采用MS2 pulldown和质谱分析法检测BT549细胞中的LncRNA SNHG15结合蛋白

目的:鉴定乳腺癌BT549细胞中与长链非编码RNA SNHG15结合的蛋白。方法:用慢病毒感染乳腺癌BT549细胞,构建稳定过表达SNHG15的BT549-SNHG15-MS2细胞株。通过MS2 pulldown和质谱分析法,检测BT549细胞中与SNHG15结合的蛋白。随后采用RNA免疫共沉淀(RIP)和逆转录-定量PCR(RT-qPCR)法,以HEAD框肽5(DEAD box helicases 5,DDX5)为模板验证共沉淀蛋白和SNHG15的结合。结果:经MS2 pulldown和质谱分析筛选出386个潜在的SNHG15结合蛋白。RNA免疫沉淀结合RT-qPCR检测结果证实DDX5与SNHG15的结合。结论:本研究介绍了一种有效分析RNA-蛋白质相互作用的生物学方法,同时为深入研究SNHG15的作用机制提供了新的实验证据。