基于肝脏转录组测序对不同海拔喜马拉雅旱獭的低氧适应性研究

为探究低、中、高3个不同海拔梯度下喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)基因表达是否存在差异,筛选该物种与高原低氧及强紫外辐射环境适应的相关候选基因,采用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台对喜马拉雅旱獭肝脏组织进行无参转录组学分析,通过对质控后测序数据与参考基因组的比较分析,筛选差异表达基因后进行GO功能注释和KEGG富集分析。结果显示:乐都样品(低海拔组,LD)、玉树样品(高海拔组,YS)喜马拉雅旱獭肝脏组织中差异表达基因差异较大,刚察样品(中海拔组,GC)与其他两组间均具有较小的基因表达差异模式。上调表达基因在19个GO Terms和6个KEGG通路上有显著富集,氧化磷酸化相关基因(HiF-1α、MPKA3)、矿物质吸收及脂质代谢相关基因(PPARs)在高海拔组中呈现上调表达,推测这些基因可能直接或间接在喜马拉雅旱獭适应高海拔低氧等极端环境中,通过调整细胞代谢、提高氧化还原能力以及增强免疫反应来维持自身的生理功能和生存能力,为后续深入研究高原野生动物基因多样性以及喜马拉雅旱獭低氧适应性提供基因组学数据。

1960-2020年喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地阿尔金山地区鼠疫监测数据分析

目的分析青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地阿尔金山地区鼠疫宿主动物、媒介动物及指示动物犬感染鼠疫的流行特征,研究鼠疫流行的相关因素,从而为鼠疫发生和流行的预测、监测方案的调整和预防措施的改进提供科学依据。方法基于1960-2020年青藏高原喜马拉雅旱獭疫源地阿尔金山地区监测数据,进行病原学及血清学回顾性调查,分析旱獭密度、媒介指数、鼠疫耶尔森菌分离率、间接血凝试验检测血清F1抗体阳性率,并用Spearman相关分析指标相关性。结果1983-2018年间,平均旱獭密度为0.20只/公顷。1983-2020年间,分离鼠疫耶尔森菌718株,宿主动物材料检菌阳性率4.60%,宿主动物血清鼠疫抗体阳性率8.51%。病原体检测阳性率与血清F1抗体阳性率呈正相关(rs=0.585,P<0.001)。结论青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地阿尔金山地区动物间鼠疫病原学和血清学流行规律一致,该疫源地存在动物间鼠疫流行,应继续完善该地区鼠疫监测系统,持续开展定期监测。

基于简化基因组测序技术的喜马拉雅旱獭遗传多样性分析

为揭示喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)的遗传进化机制,基于双酶切RAD(dd-RAD)测序技术,对青海省3个地区(乐都、玉树、黄南)44例喜马拉雅旱獭简化基因组测序分析,通过SNP位点刻画其遗传特性,构建系统进化树,分析种群结构特征,从基因水平分析不同地区个体之间的遗传进化关系。结果显示:3个地区喜马拉雅旱獭共获得19 279 845个SNP位点,具有丰富的遗传多样性,各地区喜马拉雅旱獭的观测杂合度(Ho)为0.236~0.269,期望杂合度(He)为0.232~0.254。3个地区中,乐都和玉树的喜马拉雅旱獭杂合过度(He>He),黄南地区的多态信息量最大、有效等位基因数更接近等位基因数,表明其基因纯化程度和多态性高、等位基因分布较均匀;系统发育树将黄南样品分为2个遗传分支,乐都和玉树聚为1支。研究结果可为研究喜马拉雅旱獭比较基因组学和旱獭属动物的资源合理利用提供参考依据。

喜马拉雅旱獭种群微卫星变异及遗传多样性

为了解不同地理种群喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)的种群数量变化并探讨其内在的遗传学机制,通过构建部分基因组文库的方法筛选出8个高变异微卫星位点,根据微卫星位点的测序结果设计相应引物,PCR扩增检测了青藏高原4个地理种群(德令哈、乌兰、沱沱河、安多)喜马拉雅旱獭的遗传多态性及其种群结构。研究结果显示:8个位点在喜马拉雅旱獭种群中均为高度多态,观察等位基因数、有效等位基因数、多态信息含量分别为4.75、3.033 2、0.610 2;喜马拉雅旱獭种群总的期望杂合度和观察杂合度分别为0.670、0.699;3个喜马拉雅旱獭种群显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)偏离H-W平衡状态,且这些偏离平衡的位点均由杂合过度导致(FIS<0);喜马拉雅旱獭种群的部分位点已经偏离了突变-漂移平衡。结论:筛选出的8个微卫星位点适合于喜马拉雅旱獭种群遗传多样性的研究,所研究的喜马拉雅旱獭种群有较高的遗传多样性,安多地理种群在近期可能经历过瓶颈效应,种群数量曾经下降。

喜马拉雅旱獭G带染色体研究

喜马拉雅旱獭Ｇ带染色体研究尹敬如，朱慧君，王文青，杨生玺，李芳（青海医学院，西宁，８１０００１）喜马拉雅旱獭（Ｍａｒｍｏｔａｈｉｍａｌａｙａｎａ）是青藏高原高寒草甸草原广泛栖息的野生哺乳动物，其皮、毛、肉、油均有较高的经济价值。王懋钦等（１９８９，兽...

旱獭皮自然携带鼠疫菌及其F1抗原水平的研究

本项研究是为由旱獭皮能否引起人群感染鼠疫提供科学依据。应用细菌学、血清学和流行病学的方法对12953张喜马拉雅旱獭皮、297只旱獭尾、567只旱獭足的检验结果表明,仅有2份旱獭皮材料经复判确定为鼠疫F1阳性,其滴度分别为1:100和1:200,但将其接种小白鼠未分离到鼠疫菌,余者皆为阴性结果。实验感染之旱獭剥皮后随即取材检验的阳性率为100％;旱獭皮最后一次检菌阳性率为98.3％,其中一份为阴性结果;旱獭皮检苗转阴后取材检验F1抗原的阳性率为26.6％。随着时间的延长阳性率和滴度均逐渐下降。由此可见F1抗原在旱獭皮上的存留时间显然要长于鼠疫菌在其上的存活时间。研究指出:必须严禁在活动疫源地内狩猎旱獭,要延长旱獭皮在现场的存放时间,要加强对狩猎人员和经营旱獭皮贸易人员的管理,对其进行必要的鼠防知识培训。