结核分枝杆菌宁夏分离株MPT64基因的生物信息学分析

目的对结核分枝杆菌H37Rv(宁夏分离株NXT1024)MPT64基因进行生物信息学预测和分析,通过与结核杆菌标准株序列的比对,观察其变异情况。方法提取结核分枝杆菌H37Rv(宁夏分离株NXT1024)基因组,以该基因组为模板,采用聚合酶链反应(PCR),从中扩增出MPT64基因,并测序,测序结果利用DNA star软件初步预测出该蛋白的分子特征、抗原性和二级结构等生物信息学信息。结果 MPT64基因全长为687bp,BLAST结果显示基因序列与GeneBank公布的标准株的基因序列的核苷酸同源性为93.6%,对该序列编码蛋白质的构象测试发现,该MPT64编码蛋白含有多个β转角结构,及多个明显的具有抗原活性的结构域和免疫优势辅助性T淋巴细胞抗原位点。结论以结核分枝杆菌宁夏分离株为模板成功扩增MPT64基因,该株与标准株的核苷酸同源性为93.6%。通过生物信息学分析获得了该蛋白的蛋白构象、抗原活性的结构域及T细胞表位等相关的生物学信息特征。

结核分枝杆菌mpt64基因突变研究

目的分析结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)mpt64基因突变情况。方法提取MTB标准株H37Rv和45株MTB临床株的DNA,扩增mpt64基因并进行序列分析。结果 MTB标准株H37Rv和44株MTB临床株的mpt64基因无突变,1株MTB临床分离株的mpt64基因存在63个碱基的缺失突变。结论结核分枝杆菌mpt64基因突变频率低。

结核分枝杆菌MPT64诊断抗原基因的克隆及生物信息学分析

目的获得结核分枝杆菌MPT64诊断抗原基因,进行DNA测序、序列特性生物学特性分析,为研究结核病诊断抗原侯选基因奠定基础。方法以结核菌标准菌株H37Rv为模板,通过PCR技术扩增出结核分枝杆菌MPT64抗原基因,将其重组到pGEM-T载体后进行序列测定和生物信息学分析。结果成功扩增出结核分枝杆菌MPT64抗原基因,测序表明该片段由699bp组成,与已发表基因核苷酸序列相比,同源性为98%,推导编码氨基酸序列同源性为98%。结论经DNA测序证实,扩增出的片段确为MPT64,该片段阅读框完整。