中国人群MYO15A基因同义突变引起剪接异常导致的非综合征型耳聋分析

目的对一个遗传性非综合征型耳聋家系的临床特征进行分析并鉴定其致聋基因突变,同时在大规模耳聋人群队列中对鉴定出的致病性突变致中国人群耳聋的特征进行分析。方法完善家系成员的问卷调查、听力学检查、体格检查等临床检查,同时采集血液样本,通过耳聋相关基因的大规模平行测序(MPS)和生物信息学分析进行致病基因鉴定。总结及分析鉴定出的致病性突变在中国耳聋基因研究战略联盟(CDGC)耳聋数据库中的检出情况。结果在一个早发性极重度感音神经性耳聋家系中鉴定出MYO15A基因NM_016239.4:c.8182C>G(p.Arg2728Gly)/c.9861C>T(p.Gly3287=)复合杂合突变,为该家系耳聋患者的致聋原因。其中MYO15A基因c.9861C>T(p.Gly3287=)同义突变通过改变剪接导致基因功能缺陷,其在中国广西壮族人群中次要等位基因频率为0.2%(3/1438),在其他人群及公共数据库中均未检出。结论研究确定了MYO15A基因c.9861C>T(p.Gly3287=)在中国非综合征型耳聋患者中的致病性,该突变在中国广西壮族自治区富集明显。通过研究强调了在致病基因鉴定时,高频与同义突变并非过滤的绝对指标,尤其是在某些地区富集格外明显的突变,应格外注意。

一个MYO15A基因新的复合杂合位点突变导致先天性聋病例分析

目的探讨一例先天性极重度感音神经性聋患儿的遗传学病因,为家庭再生育提供遗传学指导。方法患儿(女,2岁)为先证者,表现为双侧极重度感音神经性聋,其父母听力学检查正常;采集患儿及其父母外周血样本,进行高精度临床外显PLUS的检测和分析。根据美国医学遗传学和基因组学会(ACMG)变异分类指南,结合患儿的表型寻找致病基因和变异位点,并利用Sanger测序方法验证该位点的突变情况。结果检测到MYO15A基因的两个杂合变异C.3756+1G>A和C.4519C>T(p.R1507*),是该家系的致病突变;Sanger测序结果与外显子捕获测序结果一致;该患儿可确诊为常染色体隐性遗传性聋3型。结论确诊该例2岁先天性极重度感音神经性聋患儿的遗传学病因为MYO15A基因的复合杂合变异C.3756+1G>A和C.4519C>T(p.R1507*),丰富了MYO15A基因致聋的突变谱,并可为该家庭再生育提供遗传性指导。

MYO15A基因新发突变导致先天性耳聋1例报道

耳聋是人类常见的出生缺陷之一,主要与遗传因素和环境因素有关,其中遗传因素所致的耳聋占60%。在遗传性耳聋中,有30%伴有其他症状,被称为综合征性耳聋(syndromic sensorineural hearing loss,SHL);其余70%不伴其他症状,被称为非综合征耳聋(non-syndromic sensorineural hearing loss,NSHL)[1]。在遗传性耳聋患者中,有80%为常染色体隐性非综合征耳聋(autosomal recessive non-syndromic sensorineural hearing loss, ARNSHL)[2]。目前,已鉴定出70多个基因与ARNSHL有关(https://hereditaryhearingloss.org/)。虽然导致耳聋的基因较多,但绝大多数遗传性耳聋只与少数几个基因有关。根据我国大规模的耳聋流行病学调查,大部分NSHL由4个基因(GJB2、SLC26A4、12SrRNA及GJB3)突变引起;而在ARNSHL中,MYO15A基因出现的频率仅次于GJB2、SLC26A4,是相对常见的耳聋致病基因之一[2]。由于该基因较大,且无明显的突变热点区域,因此常规耳聋基因检测并不包含此基因[3-4]。我们采用高通量测序[又称下一代测序(next generation sequencing,NGS)]技术及Sanger测序技术对1例耳聋患者进行基因检测,并进行家系验证及产前诊断。

MYO15A基因罕见突变导致常染色体隐性遗传性耳聋的遗传学及听力表型分析

目的:分析MYO15A基因突变导致的常染色体隐性遗传性耳聋的表型及基因型特点,为基因诊断提供依据,为患者及家庭提供遗传咨询。方法:对上海交通大学医学院附属第九人民医院经二代测序检测诊断为MYO15A基因突变导致耳聋的2例散发病例进行基因的突变分析,并在家系内行Sanger测序验证分析。结合临床资料,依据美国医学遗传学和基因组学会(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)变异分类指南对突变位点进行致病性判定。结果:2个散发耳聋家系的先证者表型分别为双侧重度听力损失与完全听力损失。鉴定了MYO15A基因4个变异,其中致病变异1个,可能致病变异2个,临床意义未明的剪切位点变异1个。患者Ⅰ携带的c.3524dup(p.Ser1176Valfs*14)变异为已报道致病变异;携带的c.10082+3G>A剪切位点变异,根据ACMG指南判定为临床意义未明。患者双侧佩戴助听器后,右耳平均听阈值37.50 dB,左耳平均听阈值33.75 dB。患者Ⅱ携带c.7441_7442del(p.Leu2481Glufs*86)、c.10250_10252del(p.Ser3417del),根据ACMG指南判定为可能致病的。患者右侧人工耳蜗植入术后8年,听觉行为分级-Ⅱ(categorical auditory performance, CAP-Ⅱ)9分,言语可懂度分级(speech intelligibility rating, SIR)5分。结论:本研究新发现的MYO15A基因罕见的c.7441_7442del突变与剪切位点突变c.10082+3G>A与常染色体隐性遗传性耳聋密切相关,丰富了MYO15A基因突变谱,为遗传性耳聋的遗传咨询提供依据。其次剪切位点致病性评估的应用为相关位点的分类提供参考。

MYO15A基因突变致聋家系的遗传学分析

目的对一常染色体隐性遗传性耳聋家系行遗传学分析及产前诊断。方法收集该家系成员的临床资料及外周血血样,运用十五项遗传性耳聋微阵列芯片及二代测序技术对先证者进行基因组全外显子序列分析,对检出的致病突变进行Sanger测序验证,结合应用STR检测技术对该家系行产前分子诊断。结果该家系先证者为极重度感音神经性耳聋患者,存在MYO15A基因c.9400C>T(p.R3134X)纯合突变,父母亲均为c.9400C>T(p.R3134X)杂合突变携带者,孕母亲产前诊断结果提示胎儿该位点基因型与先证者相同。结论 MYO15A基因c.9400C>T(p.R3134X)突变为该家系耳聋患者的致聋遗传因素;二代测序结合Sanger测序法有助于明确耳聋患者热点基因突变以外的罕见致聋基因及其位点。

非综合征型聋患者及家庭成员耳聋基因MYO15A检测及其产前诊断意义

目的分析2例汉族非综合征型聋(nonsyndromic sensorineural hearingloss,NSHL)患者及家庭成员中耳聋基因MYO15A的突变位点,探讨MYO15A基因检测用于产前诊断的可行性。方法采集2例汉族非综合征型感音神经性聋患儿(均为男性,年龄分别为2岁8个月和3岁6个月)及两个家庭(编号为NSHL-01和NSHL-02)成员血样并记录临床资料。应用芯片捕获高通量测序(targeted genomic capturing and next-generation sequencing,targeted DNA-Hiseq)对2例NSHL患儿进行127个耳聋基因检测,获得变异序列后,针对所检出变异序列对家庭成员和健康对照个体的MYO15A基因序列进行变异验证分析,确定致病性突变后,使用sanger测序法对NSHL-02家庭中的高危胎儿进行孕中期产前诊断。结果在NSHL-01家庭的患儿中检测出MYO15A基因复合杂合突变,即:内含子18亚区c.5134-1G>A(p.-)杂合突变和外显子20亚区c.5324A>C(p.Gln1775Pro)杂合突变,本地收集的200例正常测序样本中无关于此SNP的频率信息;患儿的父亲携带c.5134-1G>A杂合突变,而患儿的母亲携带c.5324A>C杂合突变。在NSHL-02家庭的患儿检出MYO15A基因复合杂合突变,第二外显子c.374delG(Arg125ArgfsX319)杂合突变和外显子56亚区c.9358C>T(p.Gln3120Ter)杂合突变,本地收集的200例正常测序样本中无关于此SNP的频率信息;患儿的父亲携带c.9358C>T杂合突变,而患儿的母亲携带c.374delG杂合突变;该家庭高危胎儿携带c.9358C>T杂合突变,不携带c.374delG杂合突变,出生后表型正常。结论 MYO15A基因内含子18亚区c.5134-1G>A杂合突变和外显子20c.5324A>C杂合突变,及第二外显子c.374delG杂合突变和外显子56亚区c.9358C>T杂合突变是2个NSHL家庭的致病原因,芯片捕获高通量测序及数据分析技术可对2个NSHL家庭进行有效的基因诊断,结合sanger技术可进行产前诊断。