS在中枢神经系统感染病原学诊断中的特异性与敏感性。结果入组58例,男性38例(65.52%)、女性20例(34.48%);年龄10.17(5,13.57)岁;病毒性脑炎/脑膜炎39例(67.24%),细菌性性脑膜炎18例(31.03%),寄生虫感染1例(1.72%)。以临床诊断为金标准,将mNGS与传统病原学检测结果进行比较,mNGS检测方法阳性31例,其中3例与临床诊断不符,真阳性率48.28%(28/58);传统病原学检出14例,其中2例与临床诊断不符,真阳性率为20.69%(12/58),两种检测方法差异有统计学意义(P=0.019)。mNGS阳性预测值35.71%,阴性预测值90%,灵敏度76.92%,特异度60%,Kappa值0.262,Youden指数36.92%。结论相比较传统病原学检测,mNGS对中枢神经系统感染阳性检出率更高。

肺组织mNGS诊断免疫功能正常的血行播散性肺结核1例并文献复习

目的:探讨不同标本类型送检mNGS对结核的诊断效能,结合文献资料提高对血行播散型肺结核的认识。方法:报道1例肺泡灌洗液及血液mNGS阴性,最终利用肺组织送检mNGS诊断出的免疫功能正常的血行播散型肺结核病例,同时进行系统的文献复习。以“二代测序”或“mNGS”和“肺结核”为关键词,通过万方和中国知网数据库对2023年5月前的中文文献进行检索;以“mNGS, infectious disease, China”为关键词,通过PubMed数据库检索英文文献,结合病例及文献进行分析。结果:本病例中,患者病情进展迅速且常规抗感染无效,取患者支气管肺泡灌洗液及血液标本送检mNGS均未检测出致病菌,最终通过CT引导下细针穿刺肺组织送检mNGS检出结核分枝杆菌复合群而做出确切诊断;通过对中英文文献进行检索分析,文献报道中均提出mNGS检测技术在感染性疾病中的诊断价值,同时提出不同的标本类型会对mNGS的结果产生影响。结论:mNGS对不明原因的肺部感染的诊断具有良好价值;对于结核的诊断选择肺组织送检mNGS相较于其他标本有更好的优势;对于病情进展迅速的高度疑似肺结核感染的患者,即使其免疫功能正常,也考虑血行播散性肺结核的可能。

mNGS诊断鹦鹉热衣原体致重症社区获得性肺炎1例并文献复习

鹦鹉热是由鹦鹉热衣原体感染所导致的罕见疾病,缺乏特异性临床表现及影像学特征,易误诊。本文报道佛山市第一人民医院收治的重症社区获得性肺炎1例,血液及痰液mNGS检测结果为鹦鹉热衣原体,予多西环素抗鹦鹉热衣原体治疗效果不佳,予多西环素+莫西沙星联合抗感染治疗后病情好转出院。该研究经医院伦理委员会批准,患者已签署知情同意书。

无痛纤支镜吸痰联合mNGS在严重肺炎的应用性研究

分析无痛纤支镜吸痰联合宏基因组二代测序(mNGS)在严重肺炎的应用效果。方法 对我院收治的严重肺炎患者进行研究。根据治疗方案的不同将患者分为参照组(无痛纤支镜深部病灶吸痰联合传统微生物检测)与实验组(无痛纤支镜深部病灶吸痰联合mNGS检测)。观察两组阳性检出率、治疗效果、住院时间以及返回情况。结果 实验组阳性检出率72.00%,高于参照组的44.00%,P<0.05。实验组治疗有效率96.00%,高于参照组的76.00%,P<0.05。实验组住院时间(9.12±1.25)d,短于参照组的(14.52±1.47)d,且实验组48h返回率0.00%、72h返回率4.00%、7d返回率8.00%,均显著低于参照组的16.00%、28.00%、32.00%,P<0.05。结论 在严重肺炎诊治中,无痛纤支镜吸痰联合mNGS可提高阳性检出率,为临床治疗及医疗卫生决策提供有力的参考数据,从而有利于提高临床治疗有效性,缩短患者住院时间,降低1周内返回率,改善预后,值得推广。

脑脊液mNGS协助诊断新型布尼亚病毒脑炎1例

发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒侵犯神经系统可引起发热伴血小板减少综合征脑炎,其临床表现无特异性,病原学检测困难,临床医生对此认识不足,容易误诊、漏诊。本文报告1例59岁男性患者,以发热、血小板减少、意识障碍及多器官功能衰竭为主要临床表现,临床考虑病毒性脑炎但无病原学证据,遂行脑脊液宏基因组学二代测序检测出新型布尼亚病毒,给予利巴韦林治疗后病情好转。

mNGS诊断急性Q热二例并文献复习

目的:加深临床医师对急性Q热的认识,减少慢性Q热的发生。方法:对我院在2023年2月~3月经mNGS诊断的2例急性Q热的临床表现、实验室特点总结分析并进行文献复习。结果:2例患者均主要表现为不明原因发热,2例均出现肝功能异常、D-二聚体升高、降钙素原升高;血培养、肺CT均无异常。2例均经mNGS确诊,并经多西环素或四环素规范治疗,病情好转。结论:急性Q热国外发病率高,但国内报道不多,纠其原因可能是其无特异性临床表现及常规病原学培养阴性,临床中容易误诊漏诊。mNGS可快速提供诊断证据,考虑其检查费用昂贵,偏远地区如遇不明原因发热且无法完善mNGS检查,可试用四环素类治疗。

mNGS诊断极早产儿先天性结核病1例

目的总结用宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术诊断极早产儿先天性结核病。方法回顾性分析2018年01月-2022年01月收治的1例极早产儿先天性结核病患儿的临床资料和mNGS结果。结果研究的1例极早产儿患儿,胎龄28周+2,出生体重1100 g,生后出现呼吸困难、呻吟、吐沫,三凹征(+),给予PS及无创呼吸机使用,无创呼吸机共使用37 d。入院时床旁胸片检查回报:双肺纹理增多、增粗、紊乱,边缘模糊,见沿肺纹理分布的斑点状密度增高影,两侧肺门未见增大、增浓。生后14 d胸片回报:双肺纹理增多、增粗、紊乱,边缘模糊。生后30 d当晚出现发热,出现3次呼吸暂停,一直无创呼吸机使用,给予氨苄西林钠联合舒普深抗感染治疗。生后31 d,患儿再次出现发热,皮肤颜色灰暗,改用美罗培南联合氨苄西林钠抗感染治疗。生后34 d,根据患儿情况改用改用万古霉素联合美罗培南抗感染治疗,输注丙种球蛋白3 d。生后34 d床旁胸片检查回报:双肺纹理增多、增粗、紊乱,边缘模糊,见沿肺纹理分布的斑点状密度增高影。生后37 d,转入上级医院共住院6 d,继续美罗培南联合万古霉素抗感染治疗,脑脊液结核菌涂片检查:阴性。脑脊液培养:阴性。生后40 d,经过新型宏基因组下一代测序(mNGS)提示:结核分枝杆菌,给予利奈唑胺治疗,并口服一线抗结核药物,异烟肼10 mg/kg·d,利福平15 mg/kg·d,吡嗪酰胺35 mg/kg·d,1次/d口服。此时患儿母亲进行结核病原学检查,诊断为结核性腹膜炎。生后44 d,家属要求出院,自行抱回家中,在家继续口服一线抗结核药物至今,每两周门诊复查肝肾功能及血常规。生后5个月门诊复查,生长发育良好。结论mNGS在先天性结核病的诊断中具有重要意义,对先天性结核病的早期诊断、治疗,孕前期、孕期的结核筛查,至关重要。

通过mNGS诊断鹦鹉热衣原体肺炎的救治经验并文献复习

目的报告1例鹦鹉热衣原体肺炎患者经mNGS明确诊断,经过治疗后痊愈的病例并复习文献。方法收集2022年1月18日至2022年1月29日该患者住院期间的病例资料并对相关个案报道及英文文献进行检索。结果最终该患者通过mNGS诊断为鹦鹉热衣原体肺炎,予以对因治疗后患者最终好转出院。结论对于临床上遇到非典型肺炎患者,mNGS起到了积极的作用,是一种有效、关键的支持手段,及早评估mNGS的应用指征可尽早确定病原菌,指导临床针对性用药。

mNGS应用于肺部感染患者病原学检测中的研究进展

肺部感染性疾病是呼吸系统最常见的疾病之一,发病率和死亡率较高。目前临床上缺乏对病原微生物快速、高效的检测方法,肺部感染患者的临床治疗仍以经验性抗菌治疗为主。宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)是临床上一种新兴的病原体检测技术,它具有高效、快速、覆盖范围广等特点,尤其是对罕见和新出现的病原体检测,能表现出比传统检测方法更好的检测效能。本文现就mNGS在肺部感染患者病原学检测中的应用价值作一简单综述。

mNGS诊断1例Q热病例报告

Q热(query fever)是一种由贝纳柯克斯体(Coxiella burnetii)感染引起的人畜共患性疾病,主要传染源为感染的家养反刍动物,传播媒介主要为蜱虫。该病的临床表现形式多样,包括急性、慢性和亚临床等表现。急性型患者多表现为高热、头痛、肌肉酸痛、全身乏力等症状,重症病患常伴发肺炎、肉芽肿性肝炎、心脏损害、神经系统症状等,若治疗不及时,约5%的急性患者可转为慢性Q热,可表现为心内膜炎或存在持续性感染病灶,治愈难度增大[1]。Q热已成为世界上最广泛的人畜共患病之一,大多数国家均有关于Q热的病例报道。1950年,我国报道了首例Q热病例[2]。截止目前,经血清学和临床病例证实存在Q热病例的有:北京、河北、内蒙古、黑龙江、吉林、辽宁、四川、重庆、云南、西藏、甘肃、青海、新疆、广东、广西、海南、山东、江苏、安徽、福建、台湾等21个省、市、自治区[3]。

mNGS技术诊断11例人类免疫缺陷病毒相关进行性多灶性白质脑病及其临床特征

目的总结经脑脊液宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术诊断人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)相关进行性多灶性白质脑病(progressive multifocal leukoencephalopathy,PML)患者的临床特征,为诊断PML提供参考。方法回顾性分析2019年1月至2021年6月本市公共卫生医疗救治中心感染科收治的HIV感染者且通过mNGS技术诊断为PML患者临床资料,并复习相关文献。结果11例HIV相关PML患者纳入分析,其中男7例,女4例,年龄(45.9±10.9)岁。CD4^(+)T淋巴细胞计数的中位值为52(20~146)个/μL。除2例患者外,其余9例均在入院后才确诊HIV感染;患者最常见的临床表现为肢体乏力、认知功能下降和头晕,分别占10/11、8/11和5/11。头颅MRI提示颅内广泛病变,可见多发条片、斑片状异常信号。11例患者脑脊液总蛋白及细胞数正常或轻度升高,糖、氯化物均正常;mNGS检测脑脊液JC病毒序列数为1~467条不等。患者确诊HIV后均接受高效抗逆转录病毒疗法(highly active antiroviral therapy,HARRT)治疗。至最后随访时间(2021年12月),有6例患者存活,其中3例症状好转,3例病情稳定;3例死亡,确诊PML至死亡时间为4~13个月;2例失访。结论PML临床表现多样且不具特异性,影像学表现以脱髓鞘为主,脑脊液JC病毒DNA阳性可做出诊断,运用mNGS技术对诊断PML有一定优势,可作为早期诊断的补充手段。HIV相关PML治疗无特效药,一旦确诊,建议尽快启动HARRT治疗。

mNGS协助诊断无焦痂型丛林斑疹伤寒1例

丛林斑疹伤寒是由恙虫病东方体感染引起的一种急性人畜共患传染病。临床表现为发热、皮疹、淋巴结肿大,被叮咬部位出现特异性焦痂和溃疡是该病诊断的最主要依据,没有焦痂和溃疡的患者往往很难识别。本文报告1例54岁男性患者,以发热、淋巴结肿大及全身多个脏器损伤为主要临床表现,因无特征性焦痂,且经验性使用抗菌药物效果不佳,给诊疗带来困难。病例标本送宏基因组二代测序(mNGS)明确病原体为恙虫病东方体。换用左氧氟沙星及阿奇霉素治疗后患者症状很快好转,最终痊愈出院。mNGS已被证明比传统培养方法更敏感,在早期诊断恙虫病方面优于传统临床方法,尤其是对于没有典型焦痂的患者。

重症肺炎肺泡灌洗液炎性因子和mNGS测序与预后的相关性

分析重症肺炎患者肺泡灌洗液炎性因子水平以及宏基因组学二代测序(mNGS)与其预后的相关性。方法:以自2020年2月~2021年10月接受治疗的重症肺炎患者80例为研究对象,分析患者肺泡灌洗液炎性因子及mNGS测序结果与患者预后之间的相关性。结果:治疗前,两组炎性因子水平无明显差异(P>0.05),治疗后好转组IL-6、IL-8、IL-10及HMGB1水平均较恶化组低(P0.05)。治疗前两组mNGS阳性率无明显差异(P>0.05),治疗后好转组mNGS阳性率更低(P0.05)。肺泡灌洗液炎性因子水平及mNGS阳性检出率与患者预后呈负相关(P0.05)。结论:重症肺炎患者肺泡灌洗液炎性因子水平以及mNGS结果与其预后存在重要关联,检测结果可为临床评估患者病情及调整治疗方案提供指导。

微生物宏基因组二代测序(mNgs)在肺部感染性疾病中的应用及效价分析

分析微生物宏基因组二代测序(mNgs)在肺部感染性疾病中应用价值。方法:将120例肺部感染性疾病患者作为本次研究对象,均来源于我院2019年6月—2021年5月期间,所有患者均接受mNgs检测与传统培养,分析2种检测价值。结果:mNgs检测灵敏度为90.48%、特异性为66.67%,阳性预测值为95.00%,阴性预测值为50.00%,明显高于传统培养的检测灵敏度49.52%,特异性13.33%,阳性预测值80.00%,阴性预测值为3.64%(P<0.05);mNgs、传统培养检出率分别为98.33%、70.00%,mNgs检出率明显高于传统培养(P<0.05)。结论:在肺部感染性疾病中实施mNgs检测可获得显著价值,能够有效提高诊断敏感度、特异性,因此值得临床广泛应用及推广。