北京黑猪MYH3和MYH13基因多态性与肉质性状的关联分析

【目的】试验旨在研究肌球蛋白重链3(myosin heavy chain 3,MYH3)和肌球蛋白重链13(myosin heavy chain 13,MYH13)基因遗传变异对猪肉质性状的影响。【方法】利用北京黑猪背最长肌样本进行肉质性状(肌内脂肪(intramuscular fat, IMF)、水分、滴水损失、酸碱度(pH)、肉色L^(*)值、肉色a^(*)值和肉色b^(*)值)表型数据的测定。利用PCR和Sanger测序技术对MYH3和MYH13基因启动子区和CDS区进行基因分型。将性别、场、日龄作为协变量,采用协方差分析,确定与猪肉质性状相关的SNPs,利用实时荧光定量PCR检测基因表达水平。【结果】试验共筛选到9个SNPs,其中MYH3基因CDS区有1个错义突变(c.5782 G>C)与IMF显著相关(P<0.05),且MYH3基因表达水平与IMF呈正相关;MYH13基因CDS区有4个SNPs,其中2个(c.1923 G>A、c.1308 G>A)与肉色a^(*)值显著相关,1个(c.963 G>A)与滴水损失显著相关,1个(c.237 G>T)与肉色L^(*)值显著相关(P<0.05);MYH13基因启动子区有4个SNPs,其中2个(rs699287502、rs318639161)与肉色L^(*)值显著相关,2个(rs321315318、rs330770991)与滴水损失显著相关(P<0.05),且MYH13基因表达水平与滴水损失呈负相关。【结论】MYH3基因有1个SNP与IMF显著相关,且其基因表达水平与IMF呈正相关。MYH13基因中存在3个SNPs与滴水损失显著相关,且该基因启动子区2个SNPs基因表达水平与滴水损失呈负相关;3个SNPs与肉色L^(*)值显著相关;2个SNPs与肉色a^(*)值显著相关。以上SNPs均可作为影响北京黑猪肉质性状的候选基因功能位点。