PHYLOGENETIC RELATIONSHIPS AMONG GIANT PANDA AND RELATED SPECIES BASED ON RESTRICTION SITE VARIATIONS IN rDNA SPACERS

In this study, non radioactive Digoxigenin labeled ribosomal DNA(rDNA) probes were used for Southern blotting analysis to study the molecular phylogeny of the giant panda and related species. Restriction maps in the regions of rDNA spacers were compared between giant panda( Ailuropoda melanoleuca ), lesser panda( Ailurus fulgens ), Asiatic black bear( Selenarctos thibetanus ), sun bear( Helarctos malayanus ), raccoon( Procyon lotor ) and lynx( Felis lynx ). Phylogenetic trees for these species were constructed using maximum likelihood and parsimony method. The results show that in respect to rDNA RFLPs, the giant panda is more closely related to bear than to lesser panda; while the lesser panda is slightly related to the raccoon.

猕猴属6个种的rDNA变异及其系统进化关系

以人２８Ｓ、１８ＳｒＤＮＡ为探针，用１５种限制性内切酶构建了猕猴属６个种（Ｍ．ｍｕｌａｔｔａ、Ｍ．ｆａｃｓｉｃｕｌａｒｉｓ、Ｍ．ａｒｃｔｏｉｄｅｓ、Ｍ．ａｓｓａｍｅｎｓｉｓ、Ｍ．ｔｈｉｂｅｔａｎａ、Ｍ．ｎｅｍｅｓｔｒｉｎａ）和滇金丝猴（Ｒｈｉｎｏｐｉｔｈｅｃｕｓｂｉｅｔｉ）、白颊长臂猿（Ｈｙｌｏｂａｔｅｓｌｅｕｃｏｇｅｎｙｓ）核糖体ＤＮＡ重复单位的限制性内切酶图谱。红面猴（Ｍ．ａｒｃｔｏｉｄｅｓ）与熊猴（Ｍ．ａｓｓａｍｅｎｓｉｓ）拥有完全相同的限制性内切酶图谱。基于内切酶图谱得到了６８个信息位点并计算了各种ｒＤＮＡ重复型间的遗传距离。用ＰＨＹＬＩＰｖｅｒｓｉｏｎ３．５ｃ软件包中的ＮＥＩＧＨＢＯＲ和ＲＥＳＴＭＬ程序，以滇金丝猴和白颊长臂猿为外群，构建了ＮＪ树和最大似然树。两棵树的拓扑结构不完全一致，但恒河猴（Ｍ．ｍｕｌａｔｔａ）和食蟹猴（Ｍ，ｆａｃｓｉｃｕｌａｒｉｓ）总是位于树的基部，提示它们可能是最早分化出的类群。熊猴－红面猴（Ｍ．ａｓｓａｍｅｎｓｉｓ－Ｍ．ａｒｃｔｏｉｄｅｓ）虽然与藏猴（Ｍ．ｔｈｉｂｅｔａｎａ）共享的限制性位点数更多，在ＮＪ树上两类动物也最为接近，但在最大似然树中熊猴－红面猴却与平顶猴（Ｍ?

基于ITS分析云南光叶桑和钦州长果桑在桑属中的亲缘关系及分化时间

云南光叶桑、钦州长果桑在形态分类学上均属同一桑种Morus macroura。通过PCR扩增2份地方品种资源材料的ITS序列并分析序列差异及构建系统进化树,阐明各自在桑属中的遗传分化关系。2份材料的ITS序列长度均为576 bp,其中:云南光叶桑的G+C含量为59.90%,碱基序列45位A变G,560位T变G,与昆明奶桑(Morus macroura)、荥经川桑(Morus notabilis)、云南毛叶奶桑(Morus macroura var.mawa)、云南长穗桑(Morus wittiorum)、云南奶桑(Morus macroura)、雅安华桑(Morus cathayana)同在第Ⅰ类群,有较近的亲缘关系;钦州长果桑的G+C含量为59.72%,碱基序列45位为A,560位T变G,与云南华桑(Morus cathayana)同在第Ⅱ类群,有较近的亲缘关系。应用松散分子钟方法估算云南光叶桑与荥经川桑、雅安华桑、云南长穗桑的分化时间为8.23 Ma,钦州长果桑与云南华桑的分化时间为9.67 Ma,二者起源的地质年代是新第三纪中新世与上新世之交,是为了抵御地球寒冷、旱化,向南、向山地迁移形成的物种。

基于ITS基因分析扩展莫尼茨绦虫种系发育关系

为研究扩展莫尼茨绦虫分离株核糖体ITS序列的遗传变异情况,并利用ITS序列探讨扩展莫尼茨绦虫与其它带科绦虫的种群发育关系,本研究利用PCR对扩展莫尼茨绦虫分离株核糖体ITS序列进行扩增、测序及分析。结果表明:16株扩展莫尼茨绦虫分离株核糖体ITS序列长度一致,为1462~1473bP,且分离株与基因库扩展莫尼茨绦虫位于同一大分支,可以与其它带科绦虫有效鉴别。说明ITS序列种内较为保守,种间差异较大,可以作为扩展莫尼茨绦虫的种间遗传变异研究的分子标记。

羊毛尾线虫线粒体rrnL基因部分序列的克隆和进化分析

为探明中国羊毛尾线虫(Trichuris ovis)广东分离株线粒体核糖体大亚基基因(rrnL)的部分序列(prrnL)的遗传变异情况,用prrnL序列构建其与其他毛尾线虫的进化关系;应用聚合酶链反应(PCR)扩增羊毛尾线虫虫株的prrnL,将所获得的序列用ClustalX 1.81程序进行比对,然后用PAUP 4.0 Beta 10程序MP法绘制种系发育树。结果表明:所获得的prrnL序列长度为849～850 bp,种内变异在0～0.8%;13个羊毛尾线虫分离株位于同一分支,羊毛尾线虫prrnL序列种内很保守,种间差异较大(33.4%～36.1%),可作为种间遗传变异研究的标记。

孔雀源蛔虫分子鉴定及其遗传进化分析

本研究的主要目的是通过分析遗传变异探讨孔雀源蛔虫与其他蛔虫种群的遗传关系。本研究中,以湖南省益阳市楠蓝孔雀生态养殖场的8只孔雀小肠中采集蛔虫样品为研究对象,通过PCR方法对其线粒体cox1基因部分(pcox1)序列和nad1基因部分(pnad1)序列以及核糖体ITS序列进行扩增、测序和分析,并利用邻接法(Neighbor joining)基于3个基因位点构建孔雀源蛔虫和其它蛔虫的进化树,分析其种系发育关系。测序结果显示,8只孔雀源蛔虫样品的pcox1、pnad1和ITS基因序列长度分别为442、512、1023~1029 bp,碱基差异分别为0.00%~0.45%、0.00%~0.39%和0.00%~0.87%,系统进化分析均显示8只孔雀源蛔虫与已知鸡蛔虫分离株聚类形成同一分支,与其他蛔虫所属分支分隔较远,说明本研究获得的8只孔雀源蛔虫均被鉴定为鸡禽蛔虫(Ascaridia galli),其研究结果可为孔雀蛔虫病的防控提供指导。

介形纲(甲壳亚门)系统分类中核基因18S rDNA的应用研究

本研究采用贝叶斯法(Bayesian-inference,BI)、最大似然法(Maximum-likelihood,ML)和最大简约法(Maximumparsimony,MP),基于18SrDNA序列对介形纲4目12超科间以及其它相关泛甲壳动物(Pancrusacea)间的系统分类关系进行了分析,其目的是探讨单独的核基因18SrDNA序列研究介形纲各阶元分类时的稳定性,及分析介形纲两大主要类群内的系统分类关系。结果发现,应用单独的核基因18SrDNA序列对介形类进行研究时,所获的三种系统树的拓扑结构在介形纲的目、亚目和超科阶元均表现稳定,表明单独的核基因18SrDNA序列在该3个阶元的分类研究中可发挥重要作用。基于此,进一步对介形类内两主要类群的系统分类研究,结果支持Martin和Davis(2001)对介形纲中壮肢亚纲(又称丽足亚纲,Myodocopa)在目、亚目和超科阶元上的分类;但尾肢亚纲(又称速足亚纲,Podocopa)中各主要类群间的系统发育关系却与Martin和Davis(2001)的分类略有不同,其中Punciidae游离于尾肢亚纲主要类群尾肢目(又称速足目,Podocopida)之外,而该结果却与Liebau(2005)对Punciidae归类一致;此外尾肢目中5个主要类群的分类关系呈现[浪花介亚目Cytherocopina+[金星介亚目Cypridocopina+简肢亚目Platycopina(小花介科Cytherellidae)+[达尔文介亚目Darwinulocopina+巴氏介亚目Bairdiocopina]]]。

我国耳萝卜螺ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析

以采自我国黑龙江省大庆市的耳萝卜螺样品为研究对象,利用核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区序列(ITS)的遗传标记特点,用保守引物BD1和BD2对rDNA内转录间隔区(ITS)及5.8S序列进行PCR扩增,扩增纯化后克隆至pMD18-T载体,重组质粒通过菌液PCR鉴定后,对阳性菌落进行测序和分析。结果显示,所获得的23个耳萝卜螺样品的ITS及5.8SrDNA序列总长度为1 124～1 130bp,存在一定差异,包含ITS-1(548～551bp)、5.8S(175bp)、ITS-2(399～404bp)序列。23个黑龙江省耳萝卜螺之间ITS-1序列的相似性在98.3%以上,ITS-2序列相似性在98.2%以上;而与GenBank中其他椎实螺的ITS-1序列的相似度低于75.6%,与ITS-2序列的相似度低于83.1%。由于耳萝卜螺ITS序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为椎实螺种间遗传变异研究的标记。本研究结果为耳萝卜螺的分类鉴定以及进一步的分子流行病学研究奠定了基础。

蚂蟥和水蛭种间遗传变异和系统关系的ITS序列分析

目的:为了阐明蚂蟥Whitmania pigra,水蛭Hirudo nipponia种间遗传分化系统关系。方法:运用ITS测序分析我国不同地区蚂蟥W.pigra、水蛭H.nipponia核糖体ITS碱基序列差异,用MEGA4.0软件中的MP法构建的分子进化树。结果:蚂蟥和水蛭平均总ITS序列长度在857.2～861.2 bp,其碱基A,T,G,C的平均分别为25.12%,28.28%,17.34%,29.29%。GC含量明显高于AT含量。通过对蚂蟥、水蛭ITS基因片段遗传特征的研究发现其种内变异很小,在14个群体中有45个位点发生转换。MP系统树将14个种群蚂蟥和水蛭分为两大类群。结论:蚂蟥和水蛭的变异类型可能为种内变异为主。同时发现,基于DNA序列的蚂蟥及水蛭的系统分类结果与分类学的分类结果不完全一致,可能是由ITS序列在进化过程中发生了少量位点的变异,如碱基之间的转换、颠换和缺失等造成的。