Mapmarker/Exp3.0遗传图谱构建中重要参数设置初步探讨

Mapmarker/Exp(3.0)是目前分子作图中应用最广的软件之一,但由于许多重要参数的默认值并非是作图的最佳值,影响提高作图的精确性。本文以川麦42×川农16重组近交系(F8)作图群体为实例,对Mapmarker/Exp 3.0软件在遗传作图中不同LOD值、max distance值以及用compare and try、compare和order 3种排序方式对遗传图谱的影响进行了初步比较,结果表明,作图过程中,不应强求采取统一LOD值,对于特殊的连锁群可采取不同的LOD值;max distance值在20至50为宜,值过小容易遗漏大量本来正确连锁的标记;小于等于7个标记的连锁群可直接用compare命令排序。

关于Mapmaker/Exp遗传作图中标记分群和排序操作技术的讨论

Mapmaker/Exp(3.0)是国内外广泛使用的遗传连锁数据分析软件,在分子标记数量大时(多于500个)往往出现所绘制连锁图谱图距偏大的现象。本文从标记分群和标记排序两个遗传作图环节分析原因并概括出以下两个实施要点:(1)标记分群不应强求同一LOD值,对特殊的连锁群可试用不同LOD值;(2)在标记排序时,一次order命令后用ripple命令反复梳理有时并不能获得最佳排列顺序,而应多次使用order,每次order后用ripple反复梳理,经反复比较才能得出最佳排列顺序,必要时还须结合人工调整。通过大豆遗传作图实例比较了软件推荐思路2的通常用法和作者建议的新用法所构建的遗传图谱及相应QTL定位的差异,认为新用法具有更好的效果。

应用于家蚕F2代分离群体的两种连锁作图方法的作图效果比较

构建精细的家蚕分子连锁图谱需要合适的作图方法。应用Mapmaker/EXP3.0和F2lnkgsilk两种作图方法,对家蚕F2代91个个体为分离群体的300个AFLP标记和69个个体为分离群体的470个RAPD标记数据进行了比较分析。用F2lnkgsilk作图方法分析得到的分群数与Mapmaker/EXP3.0作图方法相比有所增加,而总的图距却显著增加,平均图距也有较大的增加,但产生的二联体数基本相同。就单个连锁群而言,两种作图分析方法的连锁标记及其数目80%以上相同,但是标记间的排列顺序70%以上有差异;用F2lnkgsilk作图方法分析得到的单个连锁群的总图距和平均图距也相应增大。