滇南小耳猪肌源性因子5(MYF5)基因多态性研究

肌源性因子5(myogenic factor 5,MYF5)被认为是猪肌肉生长发育的重要基因,为探究MYF5基因的遗传变异对滇南小耳猪生长性状的影响,以期为优质滇南小耳猪肉新品种(系)培育提供有效的分子遗传标记,本试验以MYF5为候选基因,杜洛克猪(n=40)为对照组,筛选滇南小耳猪(n=18)的优势SNP位点,并对筛选的优势SNP与其主要胴体及肉质性状进行关联分析。结果显示,在滇南小耳猪MYF5基因检出的16个SNP位点中,1个位于编码区,为同义突变,并筛选到4个优势SNP。关联分析结果表明,滇南小耳猪MYF5基因1486、1574、1629以及1701位点间突变频率一致且有相近的遗传图距,连锁紧密。A1486G位点分别为GG、AG、AA基因型;G1574A位点分别为AA、GA、GG基因型;C1629T位点分别为TT、CT、CC基因型;T1701C位点分别为CC、TC、TT基因型。就肌内脂肪含量而言,MM基因型极显著高于MN基因型(P<0.01),MM基因型显著高于NN基因型(P<0.05),NN基因型显著高于MN基因型(P<0.05)。就大理石纹评分而言,MM基因型极显著高于NN基因型(P<0.01),MM基因型极显著高于MN基因型(P<0.01),MN基因型极显著高于NN基因型(P<0.01)。因此,本研究可基本推断在有关作用于滇南小耳猪种肉质性状的基因中,MYF5基因较为关键。该试验结论可为滇南小耳猪育种中改善肉品质等性状给予分子标记支撑。

威宁鸡Myf5基因多态性与周龄体重的相关性研究

为了研究威宁鸡的Myf5基因多态性及与周龄体重的相关性,试验采用PCR扩增并测定Myf5基因序列,使用SPSS21.0软件分析Myf5不同基因型与周龄体重的关联性。结果:威宁鸡Myf5基因存在G.40098586 T>T、G.40098595 T>T、G.40098901 A>G 3个SNPs位点,均位于第一外显子;G.40098586 T>C位点的多态性对威宁鸡周龄体重无显著影响(P>0.05);G.40098595 T>C位点CC基因型2、8周龄体重极显著高于TT型(P<0.01),CC型6、12周龄体重显著高于TT型(P<0.05),CT型4、10周龄体重显著高于TT型(P<0.05);G.40098901 A>G位点AG基因型4周龄体重显著高于GG型(P<0.05)。结论:威宁鸡Myf5基因的3个突变位点均可引起氨基酸序列改变,突变位点与威宁鸡体重显著相关(P<0.05),突变位点G.40098595 T>C、G.40098901 A>G可作为威宁鸡周龄体重选育的分子标记。

赤水乌骨鸡Myf5基因SNPs与周龄体重的关联性分析

为了探究Myf5基因的多态性及对赤水乌骨鸡周龄体重的影响,试验通过PCR扩增、基因测序分析Myf5基因SNPs,使用SPSS 21.0分析SNPs基因型与赤水乌骨鸡周龄体重的关联性。结果:赤水乌骨鸡Myf5基因存在3个SNP位点,均位于第一外显子,其中G.40098586 T>C、G.40098595 T>C 2个位点突变导致终止子(TGA)突变为精氨酸(CGA),G.40098901A>G突变导致赖氨酸(AAG)突变为谷氨酸(GAG)。G.40098595 T>C位点CC基因型2、8周龄体重极显著高于TT型(P<0.01),6、12周龄体重显著高于TT型(P<0.05),CT基因型4、10周龄体重显著高于TT型(P<0.05);G.40098901 A>G位点AG基因型4周龄体重极显著高于GG型(P<0.01)。结论:Myf5基因的3个SNP位点突变可显著影响赤水乌骨鸡的周龄体重,G.40098595 T>C、G.40098901 A>G位点可作为赤水乌骨鸡体重选育的候选分子标记。

鲮Myf5基因克隆及其SNPs分析

提取新鲜鲮(Cirrhinus molitorella)肌肉总RNA,采用RT-PCR技术分段克隆鲮Myf5基因核心序列,获得1104bp的目的片段,其中开放阅读框为723bp,编码240个氨基酸。分析表明,鲮Myf5蛋白具有MRF家族基因的典型性碱性bHLH螺旋-环-螺旋(Basic helix-loop-helix,bHLH)结构。设计特异性引物扩增获得2个内含子,大小分别为1311bp和90bp。用单链构向多态性SSCP的方法分析了Myf5基因在珠江水系3个不同江段鲮中的遗传变异,分布及群体杂合性等群体遗传信息。发现其编码区非常保守,仅在外显子412位点处发生突变C→T。对该位点进行基因型分析,结果表明:珠江北江段鲮中该位点符合Hardy-Weinberg平衡,而东江和西江段种群不符合Hardy-Weinberg平衡,3个江段种群总体上符合Hardy-Weinberg平衡,并存在较大基因流。以Myf5基因该位点的多态性分析表明,3个种群未出现明显分化;通过该位点的遗传结构分析表明:3个江段种群杂合度都较高,中度信息含量(PIC)及多态信息指数,即该位点有较好的变异性及遗传多态性。3个江段种群总体上该位点在不符合Hardy-Weinberg的情况下AA>BB,并由该位点群体杂合性及中性分析表明该位点突变群体具体良好的多态性且不遵循中性选择模式,说明BB型个体受到自然选择。本研究结果表明,鲮Myf5基因的C412T与个体生长有相关性,可作为候选基因标记,用于鲮生长相关分子标记辅助育种研究。

五指山猪不同组织中Myf5与MyoD1基因的表达研究

MRFs家族成员包括Myf5、MyoD1、Myf4和Mfy6,利用Real-time PCR技术,检测Myf5、MyoD1基因在从出生到体成熟(30d、210d、360d)五指山猪背部肌肉组织中的表达变化趋势,以及Myf5、MyoD1基因在体成熟五指山猪心脏、肝脏、肺脏、脾脏、肾脏、肌、胃和小肠以上组织中的mRNA表达水平。结果表明:Myf5和MyoD1基因在出生后五指山猪背部肌肉组织中的mRNA表达水平与五指山猪的生长年龄成正比(P<0.05);Myf5及MyoD1基因在成年五指山猪以上8种组织中均有表达,其中在肌肉组织中相对表达量最高。

Myf5基因8个SNPs位点与京海黄鸡生长和繁殖性状的关联分析

旨在探讨Myf5基因与鸡生长繁殖性状的关联性。本研究采用PCR-SSCP方法,检测Myf5基因在京海黄鸡群体中的多态性,并对这些多态位点进行单倍型关联分析。结果表明:在Myf5基因外显子处共检测到8个SNPs位点。在379只京海黄鸡的群体中形成了9种单倍型。最小二乘分析结果显示,在生长性状方面,单倍型组合H1H5对8和12周龄体重影响显著(P<0.05),单倍型组合H2H6则对12和14周龄体重影响显著(P<0.05);在繁殖性状方面,单倍型组合H1H5在开产体重上为优势单倍型组合,显著高于单倍型组合H1H4和H2H4(P<0.05),极显著高于单倍型组合H1H3(P<0.01)。就300d蛋重均值来说,单倍型组合H1H3为劣势单倍型组合;对300d的产蛋数数据分析显示,单倍型组合H1H3的300d产蛋数极显著高于H1H4(P<0.01)。因此,京海黄鸡Myf5基因外显子的多态性对其生长和繁殖性状都有一定影响,为探索鸡育种过程中的标记辅助选择提供了参考资料。

鸭胚骨骼肌成肌细胞中MyoD1和Myf5基因的表达与分析

以高邮鸭和金定鸭为研究对象,采用实时荧光定量PCR方法测定生肌调节因子MyoD1和Myf5基因在不同发育阶段鸭胚(13、15、17、19、21和23胚龄)骨骼肌成肌细胞中的表达水平,分析MyoD1和Myf5基因在鸭胚胎期骨骼肌成肌细胞中的表达模式和差异.结果表明,Myf5和MyoD1基因在胸腿肌成肌细胞中呈现不同的表达规律:胸肌成肌细胞中,Myf5基因的表达呈"低→高→低→较高"的趋势,类似反"∽"形;MyoD1基因的表达呈"低→高→低"的趋势,在金定鸭17胚龄时达到高峰后迅速下降(P<0.01),并维持在低水平,类似"∧"形,而在高邮鸭17胚龄时达到高峰后维持高水平至19胚龄(P>0.05),再下降并维持在低水平(P<0.05),类似"∩"形.腿肌成肌细胞中,Myf5基因的表达呈"低→高→低"的趋势,类似"∧"形;MyoD1基因的表达呈"较高→低→高→低"的趋势,类似"∽"形.结果提示:Myf5和MyoD1基因在骨骼肌成肌细胞中的表达具有时间和品种依赖性;两基因在两品种鸭胸腿肌中均在17胚龄时达到高峰,表明17胚龄可能是成肌细胞分化和增殖的一个重要时期.

Myf5基因在马身猪和大白猪背最长肌中的发育性表达研究

本研究旨在分析猪背最长肌中Myf5基因的发育性表达规律。采用实时荧光定量PCR和Western-blot技术检测了马身猪和大白猪从初生~180日龄7个阶段(初生、30、60、90、120、150和180d)背最长肌中Myf5基因mRNA和蛋白质发育性表达规律。结果表明,马身猪和大白猪背最长肌中Myf5基因mRNA相对表达量均表现出初生时最高,30日龄次之,60日龄时突然降低,此后基本维持稳定状态的规律。马身猪背最长肌中Myf5蛋白的相对表达量初生时最高,30日龄时最低,60~180日龄阶段,表达量呈现波动变化的不稳定趋势;在大白猪中,Myf5蛋白60日龄前的相对表达量极显著高于60日龄后的表达量(P<0.05),60日龄前各阶段间的表达量及60日龄后各阶段间的表达量差异不显著(P>0.05)。在同一日龄阶段,马身猪Myf5蛋白的表达量均显著或极显著地高于大白猪(60日龄阶段除外)。Myf5在mRNA和蛋白质水平上的表达与猪的遗传背景和发育阶段有关。

鸭胚骨骼肌生肌调节因子MyoD1和Myf5发育性变化研究

本研究采用Real-timePCR分析生肌调节因子MyoD1和Myf5在不同鸭品种(高邮鸭和金定鸭)胚胎期及初生早期(13、17、21、25、27日胚龄和出雏后7日龄)骨骼肌发育中的表达模式以及表达差异。结果表明,MyoD1mRNA和Myf5mRNA在两个品种鸭胸肌早期发育中表现出一致的表达规律,均呈"波浪"型;在腿肌早期发育中均呈近似"反√"型的表达趋势,在27日胚龄时表达量最低,出生后7日龄表达量又上升,但MyoD1mRNA的表达量仅有小幅增加,与27日胚龄的表达量差异不显著(P>0.05),而Myf5mRNA的表达量有大幅增加,与27日胚龄的表达量差异极显著(P<0.01),胸肌和腿肌中两基因的mRNA表达量在同一胚龄不同品种间差异均不显著。结果提示:骨骼肌中MyoD1和Myf5基因表达具有显著的时空性,但不存在品种差异,为进一步深入研究MyoD1和Myf5基因在胚胎期骨骼肌发生过程及其调控机理中的功能提供一定的理论依据。

松辽白鹅Myf5基因多态性与生产性能相关研究

采用测序和单链构象多态(SSCP)的方法分析了Myf5基因在3个品种中的遗传分布、遗传变异及群体杂合性等群体遗传信息,并分析了Myf5基因对酮体性状及肉质性状的遗传效应。结果发现:(1)在此扩增片段存在多态性,得到AA、AB和BB等3种基因型。3个品种中等位基因A占绝对优势,且主要以AA型存在。(2)在Myf5基因外显子1第1344处发生了单碱基的改变(A→G),第1410处发生了单碱基改变(G→C)。方差分析结果表明,不同基因型的宰前活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、腿肌重、翅膀重与屠宰率性状间有显著差异,其它大部分生长和屠体性状无显著差异。

湘西黄牛Myf5和Pax7基因的SNPs检测及其与体尺性状的关联分析

本研究旨在检测湘西黄牛Myf5和Pax7基因的单核苷酸多态性(SNP),探讨湘西黄牛多态性位点的群体遗传特征,寻找与生长发育相关的分子标记。采用PCR和直接测序技术筛查湘西黄牛Myf5基因第2内含子和Pax7基因第3外显子的SNPs;以217头湘西黄牛为研究对象,采用PCR-RFLP方法对群体进行遗传多态性分析,运用最小二乘线性模型进行基因型与体尺性状的关联分析。结果表明,在湘西黄牛Myf5基因第2内含子中检测到9个SNPs,其中7个是本研究新发现的SNPs;在Pax7基因第3外显子检测到1个SNP。群体遗传多态性分析结果显示,湘西黄牛群体中Myf5基因g.1948A>G位点的AA、AG和GG基因型频率分别为0.046 1、0.235 0和0.718 9;A和G等位基因频率分别为0.163 6和0.836 4。Pax7基因g.31G>A位点只检测到AG和GG 2种基因型,基因型频率分别为0.073 7和0.926 3;A和G等位基因频率分别为0.036 9和0.963 1。这2个位点均处于低度多态,且达到了Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。关联分析结果表明,Myf5基因g.1948A>G位点的AA和AG型个体的体重显著高于GG型个体的体重(P<0.05),A等位基因对体重为正效应;而各基因型间的体高、体长和胸围的差异均不显著(P>0.05)。结果提示,湘西黄牛Myf5基因的SNP位点较多,g.1948A>G位点可能为湘西黄牛体重性状的分子遗传标记位点。

Myf5、Myf6基因在黔北麻羊与努黔F1代不同组织表达差异性的研究

实验旨在探究Myf5、Myf6基因在黔北麻羊和努黔F_1代各组织间的相对表达水平。应用实时荧光定量PCR法检测Myf5、Myf6基因在黔北麻羊(3只)和努黔F_1代(3只)的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、股二头肌和臂三头肌等组织间的相对表达量。结果表明:各组织Myf5、Myf6基因在黔北麻羊和努黔F_1代间表达差异不显著;2种基因在黔北麻羊臂三头肌、股二头肌和背最长肌相对表达量均极显著高于肾脏、肝脏、心脏、脾脏、肺脏(P<0.01),其中Myf5基因在肾脏相对表达量显著高于脾脏和肺脏(P<0.05),Myf6基因在心脏和肝脏相对表达量均显著高于脾脏(P<0.05);2种基因在努黔F_1代臂三头肌、股二头肌和背最长肌相对表达量均极显著高于肝脏、肾脏、心脏、脾脏、肺脏(P<0.01),心脏和肝脏相对表达量均显著高于肺脏(P<0.05)。综上,Myf5、Myf6基因在黔北麻羊和努黔F_1代8种组织中均有表达且表达量不等,在肌肉组织中的表达量最高。

海南五指山猪Myf5基因克隆与序列分析

为了研究克隆五指山猪Myf5(myogenic factor 5,Myf5)基因,获得基因序列并分析基因结构及相关遗传变异,试验采用PCR扩增五指山猪Myf5基因组序列,通过克隆测序寻找基因中的突变位点。结果表明:在五指山猪Myf5基因组中共发现3处突变位点,分别位于第1外显子(C+121G,C+288G)和第1内含子(C+1 204G),生物信息学分析发现,五指山猪Myf5基因启动子区域存在一些潜在的转录因子结合位点,例如Sp1、GATA-1、C/EBPb、CdxA、SRY、Nkx-2和AML-1a等。

猪Myf5基因外显子1的多态性分析

利用PCR-SSCP技术,以民猪、三江白猪、大白猪、长白猪、军牧1号、杜洛克和双肌臀大白猪共7个猪种为研究对象,根据GenBank上猪的Myf5基因外显子1序列设计了4对引物,进行了SNPs检测,并检测到了多态,发现在1 288 bp处有一个点突变G→C。经计算各基因型频率、基因频率和试验统计表明:随民猪、三江白猪、大白猪、长白猪、军牧1号、杜洛克和双肌臀大白猪瘦肉率的升高,等位基因M的基因频率也大致按此顺序呈上升趋势。

阿勒泰羊Myf5基因多态性与早期生长发育性状的相关性分析

采用PCR测序方法研究了152只阿勒泰羊群体Myf5基因多态性及其与群体生长发育性状的相关性。结果表明:在阿勒泰羊Myf5基因中存在3个多态位点,即位于Myf5基因第1外显子区域的19-CCT Ins/Del、第4外显子区域的C-109G以及C-383T;在这些位点均存在3种基因型。多态位点与体重和日增重的相关性分析表明,仅SNP位点C-383T与体重和平均日增重具有相关性(P<0.05),不同基因型体重和日增重排序为TT<CT<CC。说明Myf5基因该位点可能是影响阿勒泰羊生长发育性状的主效QTL或与之紧密连锁,可作为阿勒泰羊肥羔生产的候选分子标记。

新疆褐牛PPARγ、MYF5和AGPAT5基因SNP突变与体尺性状的关联分析

【目的】鉴定与牛体尺性状相关的基因,筛选PPARγ、MYF5和AGPAT5三个基因的SNP多态性,研究SNP突变对牛体尺性状的影响,为新疆褐牛的分子育种提供标记信息。【方法】采用PCR-RFLP方法对新疆褐牛PPARγ、MYF5和AGPAT5基因的突变位点进行研究,通过单倍型法构建三个目标基因的单倍型块并统计不同单倍型的基因型频率。【结果】三个基因的6个SNP位点对体尺性状均有显著影响,mRNA二级结构预测发现PPARγ-exon7(G74T)和AGPAT5-exon7(G72A)均导致mRNA二级结构和自由能发生改变,蛋白二级结构预测发现牛PPARγ基因外显子1和AGPAT5外显子7的2个SNP位点均为错义突变,改变氨基酸结构,但是蛋白质二级结构未发生改变;MYF5外显子1的SNP位点突变为同义突变,氨基酸及蛋白质二级结构均未发生改变。【结论】筛选PPARγ、MYF5和AGPAT5基因的6个SNP位点,基因PPARγ、MYF5和AGPAT5与牛体尺性状的关系。

三个猪品种Myf5基因的克隆及序列分析

为明确猪Myf5基因的蛋白结构及功能位点,从香猪、大白猪和大白×长白杂交猪背最长肌提取总RNA,采用RT-PCR技术克隆Myf5基因,其cDNA长893 bp,包括完整的开放阅读框768 bp,编码255个氨基酸。将所测序列与GenBank上已知猪种序列进行相似性比较,结果表明:香猪Myf5基因中有3个碱基变异,其中2个突变不改变编码的氨基酸为无义突变,1个突变使其编码的氨基酸由甲硫氨酸(M)变为亮氨酸(L)。大白猪没有碱基变化;大白×长白杂交猪Myf5基因中的1个突变,使其编码氨基酸由甘氨酸(E)变为谷氨酸(G)。将香猪与其他物种进行核苷酸和氨基酸编码区序列的相似性分析及生物信息学分析。相似性分析表明,香猪Myf5基因氨基酸编码区序列与绵羊、牛、马、兔、黑猩猩、非洲象和小鼠的相似性较高,均在88%以上,推测Myf5基因在哺乳动物具有一定的保守性;Myf5蛋白二级结构以无规则卷曲为主,其次为α螺旋,偶有β转角。预测Myf5蛋白不含信号肽序列,有29个磷酸化位点。

固始鸡与安卡鸡F_2资源群Myf5基因PCR-SSCP分析条件的优化

为进行固始鸡与安卡鸡F2资源群Myf5基因的多态性研究,建立适合于该资源群的Myf5基因PCR-SSCP分析方法,对影响单链构象多态性(SSCP)图谱分辨率的凝`胶浓度、甘油浓度、电泳电压、电泳温度、电泳时间、PCR产物与上样缓冲液的比例、电泳缓冲液浓度、上样量等影响因素进行了比较系统的优化试验研究。结果表明:凝胶浓度10%、甘油浓度50%、上样量10μL、PCR产物与变性缓冲液比例为10∶10、电泳缓冲液为1×TBE、室温下300 V预电泳10 min后120 V电压电泳16 h,染色后条带细而清晰,能够准确分辨各基因型,为试验SSCP分析的最佳条件组合。

大围山微型鸡和艾维茵肉鸡骨骼肌卫星细胞增殖分化及Myf5基因表达差异研究

为研究不同鸡种骨骼肌卫星细胞生肌决定因子5(Myf5)基因表达差异,试验通过提取大围山微型鸡和艾维茵肉鸡骨骼肌卫星细胞并进行两个鸡种骨骼肌卫星细胞增殖分化差异及Myf5基因表达差异研究。结果显示:两个鸡种骨骼肌卫星细胞生长曲线呈"S"形,大围山微型鸡骨骼肌卫星细胞生长速度较低;在分化过程中,艾维茵肉鸡骨骼肌卫星细胞分化能力高于大围山微型鸡,且艾维茵肉鸡骨骼肌卫星细胞的Myf5 mRNA表达量显著高于大围山微型鸡(P<0.05)。本试验表明:Myf5基因是影响家禽肌肉生长发育的重要候选基因,且细胞体外培养对家禽分子育种研究具有一定科学指导意义。

大口黑鲈Myf5基因cDNA和基因组序列的克隆与分析

Myf5是生肌调节因子家族成员之一。为研究该基因在大口黑鲈(Micropterus salmoide)肌肉生长发育中的作用,运用RT-PCR和RACE技术获得大口黑鲈Myf5 cDNA序列1093bp,其中开放阅读框长723bp,编码240个氨基酸,经分析该蛋白无信号肽序列,属核蛋白,含有一典型的碱性螺旋-环-螺旋结构域。使用Genome walker技术获得启动子区序列2690bp,预测含有肌肉特异性转录调控相关元件:E-框、肌细胞特异增强子2(MEF2)、核转录因子1(SP1)、上游激活因子(USF)、血清应答因子(SRF)等结合位点。含有早期生长应答因子α(EGRα)、早期快反应生长应答因子1,2(EGR-1,2)等结合位点,它们可能是Myf5能够在体节形成早期表达的主要原因。获得Myf5 3个外显子与2个内含子序列,内含子1中存在一个在不同鱼类中高度保守的长度为123bp的序列,推测参与调节了Myf5基因的时空和组织特异性表达。本研究旨为进一步研究该基因对大口黑鲈肌肉生长发育的作用机理奠定基础。