目的:总结MAB21L2基因的变异和临床特点,并与高度同源的MAB21L1基因进行比较。方法:对中山眼科中心临床基因数据库中MAB21L2基因变异患者进行基因型和表型分析,回顾性分析既往文献报道的MAB21L2基因和高度同源基因MAB21L1变异的表型-基...目的:总结MAB21L2基因的变异和临床特点,并与高度同源的MAB21L1基因进行比较。方法:对中山眼科中心临床基因数据库中MAB21L2基因变异患者进行基因型和表型分析,回顾性分析既往文献报道的MAB21L2基因和高度同源基因MAB21L1变异的表型-基因型的关系。结果:在2个小眼畸形家系中发现2个MAB21L2基因杂合变异:先证者1携带已知变异c.151C>G/p.(Arg51Gly),患者双眼小眼畸形伴虹膜脉络膜缺损,伴骨关节屈曲。母亲携带相同杂合变异但表型正常;先证者2携带未报道的变异c.1042G>T/p.(Glu348*),左眼小眼畸形,右眼正常且无全身异常。结合文献回顾发现,在显性遗传模式下,80%的MAB21L2杂合致病变异(20/25)和100%的MAB21L1杂合致病变异(25/25)发生在氨基酸49-52区域,导致小眼无眼或眼缺损异常(microphthalmia,anophthalmia or coloboma,MAC);携带该区域MAB21L2基因杂合突变的患者除MAC外,部分还伴骨骼关节发育异常(12/24,50%);杂合截短变异发生在MAB21L2基因可导致MAC(5/5,100%),而发生在MAB21L1则不致病。结论:在2个小眼畸形家系中发现了MAB21L2基因1个新致病变异和1个已知热点致病变异,通过文献综述比较和总结了MAB21L1和MAB21L2基因的突变频谱以及基因型-表型相互关系,为此类基因缺陷导致遗传病的诊断和鉴别诊断提供依据。展开更多
目的应用生物信息学的方法探讨肿瘤蛋白D52(tumor protein D52,TPD52)和肿瘤蛋白D52样2(tumor protein D52-like 2,TPD52L2)在胃癌中异常表达的临床病理特征,并分析相关基因共表达的意义。方法基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome AHa...目的应用生物信息学的方法探讨肿瘤蛋白D52(tumor protein D52,TPD52)和肿瘤蛋白D52样2(tumor protein D52-like 2,TPD52L2)在胃癌中异常表达的临床病理特征,并分析相关基因共表达的意义。方法基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome AHas,TCGA)获取数据,利用R语言软件包比较TPD52和TPD52L2在胃癌组织和癌旁组织中的差异表达与临床病理特征的相关性,并探索与免疫细胞浸润水平的情况,Kaplan-Meier生存分析和Cox回归评估TPD52和TPD52L2的表达与患者预后的关系。利用Human Protein Atlas数据库分析TPD52和TPD52L2在胃癌组织中的免疫组化染色情况。借助cBioPortal数据库分析TPD52和TPD52L2的共表达基因,并使用SangerBox平台进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。通过STRING数据库对共表达基因建立蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,使用Cytoscape 3.9筛选核心共表达基因,并进一步验证核心共表达基因的生存期和相关性。结果胃癌组织中TPD52和TPD52L2的表达水平均明显高于癌旁组织,并与病理分期、组织学分级、幽门螺旋杆菌感染和Barretts食管密切相关。TPD52的表达与Th2和NK细胞等细胞的浸润丰度相关,TPD52L2的表达与Th2和肥大细胞等细胞的浸润丰度相关。与TPD52L2高表达组相比,低表达组有更长的总生存期(OS)、首次进展生存期(FP)和再次进展生存期(PPS)。单因素Cox分析结果表明,TPD52和TPD52L2的表达与TNM分期、病理分期及胃癌患者的预后不良相关,多因素Cox分析结果表明,M分期是影响胃癌患者OS的独立危险因素。KEGG富集分析发现TPD52的共表达基因参与了代谢通路和癌症的转录失调等信号通路,TPD52L2的共表达基因参与了癌症通路和剪接体等信号通路。PPI网络中核心基因生存分析结果表明,高表达组的PLCG1、PRKACA、MAPK11、NGFR和HSP90AB1预后较差,相关性分析发现MAPK11、CYCS和NGFR是与TPD52关系最紧密的基因,RUVBL1、NOP56、HSP90AB1和CCT6A是与TPD52L2关系最紧密的基因,可作为探讨TPD52和TPD52L2参与胃癌恶性生物学行为的候选基因。结论TPD52和TPD52L2在胃癌组织中高表达,且在胃癌的发生发展中发挥着重要作用,有望成为胃癌早期诊断和预后的生物标志物和治疗靶点。展开更多
文摘目的:总结MAB21L2基因的变异和临床特点,并与高度同源的MAB21L1基因进行比较。方法:对中山眼科中心临床基因数据库中MAB21L2基因变异患者进行基因型和表型分析,回顾性分析既往文献报道的MAB21L2基因和高度同源基因MAB21L1变异的表型-基因型的关系。结果:在2个小眼畸形家系中发现2个MAB21L2基因杂合变异:先证者1携带已知变异c.151C>G/p.(Arg51Gly),患者双眼小眼畸形伴虹膜脉络膜缺损,伴骨关节屈曲。母亲携带相同杂合变异但表型正常;先证者2携带未报道的变异c.1042G>T/p.(Glu348*),左眼小眼畸形,右眼正常且无全身异常。结合文献回顾发现,在显性遗传模式下,80%的MAB21L2杂合致病变异(20/25)和100%的MAB21L1杂合致病变异(25/25)发生在氨基酸49-52区域,导致小眼无眼或眼缺损异常(microphthalmia,anophthalmia or coloboma,MAC);携带该区域MAB21L2基因杂合突变的患者除MAC外,部分还伴骨骼关节发育异常(12/24,50%);杂合截短变异发生在MAB21L2基因可导致MAC(5/5,100%),而发生在MAB21L1则不致病。结论:在2个小眼畸形家系中发现了MAB21L2基因1个新致病变异和1个已知热点致病变异,通过文献综述比较和总结了MAB21L1和MAB21L2基因的突变频谱以及基因型-表型相互关系,为此类基因缺陷导致遗传病的诊断和鉴别诊断提供依据。
文摘目的应用生物信息学的方法探讨肿瘤蛋白D52(tumor protein D52,TPD52)和肿瘤蛋白D52样2(tumor protein D52-like 2,TPD52L2)在胃癌中异常表达的临床病理特征,并分析相关基因共表达的意义。方法基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome AHas,TCGA)获取数据,利用R语言软件包比较TPD52和TPD52L2在胃癌组织和癌旁组织中的差异表达与临床病理特征的相关性,并探索与免疫细胞浸润水平的情况,Kaplan-Meier生存分析和Cox回归评估TPD52和TPD52L2的表达与患者预后的关系。利用Human Protein Atlas数据库分析TPD52和TPD52L2在胃癌组织中的免疫组化染色情况。借助cBioPortal数据库分析TPD52和TPD52L2的共表达基因,并使用SangerBox平台进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。通过STRING数据库对共表达基因建立蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,使用Cytoscape 3.9筛选核心共表达基因,并进一步验证核心共表达基因的生存期和相关性。结果胃癌组织中TPD52和TPD52L2的表达水平均明显高于癌旁组织,并与病理分期、组织学分级、幽门螺旋杆菌感染和Barretts食管密切相关。TPD52的表达与Th2和NK细胞等细胞的浸润丰度相关,TPD52L2的表达与Th2和肥大细胞等细胞的浸润丰度相关。与TPD52L2高表达组相比,低表达组有更长的总生存期(OS)、首次进展生存期(FP)和再次进展生存期(PPS)。单因素Cox分析结果表明,TPD52和TPD52L2的表达与TNM分期、病理分期及胃癌患者的预后不良相关,多因素Cox分析结果表明,M分期是影响胃癌患者OS的独立危险因素。KEGG富集分析发现TPD52的共表达基因参与了代谢通路和癌症的转录失调等信号通路,TPD52L2的共表达基因参与了癌症通路和剪接体等信号通路。PPI网络中核心基因生存分析结果表明,高表达组的PLCG1、PRKACA、MAPK11、NGFR和HSP90AB1预后较差,相关性分析发现MAPK11、CYCS和NGFR是与TPD52关系最紧密的基因,RUVBL1、NOP56、HSP90AB1和CCT6A是与TPD52L2关系最紧密的基因,可作为探讨TPD52和TPD52L2参与胃癌恶性生物学行为的候选基因。结论TPD52和TPD52L2在胃癌组织中高表达,且在胃癌的发生发展中发挥着重要作用,有望成为胃癌早期诊断和预后的生物标志物和治疗靶点。