基于TCGA数据库探究ESCRT相关基因对膀胱癌的潜在预后价值

目的 通过癌症基因图谱(TCGA)分析内吞体分选转运复合体(ESCRT)相关基因对膀胱癌预后的潜在预测价值,构建和评估膀胱癌预后模型。方法 通过访问TCGA数据库获取膀胱癌的临床病例资料和转录组数据。筛选与ESCRT相关基因在膀胱肿瘤组织与正常组织中的差异表达基因进行相关功能学富集分析,构建蛋白相互作用网络,采用Lasso和Cox回归方法,筛选与患者总生存期密切相关的基因,基于这些基因进一步构建出患者预后风险评分模型,并评估其预测能力。结果 从TCGA数据库下载包含405个膀胱癌组织和19个正常组织的RNA-seq信息,通过差异分析筛选出6个重合基因即膀胱癌差异表达的ESCRT家族基因,经过单因素Cox回归分析,发现存在3个基因对膀胱癌患者的预后有显著的影响。通过Lasso和Cox回归筛选分析最终得到2个(MVB12B、CHMP4C)与膀胱癌预后相关的关键基因并以此构建预后模型,预测训练集和验证集的1年、3年和5年ROC曲线下面积分别为0.768、0.694、0.732和0.651、0.720、0.776。结论 成功构建了基于2个关键DEGs表达的膀胱癌预后风险预测模型,该模型可为预测膀胱癌患者的预后提供候选生物标志物,并为临床中评估膀胱癌患者的预后提供有价值的参考。