肉鸡MTHFD2基因的克隆和表达分析

对肉鸡亚甲基四氢叶酸脱氢酶2基因(Methylene tetrahydrofolate dehydrogenase 2,MTHFD2)进行克隆和生物信息学分析。结果表明:肉鸡MTHFD2基因c DNA部分片段长度为1 554 bp,编码337个氨基酸。氨基酸序列比较发现,肉鸡与日本鹌鹑的氨基酸序列一致性最高,达到97. 33%。MTHFD2蛋白跨膜结构域分析发现该蛋白位于胞外,不具备跨膜结构。MTHFD2蛋白质二级结构预测结果为:α-螺旋占31. 16%,延伸链占22. 26%,β-转角占9. 2%,无规则卷曲占37. 39%。定量PCR结果表明:MTHFD2基因在腿肌中的表达水平最高,在肝脏中的表达水平最低。研究结果将为进一步研究MTHFD2基因的结构和功能以及家禽叶酸代谢通路提供参考。

MTHFD2基因在膀胱癌中的表达、功能富集及信号通路的生物信息学分析

目的采用数据挖掘技术探讨亚甲基四氢叶酸脱氢酶2基因(MTHFD2)在膀胱癌中的表达、生物学功能、相关信号通路及其与患者预后的关系。方法在癌症基因组图谱数据库(TCGA)中比较人多种实体肿瘤及膀胱癌组织和正常组织中MTHFD2基因mRNA的相对表达水平,String数据库构建MTHFD2基因相关蛋白-蛋白相互作用网络,对MTHFD2及相关基因功能进行KEGG信号通路功能富集;根据膀胱癌患者癌组织中MTHFD2基因表达中位数分为高、低表达组,绘制风险比例模型,Log-rank检验比较MTHFD2高低表达组患者总生存期(OS)和无病生存期(DFS)有无差异。结果MTHFD2基因m RNA在人体大多数肿瘤组织中呈现高表达(P<0.05);MTHFD2基因m RNA在癌组织中重度表达水平高于癌旁正常组织(P<0.05),随着MTHFD2基因mRNA表达水平的增高,膀胱癌的分期也增加(P<0.05);MTHFD2蛋白-蛋白相互作用网络中共有21个蛋白和47个相互作用,各蛋白平均相互作用指数为0.893,网络中各个蛋白富集明显(P<0.05);MTHFD2基因功能主要富集于上皮肿瘤发生、线粒体和甲酰基及相关转移酶活性;MTHFD2基因表达与CD8+T细胞(r=0.364)、巨噬细胞(r=0.145)、中性粒细胞(r=0.269)及树突状细胞(r=0.407)存在相关性;MTHFD2高表达组膀胱癌患者OS(HR=1.5,P=0.00062)和DFS(HR=1.5,P=0.015)低于低表达组。结论MTHFD2在膀胱癌患者癌组织中呈高表达水平,其可能参与了膀胱癌的发生与发展,并与患者的预后不良有关。